Biochemie Samenvatting
H1 ECB
• Klein naar groot: atoom à molecuul à macromolecuul à macromoleculair complex
à virus à cel à weefsel à orgaan à organisme à populatie à ecosysteem.
• Een virus leeft niet, want een virus kan zichzelf niet repliceren zonder gastheercel.
(een virus kan zelf geen energie genereren)
• Alle levende organismen bestaan uit cellen, een cel is de kleinste eenheid van leven.
• Centrale dogma: DNA-replicatie à transcriptie à translatie. (DNA wordt
gesynthetiseerd d.m.v. replicatie, RNA d.m.v. DNA-transcriptie en eiwitten d.m.v.
translatie.
• DNA is opgebouwd uit nucleotiden.
• Alle eiwitten zijn opgebouwd uit dezelfde 20 aminozuren. (aminozuren leren?
https://app.memrise.com/course/89971/20-amino-acids/ )
• Genoom: volledige nucleotide sequentie. Het genoom van een cel bepaalt hoe de cel
zich zal gedragen. Het DNA in elke cel is gelijk, verschillende genen komen tot uiting
à cellen hebben verschillende functies.
• Eukaryoten: cellen hebben een celkern. In de celkern zit het DNA. De celkern wordt
omsloten door de nuclear envelope. Zo goed als alle eukaryote cellen hebben
mitochondriën (wormvormige vertakte dingetjes in het cytoplasma). De
mitochondriën genereren bruikbare energie uit voedsel.
• Prokaryoten: cellen hebben geen celkern, wel een celwand. (bijv. bacteriën).
Prokaryoten worden opgedeeld in bacteriën en archae. Archae worden voornamelijk
gevonden op plaatsen waar eukaryoten niet kunnen leven (vulkanen etc.).
• Chloroplasten: groene organellen in platencellen. Chloroplasten halen energie uit
zonlicht d.m.v. fotosynthese. Het groene pigment in chloroplasten = chlorofiel.
• Chloroplasten en mitochondriën hebben eigen DNA.
• De nucleus, mitochondriën en chloroplasten worden omsloten door een membraan.
• Endoplasmatisch Reticulum (ER): ruw, onregelmatig doolhof van een door
membraan omsloten ruimte. Het ER is verbonden met het membraan vd nucleus.
Ruw ER: ribosomen op het opp. Het ruw ER speelt een rol bij transport van eiwitten
de cel uit.
Glad ER: functie verschilt per celtype.
• Golgi-apparaat: eiwitten en vetten uit het ER worden in het Golgi-apparaat verder
bewerkt, opgeslagen en getransporteerd.
• Lysosomen: onregelmatig gevormde organellen, waarin intracellulaire vertering
plaatsvindt. Hierbij komen voedingsstoffen vrij in het cytosol en worden ongewenste
moleculen afgebroken.
• Endocytose/exocytose: endocytose = transport de cel in d.m.v. blaasjes gemaakt van
celmembraan, exocytose = tegenovergestelde van endocytose.
• Cytosol: cytoplasma – alle organellen.
• Cytoskelet: bestaat uit eiwit filamenten, zorgt voor beweging vd cel.
• Sommige organismen zijn makkelijker te onderzoeken dan andere organismen, maar
hebben dezelfde fundamentele eigenschappen. Daarom gebruiken we
modelorganismen:
E-coli = modelorganisme voor prokaryoten
Brouwersgist = modelorganisme voor eukaryoten
, Arabidopsis = modelorganisme voor planten
Drosophila (fruitvlieg) = modelorganisme voor insecten
• Soms worden voor onderzoek menselijke cellen gekweekt, we spreken dan van in
vitro onderzoek (in glas). Experimenten uitgevoerd in levende organismen = in vivo
onderzoek.
• Cel met organellen:
H2 ECB
• Organische chemie = chemie van koolstofbindingen
• Kleinste element = atoom. Een atoom heeft een kern met protonen en neutronen,
daaromheen zitten elektronen. Atoomnummer = aantal protonen in de kern.
Atoommassa = aantal protonen + neutronen
Atomen samen = molecuul
• Ion-binding: 1 atoom doneert elektronen aan het andere atoom
• Covalente binding: 2 atomen delen een elektronenpaar (= polair wanneer twee
atomen van verschillende elementen verschillende elektro-negativiteiten binden, er
ontstaat dan een ongelijke verdeling van elektronen.
• Waterstofbrug: zwakker dan covalente bindingen. Alleen hydrofiele stoffen kunnen
waterstofbruggen vormen.
• vanderWaals-bindingen: zwakke intermoleculaire binding
• De bindingen die de conformatie (vouwing) het meeste beperken zijn de vele non-
covalente bindingen. Non-covalente bindingen maken ook mogelijk om andere
moleculen te binden. De non-covalente binding die hier de grootste rol in speelt is de
elektrostatische aantrekking.
