Leerdoelen
1.1 Hoofdstuk 1
De student zoekt biologische informatie op van een target in literatuurdatabanken
(Pubmed)
De student zoekt moleculaire informatie op van een target in courante (sequentie)
databanken
1.2 Hoofdstuk 2
De student verkent de moleculaire context van
een target met behulp van eiwitinteractie netwerken
1.3 Hoofdstuk 3
De student analyseert gen en eiwit expressiedata met als doel het verkrijgen van
informatie in verschillende condities
De student gebruikt Excel voor het verwerken van ruwe biologische gegevens
zoals qPCR data
1.4 Hoofdstuk 4
De student definieert de belangrijkste soorten van (high-throughput) functionele
genomics experimenten (microarray en NGS experimenten)
De student selecteert een microarray/NGS platform op basis van een biologische
onderzoeksvraag
De student analyseert gen en eiwit expressiedata met als doel het verkrijgen van
informatie in verschillende condities
1.5 Hoofdstuk 5
De student analyseert en verwerkt NGS data
De student gebruikt blast en de best reciprocal hit methode voor functionele
annotatie van onbekende nucleotide sequenties of NGS contigs
De student definieert homologe, orthologe en paraloge sequenties
1.6 Hoofdstuk 6
De student analyseert en verwerkt NGS data
De student controleert de kwaliteit van functionele annotatie met behulp van
sequentie alignering en fylogenetische analyse
De student definieert homologe, orthologe en paraloge sequenties
1.7 Hoofdstuk 7
De student detecteert genetische variatie in sequentiedata
De student zoekt genetische variatie in een sequentie op in databanken
De student linkt genetische variatie aan genetisch overdraagbare aandoeningen
De student gebruikt exoom- en sequentieanalyse voor SNP detectie
De student vertaalt genetische variatie naar structurele veranderingen van een
eiwit
1.8 Hoofdstuk 8
De student beschouwt de opbouw van een biologische dataset
De student past classificatie/clusteringsmethodes toe op een biologische dataset
, 1 Courante bio-informatica databanken
1.1 Inleiding
Databank systeem → opslaan data
→ data organiseren
→ data delen
Centraal dogma van moleculaire biologie → onderverdeling in 4 groepen
- DNA (sequentie nucleotide, variatie, OMIM, taxonomie, …)
- RNA (sequentie nucleotide, EST/cDNA, Gene, expressiedata, homologen, …)
- EW (sequentie protein, geconserveerde domeinen, structuurinformatie, …)
- Overige met literatuurdatabanken
→ NCBI: National Center for Biotechnology Information: DNA- en EW-sequenties
1.2 Belangrijke begrippen en concepten
Wetenschappelijke literatuur: Pubmed
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
1.2.1 Zoekopdracht
- Via filter na zoeken vb. datum, species, type, taal, categorie
- Via boleaanse operatoren: AND (of “…”), OR, NOT
→ Niet alle combinaties tussen de verschillende woorden worden toegestaan,
maar beide zoektermen moeten (OR = mogen niet) in voorkomen in resultaten
- MeSH (Medical Subject Headings) termen: ncbi.com MeSH-databank eerste
term op eerste klikken Add to search builder tweede term Add to search
builder … Search PubMed
→ termen moeten als kernwoorden worden toegekend → alleen relevante artikels
(voordeel)
→ er wordt ook met synoniemen gewerkt (voordeel)
→ term kan nadien (na publicatiedatum van artikels) worden
toegevoegd/geïndexeerd als MeSH term
1.2.2 Accessienummers en RefSeq project
Accessienummer = identificatienummer (ID’s) voor elk record om ze te organiseren,
onderscheiden en te linken aan elkaar
RefSeq databank: om te voorkomen dat eenzelfde record verschillende namen krijgt in
verschillende databanken
→ alleen meerdere ID’s bij splice-varianten (transcripten) of isovormen (eiwit)
NC_ Compleet genoom
NM_ mRNA
NP_ Eiwit
NR_ RNA
Genbank = databank met de meeste bekende nucleotide- en eiwitsequenties
+ bibliografische (bronnen, referenties) en biologische (coderend? Intron?
