Algemene celbiologie: woordenlijst
I. SELECTIE van CELBIOLOGISCHE TECHNIEKEN
I.A. Celculturen
Medium Nodig voor de groei van vertebratencellen; bevatten aminozuren,
vitaminen, vetzuren en groeifactoren, door toevoeging van (foetaal)
serum
Substraat Als cellen aan negatief geladen substraat gehecht zijn: groei;
eventueel bedekt met componenten van ECM
Primaire cellen Zijn direct afgeleid van dierlijk weefsel; beperkt groeipotentieel in
cultuur
Cell strain Primaire cellen die langer in vitro blijven groeien; groeit als 2D
cultuur (monolaag)
Getransformeerde cellen Afgeleid van humane/dierlijke tumoren of zijn spontaan ontstaan
door primaire cellen over langere periodes te cultiveren; kunnen 3D
groeien en voor ‘oneindige’ periode, hebben dan een
geïmmortaliseerde cellijn gevormd
Monolaagcultuur “Simuleren” van 3D organen/weefsels; echte 3D culturen komen
enkel onder uitz. condities voor
Stabiele cellijnen In theorie onbeperkte levensduur (geïmmortaliseerd): ofwel
tumorale oorsprong ofwel na ‘crisis’ (selectie) van culturen, die na
tijdje verouderen en grotendeels afsterven (‘senescence’)
MEM Bevat isotonische zouten (o.a. Na-bicarbonaatbuffer, zoals in bloed),
energiebron (bv. glucose), essentiële az en vitamines, serum (duur)
Anoïkis Vorm van geprogrammeerde celdood of apoptose
Basaal membraan Als begrenzing van de meeste weefsels; uit andere ECM-
componenten (collageen IV en laminine) dan interstitieel
bindweefsel (collageen I en III, fibronectine)
Trypsine-EDTA behandeling Trypsine: maagprotease, degradeert oppervlakte-eiwitten
EDTA (etyleendiaminetetra-acetaat): cheleert Ca en Mg, interfereert
met intercellulaire adhesie en cel-substraatsbinding
Autocrien Zelf gesynthetiseerd
Paracrien Aangemaakt door naburige cellen
Teratoom Tumor van geslachtscellen
Ectopisch Op een niet-originele locatie
Orthotopisch Op de originele plaats
Mycoplasma’s Parasitaire micro-organismen, deels intracellulair, verstoren cellulair
metabolisme (vaak door sterke verzuring milieu), moeilijk
detecteerbaar (DNA-kleuring, PCR, ELISA) en moeilijker
elimineerbaar
Karyotypering Techniek waarbij aantal en vorm van de chromosomen in individuele
cellen worden bepaald
Subklonering Kolonievorming vanuit individuele cellen, eventueel op onderlaag
van feeder cellen
1
,I.B. Overzicht van microscopische en cytologische technieken
Resolutie Vermogen om twee punten als individueel te zien, kortste afstand
tussen twee punten die van elkaar onderscheiden kunnen worden
(individuele entiteiten)
Diffractie Het afbuigen van een golf langs een ondoordringbaar obstakel; het
kenmerkend effect van golfvoortplanting; waarneembaar als de
afmetingen van de obstakels niet groot zijn t.o.v. de golflengte
Beeld Verzameling van diffractiepatronen
Numerieke apertuur (NA) Maat voor de mogelijkheid om licht te capteren en detail te
verbeteren
Lichtmicroscopie Om de celstructuur en grotere celorganellen te visualiseren; ook
voor de lokalisatie van macromoleculen (vaak eiwitten) in cellen
Fasecontrastmicroscopie en Om details van levende, niet-gekleurde cellen te observeren, evenals
differentieel-interferentie- celbewegingen (time lapse microscopie)
contrastmicroscopie (DIC) FC: licht dat door staal gaat gescheiden van gebroken licht (door
verschillen in refractieve index) en verschijnen als verschillende
amplitudes (intensiteit)
DIC: gradiënten in de lengte van het optisch pad (= verschillen in
refractieve index x geometrische afstand (dus dikte) tussen twee
punten van optisch pad) geconverteerd naar verschillen in
amplitude => contrast verhoogd
Fluorescentiemicroscopie Eiwitten taggen met green fluorescent protein (GFP) of synthetische
variant ervan (ook in levende cellen)
Fluorochroom Fluorescente molecule; hebben uniek spectrum
Fluorofoor Fusie van fluorochroom aan andere molecule
Immuno-fluorescentiemicroscopie Bepaalde eiwitten of organellen in gefixeerde cellen kleuren met
