Written by students who passed Immediately available after payment Read online or as PDF Wrong document? Swap it for free 4.6 TrustPilot
logo-home
Summary

Samenvatting Bouwstenen van het leven Tentamenstof – alle colleges

Rating
3.5
(2)
Sold
10
Pages
55
Uploaded on
08-09-2020
Written in
2018/2019

Bouwstenen van het leven college aantekeningen. Dit bestand bestaan uit alle colleges die zijn gegeven tijdens het vak Bouwstenen van het leven (AB_48700). Hierbij staan ook plaatjes van vele dia's waardoor de stof nog duidelijk wordt. Dit vak is een verplicht vak 1e jaars studenten Gezondheid&Leven in periode 1. Totaal zijn er 11 colleges die zijn gegeven in de eerste 7 weken van de periode.

Show more Read less
Institution
Course

Content preview

Bouwestenen van het leven


I Elementen & Energie (Essential Cell Biology: Ch. 2 and 3)
I.1 Wat relevante elementen
I.2 Energie
I.3 Interacties
I.4 Affinteit
I.5 ATP

Hoorcollege 1, 3-9
Wat relevante elementen
Goals: Cellen zijn opgebouwd uit een aantal verschillende soorten atomen en waarom
Hoe atomen combineren om moleculen te vormen
Wat gebeurt er in redox en protonering/deprotonering reacties.

Cellen zijn opgebouwd uit een aantal verschillende soorten atomen en waarom
Atomen bestaan uit een kern met daar omheen een wolk van elektronen.
- In de kern: neutronen en protonen (+ geladen) en daaromheen de elektronen (- geladen).
- Hoeveel elektronen, bepaald de eigenschap van het molecuul.
- Streeft naar edelgasconfiguratie, buitenste schil vol (1e 2 elktr. en daarna 8).
- door: kwijtraken -> afstaan
erbij komen -> opnemen van andere atoom
- veroorzaakt door: elektronegativiteit
- afhankelijk van algemene bouw/architectuur.
- wat en de gevolgen? is niet identiek, daarom polair?
- Atoomnummer geeft aan hoeveel protonen en elektronen er aanwezig zijn.
- aantal protonen: nummer aantal elektronen: massa – nummer
- Een klein gedeelte van de chemische elementen bevinden zich in het biologische systeem.
- Deze zijn geselecteerd op hun vermogen om bindingen te vormen.

Hoe atomen combineren om moleculen te vormen
Meer dan 1 atoom = molecuul
- Sprake van covalente binding(= een chemische binding) in moleculen.
- Covalente binding -> delen van één paar elektronen bij twee atomen.
- 1 meer en 1 minder elektronegativiteit, gaan covalente binding aan.
- polair, ene kant is wat meer positief en andere kant negatief
- belangrijkste polaire binding op aarde: H2O
- H is + en O is -
- kan alles in oplossing brengen
- hierdoor kunnen atomen hun schillen vullen of leegmaken (edelgasconfiguratie)
- Bijv. Carbon is de meest voorkomende vorm in biologie en heft een uniek rol in de cel
vanwege zijn vermogen om sterke covalente bindingen te vormen met ander koolstofatomen.
- Carbon heeft 4 elektronen in de buitenste schil, dus hij staat af of neemt op.
- 60% van ons droge lichaamsgewicht.
- Bijv. Zuurstof is ook vaak voorkomend.
- heeft 6 elektronen in de buitenste schil, dus neemt vaak 2 elektronen op.
- 9% van ons droge lichaamsgewicht.
- Bijv. Waterstof is het kleine atoom en heeft 1 elektron en 1 proton.
- Enige binding is delen van een elektronenpaar, de rest is interactie.

