Samenvatting De Cel
Chapter 2 – Chemical components of cells
- Organische materialen: bevatten een C-atoom
- Anorganische materialen: bevatten geen C-atomen
- Macromoleculen: Eiwitten, nucleic acids en grote polysaccharide
- E. coli heeft 4000 verschillende soorten kleine organische moleculen
- Cellen bestaan uit 4 groepen (kleine organische moleculen): suikers, vetten, aminozuren en nucleotides
Suikers
- Suikers zijn monosacchariden met de algemene formule (CH2O)N
Stoffen gemaakt uit suikers noem je carbohydrates
- Elk suiker kan bestaan uit een L-vorm en D-vorm, dit noem je isomeren
Gespiegelde isomeren noem je optical isomeres
- Oligosaccharides bestaan uit 2 tot 10 monosaccharides
- Condensatie reactie: water wordt gevormd
- Hydrolyse reactie: water wordt gebruikt om iets kapot te maken
- Glucose wordt opgeslagen als glycogeen in dieren en als zetmeel in planten
- Voorbeelden van polysaccharides uit suikers: cellulose (celwand) en chitin (exoskelet dieren)
Vetzuren
- Amphipathic: hydrofobe en hydrofiele kant
- Saturated: geen dubbele bindingen (recht)
- Unsaturated: wel dubbele bindingen (Knik)
- Triacylglycerol: vetzuurstaart
- Lipiden zijn oplosbaar in vetten en onoplosbaar in water
- Lipid bilayer: de structuur die membranen vormt (samengesteld uit phospholipiden)
- Glycolipiden zijn phospholipiden maar dan met een suiker i.p.v. een fosfaatgroep
Aminozuren
- Alle aminozuren hebben een carboxylic en een amino groep aan een centraal C-atoom zitten
- De covalente binding tussen 2 aanliggende aminozuren in een eiwitketen noem je een
peptide binding
- N-terminus: uiteinde met aminogroep
- C-terminus: uiteinde met COOH-groep
- Cytosine, thymine en uracil hebben 1 ring dus zijn pyrimidine ringen
- Adenine en guanine hebben 2 ringen en zijn dus purines
- Een base + zijn suiker noem je een nucleoside
- Het kapot maken van phosphoanhybride bindingen leveren veel free energy op
- Nucleotide zijn de bouwstenen voor nucleic acids (verbonden met phosphodiester bindingen)
- Voor een eiwit van 200 aminozuren zijn er 20200 mogelijke combinaties
- Voor een DNA-molecuul van 10.000 nucleotide zijn er 410.000 mogelijke combinaties
- RNA: ribonucleic acid, AUCG
- DNA: deoxyribonucleic acid: ATCG
- De subunits zijn toegevoegd in een bepaalde volgorde, sequence
- Een noncovalente binding kan de interactie tussen 2 moleculen stabiliseren
Panel 2-4 t/m Panel 2-7
- Aldoses: hebben een H-C=O groep aan een uiteinde
- Ketoses: heben een C=O groep na het uiteinde van H2-C-OH
- A en B links: isomeren maar bij het ene molecuul zit de OH groep boven (B)
en bij de ander onder (A)
Chapter 3 – Energy, catalysis, and biosynthesis
,- De meeste reacties in de cel gebeuren bij hogere temperaturen. Dit gebeurt door enzymen die de
reactie katalyseren
- Catalysis is een voordeel, omdat dit de metabolisme kan controleren (overleven, groeien, reproduceren)
- Catabolism: breekt voedsel af tot kleinere moleculen à vormt energie en creëert
bouwstenen
- Anabolism/biosynthetic: gebruikt de energie om grotere moleculen te maken
- De eerste wet van thermodynamica: energie kan niet worden gemaakt of afgebroken,
het verplaatst zich alleen
- De tweede wet van thermodynamica: de mate van wanorde kan alleen maar toenemen
- Systems will change spontaneaously toward those arrangements that have the greatest probability
- De mate waarin een fout van het systeem wordt gemeten heet entropy
- Wanneer een cel een reactie uitvoert, gaat de warmte naar de omgeving van de cel, en dit verhoogt de
entropy
Fotosynthese
- Zonne-energie bereikt de levende wereld door fotosynthese,
elektromagnetische energie wordt omgezet in chemische bindingen energie in
een cel
- In de eerste stap wordt de energie van het zonlicht gevangen en bewaard in
activated carriers
- In de tweede stap The activated carriers worden gebruikt om een
carbonfixation process te starten, waarin suikers worden gemaakt van CO2 gas
Energie
- Oxidation: energy wordt uit voedselmoleculen gehaald
