, REGULATIE VAN FE --> wnr dubbelstr-RNA afgebroken = COMPETING ENDOGENOUS
gn goed teken HISTON STAARTEN EN
OPNAME RNAs (“ miRNA sponzen) MODIFICATIES
--> w. afgebroken dr RNAi in
Fe = vb. v. trans-acting EW kleine stukjes = RNA’s met (vaak meerdere) miRNA > DNA opgewonden rond histonen met
--> Fe3+/2+ !!! cofactor voor --> Argonaute endoribonuclease bindingsplaatsen --> gaan in gemodificeerde staarten
enzymen --> mr toxisch bij hoge + andere EW binden hieraan competitie met mRNA vr de miRNA’s --> modificatie kan via:
conc. --> vorming RISC-complex • acetylatie (Lys) = !!!
--> regulatie gebeurt via: --> zal zelf enkelstrengig RNA Pseudogenen kunnen ook nog steeds --> DNA geacetyleerd? = open
> transferrine: receptor vr Fe afbreken (indien zelfde seq.) miRNA’s binden chromatine
absorptive uit dieet --> komt nt mr tot expressie --> dragen zo bij tot genexpressie (acetylatie zorgt vr verlies posit-
> ferritine: hol complex dat --> neemt miRNA weg van gewone ieve lading --> minder interactie tss
overmaat Fe kan stockeren + miRNA’S genen --> translatie w. nt meer histonen --> open chromatine)
kan toxiciteit voorkomen verhinderd --> verdwijnt acetylatie? =
> kleine RNA-molec. met !!! gecondenseerd chromatine
In mRNA van ferritine (5’UTR) & regulat.rol EPIGENETISCHE REGULATIE • methylatie (Lys en Arg)
transferrine (3’UTR) zitten iron > w. gezien als vorm van RNAi • fosforylatie (vnl Ser)
respons elementen > 1000-en miRNA in genoom > epigenetica = info die kan
--> worden gebonden dr IRE > reguleren 50% v. alle genen doorgegeven w. bij celdelingen, maar
> E zorgen vr modificaties
binding proteïn (IRE-BP) > 1 miRNA bindt 100’en genen nt in DNA-seq. vervat zit
> doorgegeven tss generaties cellen --> HAT’s (histon acyltransferases),
--> bij lage Fe-conc.: IRP bind Fe > bij zoogdieren: m. gebonden bij 3’
> werkt via epigenetische merktekens HDAC’s (deacetylases), KMT’s (lysine
waardr er een conformation- UTR methyltransferases),…
ele verandering plaatsvindt > verhinderen meestal translatie • op DNA = METHYLATIE
> modificaties gelezen dr histoncode
--> Fe komt los van IRE-BP & > verhogen ook afbraak v. mRNA’s • op histon staarten =
translatie gaat verder EW
> komen tot expressie als langer ACETYLATIE
--> hoge Fe-conc.: IRE-BP bindt > modificaties en varianten
RNA met kap & poly-A-staart --> merktekens zorgen vr veranderde
Fe en verhinderd translatie rekruteren andere EW die chromatine
--> dicer klieft hierop --> maakt chromatine staat, chromatine
structr. veranderen
stukjes dsRNA --> w. ssRNA remodeling en codensatiegraad
RNA INTERFERENCE (RNAi) --> actief miRNA gaat binden (is wel allemaal omkeerbaar, kunnen
= vorm regulatie v. genexpressie op target mRNA’s op 3’UTR gewist worden)
= natuurlijk verdegingsmech. > beïnvloeden genexpressie: bij dens
tegen: vb. 3 bindingsplaatsen chromatine --> promotor nt
> virussen PTEN vr miRNA 19 & 26 bereikbaar vr transcriptie
> controle v. transpositie = tumor suppresor gen: heeft in 3’
> afbraak RNA dr argonout UTR bindingsplaatsen vr 7 miRNA
--> vr sommige miRNA meerdere
bindingsplaatsen
, DNA METHYLATIE FIGUUR NON CODING RNA (ncRNA) & • herkenning mRNA dr hybridisatie
> DNA methyltransferase kan EPIGENETISCHE REGULATIE met ncRNA tijdens transcriptie
= typische methylatie in gen gen (RNA-RNA): gaat
CH3 toevoegen op bepaalde = RNA-molecule die nt w. vertaald nr
> gele cirkels = gemethyleerd hybridiseren op ander RNA
plaatsen in DNA: EW, maar heeft wel een functie
> open cirkels = nt gemethyleerd tijdens transcriptie (nog vr
(is altijd op 2 strengen & vlak
> gene body = coderend stuk splicing) --> trans-effect
bij elkaar) > vnl lange ncRNA (lnc RNA) betrokken
• Cytosine = 5-meC bij epi-genetische regulatie
--> methylatie CpG-eiland? • herkenning van specifieke DNA
• CG seq. = CpG --> van groene put nr rode put --> rekruteren cromatine seq. dr ncRNA via 3D structuur
--> veel genen CpG eilanden --> daarna helemaal onderdrukt modificerende EW nr specifieke (surface recoginiton): lcRNA
(=clusters v. Cpg seq.) in plaatsen --> gaat op DNA zitten --> heeft 3D struct. dr interne bp
buurt promotor DNA gaat compact of losser w.
