7.8 Genomics
Bio-informatica: met behulp van de computers kan het nucleotde seeuence data bewaren,
terughalen en analyseren.
Analyzing a Prokaryotic DNA Sequence
In het analyseren van een DNA seeuence, wordt de (+) strand gebruikt voor het RNA transcript. Een
voorbeeld; een ATG in de plus strand kan staan voor een start codon.
ORF = open reading frames. Dit codeert potenteel voor een eiwit.
Metagenomics
Metagenomiics is de analyse van een totale microbiële genoom in een omgeving. Dit is zo belangrijk,
dat het ook wel het miicrobioom wordt genoemd.
, 10.2 Identifcation Methods
Based on Phenotype
Microscopic Morphology
Belangrijke stap in het identiceren van een microorganisme: groote, vorm,
kleuringseigenschappen.
Size and Shape
Dit kan makkelijk worden bepaald via de microscoop.
Alleen al hiermee kun je al bepalen of je te maken hebt met een prokaryoot, fungus of een protozoan
(eencelligen).
Gram Stain
Positef en negatef.
Hiermee kun je de vorm, gram reacte en het arrangement van de cel bekijken, en of ze groeien met
andere bacteriën of gebruik maken van een host.
Niet alles kun je met de gram kleuring onderscheiden, hiervoor moeten er andere methoden
gebruikt worden.
N. gonorrhoeae is de enige gram negateve diplococci die in de wite bloedcellen nestelen.
Special Stains
Members van de mycobacteria zijn een van de weinige acid-fast bacteriën.
Culture Characteristics
De morfologie kan al een aantal hints geven naar het identteit van het organismen.
In een clinische lab worden monsters op verschillende media geplaat om zo meer informate te
krijgen over het soort organisme waar je mee te maken hebt.
Metabolic Capabilities
De metabolische actviteit van een organisme zijn ook nodig in het bepalen van de soort waar je mee
te maken hebt door bijvoorbeeld te kijken naar de fermentate van suiker.
Biochemical Tests
Dit kan gebruikt worden om naar zijn metabolische capaciteiten te kijken.
De snelste is de katalase test. Dit is een enzym dat veel organismen gebruiken om zich te
beschermen tegen H2O2. Dit wordt omgezet naar water en CO2.
De meeste bacteriën die met zuurstof groeien, zijn katalase positef.
Een uitzondering zijn de lactc acid bacteriën.
Veel van de tests leunen op een indicator die van kleur veranderd bij de afraak van een component.
Diichotomous key: dit is een serie aan keuzes die leiden naar de identicate van het organisme.
Bio-informatica: met behulp van de computers kan het nucleotde seeuence data bewaren,
terughalen en analyseren.
Analyzing a Prokaryotic DNA Sequence
In het analyseren van een DNA seeuence, wordt de (+) strand gebruikt voor het RNA transcript. Een
voorbeeld; een ATG in de plus strand kan staan voor een start codon.
ORF = open reading frames. Dit codeert potenteel voor een eiwit.
Metagenomics
Metagenomiics is de analyse van een totale microbiële genoom in een omgeving. Dit is zo belangrijk,
dat het ook wel het miicrobioom wordt genoemd.
, 10.2 Identifcation Methods
Based on Phenotype
Microscopic Morphology
Belangrijke stap in het identiceren van een microorganisme: groote, vorm,
kleuringseigenschappen.
Size and Shape
Dit kan makkelijk worden bepaald via de microscoop.
Alleen al hiermee kun je al bepalen of je te maken hebt met een prokaryoot, fungus of een protozoan
(eencelligen).
Gram Stain
Positef en negatef.
Hiermee kun je de vorm, gram reacte en het arrangement van de cel bekijken, en of ze groeien met
andere bacteriën of gebruik maken van een host.
Niet alles kun je met de gram kleuring onderscheiden, hiervoor moeten er andere methoden
gebruikt worden.
N. gonorrhoeae is de enige gram negateve diplococci die in de wite bloedcellen nestelen.
Special Stains
Members van de mycobacteria zijn een van de weinige acid-fast bacteriën.
Culture Characteristics
De morfologie kan al een aantal hints geven naar het identteit van het organismen.
In een clinische lab worden monsters op verschillende media geplaat om zo meer informate te
krijgen over het soort organisme waar je mee te maken hebt.
Metabolic Capabilities
De metabolische actviteit van een organisme zijn ook nodig in het bepalen van de soort waar je mee
te maken hebt door bijvoorbeeld te kijken naar de fermentate van suiker.
Biochemical Tests
Dit kan gebruikt worden om naar zijn metabolische capaciteiten te kijken.
De snelste is de katalase test. Dit is een enzym dat veel organismen gebruiken om zich te
beschermen tegen H2O2. Dit wordt omgezet naar water en CO2.
De meeste bacteriën die met zuurstof groeien, zijn katalase positef.
Een uitzondering zijn de lactc acid bacteriën.
Veel van de tests leunen op een indicator die van kleur veranderd bij de afraak van een component.
Diichotomous key: dit is een serie aan keuzes die leiden naar de identicate van het organisme.