- Cell respiration: het proces waarin voedselmoleculen worden afgebroken om energie te
produceren
- Oxidation: Fe2+ à Fe3+ + e- àδ+
- Reduction: Fe3+ + e- à Fe2+ à δ-
- Polar covalente binding
- Activated carriers: kleine organische molecule die 1 of meerdere energierijke covalente bindingen
bevatten
- Coupled reaction: een energetische gunstige reactie wordt gebruikt
om een energetische ongunstige reactie aan te sturen
- Phosphorylation reactie: een reactie waar een fosfaat molecuul
betrokken is
- Condensatie reactie: A-OH + B=H à A-B + H2O
- Electron carriers: NADH en NADPH
Staan hydride ion (H-) af dus wordt NAD+ en NADP+
- FADH2 dragen ook hydrogen en High-energy elektronen
- Subunit = monomeer
- Condensatie reactie: polymeer wordt gevormd (water ontstaat
- Hydrolyse reactie: polymeer wordt afgebroken (water wordt gebruikt)
Chapter 4 – Protein structure and function
Functies:
- Enzymen: katalyseren van breuken of vorming van covalente bindingen
- Structurele eiwitten: bieden mechanische ondersteuning aan cellen en weefsels
- Transporteiwitten: vervoeren kleine moleculen of ionen
- Motoreiwitten: genereren beweging in cellen en weefsels
- Opslageiwitten: slaan aminozuren of ionen op
- Signaaleiwitten: dragen extracellulaire signalen van cel naar cel
- Receptoreiwitten: detecteren signalen en verzenden ze naar de respons van de cel
- Transcriptieregulatoren: binden aan DNA schakelen genen aan of uit
, - Speciale eiwitten: zeer variabel
- Eiwitmoleculen bestaan uit een lange keten van aminozuren die met peptide bindingen aan elkaar zitten
Hier komt de naam polypeptide vandaan
De volgorde van de aminozuren noem je de aminozuur sequence
- De polypeptide ruggengraad is gevormd door een herhaling van de kern atomen (-N-C-C-)
- Het begin van een peptide keten die aan het aminozuur gebonden zit noem je de N-terminus
- Het einde van een peptide keten die aan de carboxyl groep gebonden zit noem je de C-terminus
- Side chains: het gedeelte van het aminozuur dat niet betrokken is in de vorming van de peptide
bindingen
- a-helix en B-sheet ontstaan door waterstofbruggen tussen N=H en C=O groepen in
de polypeptide ruggengraad
- Primaire structuur: aminozuurvolgorde
- Secondaire structuur: a-helix en B-platen
- Tertiaire structuur: alles tussen de N-terminus en C-terminus
- Quaternaire structuur: meerdere polypeptide ketens aan elkaar
- Protein domains: organisatie unit: kunnen zelf vervormen, stabiele
structuur
- Binding site: de kant van een enzym wat interact met andere
enzymen
- Elke stof die is gebonden door een eiwit noem je een ligand
- Zwakke, noncovalente interactie: waterstofbruggen, electronis
attractions, Van der Waals bindingen en gunstig hydrofobische
krachten
- Enzymen binden aan 1 of meer ligands, genaamd substrates en zetten
ze over in chemische aangepaste producten
De enzymen zijn katalysatoren
Chapter 6 – DNA replication and repair
- DNA repair: DNA-schade wordt meteen gerepareerd
1. Het beschadigde DNA is geconstateerd en verwijderd
2. Een repair DNA polymerase bindt aan het stuk DNA en knipt
de DNA-strand
3. DNA ligase plakt het gat dicht
- Een mutatie in een germ-line cell worden doorgegeven aan alle cellen
in het lichaam van de multicellulair organisme dat hieruit ontwikkelen
Chapter 7 – From DNA to protein: How cells read the genome
- Eiwitten bepalen niet alleen de structuur van de cel maar ook de functie
- Central dogma: gen à transcriptie à RNA à translatie à eiwitten
- RNA splicing: intronen worden eruit geknipt
- De eerste stap van genexpressie is transcriptie, cellen lezen de instructies in hun genen
- DNA: de nucleotiden in DNA bevatten deoxyribose
- RNA: de nucleotiden in RNA zijn ribonucleotide; ze bevatten het suiker ribose
- RNA kan makkelijker vouwen dan DNA, aangezien DNA een dubbel helix is en RNA
bestaat uit 1 streng
- RNA polymerase katalyseert de formatie van de phosphodiester bindingen die de
nucleotide aan elkaar verbinden en een suikerfosfaat ruggengraad van de RNA streng
vormen
Leest af van 3’ naar 5’
Type of RNA Function
