Systeembiologie Samenvattingen, Aantekeningen en Examens

Dit is een samenvatting van hoofdstuk 1 van wiskundige biologie binnen de cursus systeembiologie. Zaken die hierin naar voren komen, zijn: differentiaalvergelijking, oplossing, variabele. parameter, exponentiële groei, kwalitatieve analyse, fase portret, evenwicht, repellor, attractor, basin of attraction, faseplaatje, triviaal evenwicht, niet-triviaal evenwicht etc.

Dit is een samenvatting van hoofdstuk 4 van theoretische biologie binnen de cursus systeembiologie. Zaken die hierin naar voren komen, zijn: Lotka Volterra, Holling, verzadiging, functionele respons, Monod, type I respons, type II respons, type III respons, Hill functie, stabiele limietcyclus, isocline, evenwicht, Hopf bifurcatie, bifurcatieplaatje, circadiaans ritme etc.

Dit is een samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 2 van de theoretische biologie in de cursus systeembiologie. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: dichtheidsafhankelijk, logistische groei, geboortecijfer, evenwicht, toepassing wiskundig model etc.

Dit is een samenvatting van hoofdstuk 3 van wiskundige biologie binnen de cursus systeembiologie. Onderwerpen die hierin naar voren komen, zijn: evenwicht, isocline, 1D systeem, 2D systeem, vectorveld, stabiele knoop, stabiele spiraal, instabiele knoop, instabiele spiraal, zadelpunt, center point, self-feedback, numerieke oplossing etc.

Dit is een samenvatting van hoofdstuk 3 van theoretische biologie binnen de cursus systeembiologie. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: Lotka Volterra, predator-prooi systeem, isoclines, evenwichten, tumoren, logistische groei, parameters, fitness etc.

Dit is een samenvatting van het hoofdstuk 1 van theoretische biologie in de cursus systeembiologie. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: Hill functie, modellen, computer, emergente eigenschap, differentiaalvergelijking, ODE, proportioneel model, steady state, evenwicht, dimensie, sterftecijfer, geboortecijfer, bron-sterfte model, verdubbelingstijd, halveringstijd, fitness etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over het tweede hoofdstuk uit de reader van systeembiologie. In deze samenvatting worden veel voorbeelden gebruikt om de werkwijze van R duidelijk te maken. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: computers, modulaire architectuur, R, logical, operators, rekenkundige verrichtingen, testen, variabelen, datasoorten, tabel, RAM, geheugen, harde schijf, CPU, commando's, loops, nested loop, curly braches, functies, algoritme, Euclid's algori...

Dit is een uitwerking van de DWO opgaven over kansberekening die deel uitmaken van systeembiologie. Hierin wordt per opgave uitgelegd waarom het bijbehorende antwoord klopt.

Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...