Brittheijmans
Mijn samenvattingen bevatten altijd kleurtjes om de belangrijke begrippen aan te duiden en verder gebruik ik veel figuren om zaken uit te leggen. Heb je echter toch nog vragen, dan kan je altijd contact met met opnemen. Ik heb eerst 3 jaar biologie gestudeerd en ben nu bezig met een master om zowel arts als klinisch onderzoeker te worden.
- 305
- 0
- 15
Community
- Followers
- Following
533 Reviews received
203 items
Systeembiologie deeltoets 1
Dit zijn alle samenvattingen van de inhoudelijke hoorcolleges. Verder zitten er ook samenvattingen van kennisclips en DWO opgaven in deze bundel en als ik tijd heb, voeg ik de extra info uit de reader nog toe. Succes met leren!
- Package deal
- • 14 items •
- HCO inleiding bio-informatica • Summary
- HCO biologie als een datawetenschap • Summary
- HCO praten tegen computers • Summary
- Kennisclip afstand tussen vectoren • Summary
- Kennisclip file formats • Summary
- And more ….
Dit zijn alle samenvattingen van de inhoudelijke hoorcolleges. Verder zitten er ook samenvattingen van kennisclips en DWO opgaven in deze bundel en als ik tijd heb, voeg ik de extra info uit de reader nog toe. Succes met leren!
DWO opgaven kansberekening
Dit is een uitwerking van de DWO opgaven over kansberekening die deel uitmaken van systeembiologie. Hierin wordt per opgave uitgelegd waarom het bijbehorende antwoord klopt.
- Package deal
- Summary
- • 2 pages •
Dit is een uitwerking van de DWO opgaven over kansberekening die deel uitmaken van systeembiologie. Hierin wordt per opgave uitgelegd waarom het bijbehorende antwoord klopt.
HCO permutatie statistieken
Dit is een samenvatting van het onderwerp permutatie statistieken. De volgende begrippen komen aan bod: statistiek, data permutatie, score, P-waarde, E-waarde etc.
- Package deal
- Summary
- • 3 pages •
Dit is een samenvatting van het onderwerp permutatie statistieken. De volgende begrippen komen aan bod: statistiek, data permutatie, score, P-waarde, E-waarde etc.
HCO fylogenetische interferentie
Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...
- Package deal
- Summary
- • 9 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...
HCO heuristic searches
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, database, RAM, k-mer, transcriptomics, metagenomics, index search, natural sequence diverge, BLAST, HSP, BLAST input, BLAST output, alignment output, tabular output, bitscore, blastn, megablast, disco...
- Package deal
- Summary
- • 7 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, database, RAM, k-mer, transcriptomics, metagenomics, index search, natural sequence diverge, BLAST, HSP, BLAST input, BLAST output, alignment output, tabular output, bitscore, blastn, megablast, disco...
HCO algoritmes voor sequentie alignments
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...
- Package deal
- Summary
- • 7 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...
HCO kwantificeren van sequentie similarity
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.
- Package deal
- Summary
- • 5 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.
HCO conservatie
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity region, microstaellite, short tandem repeat, STR, similarity, analoog, homoloog, orthology conjecture, ortholoog, paraloog, mate van conservatie, wobble base, synonieme mutatie, nonsense, missense, eiw...
- Package deal
- Summary
- • 6 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity region, microstaellite, short tandem repeat, STR, similarity, analoog, homoloog, orthology conjecture, ortholoog, paraloog, mate van conservatie, wobble base, synonieme mutatie, nonsense, missense, eiw...
HCO fylogenetische bomen
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 4 uit de reader: fylogenetische bomen. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fylogenie, fylogenetische bomen, tips, nodes, root, moleculaire klok, evolutionaire afstand, topologie, branch support, parsimonie, ortholoog, paraloog, homoloog, evolutie, rule of thumb, HGT, conservatie, gene loss, tree of life etc.
- Package deal
- Summary
- • 5 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 4 uit de reader: fylogenetische bomen. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fylogenie, fylogenetische bomen, tips, nodes, root, moleculaire klok, evolutionaire afstand, topologie, branch support, parsimonie, ortholoog, paraloog, homoloog, evolutie, rule of thumb, HGT, conservatie, gene loss, tree of life etc.
HCO dimensies in data
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, microbioom, assen PCA, clusters, bi-clustered heatmap, clusters maken, cladogram, average linkage, single linkage, clustervorm, chaining behavior, clumping behavior, intermediate behavior, bracket-nota...
- Package deal
- Summary
- • 5 pages •
Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 3 uit de reader: dimensies in data. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heatmap, weefselexpressie, expressiepatroon, vector, magnitude, distance matrix, data visualiseren, principale componenten, PC, PCA, co-expressie, microbioom, assen PCA, clusters, bi-clustered heatmap, clusters maken, cladogram, average linkage, single linkage, clustervorm, chaining behavior, clumping behavior, intermediate behavior, bracket-nota...
Primair artikel 4, hersen organoids
Primair artikel 5, genen corticale malformatie
Primair artikel 1, SHANK3 mutaties
Primair artikel 8, myeline
Primair artikel 7, Parkinson