Voorwaarde om reactie aan te kunnen gaan, molecuul moet in oplossing zijn.
- Alle chemische reacties functioneren alleen in het water.
- Geen polair, apolair?, kunnen niet in water oplossen
- Door klein verschil in elektronegatviteit
- Bijv. water kan protonen opnemen of afstaan (H3O+ een hydroniumion)

,Bouwestenen van het leven


Elektronegativiteit -> atomen zijn min of meer in staat om elektronen aan te trekken die gedeeld
worden in een covalente binding.
- hangt af van de algemene bouw: - grootte van de elektronenwolk
- afstand van de buitenste laag tot de kern
- ladingsdichtheid binnen de kern
- kan polariteit oproepen -> ongelijke ladingsverdeling binnen moleculen.
- De grootte van polariteit is afhankelijk van de verschillen in elektronegativiteit
tussen de atomen die daadwerkelijk deelnemen aan een chemische binding.
- Bijv. O2 is apolair, maar H2O is wel polair.
- In extreme gevallen kunnen de verschillen in elektronegativiteit zelfs vorming van
Ionen mogelijk maken, die elkaar nog steeds kunnen aantrekken in ionische bindingen.
- Waterpolariteit is een cruciaal aspect van het leven op aarde -> hierdoor kunnen
chemische reacties in oplossingen plaatsvinden.

Koolwaterstoffen -> kunnen moleculaire bouwstenen vormen, want zijn apolair en hydrofoob.
- Komt doordat er niet veel verschil is in elektronegativiteit tussen C en H.
- Bijv. Methaan, methylgroepen.

H-atomen kunnen dissociëren(uiteenvallen) en ionenparen veroorzaken als ze binden aan atomen
met hogere elektronegativiteit.
- Bijv. een carboxylgroep in aminozuur -> vrijgemaakte proton aan H2O -> H3O+ gevormd.
- Tegenovergestelde: aminogroepen kunnen protonen accepteren en worden juist positief geladen.
- Gebeurt ook in zuiver water waarbij de concentratie H3O+ als pH
wordt uitgedrukt -> pH = -log [H3O+] & [H3O+] = 10-pH M

Redox processen
Redox -> werken met elektronen door het afstaan of opnemen.
- Gebeurt vaak in metalen
- oxidatie -> opname van elektronen (stof wordt gereduceerd)
- Fe2+ -> Fe3+ + e-
- Fe2+ + oxidator –> [Fe3+ + e- + oxidator] –> Fe3+ + oxidizer-
- De oxidator is gereduceerd (krijgt 1 elektr.) (en Fe is geoxideerd (verliest 1 elektr.)).
- reductie -> afstaan van elektronen (stof wordt geoxideerd)
3+ - 2+
- Fe + e -> Fe
- Fe3+ + reductor –> [Fe3+ + e- + reductor] –> Fe2+ + reductor
- De reductor is geoxideerd (verliest 1 elektr.) (en Fe is gereduceerd (krijgt 1 elektr.)).


Energie
Goals: Wat is een toestandsvariabele/functie & wat betekenen vrije energie, entropie, enthalpie.
Wat is de 1e en 2e wet van thermodynamica en wat houd het inhoud.
Hoe veranderingen in vrije energie de richting/kant van energie bepalen

Energie -> beschrijft hoeveel werk een systeem zou kunnen verrichten of hoeveel warmte een
systeem zou kunnen produceren.
- Is een fundamentele hoeveelheid die elk systeem bezit.
- Meten in Joule
Elektrische energie -> stroming van elektronen aangedreven door verschil in elektrisch potentiaal.
- altijd van van - pool naar + pool (geldt voor elektronen)
- geen weerstand -> energie = warmte
- wel weerstand -> energie = arbeid en vaak warmte
-> Cruciaal: eiwitten en biologische membranen, elektronen dan gaan over het membraan
- redox proces, dus komt warmte vrij

,Bouwestenen van het leven


Hoorcollege 2, 4-9
Thermodynamica verdeelt de wereld in 2 entiteiten: systeem -> wat je zelf definieert
omgeving -> de rest (wat je niet definieert)
Toestandsfuncties/variabele -> beschrijven een toestand van het systeem.
- Onafhankelijk van de weg om deze staat te bereiken.
- Potentieel energie -> hoeveelheid energie in het systeem.
- Toename van de hoogte is een toename van de potentiele energie.
- Arbeid wordt toegediend en wordt omgezet in potentiele energie.
- Dus er moet energie worden toegevoegd om een reactie mogelijk te maken
- Een reactie omhoog kan niet spontaan verlopen, omlaag kan dit wel
- Veel processen is er geen idee waar het proces van een systeem staat, wel is het verschil tussen de
toestanden bekend -> daarom delta ().

