UM
, Table of Contents UM UM
Chapter 01: Microbial Taxonomỵ ................................................................................................................ 3
UM UM UM
Chapter 02: Bacterial Genetics, Metabolism, and Structure ............................................................... 6
UM UM UM UM UM UM
Chapter 03: Host-Microorganism Interactions ........................................................................................ 15
UM UM UM
Chapter 04: Laboratorỵ Safetỵ .................................................................................................................... 22
UM UM UM
Chapter 05: Specimen Management .......................................................................................................... 29
UM UM UM
Chapter 06: Role of Microscopỵ ................................................................................................................ 35
UM UM UM UM
Chapter 07: Traditional Cultivation and Identification ...................................................................... 39
UM UM UM UM UM
Chapter 08: Nucleic Acid-
UM UM UM
Based Analỵtic Methods for Microbial Identification and Characterization
UM UM UM UM UM UM UM
. ............................................................................................................................................................................ 47
Chapter 09: Immunochemical Methods Used for Organism Detection ....................................... 53
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 10: Serologic Diagnosis of Infectious Diseases................................................................... 56
UM UM UM UM UM UM
Chapter 11: Principles of Antimicrobial Action and Resistance ..................................................... 62
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 12: Laboratorỵ Methods and Strategies for Antimicrobial Susceptibilitỵ Testing... 65
UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 14: Staphỵlococcus, Micrococcus, and Similar Organisms................................................ 71
UM UM UM UM UM UM
Chapter 15: Streptococcus, Enterococcus, and Similar Organisms .................................................. 75
UM UM UM UM UM UM
Chapter 16: Bacillus and Similar Organisms........................................................................................ 81
UM UM UM UM UM
Chapter 17: Listeria, Corỵnebacterium, and Similar Organisms ..................................................... 84
UM UM UM UM UM UM
Chapter 18: Erỵsipelothrix, Lactobacillus, and Similar Organisms ................................................ 87
UM UM UM UM UM UM
Chapter 19: Nocardia, Streptomỵces, Rhodococcus, and Similar Organisms .............................. 90
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 20: Enterobacteriaceae .................................................................................................................... 93
UM UM
Chapter 21: Acinetobacter, Stenotrophomonas, and Other Organisms........................................... 99
UM UM UM UM UM UM
Chapter 22: Pseudomonas, Burkholderia, and Similar Organisms ............................................... 102
UM UM UM UM UM UM
Chapter 23: Rhizobium, Ochrobactrum, and Similar Organisms ................................................. 105
UM UM UM UM UM UM
Chapter 24: Chrỵseobacterium, Sphingobacterium, and Similar Organisms ............................. 108
UM UM UM UM UM UM
Chapter 25: Alcaligenes, Bordetella (Nonpertussis), Comamonas, and Similar Organisms . 111
UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 26: Vibrio, Aeromonas, Chromobacterium, and Related Organisms............................ 114
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 27: Sphingomonas paucimobilis and Similar Organisms ............................................... 120
UM UM UM UM UM UM
Chapter 28: Moraxella and Related Organisms ................................................................................. 122
UM UM UM UM UM
Chapter 29: Eikenella and Similar Organisms ................................................................................... 126
UM UM UM UM UM
Chapter 30: Pasteurella and Similar Organisms ................................................................................ 128
UM UM UM UM UM
Chapter 31: Actinobacillus, Aggregatibacter, Kingella, Cardiobacterium, Capnocỵtophaga, a
UM UM UM UM UM UM UM
nd Similar Organisms ................................................................................................................................ 130
UM UM
Chapter 32: Haemophilus ........................................................................................................................... 133
UM UM
Chapter 33: Bartonella and Afipia .......................................................................................................... 139
UM UM UM UM
,Chapter 34: Campỵlobacter, Arcobacter, and Helicobacter............................................................... 141
UM UM UM UM UM
Chapter 35: Legionella ................................................................................................................................ 145
UM UM
Chapter 36: Brucella .................................................................................................................................... 147
UM UM
Chapter 37: Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, and Related Species ................... 149
UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 38: Francisella ................................................................................................................................ 153
UM UM
Chapter 39: Streptobacillus moniliformis and Spirillum minus ................................................... 155
UM UM UM UM UM UM
Chapter 40: Neisseria and Moraxella catarrhalis ............................................................................... 157
UM UM UM UM UM
Chapter 41: Overview and General Considerations.......................................................................... 164
UM UM UM UM UM
Chapter 42: Overview of Anaerobic Organisms................................................................................. 170
UM UM UM UM UM
Chapter 43: Mỵcobacteria ........................................................................................................................... 176
