Biomedische informatie en informatieverwerking 3
Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap? 3
Soorten wetenschappen: 3
Wisselwerking wetenschap en maatschappij 4
Wetenschappelijke benadering 5
Hoofdstuk 2: Inleiding tot het onderzoek 6
1. Wetenschappelijke methode (BMW) 6
2. Hypothesen 7
3. Experiment en onderzoek: data cycle 8
4. Meten is weten 9
standaarden en eenheden 9
standaardisering d.m.v. schalen 9
standaardisering bij rapporteren 9
5. Waarneming en interpretatie 10
Hoofdstuk 3: Biomedisch wetenschappelijk onderzoek en publiceren 11
Onderzoeksbenaderingen 11
Reductionistische benadering 12
Systeembenadering 12
Translationeel wetenschappelijk onderzoek 13
T0: basisonderzoek met oog op medische toepassing 14
T1: men doet experimenten om uiteindelijk de translatie naar de mens te doen14
T2: patiënten 14
T3: implementatie in kliniek 15
T4: overgang naar populatieniveau 15
Interleukine-5 als therapeutisch target voor behandeling van astma 16
Tips and tricks voor succesvolle translatie 18
Van onderzoek naar publicatie (les 3 dia 9) 21
Structuur v/e wetenschappelijke artikel (les 3 dia 16) 22
Hoofdstuk 4: Wetenschappelijke integriteit 23
Misconduct en wetenschappelijke fraude 23
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
, Publicaties, rankings en impactfactoren 25
Onethisch wetenschappelijk gedrag 26
Verantwoord auteurschap 26
Hoofdstuk 5: Binair tellen 27
Binair tellen is oud 27
Shannon's informatietheorie 27
Bits en staten 27
Maximale en lokale entropie 28
Hoofdstuk 6: Publieke databanken 29
Controlled vocabularies, sleutelwoorden, MeSH, enz. 30
Historiek en evolutie van databanken 31
Enkele veel gebruikte databanken in biomedische wetenschappen 32
Protein data bank (PDB) 34
Ensembl 35
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) 36
UniProt 36
Hoofdstuk 7: Relationele databanken 39
Publieke databanken zijn relationele databanken 39
Structuur van een databank - wat de gebruiker ziet 40
Structuur van een databank - wat de gebruiker niet ziet 40
Practicum: structured query language (SQL) 43
Hoofdstuk 8: Naar “open science” 46
Wat is “open science” 46
Goede wetenschap vereist communicatie en samenwerking 47
MAAR, nog altijd niet open 48
Argumenten voor open science 48
Argumenten tegen open science 48
Manieren van open science 49
Open access 50
De relatie onderzoeker - sponsor - uitgever 50
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
, Creative commons en FAIR 51
6 Creative Commons (CC) licenties 51
FAIR 52
Research Data Management (is een competentie) 52
Hoofdstuk 9: Paswoorden & beveiliging 54
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
, Hoofdstuk 1 wat is wetenschap?
1.1 Wetenschap?
▪ Science
= afgeleid van het Latijnse woord “Scientia” wat staat voor kennis.
Maar het opbouwen van kennis is geen wetenschap!
Definitie wetenschap:
een systematisch gebeuren waarbij er kennis wordt opgebouwd en wordt georganiseerd
onder de vorm van testbare verklaringen en voorspellingen.
1.2 Kennis opbouwen
In de biomedische wetenschappen (en andere) zijn er verschillende wetenschappelijke
methodes voor kennis op te bouwen zoals:
1. Testbare hypotheses
2. Gecontroleerde experimenten
3. Wetenschappelijke communicatie
1.3 Kennis organiseren
▪ Kennis kan georganiseerde worden op verschillende manieren
o Bv: tabellen (mendeljev), databanken, wetenschappelijke literatuur
▪ Darwin heeft de evolutietheorie ontwikkeld zonder de kennis van het bestaan van genen en
eiwitten en moleculen en nog geen enkel moleculair experiment heeft zijn theorie
tegengesproken
→ (manier van het onderzoek = verzamelen, waarnemen, interpreteren)
▪ Mens heeft een grote impact op omgeving= beinvloedt onderzoek
▪ Oude systemen voor overleving, nog steeds aanwezig
1.4 Zijn er verschillende wetenschapsgroeperingen?
• De natuurwetenschappen (β)
Wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie, geologie, …
• De cultuurwetenschappen onderverdeelt in de gedragswetenschappen γ en de
geesteswetenschappen α
Sociologie, psychologie, criminologie, taalwetenschappen, …
Maar er bestaat natuurlijk ook overlapping of raaklakken binnen 1 wetenschap
Bv. Gebruik palynologie = onderzoek van
plantenpollen (komt uit de biologie). Pollen
bewaren lang met ongewijzigde structuur en
kunnen
dus info geven over voeding van vroeger.