Chapter 2 – Chemical components of cells
- Organische materialen: bevatten een C-atoom
- Anorganische materialen: bevatten geen C-atomen
- Macromoleculen: Eiwitten, nucleic acids en grote polysaccharide
- E. coli heeft 4000 verschillende soorten kleine organische moleculen
- Cellen bestaan uit 4 groepen (kleine organische moleculen): suikers, vetten, aminozuren en nucleotides
Suikers
- Suikers zijn monosacchariden met de algemene formule (CH2O)N
Stoffen gemaakt uit suikers noem je carbohydrates
- Elk suiker kan bestaan uit een L-vorm en D-vorm, dit noem je isomeren
Gespiegelde isomeren noem je optical isomeres
- Oligosaccharides bestaan uit 2 tot 10 monosaccharides
- Condensatie reactie: water wordt gevormd
- Hydrolyse reactie: water wordt gebruikt om iets kapot te maken
- Glucose wordt opgeslagen als glycogeen in dieren en als zetmeel in planten
- Voorbeelden van polysaccharides uit suikers: cellulose (celwand) en chitin (exoskelet dieren)
Vetzuren
- Amphipathic: hydrofobe en hydrofiele kant
- Saturated: geen dubbele bindingen (recht)
- Unsaturated: wel dubbele bindingen (Knik)
- Triacylglycerol: vetzuurstaart
- Lipiden zijn oplosbaar in vetten en onoplosbaar in water
- Lipid bilayer: de structuur die membranen vormt (samengesteld uit phospholipiden)
- Glycolipiden zijn phospholipiden maar dan met een suiker i.p.v. een fosfaatgroep
Aminozuren
- Alle aminozuren hebben een carboxylic en een amino groep aan een centraal C-atoom zitten
- De covalente binding tussen 2 aanliggende aminozuren in een eiwitketen noem je een
peptide binding
- N-terminus: uiteinde met aminogroep
- C-terminus: uiteinde met COOH-groep
- Cytosine, thymine en uracil hebben 1 ring dus zijn pyrimidine ringen
- Adenine en guanine hebben 2 ringen en zijn dus purines
- Een base + zijn suiker noem je een nucleoside
- Het kapot maken van phosphoanhybride bindingen leveren veel free energy op
- Nucleotide zijn de bouwstenen voor nucleic acids (verbonden met phosphodiester bindingen)
- Voor een eiwit van 200 aminozuren zijn er 20200 mogelijke combinaties
- Voor een DNA-molecuul van 10.000 nucleotide zijn er 410.000 mogelijke combinaties
- RNA: ribonucleic acid, AUCG
- DNA: deoxyribonucleic acid: ATCG
- De subunits zijn toegevoegd in een bepaalde volgorde, sequence
- Een noncovalente binding kan de interactie tussen 2 moleculen stabiliseren
Panel 2-4 t/m Panel 2-7
- Aldoses: hebben een H-C=O groep aan een uiteinde
- Ketoses: heben een C=O groep na het uiteinde van H2-C-OH
- A en B links: isomeren maar bij het ene molecuul zit de OH groep boven (B)
en bij de ander onder (A)
Chapter 3 – Energy, catalysis, and biosynthesis
,- De meeste reacties in de cel gebeuren bij hogere temperaturen. Dit gebeurt door enzymen die de
reactie katalyseren
- Catalysis is een voordeel, omdat dit de metabolisme kan controleren (overleven, groeien, reproduceren)
- Catabolism: breekt voedsel af tot kleinere moleculen à vormt energie en creëert
bouwstenen
- Anabolism/biosynthetic: gebruikt de energie om grotere moleculen te maken
- De eerste wet van thermodynamica: energie kan niet worden gemaakt of afgebroken,
het verplaatst zich alleen
- De tweede wet van thermodynamica: de mate van wanorde kan alleen maar toenemen
- Systems will change spontaneaously toward those arrangements that have the greatest probability
- De mate waarin een fout van het systeem wordt gemeten heet entropy
- Wanneer een cel een reactie uitvoert, gaat de warmte naar de omgeving van de cel, en dit verhoogt de
entropy
Fotosynthese
- Zonne-energie bereikt de levende wereld door fotosynthese,
elektromagnetische energie wordt omgezet in chemische bindingen energie in
een cel
- In de eerste stap wordt de energie van het zonlicht gevangen en bewaard in
activated carriers
- In de tweede stap The activated carriers worden gebruikt om een
carbonfixation process te starten, waarin suikers worden gemaakt van CO2 gas
Energie
- Oxidation: energy wordt uit voedselmoleculen gehaald
