Biotechnologie leerdoelen week 8
H8 uit boek
Inleiding
Humaan chromosomaal DNA is tussen personen 99,9% identiek, 0,1% verschillend
Locus is locatie op een chromosoom
Allel is een alternatieve vorm van een locus
Iedereen erft een allel van de ene ouder en het andere van de andere ouder
Polymorfismen(als locus verschillende allelen heeft): deleties, inserties, substituties
Meest voorkomende polymorfisme, single nucleotide polymorphisms (SNPs)
De twee technieken kunnen noemen en beschrijven die gebruikt worden voor DNA profiling
(RFLP en PCR).
RFLP analyse met een multilocus probe
Nadelen multiple locus probe:
Veel DNA
Afbraak maakt interpretatie moeilijk
Mengsel maakt interpretatie moeilijk
Dus is lastig in forensisch onderzoek
Oplossing is gebruik van single locus probe, is niet voldoende om iemand met grote
zekerheid te indentificeren, wordt opgelost door meerdere single locus probes te gebruiken,
analyseer je na elkaar.
Voordelen kunnen geven van PCR t.o.v. RFLP en een nadeel.
Voordelen PCR:
Gevoelig
Kan op afgebroken DNA
Minder variabel
Nadeel is dat je of een goed gelukt product krijgt, of geen product
Kunnen beschrijven wat VNTRs en STRs (mini- en microsatellites) zijn en waarom ze zo nuttig
zijn voor het maken van een DNA profiel.
DNA gebruikt voor identificatie
Variable number of random repeats (VNTR)
Korte nucleotide sequentie georganiseerd in een tandem repeat
Minisattelitie (10-60 bp) en microsatellite (2-6 bp)
Microsattelite wordt ook wel een short tandem repeat (STR) genoemd
Multiple locus (meerdere positiets in het genoom) of single locus
Voorbeeld van een microsatellite (want herhaling is TTA, dus kort)
, De stappen kunnen noemen van het maken van een profiel met RFLP (Fig. 1, hoofdstuk 8).
RFLP = restriction on fragment length polymorphism (RFLP)
Isoleren DNA, knipt het met restrictie-enzymen, scheidt het met agarose gel elektroferese,
blot ze over op nitrocellulose, voegt probe toe die de sequentie herkent.
Afhankelijk van aantal repeats krijg je kort of lang fragment.
Basistechniek is Southern blotting, maar is RFLP omdat je kijkt naar lengte van restrictie
fragmenten.
De stappen kunnen noemen van het maken van een profiel met PCR.
STR systeem
PCR
STRs (meestal 4 bp)
STR zijn Single locus, gebruikt meerdere om tot goeie conclusie te komen
CODIS systeem (13 STRs), bij FBI
ESS (European standard set, 15 STRs)
H8 uit boek
Inleiding
Humaan chromosomaal DNA is tussen personen 99,9% identiek, 0,1% verschillend
Locus is locatie op een chromosoom
Allel is een alternatieve vorm van een locus
Iedereen erft een allel van de ene ouder en het andere van de andere ouder
Polymorfismen(als locus verschillende allelen heeft): deleties, inserties, substituties
Meest voorkomende polymorfisme, single nucleotide polymorphisms (SNPs)
De twee technieken kunnen noemen en beschrijven die gebruikt worden voor DNA profiling
(RFLP en PCR).
RFLP analyse met een multilocus probe
Nadelen multiple locus probe:
Veel DNA
Afbraak maakt interpretatie moeilijk
Mengsel maakt interpretatie moeilijk
Dus is lastig in forensisch onderzoek
Oplossing is gebruik van single locus probe, is niet voldoende om iemand met grote
zekerheid te indentificeren, wordt opgelost door meerdere single locus probes te gebruiken,
analyseer je na elkaar.
Voordelen kunnen geven van PCR t.o.v. RFLP en een nadeel.
Voordelen PCR:
Gevoelig
Kan op afgebroken DNA
Minder variabel
Nadeel is dat je of een goed gelukt product krijgt, of geen product
Kunnen beschrijven wat VNTRs en STRs (mini- en microsatellites) zijn en waarom ze zo nuttig
zijn voor het maken van een DNA profiel.
DNA gebruikt voor identificatie
Variable number of random repeats (VNTR)
Korte nucleotide sequentie georganiseerd in een tandem repeat
Minisattelitie (10-60 bp) en microsatellite (2-6 bp)
Microsattelite wordt ook wel een short tandem repeat (STR) genoemd
Multiple locus (meerdere positiets in het genoom) of single locus
Voorbeeld van een microsatellite (want herhaling is TTA, dus kort)
, De stappen kunnen noemen van het maken van een profiel met RFLP (Fig. 1, hoofdstuk 8).
RFLP = restriction on fragment length polymorphism (RFLP)
Isoleren DNA, knipt het met restrictie-enzymen, scheidt het met agarose gel elektroferese,
blot ze over op nitrocellulose, voegt probe toe die de sequentie herkent.
Afhankelijk van aantal repeats krijg je kort of lang fragment.
Basistechniek is Southern blotting, maar is RFLP omdat je kijkt naar lengte van restrictie
fragmenten.
De stappen kunnen noemen van het maken van een profiel met PCR.
STR systeem
PCR
STRs (meestal 4 bp)
STR zijn Single locus, gebruikt meerdere om tot goeie conclusie te komen
CODIS systeem (13 STRs), bij FBI
ESS (European standard set, 15 STRs)