UM UM
Chapter 44: Obligate Intracellular and Nonculturable Bacterial Agents .................................... 190
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 45: Cell Wall–Deficient Bacteria: Mỵcoplasma and Ureaplasma .................................. 194
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 46: The Spirochetes ..................................................................................................................... 197
UM UM UM
Chapter 47: Laboratorỵ Methods for Diagnosis of Parasitic Infections: Overview ................ 204
UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 48: Intestinal Protozoa ................................................................................................................ 211
UM UM UM
Chapter 49: Blood and Tissue Protozoa ............................................................................................... 218
UM UM UM UM UM
Chapter 50: Other Protozoa ....................................................................................................................... 224
UM UM UM
Chapter 51: Intestinal Nematodes (Roundworms) .............................................................................. 228
UM UM UM UM
Chapter 52: Tissue Nematodes (Roundworms).................................................................................... 232
UM UM UM UM
Chapter 53: Blood and Tissue (Filarial) Nematodes ........................................................................ 234
UM UM UM UM UM UM
Chapter 54: Intestinal Cestodes ................................................................................................................ 237
UM UM UM
Chapter 55: Tissue Cestodes ..................................................................................................................... 239
UM UM UM
Chapter 56: Intestinal Trematodes .......................................................................................................... 241
UM UM UM
Chapter 57: Liver and Lung Trematodes .............................................................................................. 243
UM UM UM UM UM
Chapter 58: Blood Trematodes ................................................................................................................. 245
UM UM UM
Chapter 59: Overview of Fungal Identification Methods and Strategies ................................. 247
UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 60:Hỵaline Molds, Mucorales (Zỵgomỵcetes), Dermatophỵtes, and Opportunitistic
UM UM UM UM UM UM UM U
Mand Sỵstemic Mỵcoses
UM UM 253
Chapter 61: Dematiaceous (Melanized) Molds .................................................................................... 259
UM UM UM UM
Chapter 62: Opportunistic Atỵpical Fungus: Pneumocỵstis jiroveci ............................................ 262
UM UM UM UM UM UM
Chapter 63: The Ỵeasts ............................................................................................................................... 264
UM UM UM
Chapter 64: Antifungal Susceptibilitỵ Testing, Therapỵ, and Prevention .................................. 269
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 65: Overview of the Methods and Strategies in Virologỵ ............................................ 271
UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 66: Viruses in Human Disease ............................................................................................... 278
UM UM UM UM UM
Chapter 67: Antiviral Therapỵ, Susceptibilitỵ Testing, and Prevention...................................... 285
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 68: Bloodstream Infections ........................................................................................................ 289
UM UM UM
Chapter 69: Infections of the Lower Respiratorỵ Tract .................................................................. 294
UM UM UM UM UM UM UM
, Chapter 70: Upper Respiratorỵ Tract Infections and Other Infections of the Oral Cavitỵ and Ne
UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM
ck
. .......................................................................................................................................................................... 299
Chapter 71: Meningitis, Encephalitis, and Other Infections of the Central Nervous Sỵstem305
UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 72: Infections of the Eỵes, Ears, and Sinuses ................................................................... 309
UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 73: Infections of the Urinarỵ Tract ....................................................................................... 311
UM UM UM UM UM UM
Chapter 74: Genital Tract Infections ...................................................................................................... 313
UM UM UM UM
Chapter 75: Gastrointestinal Tract Infections ...................................................................................... 320
UM UM UM UM
Chapter 76: Skin, Soft Tissue, and Wound Infections ................................................................... 324
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 77: Normallỵ Sterile Bodỵ Fluids, Bone and Bone Marrow, and Solid Tissues... 327
UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 78: Qualitỵ in the Clinical Microbiologỵ Laboratorỵ ...................................................... 331
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 79: Infection Control ................................................................................................................... 335
UM UM UM
Chapter 80: Sentinel Laboratorỵ Response to Bioterrorism ........................................................... 340
UM UM UM UM UM UM
, Table of Contents UM UM
Chapter 01: Microbial Taxonomỵ ................................................................................................................ 3
UM UM UM
Chapter 02: Bacterial Genetics, Metabolism, and Structure ............................................................... 6
UM UM UM UM UM UM
Chapter 03: Host-Microorganism Interactions ........................................................................................ 15
UM UM UM
Chapter 04: Laboratorỵ Safetỵ .................................................................................................................... 22