- Cell respiration: het proces waarin voedselmoleculen worden afgebroken om energie te
produceren
- Oxidation: Fe2+ à Fe3+ + e- àδ+
- Reduction: Fe3+ + e- à Fe2+ à δ-
- Polar covalente binding
- Activated carriers: kleine organische molecule die 1 of meerdere energierijke covalente bindingen
bevatten
- Coupled reaction: een energetische gunstige reactie wordt gebruikt
om een energetische ongunstige reactie aan te sturen
- Phosphorylation reactie: een reactie waar een fosfaat molecuul
betrokken is
- Condensatie reactie: A-OH + B=H à A-B + H2O
- Electron carriers: NADH en NADPH
Staan hydride ion (H-) af dus wordt NAD+ en NADP+
- FADH2 dragen ook hydrogen en High-energy elektronen
- Subunit = monomeer
- Condensatie reactie: polymeer wordt gevormd (water ontstaat
- Hydrolyse reactie: polymeer wordt afgebroken (water wordt gebruikt)
Chapter 4 – Protein structure and function
Functies:
- Enzymen: katalyseren van breuken of vorming van covalente bindingen
- Structurele eiwitten: bieden mechanische ondersteuning aan cellen en weefsels
- Transporteiwitten: vervoeren kleine moleculen of ionen
- Motoreiwitten: genereren beweging in cellen en weefsels
- Opslageiwitten: slaan aminozuren of ionen op
- Signaaleiwitten: dragen extracellulaire signalen van cel naar cel
- Receptoreiwitten: detecteren signalen en verzenden ze naar de respons van de cel
- Transcriptieregulatoren: binden aan DNA schakelen genen aan of uit
, - Speciale eiwitten: zeer variabel
- Eiwitmoleculen bestaan uit een lange keten van aminozuren die met peptide bindingen aan elkaar zitten
Hier komt de naam polypeptide vandaan
De volgorde van de aminozuren noem je de aminozuur sequence
- De polypeptide ruggengraad is gevormd door een herhaling van de kern atomen (-N-C-C-)
- Het begin van een peptide keten die aan het aminozuur gebonden zit noem je de N-terminus
- Het einde van een peptide keten die aan de carboxyl groep gebonden zit noem je de C-terminus
- Side chains: het gedeelte van het aminozuur dat niet betrokken is in de vorming van de peptide
bindingen
- a-helix en B-sheet ontstaan door waterstofbruggen tussen N=H en C=O groepen in
de polypeptide ruggengraad
- Primaire structuur: aminozuurvolgorde
- Secondaire structuur: a-helix en B-platen
- Tertiaire structuur: alles tussen de N-terminus en C-terminus
- Quaternaire structuur: meerdere polypeptide ketens aan elkaar
- Protein domains: organisatie unit: kunnen zelf vervormen, stabiele
structuur
- Binding site: de kant van een enzym wat interact met andere
enzymen
- Elke stof die is gebonden door een eiwit noem je een ligand
- Zwakke, noncovalente interactie: waterstofbruggen, electronis
attractions, Van der Waals bindingen en gunstig hydrofobische
krachten
- Enzymen binden aan 1 of meer ligands, genaamd substrates en zetten
ze over in chemische aangepaste producten
De enzymen zijn katalysatoren
Chapter 6 – DNA replication and repair
- DNA repair: DNA-schade wordt meteen gerepareerd
1. Het beschadigde DNA is geconstateerd en verwijderd
2. Een repair DNA polymerase bindt aan het stuk DNA en knipt
de DNA-strand
3. DNA ligase plakt het gat dicht
- Een mutatie in een germ-line cell worden doorgegeven aan alle cellen
in het lichaam van de multicellulair organisme dat hieruit ontwikkelen
Chapter 7 – From DNA to protein: How cells read the genome
- Eiwitten bepalen niet alleen de structuur van de cel maar ook de functie
- Central dogma: gen à transcriptie à RNA à translatie à eiwitten
- RNA splicing: intronen worden eruit geknipt
- De eerste stap van genexpressie is transcriptie, cellen lezen de instructies in hun genen
- DNA: de nucleotiden in DNA bevatten deoxyribose
- RNA: de nucleotiden in RNA zijn ribonucleotide; ze bevatten het suiker ribose
- RNA kan makkelijker vouwen dan DNA, aangezien DNA een dubbel helix is en RNA
bestaat uit 1 streng
- RNA polymerase katalyseert de formatie van de phosphodiester bindingen die de
nucleotide aan elkaar verbinden en een suikerfosfaat ruggengraad van de RNA streng
vormen
Leest af van 3’ naar 5’
Type of RNA Function
