Systeembiologie (B-B1SYSB09)

Dit is een samenvatting van het onderwerp permutatie statistieken. De volgende begrippen komen aan bod: statistiek, data permutatie, score, P-waarde, E-waarde etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, database, RAM, k-mer, transcriptomics, metagenomics, index search, natural sequence diverge, BLAST, HSP, BLAST input, BLAST output, alignment output, tabular output, bitscore, blastn, megablast, disco...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity region, microstaellite, short tandem repeat, STR, similarity, analoog, homoloog, orthology conjecture, ortholoog, paraloog, mate van conservatie, wobble base, synonieme mutatie, nonsense, missense, eiw...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, microbioom, assen PCA, clusters, bi-clustered heatmap, clusters maken, cladogram, average linkage, single linkage, clustervorm, chaining behavior, clumping behavior, intermediate behavior, bracket-nota...

Dit is een samenvatting van de kennisclip over file formats. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fasta files, file extension, Phred score, ASCII tabel, fastq files, metadata, Genbank, tab-separated values, TSV, compressed files etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het tweede hoofdstuk uit de reader van systeembiologie. In deze samenvatting worden veel voorbeelden gebruikt om de werkwijze van R duidelijk te maken. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: computers, modulaire architectuur, R, logical, operators, rekenkundige verrichtingen, testen, variabelen, datasoorten, tabel, RAM, geheugen, harde schijf, CPU, commando's, loops, nested loop, curly braches, functies, algoritme, Euclid's algori...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het 1e hoofdstuk uit de reader. Begrippen die hierin naar voren komen, zijn: wetenschappelijke cyclus, database, data, crAssphage, datasets, data-driven discoveries, nulhypothese, Google, top down, bottom up, ISCB, fourth paradigm, FAIR data, data recycling, sequencing machines, transcriptoom, proteoom, fasta files, Omics revolution, annotatie, metadata, error propagation, experimental validation etc.