2de Bach. BMW Enzymologie
Door Zeno De Paus
,Zeno De Paus Enzymologie 2de Bach. BMW
Inhoudsopgave
Hoofdstuk 1: De enzymatische katalyse ..................................................................................................................................4
De rol van enzymen ............................................................................................................................................................................4
Herhaling van de thermodynamica .............................................................................................................................................4
Herhaling van de chemische reactiesnelheden ......................................................................................................................6
Transitiestaat en het effect van katalyse ...................................................................................................................................7
Hoe enzymen werken als katalysator ...................................................................................................................................... 10
Soorten substraat-enzymbindingen (SE-bindingen) .................................................................................................. 11
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 12
Hoofdstuk 2: Enzymkinetiek .................................................................................................................................................... 13
Het tijdsverloop van de enzymatische reactie ..................................................................................................................... 13
Effect van de enzymconcentratie op de enzymkinetiek .................................................................................................. 14
Effect van de substraatconcentratie op de enzymkinetiek ............................................................................................ 14
Effect van de productconcentratie op de enzymkinetiek ............................................................................................... 17
De enzymatische evenwichtsreactie ........................................................................................................................................ 18
Enzymatische reactie met meerdere substraten ................................................................................................................ 18
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 19
Hoofdstuk 3: Inhibitie en activatie ......................................................................................................................................... 20
Inhibitoren ........................................................................................................................................................................................... 20
Reversibele inhibitoren ............................................................................................................................................................ 20
Irreversibele inhibitoren ......................................................................................................................................................... 25
Nagaan van inhibitor efficiëntie ................................................................................................................................................. 26
Activatoren van enzymatische reacties .................................................................................................................................. 27
Activatoren: niet-essentiële activatie ................................................................................................................................. 27
Activatoren: essentiële activatie ........................................................................................................................................... 28
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 29
Hoofdstuk 4: Effect van de zuurtegraad en de temperatuur op de enzymatische reactie .................................. 30
Effect van de pH op de enzymatische reactie ....................................................................................................................... 30
Het model van Waley ................................................................................................................................................................. 30
Effect van de temperatuur op de enzymatische reactie ............................................................................................. 30
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 31
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,Zeno De Paus Enzymologie 2de Bach. BMW
Hoofdstuk 5: Mechanisme van katalyse ............................................................................................................................... 31
Indeling enzymen ............................................................................................................................................................................. 31
Co-enzymes, vitamines en metalen .......................................................................................................................................... 33
Katalytische strategieën ................................................................................................................................................................ 34
Katalytische strategieën: effect van nabijheid en oriëntatie .................................................................................... 34
Katalytische strategieën: zuur-base katalyse.................................................................................................................. 34
Katalytische strategieën: covalente katalyse .................................................................................................................. 35
Katalytische strategieën van niet-Serine [Ser, S] proteasen ..................................................................................... 35
Katalytische strategieën: metaalkatalyse ......................................................................................................................... 36
Katalytische strategieën: effect van structurele spanning ........................................................................................ 36
Oplossing examenvraag ............................................................................................................................................................ 36
Hoofdstuk 6: Regulatie van enzymen .................................................................................................................................... 37
Substraat niveau controle ............................................................................................................................................................. 37
Regulatie door effectoren.............................................................................................................................................................. 37
Modellen voor allosterie .......................................................................................................................................................... 40
Regulatie door covalente modificatie ...................................................................................................................................... 41
Proteolytische afbraak ................................................................................................................................................................... 43
Iso-enzymen ....................................................................................................................................................................................... 43
Regulatie van enzymhoeveelheid .............................................................................................................................................. 44
Overzicht: regulatie van enzymen ............................................................................................................................................. 44
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 45
Hoofdstuk 7: Signaaltransductie............................................................................................................................................. 46
Inleiding ................................................................................................................................................................................................ 46
Het signaal ........................................................................................................................................................................................... 46
Heterotrimere G-proteïnen .......................................................................................................................................................... 47
Signaaltransductie door DAG/IP3 en Ca2+ second messengers ................................................................................... 48
Tyrosine kinase gebaseerde signalisatie ................................................................................................................................ 49
Insuline signalisatie ................................................................................................................................................................... 50
Epidermal Growth Factor (EGF) signalisatie .................................................................................................................. 50
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 51
Hoofdstuk 8: basisconcepten en structuur van het metabolisme ............................................................................... 52
Overzicht van het metabolisme .................................................................................................................................................. 52
Energie transfer................................................................................................................................................................................. 53
Terugkerende motieven ................................................................................................................................................................. 54
Geactiveerde carriers ................................................................................................................................................................ 54
Sleutelreacties in het metabolisme ..................................................................................................................................... 54
De principiële manieren voor de regulatie van metabole processen ................................................................... 55
De energiestatus .......................................................................................................................................................................... 55
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 56
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Inhoudsopgave