DNA METHYLATIE TIJDENS --> kunnen hierdr bep.seq.
> zowel cis- als trans-acting herkennen
> methyl CpG bindende EW ONTWIKKELING
> aanbrengen van epigenetische
binden 5-meC: na binding > in kiemlijn veel methylatie signalen dr ncRNA: • herkenning v. ncRNA dr A tijdens
recruteren ze andere EW, die verwijderd (mr nt alles) • hybridisatie tijdens geopende transcriptie v. ncRNA,
DNA compacteren > spermacel & eicel brengen elk hun DNA helix (RNA-ssDNA): aanbrengen v. signalen op
eigen methylatie patroon aan I. ncRNA komt tot expressie plaats van ncRNA (local action,
> hemi-methylatie DNA --> bij bevruchting: uitwisseling dr RNA pol co-transscriptional)
methyltransferase 1 (DNMT1) methylatie II. kan diffunderen in cel =
zit aan replicatievork & > bij embryonale ontw. krijgt transacting mechanisme
kopieert bestaande methyl- --> !!! EX: lncRNA!!!, 5 manieren,
organisme eigen methylatie patroon III. vindt complementaire seq.
atie op nieuwe streng werkt samen met CMC
IV. gaat hierop hybridiseren
> DNMT3A & 3B zijn de novo Epigenetica op 2 momenten (helix moet hiervoor open zijn)
methyltransferases: rol bij GENOMISCHE IMPRINTING
uitgewist: tijdens vorming V. w. hierna herkent dr RNA
epigenetische herprogramm- kiemlijncellen & na bevruchting(bij binding protein (RBP) = genetisch dat bij erfelijke
ering vorming blastocyst!! VI. nadien dr adaptor protein ziekten !!! kan zijn
(A) & chromatine modifying = in expressie tss paternale &
protein complex (CMC) maternale allelen
VII. zorgt vr epigenetisch signal --> imprenten v. genen: komen vaak
(methyl, acetyl,…) vr. in clusters ( meerdere genen
• triple helix hybridisatie (RNA- tegelijk)
dsDNA): idem hierboven maar op (inactivatie v. transcriptie)
dsDNA --> tss man & vrouw
--> triple helix: dsDNA + ncRNA
gn goed teken HISTON STAARTEN EN
OPNAME RNAs (“ miRNA sponzen) MODIFICATIES
--> w. afgebroken dr RNAi in
Fe = vb. v. trans-acting EW kleine stukjes = RNA’s met (vaak meerdere) miRNA > DNA opgewonden rond histonen met
--> Fe3+/2+ !!! cofactor voor --> Argonaute endoribonuclease bindingsplaatsen --> gaan in gemodificeerde staarten
enzymen --> mr toxisch bij hoge + andere EW binden hieraan competitie met mRNA vr de miRNA’s --> modificatie kan via:
conc. --> vorming RISC-complex • acetylatie (Lys) = !!!
--> regulatie gebeurt via: --> zal zelf enkelstrengig RNA Pseudogenen kunnen ook nog steeds --> DNA geacetyleerd? = open
> transferrine: receptor vr Fe afbreken (indien zelfde seq.) miRNA’s binden chromatine
absorptive uit dieet --> komt nt mr tot expressie --> dragen zo bij tot genexpressie (acetylatie zorgt vr verlies posit-
> ferritine: hol complex dat --> neemt miRNA weg van gewone ieve lading --> minder interactie tss
overmaat Fe kan stockeren + miRNA’S genen --> translatie w. nt meer histonen --> open chromatine)
kan toxiciteit voorkomen verhinderd --> verdwijnt acetylatie? =
> kleine RNA-molec. met !!! gecondenseerd chromatine
In mRNA van ferritine (5’UTR) & regulat.rol EPIGENETISCHE REGULATIE • methylatie (Lys en Arg)
transferrine (3’UTR) zitten iron > w. gezien als vorm van RNAi • fosforylatie (vnl Ser)
respons elementen > 1000-en miRNA in genoom > epigenetica = info die kan
--> worden gebonden dr IRE > reguleren 50% v. alle genen doorgegeven w. bij celdelingen, maar
> E zorgen vr modificaties
binding proteïn (IRE-BP) > 1 miRNA bindt 100’en genen nt in DNA-seq. vervat zit
> doorgegeven tss generaties cellen --> HAT’s (histon acyltransferases),
--> bij lage Fe-conc.: IRP bind Fe > bij zoogdieren: m. gebonden bij 3’
> werkt via epigenetische merktekens HDAC’s (deacetylases), KMT’s (lysine
waardr er een conformation- UTR methyltransferases),…
ele verandering plaatsvindt > verhinderen meestal translatie • op DNA = METHYLATIE
> modificaties gelezen dr histoncode