• De biomedische wetenschappen is een stem opleiding, een opleiding tussen β en γ
Het is een combinatie tussen de natuurwetenschappen (fysica, wiskunde en chemie)
maar het heeft ook grote raakvlakken met de sociale wetenschappen (psychologie,
sociologie, criminologie en economie)
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
Hoofdstuk 1: Wat is wetenschap? 3
Soorten wetenschappen: 3
Wisselwerking wetenschap en maatschappij 4
Wetenschappelijke benadering 5
Hoofdstuk 2: Inleiding tot het onderzoek 6
1. Wetenschappelijke methode (BMW) 6
2. Hypothesen 7
3. Experiment en onderzoek: data cycle 8
4. Meten is weten 9
standaarden en eenheden 9
standaardisering d.m.v. schalen 9
standaardisering bij rapporteren 9
5. Waarneming en interpretatie 10
Hoofdstuk 3: Biomedisch wetenschappelijk onderzoek en publiceren 11
Onderzoeksbenaderingen 11
Reductionistische benadering 12
Systeembenadering 12
Translationeel wetenschappelijk onderzoek 13
T0: basisonderzoek met oog op medische toepassing 14
T1: men doet experimenten om uiteindelijk de translatie naar de mens te doen14
T2: patiënten 14
T3: implementatie in kliniek 15
T4: overgang naar populatieniveau 15
Interleukine-5 als therapeutisch target voor behandeling van astma 16
Tips and tricks voor succesvolle translatie 18
Van onderzoek naar publicatie (les 3 dia 9) 21
Structuur v/e wetenschappelijke artikel (les 3 dia 16) 22
Hoofdstuk 4: Wetenschappelijke integriteit 23
Misconduct en wetenschappelijke fraude 23
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
, Publicaties, rankings en impactfactoren 25
Onethisch wetenschappelijk gedrag 26
Verantwoord auteurschap 26
Hoofdstuk 5: Binair tellen 27
Binair tellen is oud 27
Shannon's informatietheorie 27
Bits en staten 27
Maximale en lokale entropie 28
Hoofdstuk 6: Publieke databanken 29
Controlled vocabularies, sleutelwoorden, MeSH, enz. 30
Historiek en evolutie van databanken 31
Enkele veel gebruikte databanken in biomedische wetenschappen 32
Protein data bank (PDB) 34
Ensembl 35
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) 36
UniProt 36
Hoofdstuk 7: Relationele databanken 39
Publieke databanken zijn relationele databanken 39
Structuur van een databank - wat de gebruiker ziet 40
Structuur van een databank - wat de gebruiker niet ziet 40
Practicum: structured query language (SQL) 43
Hoofdstuk 8: Naar “open science” 46
Wat is “open science” 46
Goede wetenschap vereist communicatie en samenwerking 47
MAAR, nog altijd niet open 48
Argumenten voor open science 48
Argumenten tegen open science 48
Manieren van open science 49
Open access 50
De relatie onderzoeker - sponsor - uitgever 50
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
, Creative commons en FAIR 51
6 Creative Commons (CC) licenties 51
FAIR 52
Research Data Management (is een competentie) 52
Hoofdstuk 9: Paswoorden & beveiliging 54
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
, Hoofdstuk 1 wat is wetenschap?
1.1 Wetenschap?
▪ Science
= afgeleid van het Latijnse woord “Scientia” wat staat voor kennis.
Maar het opbouwen van kennis is geen wetenschap!
Definitie wetenschap:
een systematisch gebeuren waarbij er kennis wordt opgebouwd en wordt georganiseerd
onder de vorm van testbare verklaringen en voorspellingen.
1.2 Kennis opbouwen
In de biomedische wetenschappen (en andere) zijn er verschillende wetenschappelijke
methodes voor kennis op te bouwen zoals:
1. Testbare hypotheses
2. Gecontroleerde experimenten
3. Wetenschappelijke communicatie
1.3 Kennis organiseren
▪ Kennis kan georganiseerde worden op verschillende manieren
o Bv: tabellen (mendeljev), databanken, wetenschappelijke literatuur
▪ Darwin heeft de evolutietheorie ontwikkeld zonder de kennis van het bestaan van genen en
eiwitten en moleculen en nog geen enkel moleculair experiment heeft zijn theorie
tegengesproken
→ (manier van het onderzoek = verzamelen, waarnemen, interpreteren)
▪ Mens heeft een grote impact op omgeving= beinvloedt onderzoek
▪ Oude systemen voor overleving, nog steeds aanwezig
1.4 Zijn er verschillende wetenschapsgroeperingen?
• De natuurwetenschappen (β)
Wiskunde, fysica, scheikunde, biologie, geografie, geologie, …
• De cultuurwetenschappen onderverdeelt in de gedragswetenschappen γ en de
geesteswetenschappen α
Sociologie, psychologie, criminologie, taalwetenschappen, …
Maar er bestaat natuurlijk ook overlapping of raaklakken binnen 1 wetenschap
Bv. Gebruik palynologie = onderzoek van
plantenpollen (komt uit de biologie). Pollen
bewaren lang met ongewijzigde structuur en
kunnen
dus info geven over voeding van vroeger.
• De biomedische wetenschappen is een stem opleiding, een opleiding tussen β en γ
Het is een combinatie tussen de natuurwetenschappen (fysica, wiskunde en chemie)
maar het heeft ook grote raakvlakken met de sociale wetenschappen (psychologie,
sociologie, criminologie en economie)
≠ Natuurlijke experimenten (bvb geologie), veldexperimenten, observationele
studie (bv individuele patiënt)