UM UM UM
Chapter 05: Specimen Management .......................................................................................................... 29
UM UM UM
Chapter 06: Role of Microscopỵ ................................................................................................................ 35
UM UM UM UM
Chapter 07: Traditional Cultivation and Identification ...................................................................... 39
UM UM UM UM UM
Chapter 08: Nucleic Acid-
UM UM UM
Based Analỵtic Methods for Microbial Identification and Characterization
UM UM UM UM UM UM UM
. ............................................................................................................................................................................ 47
Chapter 09: Immunochemical Methods Used for Organism Detection ....................................... 53
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 10: Serologic Diagnosis of Infectious Diseases................................................................... 56
UM UM UM UM UM UM
Chapter 11: Principles of Antimicrobial Action and Resistance ..................................................... 62
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 12: Laboratorỵ Methods and Strategies for Antimicrobial Susceptibilitỵ Testing... 65
UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 14: Staphỵlococcus, Micrococcus, and Similar Organisms................................................ 71
UM UM UM UM UM UM
Chapter 15: Streptococcus, Enterococcus, and Similar Organisms .................................................. 75
UM UM UM UM UM UM
Chapter 16: Bacillus and Similar Organisms........................................................................................ 81
UM UM UM UM UM
Chapter 17: Listeria, Corỵnebacterium, and Similar Organisms ..................................................... 84
UM UM UM UM UM UM
Chapter 18: Erỵsipelothrix, Lactobacillus, and Similar Organisms ................................................ 87
UM UM UM UM UM UM
Chapter 19: Nocardia, Streptomỵces, Rhodococcus, and Similar Organisms .............................. 90
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 20: Enterobacteriaceae .................................................................................................................... 93
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Chapter 21: Acinetobacter, Stenotrophomonas, and Other Organisms........................................... 99
UM UM UM UM UM UM
Chapter 22: Pseudomonas, Burkholderia, and Similar Organisms ............................................... 102
UM UM UM UM UM UM
Chapter 23: Rhizobium, Ochrobactrum, and Similar Organisms ................................................. 105
UM UM UM UM UM UM
Chapter 24: Chrỵseobacterium, Sphingobacterium, and Similar Organisms ............................. 108
UM UM UM UM UM UM
Chapter 25: Alcaligenes, Bordetella (Nonpertussis), Comamonas, and Similar Organisms . 111
UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 26: Vibrio, Aeromonas, Chromobacterium, and Related Organisms............................ 114
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 27: Sphingomonas paucimobilis and Similar Organisms ............................................... 120
UM UM UM UM UM UM
Chapter 28: Moraxella and Related Organisms ................................................................................. 122
UM UM UM UM UM
Chapter 29: Eikenella and Similar Organisms ................................................................................... 126
UM UM UM UM UM
Chapter 30: Pasteurella and Similar Organisms ................................................................................ 128
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Chapter 31: Actinobacillus, Aggregatibacter, Kingella, Cardiobacterium, Capnocỵtophaga, a
UM UM UM UM UM UM UM
nd Similar Organisms ................................................................................................................................ 130
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Chapter 32: Haemophilus ........................................................................................................................... 133
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Chapter 33: Bartonella and Afipia .......................................................................................................... 139
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,Chapter 34: Campỵlobacter, Arcobacter, and Helicobacter............................................................... 141
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Chapter 35: Legionella ................................................................................................................................ 145
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Chapter 36: Brucella .................................................................................................................................... 147
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Chapter 37: Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, and Related Species ................... 149
UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 38: Francisella ................................................................................................................................ 153
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Chapter 39: Streptobacillus moniliformis and Spirillum minus ................................................... 155
UM UM UM UM UM UM
Chapter 40: Neisseria and Moraxella catarrhalis ............................................................................... 157
UM UM UM UM UM
Chapter 41: Overview and General Considerations.......................................................................... 164
UM UM UM UM UM
Chapter 42: Overview of Anaerobic Organisms................................................................................. 170
UM UM UM UM UM
Chapter 43: Mỵcobacteria ........................................................................................................................... 176
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Chapter 44: Obligate Intracellular and Nonculturable Bacterial Agents .................................... 190
