Samenvatting zelfstudies GP

Samenvatting GP
Inhoud
Zelfstudie 1.............................................................................................................................................2
Zelfstudie 2.............................................................................................................................................3
Zelfstudie 3.............................................................................................................................................4
Zelfstudie 4.............................................................................................................................................5
Zelfstudie 5.............................................................................................................................................7
Zelfstudie 6.............................................................................................................................................8
Zelfstudie 7...........................................................................................................................................11
Zelfstudie 8...........................................................................................................................................12
Zelfstudie 9...........................................................................................................................................14
Zelfstudie 10.........................................................................................................................................15
Zelfstudie 11.........................................................................................................................................16
Zelfstudie 12.........................................................................................................................................16
Zelfstudie 15.........................................................................................................................................20
Zelfstudie WC 13..................................................................................................................................22
Zelfstudie WC 14..................................................................................................................................23
Zelfstudie WC 15..................................................................................................................................25
Zelfstudie WC 16..................................................................................................................................26
Zelfstudie WC 17..................................................................................................................................28
Zelfstudie 21.........................................................................................................................................28

, Zelfstudie 1
DNA:

- Purine: A en G, dubbele ringstructuur
Basepaar - Pyrimidine: T en C, enkele ring, kleiner en
lichter
- Backbone bestaat uit fosfaat- en
suikergroepen. Fosfaatuiteinde is 5’-uiteinde
- Interfasechromosomen: uitgerekt, niet
zichtbaar onder microscoop, in de interfase
worden chromosomen gerepliceerd
o Replicatie begint bij replication origin,
hier zijn er meerdere van in een
chromosoom
o Chromosomen zijn losjes
georganiseerd in hun eigen gebieden
- Telomeren op het uiteinde van chromosomen
- Centromeer is waar gerepliceerde
chromosomen uit elkaar getrokken worden
tijdens mitose
- Mitotische chromosomen: gecondenseerd,
wel zichtbaar
- Nucleolus: hier komen tijdens de interfase
delen van verschillende chromosomen samen
die coderen voor rRNA

Vouwen van DNA:

- Histonen
o Vorming nucleosoomzet DNA-molecuul om in chromatinevezel: draad van DNA
met nucleosoom kerndeeltje als kralen
 Nucleosoom kerndeeltje bestaat uit 4x2 histoneiwitten met DNA-streng van
147 nucleotideparen eromheen gewikkeld
 Tussen nucleosoom kerndeeltjes zit linkerDNA
 positief geladen histoneiwitten in de nucleosoomkern binden aan negatieve
DNA-backbone
- Nonhistonen:
o Vormen lussen in chromatinevezel

Leerdoelen:

- Voor structuur van DNA: zie afbeelding
- Watson en Crick hebben de dubbele-helixstructuur ontdekt
- 2 waterstofbruggen tussen A en T, 3 tussen C en G
- DNA is een stabieler molecuul dan RNA en daarom meer geschikt als informatiedrager

, Zelfstudie 2
Replicatie:
- Dubbele helix2 enkele strengen2 dubbele heliceselke dochtercel heeft 1 streng van de
moedercel (semiconservatief)
- Initiatoreiwitten binden op replication origins en breken daar de waterstofbruggen en
trekken andere replicatie-eiwitten aan
- Bij elke replication origin ontstaan 2 replication forksbidirectional replication
- DNA-polymerase bouwt aan de 3’-kant van de nieuwe streng terwijl het de template-streng
afleest
o Katalyseert de fosfodiesterbinding tussen 3’-uiteinde en 5’-fosfaatgroep van de
nieuwe nucleotide
o Energie hiervoor komt van hydrolyse van die nieuwe nucleotide
(desoxyribosenucleosidetrifosfaat)
- Bij replication fork onstaat verdeling tussen de leading en lagging streng
o Leading: polymerase kan direct van 5’ naar 3’
o Lagging: vorming Okazaki-fragmenten
- DNA-polymerase gaat binding pas katalyseren als het heeft gecheckt of het basepaar klopt.
Als hierin toch een fout wordt gemaakt kan het gecorrigeerd worden door proofreading
o Proofreading: voordat volgende nucleotide wordt toegevoegd checkt polymerase
nog of de vorige klopt, zo niet, wordt deze er weer afgeknipt en vervangen
- Primase (RNA-polymerase) maakt RNA-primer m.b.v. templatestreng om replicatie te starten
o Bij lagging streng zijn er steeds primers nodig
- Okazakifragmenten verbinden:
1. Nuclease breekt primer af
2. Repair polymerase vervangt RNA-primer door DNA
3. DNA-ligase bindt de stukjes aan elkaar
- Uit elkaar ritsen van DNA:
o Helicase gebruikt ATP om H-bruggen te verbreken
o Single-strand DNA-binding proteins binden op het enkelstrengs DNA om te zorgen
dat het niet weer terug aan elkaar plakt
o DNA topoisomerase maakt af en toe een knipje in de backbone om de spanning van
het ontwinden eraf te halen. Dit knipje wordt daarna snel weer gerepareerd waarna
DNA topoisomerase er weer afvalt
- Sliding clamp klemt DNA-polymerase vast aan template streng
o Clamp loader gebruikt ATP om de klem erop te zetten

Leerdoelen:

- De substraten van DNA-polymerase zijn vrije en gebonden nucleotiden die respectievelijk
gebonden of gecontroleerd moeten worden.
- Bij de leading streng vindt continue replicatie plaats, bij de
lagging streng is dit discontinue replicatie
- Een Okazaki-fragment komt tot stand doordat een DNA-
polymerase aan de 3’-kant van de primer bouwt terwijl hij de
lagging strand afleest en stopt bij het eerder gevormde
fragment.