Elk systeem heeft een eigen inwendige energie (U) -> deze energie verandert bij een proces/reactie.
- Inwendige energie is haast niet vast te stellen.
- Bijv. Molecuul heeft potentiele-, kinetische- en atoomenergie.
- Het gaat altijd om de verandering met de vraag: hoe groot, welke kant op, groter of kleiner.
- Laagste inwendige energie heeft een hogere waarschijnlijkheid -> reactie verloopt spontaan.
(- Algemeen kan arbeid spontaan lopen of moet het worden verricht. )
- Hoe: energie verandering gaat van hoge naar lage energie, dus is verlies en dus ‘laagst’.

1e wet van thermodynamica -> energie kan niet worden genereerd of kan niet verdwijnen.
- Inwendige energie kan worden verander door: toevoer/afvoer van warmte (Q)
- U = Q + W verrichten/spontaan arbeid (W)

Enthalpie (H) -> beschrijft de energie die nodig is om een nieuwe systeem te maken en om ruimte te
maken voor door zijn omgeving te verdringen, je creëert een nieuw systeem. (H = U + pV)
- Inwendige energie moet worden opgebracht (U)
- Het systeem heeft volume nodig, iets ander moet weg (pV)
-> (U=Q + W ->) H = Q + W + (pV)
- Verandering in enthalpie beschrijven veranderingen van inwendige energie als gevolg van
maken/verbreken van chemische bindingen en interacties.
- Bij de meeste biologische verandering is er vaak geen verandering van het volume.
- Maar wel bijv. bij een long.
- Biochemische processen zijn meestal met constante temperatuur en druk. Als er geen ander
werk/arbeid wordt gedaan is hierbij is sprake met verschil in warmte. Hp = Q = qp.

Simulatie (is in canvas beschikbaar)
- Alle deeltjes hebben binnen een doos een verschillende hoeveelheid kinetische energie
- Naar meerdere keren komt er wel een identieke verdeling -> Boltzmanverdeling
- De ene heeft veel energie en de andere minder.
- Door: botsende deeltjes effect -> energie overdracht
- Bij -273 °C, absolute nulpunt, dan is er geen sprake van energie overdracht

, Bouwestenen van het leven



Entropie (S) -> beschrijft de willekeurigheid/toevalligheid/waarschijnlijkheid van een systeem.
- Entropie verandering heeft 2 mogelijke definities:
1. Hoe verandering? -> effect als bepaalde hoeveelheid warmte wordt ingestopt/weggehaald.
- Verandering van toe/afvoer van warmte in/uit een systeem bij een bepaalde temperatuur.
- S = Q/T.
- U = Q + W (Q=TS) -> U = TS + W.
- Als de inwendige energie(U) van een systeem verandert, wil je dat deze werkt verricht maar je krijgt
nooit alle energie eruit die beschikbaar is -> want een deel wordt gebruikt voor entropieverandering.
- Bijv. warmteoverdracht (energie gaat nooit verloren).
2. Statisch/abstract: gedrag van de deeltjes.
- Als je naar een systeem kijk heb je en macro toestand, in dat systeem heb je vele micro toestanden
(hoe deeltjes zijn) -> het samenspel hiervan zorgt voor de macro toestand & kan op vele manieren.
- Alle mogelijke microstaten moeten samenvatten tot dezelfde macrostaat.
- Bijv. systeem met een bepaalde T, p en/of V, elk deeltje doen zijn eigen ding.
- Zelfs al heb je 3 dezelfde omgevingen, zijn alle 3 NIET identiek -> ze hebben een
identieke macrotoestanden & andere microtoestanden.
- Wanorde -> het aantal Ω van deze microstaten die alle combineren met 1 identieke macrostaat.
- S = kB ln Ω
-> Systemen geven de voorkeur aan (statistisch) toestanden met maximale micro toestanden ->
maximale stoornis en maximale entropie (en dus hoge wanorde).
- Veel micro toestanden -> hoge entropie.
- Minder micro toestanden -> lage entropie.