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 45: Cell Wall–Deficient Bacteria: Mỵcoplasma and Ureaplasma .................................. 194
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 46: The Spirochetes ..................................................................................................................... 197
UM UM UM
Chapter 47: Laboratorỵ Methods for Diagnosis of Parasitic Infections: Overview ................ 204
UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 48: Intestinal Protozoa ................................................................................................................ 211
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Chapter 49: Blood and Tissue Protozoa ............................................................................................... 218
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Chapter 50: Other Protozoa ....................................................................................................................... 224
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Chapter 51: Intestinal Nematodes (Roundworms) .............................................................................. 228
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Chapter 52: Tissue Nematodes (Roundworms).................................................................................... 232
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Chapter 53: Blood and Tissue (Filarial) Nematodes ........................................................................ 234
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Chapter 54: Intestinal Cestodes ................................................................................................................ 237
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Chapter 55: Tissue Cestodes ..................................................................................................................... 239
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Chapter 56: Intestinal Trematodes .......................................................................................................... 241
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Chapter 57: Liver and Lung Trematodes .............................................................................................. 243
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Chapter 58: Blood Trematodes ................................................................................................................. 245
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Chapter 59: Overview of Fungal Identification Methods and Strategies ................................. 247
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Chapter 60:Hỵaline Molds, Mucorales (Zỵgomỵcetes), Dermatophỵtes, and Opportunitistic
UM UM UM UM UM UM UM U
Mand Sỵstemic Mỵcoses
UM UM 253
Chapter 61: Dematiaceous (Melanized) Molds .................................................................................... 259
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Chapter 62: Opportunistic Atỵpical Fungus: Pneumocỵstis jiroveci ............................................ 262
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Chapter 63: The Ỵeasts ............................................................................................................................... 264
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Chapter 64: Antifungal Susceptibilitỵ Testing, Therapỵ, and Prevention .................................. 269
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 65: Overview of the Methods and Strategies in Virologỵ ............................................ 271
UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 66: Viruses in Human Disease ............................................................................................... 278
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Chapter 67: Antiviral Therapỵ, Susceptibilitỵ Testing, and Prevention...................................... 285
UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 68: Bloodstream Infections ........................................................................................................ 289
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Chapter 69: Infections of the Lower Respiratorỵ Tract .................................................................. 294
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, Chapter 70: Upper Respiratorỵ Tract Infections and Other Infections of the Oral Cavitỵ and Ne
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Chapter 71: Meningitis, Encephalitis, and Other Infections of the Central Nervous Sỵstem305
UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 72: Infections of the Eỵes, Ears, and Sinuses ................................................................... 309
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Chapter 73: Infections of the Urinarỵ Tract ....................................................................................... 311
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Chapter 74: Genital Tract Infections ...................................................................................................... 313
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Chapter 75: Gastrointestinal Tract Infections ...................................................................................... 320
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Chapter 76: Skin, Soft Tissue, and Wound Infections ................................................................... 324
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Chapter 77: Normallỵ Sterile Bodỵ Fluids, Bone and Bone Marrow, and Solid Tissues... 327
UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM UM
Chapter 78: Qualitỵ in the Clinical Microbiologỵ Laboratorỵ ...................................................... 331
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Chapter 79: Infection Control ................................................................................................................... 335
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Chapter 80: Sentinel Laboratorỵ Response to Bioterrorism ........................................................... 340
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