Hoofdstuk 1: De enzymatische katalyse ..................................................................................................................................4
De rol van enzymen ............................................................................................................................................................................4
Herhaling van de thermodynamica .............................................................................................................................................4
Herhaling van de chemische reactiesnelheden ......................................................................................................................6
Transitiestaat en het effect van katalyse ...................................................................................................................................7
Hoe enzymen werken als katalysator ...................................................................................................................................... 10
Soorten substraat-enzymbindingen (SE-bindingen) .................................................................................................. 11
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 12
Hoofdstuk 2: Enzymkinetiek .................................................................................................................................................... 13
Het tijdsverloop van de enzymatische reactie ..................................................................................................................... 13
Effect van de enzymconcentratie op de enzymkinetiek .................................................................................................. 14
Effect van de substraatconcentratie op de enzymkinetiek ............................................................................................ 14
Effect van de productconcentratie op de enzymkinetiek ............................................................................................... 17
De enzymatische evenwichtsreactie ........................................................................................................................................ 18
Enzymatische reactie met meerdere substraten ................................................................................................................ 18
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 19
Hoofdstuk 3: Inhibitie en activatie ......................................................................................................................................... 20
Inhibitoren ........................................................................................................................................................................................... 20
Reversibele inhibitoren ............................................................................................................................................................ 20
Irreversibele inhibitoren ......................................................................................................................................................... 25
Nagaan van inhibitor efficiëntie ................................................................................................................................................. 26
Activatoren van enzymatische reacties .................................................................................................................................. 27
Activatoren: niet-essentiële activatie ................................................................................................................................. 27
Activatoren: essentiële activatie ........................................................................................................................................... 28
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 29
Hoofdstuk 4: Effect van de zuurtegraad en de temperatuur op de enzymatische reactie .................................. 30
Effect van de pH op de enzymatische reactie ....................................................................................................................... 30
Het model van Waley ................................................................................................................................................................. 30
Effect van de temperatuur op de enzymatische reactie ............................................................................................. 30
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 31
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Hoofdstuk 5: Mechanisme van katalyse ............................................................................................................................... 31
Indeling enzymen ............................................................................................................................................................................. 31
Co-enzymes, vitamines en metalen .......................................................................................................................................... 33
Katalytische strategieën ................................................................................................................................................................ 34
Katalytische strategieën: effect van nabijheid en oriëntatie .................................................................................... 34
Katalytische strategieën: zuur-base katalyse.................................................................................................................. 34
Katalytische strategieën: covalente katalyse .................................................................................................................. 35
Katalytische strategieën van niet-Serine [Ser, S] proteasen ..................................................................................... 35
Katalytische strategieën: metaalkatalyse ......................................................................................................................... 36
Katalytische strategieën: effect van structurele spanning ........................................................................................ 36
Oplossing examenvraag ............................................................................................................................................................ 36
Hoofdstuk 6: Regulatie van enzymen .................................................................................................................................... 37
Substraat niveau controle ............................................................................................................................................................. 37
Regulatie door effectoren.............................................................................................................................................................. 37
Modellen voor allosterie .......................................................................................................................................................... 40
Regulatie door covalente modificatie ...................................................................................................................................... 41
Proteolytische afbraak ................................................................................................................................................................... 43
Iso-enzymen ....................................................................................................................................................................................... 43
Regulatie van enzymhoeveelheid .............................................................................................................................................. 44
Overzicht: regulatie van enzymen ............................................................................................................................................. 44
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 45
Hoofdstuk 7: Signaaltransductie............................................................................................................................................. 46
Inleiding ................................................................................................................................................................................................ 46
Het signaal ........................................................................................................................................................................................... 46
Heterotrimere G-proteïnen .......................................................................................................................................................... 47
Signaaltransductie door DAG/IP3 en Ca2+ second messengers ................................................................................... 48
Tyrosine kinase gebaseerde signalisatie ................................................................................................................................ 49
Insuline signalisatie ................................................................................................................................................................... 50
Epidermal Growth Factor (EGF) signalisatie .................................................................................................................. 50
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 51
Hoofdstuk 8: basisconcepten en structuur van het metabolisme ............................................................................... 52
Overzicht van het metabolisme .................................................................................................................................................. 52
Energie transfer................................................................................................................................................................................. 53
Terugkerende motieven ................................................................................................................................................................. 54
Geactiveerde carriers ................................................................................................................................................................ 54
Sleutelreacties in het metabolisme ..................................................................................................................................... 54
De principiële manieren voor de regulatie van metabole processen ................................................................... 55
De energiestatus .......................................................................................................................................................................... 55
Oplossing examenvraag ................................................................................................................................................................. 56
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