HOOFDSTUK 7 Analyzing the structure and expression of genes and genomes
7.1 Genome structure analysis and genome projects
ACGT, DNA sequentie van het humane genoom bepalen. Dit laat ons toe om te achterhalen
hoe bepaalde veranderingen kunnen leiden tot een ziekte.
Genoom bestaat uit mitochondriale DNA en DNA dat we teruvinden in de nucleus.
,Omwille van het feit kunnen dat het nucleaire DNA groot is, kunnen we het niet in één keer
sequeneren: we moeten het eerste verknippen in stukjes van werkbare grote - in bacterien
stoppen - amplificeren - opzuiveren - sequencen - we bekomen korte DNA sequenties.
Eens je het verknipt hebt weet je niet meer welke DNA sequentie waar thuis hoort. Er onstaat
een probleem van genoom assemblage.
We zorgen er voor dat de stukjes overlap hebben. Op basis van de overlaps kan je weten welke
stukjes waar thuis horen en kan je de sequenties in de juiste volgorde plaatsen.
,Hoe maak je de fragmenten van werkbare grootte die overlap vertonen?
Starten van bloedstaal met verschillende WBC, elke WBC draagt humane genoom - WBC
lyseren - DNA uit extraheren - partiele digeste uitvoeren: de nummers 1,2,3 en 4 zijn bvb 4
identieke kopijen van humaan chromoom 1 paterneel overgeerd telkens afkomstig van één
bepaalde cel. In het blauw zie je alle pogelijke knipplaatsen voor een bepaalde
restrictieenzyme. De knipplaatsen gaan we nu partieel digesteren, we gaan slechts enkele
knipplaatsen gebruiken voor digestie. Partiele digestie kan je uitvoeren door slechts een lage
concentratie van het enzyme te gaan toevoegen voor een korte tijd zdd het niet op alle
knipplaatsen kan gaan inwerken. Het knippen gebeurt random. - verschillende DNA fragmenten
die overlap vertonen met andere fragmenten - cloneren in vector - transformeren in
bacteriecellen - verzameling van bacteriecellen die fragmentjes dragen, één bacteriecel draagt
één fragmentje - bacteriecellen met bvb fragmentje B in een wel, in een ander welletje
bacteriecellen met bvb fragmentje A,.. Platen met in één welletje een bacterieclone die een
specifiek fragmentje dragen, je weet niet welke bacterieclone, welk fragment bevat. Je weet niet
waar een fragmentje uit een bepaalde clone zich bevindt in het genoom - opgroeien - voldoende
kopijen van één fragment.
Dit systeem noemen we de creatie van een genomische DNA bibliotheek, een bibliotheek van
bacterieclones waarbij elke clone een specifiek fragment heeft opgenomen.
Dit levert de mogelijkheid om vervolgens de DNA fragmenten te gaan sequeneren, leverde de
mogelijkheid voor shotgun sequencing.
, Platen met in één welletje een bacterieclone die een specifiek fragmentje dragen - opgroeien -
voldoende kopijen van één fragment - sequeneren dmv de sanger dideoxy sequencing
methode, sequeneren langs links en rechts van humane insert - korte sequenties - assembleren
dmv de overlaps die we gecreerd hebben.
7.1 Genome structure analysis and genome projects
ACGT, DNA sequentie van het humane genoom bepalen. Dit laat ons toe om te achterhalen
hoe bepaalde veranderingen kunnen leiden tot een ziekte.
Genoom bestaat uit mitochondriale DNA en DNA dat we teruvinden in de nucleus.
,Omwille van het feit kunnen dat het nucleaire DNA groot is, kunnen we het niet in één keer
sequeneren: we moeten het eerste verknippen in stukjes van werkbare grote - in bacterien
stoppen - amplificeren - opzuiveren - sequencen - we bekomen korte DNA sequenties.
Eens je het verknipt hebt weet je niet meer welke DNA sequentie waar thuis hoort. Er onstaat
een probleem van genoom assemblage.
We zorgen er voor dat de stukjes overlap hebben. Op basis van de overlaps kan je weten welke
stukjes waar thuis horen en kan je de sequenties in de juiste volgorde plaatsen.
,Hoe maak je de fragmenten van werkbare grootte die overlap vertonen?
Starten van bloedstaal met verschillende WBC, elke WBC draagt humane genoom - WBC
lyseren - DNA uit extraheren - partiele digeste uitvoeren: de nummers 1,2,3 en 4 zijn bvb 4
identieke kopijen van humaan chromoom 1 paterneel overgeerd telkens afkomstig van één
bepaalde cel. In het blauw zie je alle pogelijke knipplaatsen voor een bepaalde
restrictieenzyme. De knipplaatsen gaan we nu partieel digesteren, we gaan slechts enkele
knipplaatsen gebruiken voor digestie. Partiele digestie kan je uitvoeren door slechts een lage
concentratie van het enzyme te gaan toevoegen voor een korte tijd zdd het niet op alle
knipplaatsen kan gaan inwerken. Het knippen gebeurt random. - verschillende DNA fragmenten
die overlap vertonen met andere fragmenten - cloneren in vector - transformeren in
bacteriecellen - verzameling van bacteriecellen die fragmentjes dragen, één bacteriecel draagt
één fragmentje - bacteriecellen met bvb fragmentje B in een wel, in een ander welletje
bacteriecellen met bvb fragmentje A,.. Platen met in één welletje een bacterieclone die een
specifiek fragmentje dragen, je weet niet welke bacterieclone, welk fragment bevat. Je weet niet
waar een fragmentje uit een bepaalde clone zich bevindt in het genoom - opgroeien - voldoende
kopijen van één fragment.
Dit systeem noemen we de creatie van een genomische DNA bibliotheek, een bibliotheek van
bacterieclones waarbij elke clone een specifiek fragment heeft opgenomen.
Dit levert de mogelijkheid om vervolgens de DNA fragmenten te gaan sequeneren, leverde de
mogelijkheid voor shotgun sequencing.
, Platen met in één welletje een bacterieclone die een specifiek fragmentje dragen - opgroeien -
voldoende kopijen van één fragment - sequeneren dmv de sanger dideoxy sequencing
methode, sequeneren langs links en rechts van humane insert - korte sequenties - assembleren
dmv de overlaps die we gecreerd hebben.