• Zuur: staat een proton (H+) af in water
• Base: neemt een proton (H+) op in water
• Moleculen met koolstofatomen zijn organisch, de rest is anorganisch
• -COOH = carboxyl
• -NH2 = amino
, • Elk aminozuur is opgebouwd uit een carboxylgroep, een aminogroep en een
restgroep. Deze restgroep is per aminozuur verschillend.
Cellen gebruiken aminozuren om eiwitten te synthetiseren, een eiwit is een
polypeptide van aminozuren met aan het ene uiteinde een N-terminus (aminogroep)
en aan het andere uiteinde een C-terminus (carboxylgroep).
• DNA is opgebouwd uit nucleotiden. Nucleotide = base + suiker + fosfaat. (nucleoside
= base + suiker) Voor de synthese van nucleotide bouwstenen is ribose nodig.
De nucleotide basen zijn: Cytosine (C), Thymine (T), Uracil (U), Adenine (A) en
Guanine (G).
Pyrimidinen: C, U, T (klein)
Purinen: A, G (groot)
A bindt aan T en C bindt aan G. In RNA heb je U in plaats van T.
• Bouwstenen van cellen: polysacchariden, vetten, membraanlipiden, eiwitten en
nucleïnezuren.
• Condensatiereactie: -OH bindt aan -OH waarbij H2O vrijkomt. Deze reactie is
omkeerbaar d.m.v. hydrolyse.
• Moleculen met zowel hydrofiele als hydrofobe eigenschappen zijn amphipathisch
• Lipiden zijn moleculen die niet oplossen in water, maar wel in vetten. Het
celmembraan bestaat uit fosfolipiden.
H3 ECB
• Katabolisme = afbraak van stoffen, anabolisme = opbouw van stoffen.
Metabolisme = katabolisme + anabolisme
• Entropie = de maat van wanorde in een systeem. Het proces van orde naar wanorde
verloopt natuurlijk. Het proces van wanorde naar orde kost energie en zal nooit
spontaan verlopen à entropie neemt vanzelf toe.
Levend = orde, niet levend = wanorde
• 1e wet vd thermodynamica: energie kan niet verloren gaan, maar wel omgezet
worden naar een andere vorm.
• Indirect komt alle energie uit zonlicht: planten halen energie uit zonlicht à dieren
eten planten.
• Chemische energie wordt uit moleculen gehaald d.m.v. oxidatie = gecontroleerde
verbranding.
• Het complexe stapsgewijze proces waarbij voedselmoleculen worden
gekataboliseerd om energie te produceren in cellen = cellulaire ademhaling
• De meest voorkomende drager van energie is ATP
H1 ECB
• Klein naar groot: atoom à molecuul à macromolecuul à macromoleculair complex
à virus à cel à weefsel à orgaan à organisme à populatie à ecosysteem.
• Een virus leeft niet, want een virus kan zichzelf niet repliceren zonder gastheercel.
(een virus kan zelf geen energie genereren)
• Alle levende organismen bestaan uit cellen, een cel is de kleinste eenheid van leven.
• Centrale dogma: DNA-replicatie à transcriptie à translatie. (DNA wordt
gesynthetiseerd d.m.v. replicatie, RNA d.m.v. DNA-transcriptie en eiwitten d.m.v.
translatie.
• DNA is opgebouwd uit nucleotiden.
• Alle eiwitten zijn opgebouwd uit dezelfde 20 aminozuren. (aminozuren leren?
https://app.memrise.com/course/89971/20-amino-acids/ )
• Genoom: volledige nucleotide sequentie. Het genoom van een cel bepaalt hoe de cel
zich zal gedragen. Het DNA in elke cel is gelijk, verschillende genen komen tot uiting
à cellen hebben verschillende functies.
• Eukaryoten: cellen hebben een celkern. In de celkern zit het DNA. De celkern wordt
omsloten door de nuclear envelope. Zo goed als alle eukaryote cellen hebben
mitochondriën (wormvormige vertakte dingetjes in het cytoplasma). De
mitochondriën genereren bruikbare energie uit voedsel.
• Prokaryoten: cellen hebben geen celkern, wel een celwand. (bijv. bacteriën).
Prokaryoten worden opgedeeld in bacteriën en archae. Archae worden voornamelijk
gevonden op plaatsen waar eukaryoten niet kunnen leven (vulkanen etc.).
• Chloroplasten: groene organellen in platencellen. Chloroplasten halen energie uit
zonlicht d.m.v. fotosynthese. Het groene pigment in chloroplasten = chlorofiel.
• Chloroplasten en mitochondriën hebben eigen DNA.
• De nucleus, mitochondriën en chloroplasten worden omsloten door een membraan.
• Endoplasmatisch Reticulum (ER): ruw, onregelmatig doolhof van een door
membraan omsloten ruimte. Het ER is verbonden met het membraan vd nucleus.
Ruw ER: ribosomen op het opp. Het ruw ER speelt een rol bij transport van eiwitten
de cel uit.
Glad ER: functie verschilt per celtype.
