Labverslag
Practicum Microbiologie (B-
B2MICR24)
2024-2025
,Inhoudsopgave
INHOUDSOPGAVE......................................................................................................................................... 2
SAMENVATTING........................................................................................................................................... 4
INTRODUCTIE................................................................................................................................................ 5
LABJOURNAAL.............................................................................................................................................. 6
FYLOGENETISCHE ANALYSES.....................................................................................................................................6
3. 16S rRNA.....................................................................................................................................................7
4. Alignment en fylogenie maken..................................................................................................................8
5. Tree rooting................................................................................................................................................8
6. Fylogenie analyseren..................................................................................................................................9
8. 18S rRNA...................................................................................................................................................10
9. Alignment en fylogenie maken................................................................................................................11
10. Tree rooting............................................................................................................................................11
11. Fylogenie analyseren..............................................................................................................................12
13. hemagglutinine.......................................................................................................................................13
14. Alignment en fylogenie maken..............................................................................................................13
15. Tree rooting............................................................................................................................................14
16. Fylogenie analyseren..............................................................................................................................15
IN SILICO EIWITANALYSES.......................................................................................................................................17
21. BLAST......................................................................................................................................................18
22. Analyseer resultaten...............................................................................................................................18
25. Sequence alignment...............................................................................................................................19
27. AlphaFold................................................................................................................................................20
28. Protein Data Bank..................................................................................................................................21
29. Analyseer resultaten...............................................................................................................................22
32. Sequence alignment...............................................................................................................................22
33. Protein Data Bank..................................................................................................................................24
34. Analyseer resultaten...............................................................................................................................24
BACTERIËN.........................................................................................................................................................26
3. LB-agar plaat............................................................................................................................................26
4. Macroscopische analyse...........................................................................................................................28
6. LB-agar plaat............................................................................................................................................31
7. Antibiotica................................................................................................................................................32
8. Macroscopische analyse...........................................................................................................................33
10. MacConkey-agar plaat...........................................................................................................................36
11. Macroscopische analyse.........................................................................................................................38
13. Mannitol salt agar plaat.........................................................................................................................39
14. Macroscopische analyse.........................................................................................................................41
16. CAS-agar plaat........................................................................................................................................42
17. Macroscopische analyse.........................................................................................................................43
19. Bloedagar plaat......................................................................................................................................44
20. Macroscopische analyse.........................................................................................................................45
22. Objectglasmethode (katalase-activiteit)................................................................................................46
23. Macroscopische analyse.........................................................................................................................46
25. Motility agar-buizen...............................................................................................................................47
26. Macroscopische analyse.........................................................................................................................48
28. SMA-plaat...............................................................................................................................................49
29. Macroscopische analyse.........................................................................................................................50
31. Preparaat maken....................................................................................................................................51
32. Gram-kleuring.........................................................................................................................................52
33. Microscopische analyse..........................................................................................................................53
2
, SCHIMMELS EN VIRUSSEN......................................................................................................................................55
6. Aardappel-zetmeelplaat...........................................................................................................................55
7. Binoculair onderzoek................................................................................................................................57
8. Bacteriesuspensie in slappe agar.............................................................................................................60
9. Macroscopische analyse...........................................................................................................................61
12. Oppervlaktewater...................................................................................................................................65
13. Chloroform..............................................................................................................................................65
14. Bacteriesuspensie in slappe agar...........................................................................................................66
16. Macroscopische analyse.........................................................................................................................68
20. Preparaat maken....................................................................................................................................73
21. Microscopisch onderzoek.......................................................................................................................74
24. Binoculair onderzoek..............................................................................................................................76
26. Preparaat maken....................................................................................................................................77
27. Microscopisch onderzoek.......................................................................................................................78
ALGEMENE CONCLUSIES.............................................................................................................................. 80
DISCUSSIE................................................................................................................................................... 82
VERANTWOORDING GEBRUIK VAN GENERATIEVE AI (GENAI) / LARGE LANGUAGE MODELS (LLMS).............83
REFERENTIES............................................................................................................................................... 84
3
,Samenvatting
In dit onderzoek zijn drie verschillende, onbekende bacteriestammen onderzocht op basis van
bepaalde karakteristieke eigenschappen met als doel identificatie van deze bacteriestammen. Deze
eigenschappen werden middels een reeks experimenten vastgesteld. Met behulp van deze
resultaten, “fylogenetische analyse tools”, “Id. maps” en een lijst van mogelijk verkregen
bacteriestammen zijn elk van de drie onbekende bacteriestammen geïdentificeerd. De drie
geïdentificeerde soorten zijn Pseudomonas lurida/silencis/helmanticenis, Staphylococcus equorum
en Bacillus subtilis. In een ander gedeelte van dit onderzoek is gekeken naar schimmels. Met als doel
het bestuderen van de morfologie van schimmels als Penicilium roqueforti, Aspergilus niger,
Saccharomyces cerevisae en Schizophyllum commune, evenals de interacties van een aantal van deze
schimmels met bacteriën (en bacteriën met bacteriofagen).
