Samenvatting - Bio informatica (E0G29a)

Samenvatting bioinformatica les 1-8

Les 1 – Introductie + databases deel 1

Entrez gene
 Vind publicatie in PubMed met PMID 29764999

 Ga naar de website van NCBI (National Center for Biotechnology
Information):
Open je internetbrowser en ga naar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov

 Selecteer “PubMed”:
Klik op het menu rechtsboven waar "All Databases" staat en kies
"PubMed" uit de lijst.

 Voer het PMID-nummer in:
Typ in de zoekbalk 29764999 (Let op: je hoeft niet “PMID” voor het
nummer te typen) en druk op Enter.


 Bekijk de resultaten:
De publicatie met het betreffende PMID-nummer wordt direct
weergegeven. In dit geval is de titel: "Targetable BET proteins- and
E2F1-dependent transcriptional program maintains the malignancy
of glioblastoma"


 Verken de koppelingen Gene en 'Nucleotide (RefSeq)' in de sectie
Gerelateerde informatie


 Aan welk gen is het gekoppeld?

 Scrol naar beneden of kijk aan de rechterkant van de pagina:
Zoek de sectie met de titel “Related information” en klik hierop.

 Klik op “Gene”:
Onder deze sectie zie je een link genaamd “Gene”. Klik hierop.

 Bekijk het gekoppelde gen:
Je wordt doorgestuurd naar een pagina van NCBI Gene. Bovenaan of
in de samenvatting zie je de naam van het gen dat aan de publicatie
is gekoppeld. In dit geval is dat E2F1.

, Samenvatting bioinformatica les 1-8
 Wat is de NM-identificatie?

 Klik in de “Table of Contents” op “NCBI Reference Sequences
(RefSeq)”:
Aan de rechterkant van de Gene-pagina zie je een inhoudsopgave.
Klik hier op “NCBI Reference Sequences (RefSeq)” om naar de juiste
sectie te springen.

 Bekijk de sectie “mRNA and Protein(s)”:
In deze sectie staan de RefSeq-identificaties van het mRNA en het
eiwit.

 Zoek het NM-nummer:
Je ziet de code NM_005225.3. Dit is de unieke RefSeq-identificatie
van het mRNA-transcript dat bij het gen hoort.


 Er is slechts één transcript voor dit gen. Ga naar Nucleotide en toon
FASTA, GenBank en Grafische weergave

 Klik op het NM-nummer:
Op de NCBI Gene-pagina, in de sectie “mRNA and Protein(s)”, klik je
op het NM-nummer. Je wordt doorgestuurd naar de Nucleotide
database van NCBI.

 Je komt automatisch in GenBank-formaat terecht:
De standaardweergave is het GenBank-formaat. In het GenBank-
formaat vind je alle uitleg over het mRNA terug.

 Klik op “FASTA”:
Bovenaan de pagina zie je een knop met “FASTA”. Klik hierop om de
sequentie in ruwe vorm te bekijken (alleen letters van het mRNA).

 Klik op “Graphics’:
Bovenaan de pagina zie je een knop met “Graphics”. Klik hierop om
een grafische weergave van het mRNA te bekijken.


 Download het GenBank-geformatteerde flatfile-bestand en open in
teksteditor.

 Klik op “GenBank”:
Bovenaan de pagina zie je een knop met “GenBank”. Klik hierop.

 Download de sequentie:
Klik rechtsboven op “Send to’”, kies “File”, zet Format op “GenBank”
en klik op “Create File” om de sequentie te downloaden.

, Samenvatting bioinformatica les 1-8
 Zoek het gedownloade bestand op in je downloadsmap:
Ga naar je Downloads-map en zoek het bestand dat je zojuist hebt
gedownload.

 Klik met de rechtermuisknop op het bestand:
Klik met de rechtermuisknop op het bestand en kies “Openen met”.

 Kies “Kladblok”:
In het venster dat verschijnt, kies je voor “Kladblok” als programma
om het bestand mee te openen. Het GenBank-bestand wordt nu in
Kladblok geopend.

 Klik op “Bestand”:
Klik linksboven in Kladblok op “Bestand”.

 Klik op “Opslaan als”:
Klik links bovenaan op “Opslaan als”.

 Kies een nieuwe bestandsnaam:
Geef het bestand een andere naam.

 Zorg dat bij “Opslaan als ” staat: “Tekstdocumenten (.txt)”:
Controleer of bij “Opslaan als” de optie “Tekstdocumenten (.txt)” is
geselecteerd.

 Klik op “Opslaan”:
Klik op “Opslaan” om het bestand op te slaan.




Protein Databases
 Wat is het UniProtKB-toegangsnummer?

 Ga naar de UniProt-website:
Open je internetbrowser en ga naar: https://www.uniprot.org

 Zoek naar “hemoglobin alpha”:
Typ in de zoekbalk bovenaan “hemoglobin alpha” en druk op Enter.

 Filter op menselijk eiwit:
Aan de linkerkant onder “Popular organisms”, klik op “Homo sapiens
(Human)” om alleen menselijke eiwitten te tonen.


 Zoek het toegangsnr. op:
Er verschijnt een lijst van eiwitten. Zoek het UniProtKB-

, Samenvatting bioinformatica les 1-8
toegangsnummer van het humane hemoglobine alfa-eiwit. In dit
geval is dat P69905.



 Sla de FASTA-sequentie van het menselijke hemoglobine alpha-eiwit op
vanuit UniProtKB

 Open de eiwitpagina:
Klik op het toegangsnummmer om naar de detailpagina van het
eiwit te gaan.

 Klik op “Download”:
Bovenaan de pagina zie je de knop “Download”. Klik hierop om het
downloadmenu te openen.

 Selecteer het juiste formaat:
Stel in: Dataset = Entry; Format = FASTA

 Download het bestand:
Klik op “Download” om de FASTA-sequentie van het eiwit op te
slaan.

 Er opent zich een nieuwe pagina:
De FASTA-sequentie wordt in een nieuw venster/tabblad getoond.

 Klik met de rechtermuisknop op de pagina:
Klik op een willekeurige plek op de pagina met de rechtermuisknop
en kies “Opslaan als”.

 Zorg dat bij “Opslaan als ” staat: “TXT Bestand”
Controleer of bij “Opslaan als” de optie “TXT Bestand” is
geselecteerd.

 Klik op “Opslaan”:
Klik op “Opslaan” om de FASTA-sequentie op te slaan.


 Sla de GFF-geformatteerde lijst met kenmerken op

 Klik opnieuw op “Download”:
Bovenaan de pagina zie je de knop “Download”. Klik hierop om het
downloadmenu te openen.

 Selecteer het juiste formaat:
Stel in: Dataset = Entry; Format = GFF