Exon ?) annotatie (info toevoegen)
1.1 Hoofdstuk 1
De student zoekt biologische informatie op van een target in literatuurdatabanken
(Pubmed)
De student zoekt moleculaire informatie op van een target in courante (sequentie)
databanken
1.2 Hoofdstuk 2
De student verkent de moleculaire context van
een target met behulp van eiwitinteractie netwerken
1.3 Hoofdstuk 3
De student analyseert gen en eiwit expressiedata met als doel het verkrijgen van
informatie in verschillende condities
De student gebruikt Excel voor het verwerken van ruwe biologische gegevens
zoals qPCR data
1.4 Hoofdstuk 4
De student definieert de belangrijkste soorten van (high-throughput) functionele
genomics experimenten (microarray en NGS experimenten)
De student selecteert een microarray/NGS platform op basis van een biologische
onderzoeksvraag
De student analyseert gen en eiwit expressiedata met als doel het verkrijgen van
informatie in verschillende condities
1.5 Hoofdstuk 5
De student analyseert en verwerkt NGS data
De student gebruikt blast en de best reciprocal hit methode voor functionele
annotatie van onbekende nucleotide sequenties of NGS contigs
De student definieert homologe, orthologe en paraloge sequenties
1.6 Hoofdstuk 6
De student analyseert en verwerkt NGS data
De student controleert de kwaliteit van functionele annotatie met behulp van
sequentie alignering en fylogenetische analyse
De student definieert homologe, orthologe en paraloge sequenties
1.7 Hoofdstuk 7
De student detecteert genetische variatie in sequentiedata
De student zoekt genetische variatie in een sequentie op in databanken
De student linkt genetische variatie aan genetisch overdraagbare aandoeningen
De student gebruikt exoom- en sequentieanalyse voor SNP detectie
De student vertaalt genetische variatie naar structurele veranderingen van een
eiwit
1.8 Hoofdstuk 8
De student beschouwt de opbouw van een biologische dataset
De student past classificatie/clusteringsmethodes toe op een biologische dataset
, 1 Courante bio-informatica databanken
1.1 Inleiding
Databank systeem → opslaan data
→ data organiseren
→ data delen
Centraal dogma van moleculaire biologie → onderverdeling in 4 groepen
- DNA (sequentie nucleotide, variatie, OMIM, taxonomie, …)
- RNA (sequentie nucleotide, EST/cDNA, Gene, expressiedata, homologen, …)
- EW (sequentie protein, geconserveerde domeinen, structuurinformatie, …)
- Overige met literatuurdatabanken
→ NCBI: National Center for Biotechnology Information: DNA- en EW-sequenties
1.2 Belangrijke begrippen en concepten
Wetenschappelijke literatuur: Pubmed
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
1.2.1 Zoekopdracht
- Via filter na zoeken vb. datum, species, type, taal, categorie
- Via boleaanse operatoren: AND (of “…”), OR, NOT
→ Niet alle combinaties tussen de verschillende woorden worden toegestaan,
maar beide zoektermen moeten (OR = mogen niet) in voorkomen in resultaten
- MeSH (Medical Subject Headings) termen: ncbi.com MeSH-databank eerste
term op eerste klikken Add to search builder tweede term Add to search
builder … Search PubMed
→ termen moeten als kernwoorden worden toegekend → alleen relevante artikels
(voordeel)
→ er wordt ook met synoniemen gewerkt (voordeel)
→ term kan nadien (na publicatiedatum van artikels) worden
toegevoegd/geïndexeerd als MeSH term
1.2.2 Accessienummers en RefSeq project
Accessienummer = identificatienummer (ID’s) voor elk record om ze te organiseren,
onderscheiden en te linken aan elkaar
RefSeq databank: om te voorkomen dat eenzelfde record verschillende namen krijgt in
verschillende databanken
→ alleen meerdere ID’s bij splice-varianten (transcripten) of isovormen (eiwit)
NC_ Compleet genoom
NM_ mRNA
NP_ Eiwit
NR_ RNA
Genbank = databank met de meeste bekende nucleotide- en eiwitsequenties
+ bibliografische (bronnen, referenties) en biologische (coderend? Intron?
Exon ?) annotatie (info toevoegen)