4
, Introductie
De diversiteit van bacteriën en schimmels is erg groot. Aan de hand van bepaalde eigenschappen
kunnen verschillen en overeenkomsten tussen verscheidene soorten in kaart gebracht worden. In dit
onderzoek zijn de eigenschappen van verschillende bacteriën en schimmels middels een reeks
experimenten uitvoerig bestudeerd. De geïdentificeerde bacteriestammen zijn Pseudomonas
lurida/silencis/helmanticensis, Staphylococcus equorum en Bacillus subtilus.
Bacteriestam 55 werd geïdentificeerd als Pseudomonas lurida, Pseudomonas silencis of
Pseudomonas helmanticenis. Deze Pseudomonas bacteriën zijn allen staafvormige en gram-negatief.
Ze kunnen overal voorkomen maar leven vaak op dood, organisch materiaal. Het zijn motiele
bacteriën die zich voort kunnen bewegen met een flagel. Vervolgens werd bacteriestam 56
geïdentificeerd als Staphylococcus equorum, deze geclusterde cocci zijn gram-positief en niet motiel.
Vanwege de zouttolerantie van deze bacterie wordt deze vaker gevonden op gefermenteerd voedsel
zoals kazen en worsten (Irlinger et al., 2012). Tot slot werd bacteriestam 57 geïdentificeerd als
Bacillus subtilis. Dit is een staafvormige, gram positieve en motiele bacterie die in de grond
voorkomt. Deze bacterie kan sporen vormen om extreme omstandigheden te overleven. In recent
onderzoek is gekeken naar de impact van deze bacterie als onderdeel van probiotica op
waterkwaliteit en garnalen immuniteit (Monier et al., 2023). Deze had een positieve impact en
verbeterde de waterkwaliteit evenals de resistentie van garnalen tegen infectieziekten.
Verder zijn er in dit onderzoek verschillende schimmels bestudeerd, waaronder Penicilium
roqueforti, Aspergillus niger, Saccharomyces cerevisiae en Schizophyllum commune. P. Roqueforti is
een filamenteuze schimmel die bekend staat om zijn aanwezigheid in blauwschimmelkazen. Deze
schimmel heeft een groengrijze kleur en kan voorkomen op beschimmeld brood. Deze multi-
cellulaire schimmel komt in de natuur voor in de grond en op dood, organisch materiaal. A. niger is
ook een multi-cellulaire filamenteuze schimmel en staat bekend om zijn capabiliteit om op veel
soorten voedsel te groeien. Deze schimmel kan pneumonie in de luchtwegen veroorzaken, zeker bij
patiënten met een verzwakt immuunsysteem. Een recent onderzoek naar deze schimmel heeft
gekeken naar de rol van “Flb-eiwit” in de levenscyclus van de schimmel en het effect van inactivatie
van deze genen op fenotype en sporulatie (Chen et al., 2024). S. cerevisiae is een eencellige
schimmel die gebruikt wordt voor fermentatie. Zoals bijvoorbeeld bij het maken van brood of bier.
Het is een modelorganisme geworden dankzij zijn kleine eukaryotische genoom. In de natuur komt
deze schimmel voor op rijp fruit en op de bast van bomen. Ten slotte is er gekeken naar S.
commune. Deze multi-cellulaire schimmel komt in de natuur voor op omgevallen bomen. Deze
schimmel is de meest ver verspreide paddenstoel in de wereld. In het lab wordt S. commune vaak
gebruikt als modelorganisme voor paddenstoelontwikkeling en snelle seksuele generatietijd.
Hydrophobines zijn voor het eerst uit S. commune geïsoleerd.
