Genetica 2
Samenvatting: Concepts of genetics 11th edition (Hoofdstukken
10, 11, 15, 17, 18 en 19)
Dominique ter Maat
BOVR4 november 2018
1
,Hoofdstuk 10 DNA structure and analysis
De basis
DNA is het genetische materiaal dat wordt doorgegeven. Dit is met verschillende technieken
achterhaald. Dit is gedaan met behulp van;
- Bacteriën met en zonder slijmlaag (smooth and rough)(zie afbeelding links)
- Bacteriofagen (zie afbeelding rechts)
- DNA hoeveelheid in haploïde en diploïde cellen vergelijken
- Heterologe expressie van DNA
Het centrale dogma;
2
,De basen in het DNA zijn;
- Cytosine (pyrimidine)
- Thymine (pyrimidine)
- Guanine (purine)
- Adenine (purine)
En in RNA is de T dus een Uracil (pyrimidine).
Suiker fosfaat backbone;
Het Watson-Crick model;
- Rechtsdraaiende dubbele helix
- Antiparallel
- Basen loodrecht op de as
- Waterstofbruggen
- De diameter van de helix is 2 nm
3
, Tussen C en G zitten 3 waterstofbruggen en tussen A en T (of A en U) zitten 2 waterstofbruggen.
Next generation sequencing
Onder next generation sequensen hebben we de illumina methode. Dit houdt in “sequencing by
synthesis”. Deze methode wordt uitgevoerd in de volgende stappen;
1. Fragmenteren van genoom
2. Grootte van DNA fragment selecteren
3. Blunt maken en adapter ligeren (bindt later aan flowcell en bevat tag)
4. Denatureren en verspreiden over een flowcell
5. Amplificatie van DNA fragmenten
6. Reverse strand wegknippen en sequensen
7. Tag aflezen
8. Andere kant sequensen (complementair of paired end)
Om het genoom te kunnen sequensen wordt het DNA eerst gebroken met behulp van sonicatie.
Hierdoor wordt het genoom opgesplitst in kleine fragmentjes. Deze fragmentjes worden dan
gesorteerd op basis van grootte. Dit kan worden gedaan door de fragmenten door een gel te laten
lopen, en zo de bandjes eruit te snijden. Eerst wordt er een A nucleotide aan de sequentie
toegevoegd. Vervolgens worden er twee adapters aan de sequentie geligeerd. Aan beide kanten van
de sequentie zit een adapter. Aan de ene kant zit een gewone adapter, en aan de andere kant zit een
index, gecombineerd met een adapter. Beide adapters kunnen binden aan een flowcel. Hierdoor
krijg je allemaal rechtopstaande sequenties in een flowcel. Polymerase zorgt ervoor dat deze
4
Samenvatting: Concepts of genetics 11th edition (Hoofdstukken
10, 11, 15, 17, 18 en 19)
Dominique ter Maat
BOVR4 november 2018
1
,Hoofdstuk 10 DNA structure and analysis
De basis
DNA is het genetische materiaal dat wordt doorgegeven. Dit is met verschillende technieken
achterhaald. Dit is gedaan met behulp van;
- Bacteriën met en zonder slijmlaag (smooth and rough)(zie afbeelding links)
- Bacteriofagen (zie afbeelding rechts)
- DNA hoeveelheid in haploïde en diploïde cellen vergelijken
- Heterologe expressie van DNA
Het centrale dogma;
2
,De basen in het DNA zijn;
- Cytosine (pyrimidine)
- Thymine (pyrimidine)
- Guanine (purine)
- Adenine (purine)
En in RNA is de T dus een Uracil (pyrimidine).
Suiker fosfaat backbone;
Het Watson-Crick model;
- Rechtsdraaiende dubbele helix
- Antiparallel
- Basen loodrecht op de as
- Waterstofbruggen
- De diameter van de helix is 2 nm
3
, Tussen C en G zitten 3 waterstofbruggen en tussen A en T (of A en U) zitten 2 waterstofbruggen.
Next generation sequencing
Onder next generation sequensen hebben we de illumina methode. Dit houdt in “sequencing by
synthesis”. Deze methode wordt uitgevoerd in de volgende stappen;
1. Fragmenteren van genoom
2. Grootte van DNA fragment selecteren
3. Blunt maken en adapter ligeren (bindt later aan flowcell en bevat tag)
4. Denatureren en verspreiden over een flowcell
5. Amplificatie van DNA fragmenten
6. Reverse strand wegknippen en sequensen
7. Tag aflezen
8. Andere kant sequensen (complementair of paired end)
Om het genoom te kunnen sequensen wordt het DNA eerst gebroken met behulp van sonicatie.
Hierdoor wordt het genoom opgesplitst in kleine fragmentjes. Deze fragmentjes worden dan
gesorteerd op basis van grootte. Dit kan worden gedaan door de fragmenten door een gel te laten
lopen, en zo de bandjes eruit te snijden. Eerst wordt er een A nucleotide aan de sequentie
toegevoegd. Vervolgens worden er twee adapters aan de sequentie geligeerd. Aan beide kanten van
de sequentie zit een adapter. Aan de ene kant zit een gewone adapter, en aan de andere kant zit een
index, gecombineerd met een adapter. Beide adapters kunnen binden aan een flowcel. Hierdoor
krijg je allemaal rechtopstaande sequenties in een flowcel. Polymerase zorgt ervoor dat deze
4
