HOOFDSTUK 9: GENETISCHE
DETERMINANTEN (GD)
INLEIDING: MENSELIJKE VARIATIE
Genotype = hoe DNA sequentie ruit ziet
Fenotype = hoe je het kan waarnemen
Interindividuele verschillen:
- Discrete variabelen = fysiek actief vs niet actief
- Continue = gestalte, spieroppervlak
Variabel fenotype
Oorzaken variatie?
- Polygenisch (meerdere genen belangrijk) vs monogenisch (1 gen belangrijk)
- Omgeving
- Interactie genotype en omgeving
- Correlatie genotype en omgeving
Multifactorieel
ONDERZOEKSMETHODES
Meten van genetische factoren 2 strategieën = top-dow en bottom-up onderzoek
TOP-DOWN
= indirecte manier om genetische invloeden te schatten, zonder DNA zelf te meten, door
te kijken naar overeenkomsten in kenmerken (fenotypes) binnen families of genetisch
verwante groepen (unmeasred genotype)
Houdt rekening met genetische factoren (VGa + VGd) en omgevingsinvloeden (VE
+ VC)
Technieken = intra-class correlaties berekenen of familiale aggregatie tussen
familieleden of paren van genetisch gerelateerde individuen
Doel = gelijkheid in groepen met verschillende verwantschapsgraad vergelijken
o H^2 = (VGa + VGd) / (Vga + Vgd + VE + VC) = heritabiliteit =
verschillen te wijten aan genetische variabiliteit
VE = unieke
omgevingsbron
VGa = genetische
additief
VC =
gemeenschappelijke
factoren
VGd = genetisch dominant
, BOTTOM-UP
= genetische markers gebruiken op genoom om associatie met fenotype aan te duiden
(measured genotype)
Vertrekt vanuit genotype om te kijken of er verband is met hoe iemand eruitziet of
functioneert (fenotype).
Associatie analyse
o Komen bepaalde genen vaker voor bij mensen met bepaald fenotype
(ziekte, topsporter zijn,…)
Case-control design: allel frequentie vergelijken tussen ziek/gezond,
atleet/niet-atleet
Populatiestudies: ANOVA analyse
o Studie in niet-genetisch gerelateerde groepen
o Voorwaarde: je moet al idee hebben welk gen belangrijk is
Koppelingsanalyse
o Je zoekt waar op genoom een gen zit dat bepaalde eigenschap of ziekte
veroorzaakt via genoomscan
o Hoe? Door te kijken naar families en te zien of bepaald stukje DNA samen
overgeërfd wordt met bepaalde ziekte of eigenschap
o Je hoeft nog niet te weten welk gen het is
Genoomwijde associatiestudies GWA’s
o Je bekijkt hele genoom zonder voorkennis over welk gen belangrijk zou zijn
o Je vergelijkt DNA van veel mensen en kijkt waar genetische verschillen zijn
die samengaan met bepaald fenotype
o In niet-gerelateerde groepen of genetisch gerelateerde groepen
o Doel: nieuwe genetische variaties vinden die verband houden met
eigenschap of ziektes
DETERMINANTEN (GD)
INLEIDING: MENSELIJKE VARIATIE
Genotype = hoe DNA sequentie ruit ziet
Fenotype = hoe je het kan waarnemen
Interindividuele verschillen:
- Discrete variabelen = fysiek actief vs niet actief
- Continue = gestalte, spieroppervlak
Variabel fenotype
Oorzaken variatie?
- Polygenisch (meerdere genen belangrijk) vs monogenisch (1 gen belangrijk)
- Omgeving
- Interactie genotype en omgeving
- Correlatie genotype en omgeving
Multifactorieel
ONDERZOEKSMETHODES
Meten van genetische factoren 2 strategieën = top-dow en bottom-up onderzoek
TOP-DOWN
= indirecte manier om genetische invloeden te schatten, zonder DNA zelf te meten, door
te kijken naar overeenkomsten in kenmerken (fenotypes) binnen families of genetisch
verwante groepen (unmeasred genotype)
Houdt rekening met genetische factoren (VGa + VGd) en omgevingsinvloeden (VE
+ VC)
Technieken = intra-class correlaties berekenen of familiale aggregatie tussen
familieleden of paren van genetisch gerelateerde individuen
Doel = gelijkheid in groepen met verschillende verwantschapsgraad vergelijken
o H^2 = (VGa + VGd) / (Vga + Vgd + VE + VC) = heritabiliteit =
verschillen te wijten aan genetische variabiliteit
VE = unieke
omgevingsbron
VGa = genetische
additief
VC =
gemeenschappelijke
factoren
VGd = genetisch dominant
, BOTTOM-UP
= genetische markers gebruiken op genoom om associatie met fenotype aan te duiden
(measured genotype)
Vertrekt vanuit genotype om te kijken of er verband is met hoe iemand eruitziet of
functioneert (fenotype).
Associatie analyse
o Komen bepaalde genen vaker voor bij mensen met bepaald fenotype
(ziekte, topsporter zijn,…)
Case-control design: allel frequentie vergelijken tussen ziek/gezond,
atleet/niet-atleet
Populatiestudies: ANOVA analyse
o Studie in niet-genetisch gerelateerde groepen
o Voorwaarde: je moet al idee hebben welk gen belangrijk is
Koppelingsanalyse
o Je zoekt waar op genoom een gen zit dat bepaalde eigenschap of ziekte
veroorzaakt via genoomscan
o Hoe? Door te kijken naar families en te zien of bepaald stukje DNA samen
overgeërfd wordt met bepaalde ziekte of eigenschap
o Je hoeft nog niet te weten welk gen het is
Genoomwijde associatiestudies GWA’s
o Je bekijkt hele genoom zonder voorkennis over welk gen belangrijk zou zijn
o Je vergelijkt DNA van veel mensen en kijkt waar genetische verschillen zijn
die samengaan met bepaald fenotype
o In niet-gerelateerde groepen of genetisch gerelateerde groepen
o Doel: nieuwe genetische variaties vinden die verband houden met
eigenschap of ziektes