5
Practicum Microbiologie (B-
B2MICR24)
2024-2025
,Inhoudsopgave
INHOUDSOPGAVE......................................................................................................................................... 2
SAMENVATTING........................................................................................................................................... 4
INTRODUCTIE................................................................................................................................................ 5
LABJOURNAAL.............................................................................................................................................. 6
FYLOGENETISCHE ANALYSES.....................................................................................................................................6
3. 16S rRNA.....................................................................................................................................................7
4. Alignment en fylogenie maken..................................................................................................................8
5. Tree rooting................................................................................................................................................8
6. Fylogenie analyseren..................................................................................................................................9
8. 18S rRNA...................................................................................................................................................10
9. Alignment en fylogenie maken................................................................................................................11
10. Tree rooting............................................................................................................................................11
11. Fylogenie analyseren..............................................................................................................................12
13. hemagglutinine.......................................................................................................................................13
14. Alignment en fylogenie maken..............................................................................................................13
15. Tree rooting............................................................................................................................................14
16. Fylogenie analyseren..............................................................................................................................15
IN SILICO EIWITANALYSES.......................................................................................................................................17
21. BLAST......................................................................................................................................................18
22. Analyseer resultaten...............................................................................................................................18
25. Sequence alignment...............................................................................................................................19
27. AlphaFold................................................................................................................................................20
28. Protein Data Bank..................................................................................................................................21
29. Analyseer resultaten...............................................................................................................................22
32. Sequence alignment...............................................................................................................................22
33. Protein Data Bank..................................................................................................................................24
34. Analyseer resultaten...............................................................................................................................24
BACTERIËN.........................................................................................................................................................26
3. LB-agar plaat............................................................................................................................................26
4. Macroscopische analyse...........................................................................................................................28
6. LB-agar plaat............................................................................................................................................31
7. Antibiotica................................................................................................................................................32
8. Macroscopische analyse...........................................................................................................................33
10. MacConkey-agar plaat...........................................................................................................................36
11. Macroscopische analyse.........................................................................................................................38
13. Mannitol salt agar plaat.........................................................................................................................39
14. Macroscopische analyse.........................................................................................................................41
16. CAS-agar plaat........................................................................................................................................42
17. Macroscopische analyse.........................................................................................................................43
19. Bloedagar plaat......................................................................................................................................44
20. Macroscopische analyse.........................................................................................................................45
22. Objectglasmethode (katalase-activiteit)................................................................................................46
23. Macroscopische analyse.........................................................................................................................46
25. Motility agar-buizen...............................................................................................................................47
26. Macroscopische analyse.........................................................................................................................48
28. SMA-plaat...............................................................................................................................................49
29. Macroscopische analyse.........................................................................................................................50
31. Preparaat maken....................................................................................................................................51
32. Gram-kleuring.........................................................................................................................................52
33. Microscopische analyse..........................................................................................................................53
2
, SCHIMMELS EN VIRUSSEN......................................................................................................................................55
6. Aardappel-zetmeelplaat...........................................................................................................................55
7. Binoculair onderzoek................................................................................................................................57
8. Bacteriesuspensie in slappe agar.............................................................................................................60
9. Macroscopische analyse...........................................................................................................................61
12. Oppervlaktewater...................................................................................................................................65
13. Chloroform..............................................................................................................................................65
14. Bacteriesuspensie in slappe agar...........................................................................................................66
16. Macroscopische analyse.........................................................................................................................68
20. Preparaat maken....................................................................................................................................73
21. Microscopisch onderzoek.......................................................................................................................74
24. Binoculair onderzoek..............................................................................................................................76
26. Preparaat maken....................................................................................................................................77
27. Microscopisch onderzoek.......................................................................................................................78
ALGEMENE CONCLUSIES.............................................................................................................................. 80
DISCUSSIE................................................................................................................................................... 82
VERANTWOORDING GEBRUIK VAN GENERATIEVE AI (GENAI) / LARGE LANGUAGE MODELS (LLMS).............83
REFERENTIES............................................................................................................................................... 84
3
,Samenvatting
In dit onderzoek zijn drie verschillende, onbekende bacteriestammen onderzocht op basis van
bepaalde karakteristieke eigenschappen met als doel identificatie van deze bacteriestammen. Deze
eigenschappen werden middels een reeks experimenten vastgesteld. Met behulp van deze
resultaten, “fylogenetische analyse tools”, “Id. maps” en een lijst van mogelijk verkregen
bacteriestammen zijn elk van de drie onbekende bacteriestammen geïdentificeerd. De drie
geïdentificeerde soorten zijn Pseudomonas lurida/silencis/helmanticenis, Staphylococcus equorum
en Bacillus subtilis. In een ander gedeelte van dit onderzoek is gekeken naar schimmels. Met als doel
het bestuderen van de morfologie van schimmels als Penicilium roqueforti, Aspergilus niger,
Saccharomyces cerevisae en Schizophyllum commune, evenals de interacties van een aantal van deze
schimmels met bacteriën (en bacteriën met bacteriofagen).