Bijv. volledige permeabel membraan, deeltjes
- Meest waarschijnlijk is situatie 5, want streeft naar want het
systeem streeft naar max. hoeveelheid microstanden
- Berekenen waarschijnlijkheid:
situatie 1: 1/2*1/2*1/2*1/2 = 1/16 (4x 1/2(1 buiten)
situatie 5: 6*1/16 = 6/16
Bijv. een nette kamer en een rommelige kamer: rommelige kamer heeft een hogere wanorde en
hogere waarschijnlijkheid, want er zijn meerder microstates, ook kost het energie om een nette
kamer te krijgen.

Simulatie (op canvas)
- 4 deeltjes: 2 binnen / 2 buiten, meest waarschijnlijk
- Bij meer deeltjes wordt de verdeling van de waarschijnlijkheid wordt nauwer/duidelijker.
- Fluctuaties hebben een grotere kans als er een experiment is met minder deeltjes
- Voor cellen met met heel veel deeltjes -> evenwicht van ionen is toestand van hoogste entropie.

2e wet van thermodynamica -> spontaan voorkomende processen vergroten de entropie van ons
universum. (Stotaal > 0)
- Stotaal = Ssysteem + Somgeving ≥0
- Dit is een fundamentele belemmering voor het leven, dat is algemeen bekend met geordende
systemen (lichamen, cellen, gevouwen eiwitten, etc.)
- Hoe: permanent vrije energie wordt omgezet in warmte, waardoor de entropie toeneemt in
de omgeving.
- Bijv. cellen onderhouden een hoge mate van ordening, die alleen instort bij celdood.

Connected book

Written for

Institution
Study
Course

Document information

Summarized whole book?
Unknown
Uploaded on
September 8, 2020
Number of pages
55
Written in
2018/2019
Type
SUMMARY

Subjects

$4.69
Get access to the full document:

Wrong document? Swap it for free Within 14 days of purchase and before downloading, you can choose a different document. You can simply spend the amount again.
Written by students who passed
Immediately available after payment
Read online or as PDF


Also available in package deal

Reviews from verified buyers

Showing all 2 reviews
4 year ago

5 year ago

becomes less clear and complete as you get into the fabric. What it says is good. Especially useful for the first but modules of the box

3.5

2 reviews

5
0
4
1
3
1
2
0
1
0
Trustworthy reviews on Stuvia

All reviews are made by real Stuvia users after verified purchases.

Get to know the seller

Seller avatar
Reputation scores are based on the amount of documents a seller has sold for a fee and the reviews they have received for those documents. There are three levels: Bronze, Silver and Gold. The better the reputation, the more your can rely on the quality of the sellers work.
ninaburgering Vrije Universiteit Amsterdam
Follow You need to be logged in order to follow users or courses
Sold
288
Member since
6 year
Number of followers
168
Documents
40
Last sold
2 months ago

3.5

41 reviews

5
8
4
13
3
13
2
4
1
3

Why students choose Stuvia

Created by fellow students, verified by reviews

Quality you can trust: written by students who passed their tests and reviewed by others who've used these notes.

Didn't get what you expected? Choose another document

No worries! You can instantly pick a different document that better fits what you're looking for.

Pay as you like, start learning right away

No subscription, no commitments. Pay the way you're used to via credit card and download your PDF document instantly.

Student with book image

“Bought, downloaded, and aced it. It really can be that simple.”

Alisha Student

Working on your references?

Create accurate citations in APA, MLA and Harvard with our free citation generator.

Working on your references?

Frequently asked questions