• Golgi-apparaat: eiwitten en vetten uit het ER worden in het Golgi-apparaat verder
bewerkt, opgeslagen en getransporteerd.
• Lysosomen: onregelmatig gevormde organellen, waarin intracellulaire vertering
plaatsvindt. Hierbij komen voedingsstoffen vrij in het cytosol en worden ongewenste
moleculen afgebroken.
• Endocytose/exocytose: endocytose = transport de cel in d.m.v. blaasjes gemaakt van
celmembraan, exocytose = tegenovergestelde van endocytose.
• Cytosol: cytoplasma – alle organellen.
• Cytoskelet: bestaat uit eiwit filamenten, zorgt voor beweging vd cel.
• Sommige organismen zijn makkelijker te onderzoeken dan andere organismen, maar
hebben dezelfde fundamentele eigenschappen. Daarom gebruiken we
modelorganismen:
E-coli = modelorganisme voor prokaryoten
Brouwersgist = modelorganisme voor eukaryoten
, Arabidopsis = modelorganisme voor planten
Drosophila (fruitvlieg) = modelorganisme voor insecten
• Soms worden voor onderzoek menselijke cellen gekweekt, we spreken dan van in
vitro onderzoek (in glas). Experimenten uitgevoerd in levende organismen = in vivo
onderzoek.
• Cel met organellen:
H2 ECB
• Organische chemie = chemie van koolstofbindingen
• Kleinste element = atoom. Een atoom heeft een kern met protonen en neutronen,
daaromheen zitten elektronen. Atoomnummer = aantal protonen in de kern.
Atoommassa = aantal protonen + neutronen
Atomen samen = molecuul
• Ion-binding: 1 atoom doneert elektronen aan het andere atoom
• Covalente binding: 2 atomen delen een elektronenpaar (= polair wanneer twee
atomen van verschillende elementen verschillende elektro-negativiteiten binden, er
ontstaat dan een ongelijke verdeling van elektronen.
• Waterstofbrug: zwakker dan covalente bindingen. Alleen hydrofiele stoffen kunnen
waterstofbruggen vormen.
• vanderWaals-bindingen: zwakke intermoleculaire binding
• De bindingen die de conformatie (vouwing) het meeste beperken zijn de vele non-
covalente bindingen. Non-covalente bindingen maken ook mogelijk om andere
moleculen te binden. De non-covalente binding die hier de grootste rol in speelt is de
elektrostatische aantrekking.
• Zuur: staat een proton (H+) af in water
• Base: neemt een proton (H+) op in water
• Moleculen met koolstofatomen zijn organisch, de rest is anorganisch
• -COOH = carboxyl
• -NH2 = amino
, • Elk aminozuur is opgebouwd uit een carboxylgroep, een aminogroep en een
restgroep. Deze restgroep is per aminozuur verschillend.
Cellen gebruiken aminozuren om eiwitten te synthetiseren, een eiwit is een
polypeptide van aminozuren met aan het ene uiteinde een N-terminus (aminogroep)
en aan het andere uiteinde een C-terminus (carboxylgroep).
• DNA is opgebouwd uit nucleotiden. Nucleotide = base + suiker + fosfaat. (nucleoside
= base + suiker) Voor de synthese van nucleotide bouwstenen is ribose nodig.
De nucleotide basen zijn: Cytosine (C), Thymine (T), Uracil (U), Adenine (A) en
Guanine (G).
Pyrimidinen: C, U, T (klein)
Purinen: A, G (groot)
A bindt aan T en C bindt aan G. In RNA heb je U in plaats van T.
• Bouwstenen van cellen: polysacchariden, vetten, membraanlipiden, eiwitten en
nucleïnezuren.
• Condensatiereactie: -OH bindt aan -OH waarbij H2O vrijkomt. Deze reactie is
omkeerbaar d.m.v. hydrolyse.
• Moleculen met zowel hydrofiele als hydrofobe eigenschappen zijn amphipathisch
• Lipiden zijn moleculen die niet oplossen in water, maar wel in vetten. Het
celmembraan bestaat uit fosfolipiden.
H3 ECB
• Katabolisme = afbraak van stoffen, anabolisme = opbouw van stoffen.
Metabolisme = katabolisme + anabolisme
• Entropie = de maat van wanorde in een systeem. Het proces van orde naar wanorde
verloopt natuurlijk. Het proces van wanorde naar orde kost energie en zal nooit
spontaan verlopen à entropie neemt vanzelf toe.
Levend = orde, niet levend = wanorde
• 1e wet vd thermodynamica: energie kan niet verloren gaan, maar wel omgezet
worden naar een andere vorm.
• Indirect komt alle energie uit zonlicht: planten halen energie uit zonlicht à dieren
eten planten.
• Chemische energie wordt uit moleculen gehaald d.m.v. oxidatie = gecontroleerde
verbranding.
• Het complexe stapsgewijze proces waarbij voedselmoleculen worden
gekataboliseerd om energie te produceren in cellen = cellulaire ademhaling
• De meest voorkomende drager van energie is ATP