--> Fe komt los van IRE-BP & > verhogen ook afbraak v. mRNA’s • op histon staarten =
translatie gaat verder EW
> komen tot expressie als langer ACETYLATIE
--> hoge Fe-conc.: IRE-BP bindt > modificaties en varianten
RNA met kap & poly-A-staart --> merktekens zorgen vr veranderde
Fe en verhinderd translatie rekruteren andere EW die chromatine
--> dicer klieft hierop --> maakt chromatine staat, chromatine
structr. veranderen
stukjes dsRNA --> w. ssRNA remodeling en codensatiegraad
RNA INTERFERENCE (RNAi) --> actief miRNA gaat binden (is wel allemaal omkeerbaar, kunnen
= vorm regulatie v. genexpressie op target mRNA’s op 3’UTR gewist worden)
= natuurlijk verdegingsmech. > beïnvloeden genexpressie: bij dens
tegen: vb. 3 bindingsplaatsen chromatine --> promotor nt
> virussen PTEN vr miRNA 19 & 26 bereikbaar vr transcriptie
> controle v. transpositie = tumor suppresor gen: heeft in 3’
> afbraak RNA dr argonout UTR bindingsplaatsen vr 7 miRNA
--> vr sommige miRNA meerdere
bindingsplaatsen
, DNA METHYLATIE FIGUUR NON CODING RNA (ncRNA) & • herkenning mRNA dr hybridisatie
> DNA methyltransferase kan EPIGENETISCHE REGULATIE met ncRNA tijdens transcriptie
= typische methylatie in gen gen (RNA-RNA): gaat
CH3 toevoegen op bepaalde = RNA-molecule die nt w. vertaald nr
> gele cirkels = gemethyleerd hybridiseren op ander RNA
plaatsen in DNA: EW, maar heeft wel een functie
> open cirkels = nt gemethyleerd tijdens transcriptie (nog vr
(is altijd op 2 strengen & vlak
> gene body = coderend stuk splicing) --> trans-effect
bij elkaar) > vnl lange ncRNA (lnc RNA) betrokken
• Cytosine = 5-meC bij epi-genetische regulatie
--> methylatie CpG-eiland? • herkenning van specifieke DNA
• CG seq. = CpG --> van groene put nr rode put --> rekruteren cromatine seq. dr ncRNA via 3D structuur
--> veel genen CpG eilanden --> daarna helemaal onderdrukt modificerende EW nr specifieke (surface recoginiton): lcRNA
(=clusters v. Cpg seq.) in plaatsen --> gaat op DNA zitten --> heeft 3D struct. dr interne bp
buurt promotor DNA gaat compact of losser w.
DNA METHYLATIE TIJDENS --> kunnen hierdr bep.seq.
> zowel cis- als trans-acting herkennen
> methyl CpG bindende EW ONTWIKKELING
> aanbrengen van epigenetische
binden 5-meC: na binding > in kiemlijn veel methylatie signalen dr ncRNA: • herkenning v. ncRNA dr A tijdens
recruteren ze andere EW, die verwijderd (mr nt alles) • hybridisatie tijdens geopende transcriptie v. ncRNA,
DNA compacteren > spermacel & eicel brengen elk hun DNA helix (RNA-ssDNA): aanbrengen v. signalen op
eigen methylatie patroon aan I. ncRNA komt tot expressie plaats van ncRNA (local action,
> hemi-methylatie DNA --> bij bevruchting: uitwisseling dr RNA pol co-transscriptional)
methyltransferase 1 (DNMT1) methylatie II. kan diffunderen in cel =
zit aan replicatievork & > bij embryonale ontw. krijgt transacting mechanisme
kopieert bestaande methyl- --> !!! EX: lncRNA!!!, 5 manieren,
organisme eigen methylatie patroon III. vindt complementaire seq.
atie op nieuwe streng werkt samen met CMC
IV. gaat hierop hybridiseren
> DNMT3A & 3B zijn de novo Epigenetica op 2 momenten (helix moet hiervoor open zijn)
methyltransferases: rol bij GENOMISCHE IMPRINTING
uitgewist: tijdens vorming V. w. hierna herkent dr RNA
epigenetische herprogramm- kiemlijncellen & na bevruchting(bij binding protein (RBP) = genetisch dat bij erfelijke
ering vorming blastocyst!! VI. nadien dr adaptor protein ziekten !!! kan zijn
(A) & chromatine modifying = in expressie tss paternale &
protein complex (CMC) maternale allelen
VII. zorgt vr epigenetisch signal --> imprenten v. genen: komen vaak
(methyl, acetyl,…) vr. in clusters ( meerdere genen
• triple helix hybridisatie (RNA- tegelijk)
dsDNA): idem hierboven maar op (inactivatie v. transcriptie)
dsDNA --> tss man & vrouw
--> triple helix: dsDNA + ncRNA