4
, Introductie
De diversiteit van bacteriën en schimmels is erg groot. Aan de hand van bepaalde eigenschappen
kunnen verschillen en overeenkomsten tussen verscheidene soorten in kaart gebracht worden. In dit
onderzoek zijn de eigenschappen van verschillende bacteriën en schimmels middels een reeks
experimenten uitvoerig bestudeerd. De geïdentificeerde bacteriestammen zijn Pseudomonas
lurida/silencis/helmanticensis, Staphylococcus equorum en Bacillus subtilus.
Bacteriestam 55 werd geïdentificeerd als Pseudomonas lurida, Pseudomonas silencis of
Pseudomonas helmanticenis. Deze Pseudomonas bacteriën zijn allen staafvormige en gram-negatief.
Ze kunnen overal voorkomen maar leven vaak op dood, organisch materiaal. Het zijn motiele
bacteriën die zich voort kunnen bewegen met een flagel. Vervolgens werd bacteriestam 56
geïdentificeerd als Staphylococcus equorum, deze geclusterde cocci zijn gram-positief en niet motiel.
Vanwege de zouttolerantie van deze bacterie wordt deze vaker gevonden op gefermenteerd voedsel
zoals kazen en worsten (Irlinger et al., 2012). Tot slot werd bacteriestam 57 geïdentificeerd als
Bacillus subtilis. Dit is een staafvormige, gram positieve en motiele bacterie die in de grond
voorkomt. Deze bacterie kan sporen vormen om extreme omstandigheden te overleven. In recent
onderzoek is gekeken naar de impact van deze bacterie als onderdeel van probiotica op
waterkwaliteit en garnalen immuniteit (Monier et al., 2023). Deze had een positieve impact en
verbeterde de waterkwaliteit evenals de resistentie van garnalen tegen infectieziekten.
Verder zijn er in dit onderzoek verschillende schimmels bestudeerd, waaronder Penicilium
roqueforti, Aspergillus niger, Saccharomyces cerevisiae en Schizophyllum commune. P. Roqueforti is
een filamenteuze schimmel die bekend staat om zijn aanwezigheid in blauwschimmelkazen. Deze
schimmel heeft een groengrijze kleur en kan voorkomen op beschimmeld brood. Deze multi-
cellulaire schimmel komt in de natuur voor in de grond en op dood, organisch materiaal. A. niger is
ook een multi-cellulaire filamenteuze schimmel en staat bekend om zijn capabiliteit om op veel
soorten voedsel te groeien. Deze schimmel kan pneumonie in de luchtwegen veroorzaken, zeker bij
patiënten met een verzwakt immuunsysteem. Een recent onderzoek naar deze schimmel heeft
gekeken naar de rol van “Flb-eiwit” in de levenscyclus van de schimmel en het effect van inactivatie
van deze genen op fenotype en sporulatie (Chen et al., 2024). S. cerevisiae is een eencellige
schimmel die gebruikt wordt voor fermentatie. Zoals bijvoorbeeld bij het maken van brood of bier.
Het is een modelorganisme geworden dankzij zijn kleine eukaryotische genoom. In de natuur komt
deze schimmel voor op rijp fruit en op de bast van bomen. Ten slotte is er gekeken naar S.
commune. Deze multi-cellulaire schimmel komt in de natuur voor op omgevallen bomen. Deze
schimmel is de meest ver verspreide paddenstoel in de wereld. In het lab wordt S. commune vaak
gebruikt als modelorganisme voor paddenstoelontwikkeling en snelle seksuele generatietijd.
Hydrophobines zijn voor het eerst uit S. commune geïsoleerd.
5