antilichamen die gemerkt zijn met fluorochromen; direct (gemerkt
primair AL) of indirect (gemerkt secundair AL)
Confocale laser scanning Om optische secties te maken van een geobserveerd specimen
microscopie (CLSM) en waarbij dan een reductie beoogd wordt van de achtergrondwaas te
deconvolutiemicroscopie wijten aan out-of-focus fluorescentie; leiden tot scherpere beelden,
vnl. in geval van dikkere specimens
Confocale microscopie: basisprincipe = gebruik van hoge energie
lichtbron (laser) om fluorochroom te exciteren => opeenvolgend
collecteren van emissielicht van een specifiek optisch vlak door een
pinhole die al het uit-focus licht elimineert voor het de detector
(fotomultiplier tube) kan bereiken
Spinning disk confocaal systeem Om snelle 3D-bewegingen te registreren
Elektronenmicroscopie Om de ultrastructuur van cellen en organellen te visualiseren; ook
voor de visualisatie van macromoleculen ofwel in (sterk gefixeerde)
cellen ofwel in vitro
Cryo-elektronenmicroscopie Voor de analyse van gehydrateerde, niet chemisch gefixeerde en
zelfs niet gekleurde biologische specimens via TEM te analyseren; de
stalen worden hiervoor diepgevroren in vloeibare stikstof en zo
gehouden gedurende daaropvolgende stadia
Scanning elektronenmicroscopie Laat toe om met zeer hoge resolutie schijnbaar 3D beelden te
(SEM) verkrijgen van niet-versneden cellen, weefsels of kleine organismen,
die eerst wel behandeld moeten worden met zware metalen
Polyklonale ALn Bindt meerdere epitopen op hetzelfde antigen (eiwit)
2
,Monoklonale ALn Bindt slechts 1 welbepaald epitoop op een antigen (eiwit)
Immunokleuringen Op cellen gegroeid op glazen dekglaasje (coverslip) of secties
(coupes) van tumoren of organen; gebruik van ALn om een bepaald
eiwit/antigen te visualiseren
Haematoxiline/eosinekleuring Voor creëren van achtergrondkleuring
PAP methode (peroxidase- Antigenspecifiek primair AL van species X (bv. monoklonaal AL of
antiperoxidase complex) mAb van muis) & anti-peroxidase AL van hetzelfde species X om
peroxidasen te koppelen in een complex; antiperoxidase AL mag
de enzymatische activiteit van het peroxidase niet blokkeren; de
2 ALn worden onderling gekoppeld via 3de AL van species Y (bv.
konijn), dat gericht is tegen het constante deel van AL van
species X
Gevoelig: vorming van grote multimoleculaire complexen met
veel detectiemoleculen (de peroxidase-enzymen) die
geconcentreerd worden o.b.v. de bivalentie van antiperoxidase-
AL
Ook speciesbeperkt: bij gebruik van brug-AL dat bv.
antigenspecifiek mAb van muis herkent, dient ook een
antiperoxidase-AL van muis te worden gebruikt
ABC methode ((strept)avidine- Avidine: teravalent biotinebindend glycoproteïne uit
biotine complex) kippeneiwit, sterk negatief geladen, zorgt voor aspecifieke
binding in de celkern
Streptavidine: tetravalent eiwit, uit Streptomyces, lagere
aspecifieke binding, toch even hoge specifieke binding voor
wateroplosbaar vitamine biotine; biotinylatie kan snel en als een
spacerarm wordt toegepast: weinig sterische hinder bij
streptavidine-[biotinemacromolecule] interactie
Techniek gebaseerd op progressief groeiend complex
(amplificatie) van het tetravalente (strept)avidine, dat met zowel
gebiotinyleerde primaire/secundaire ALn als gebiotinyleerde
detectormoleculen (bv. peroxidase) bindt
Zeer gevoelig
Immunofluorescentie Gebruik van met fluorochroom geconjugeerde primaire of
secundaire ALn
In situ hybridisatie Het identificeren van specifieke sequenties in DNA of RNA door
gebruik te maken van de eigenschap van ss nucleïnezuren om te
“verkleven” (hybridisatie) aan complementaire sequenties waarbij
hybriden worden gevormd; door één van de twee strengen in de
hybride van een fluorescerende merker (label) te voorzien, kunnen
de hybriden gedetecteerd worden met een fluorescentiemicroscoop
Cytoautoradiografie Een cel(deel) wordt gelabeld met een radioactieve precursor en dan
overdekt met een fotografische emulsie die gevoelig is voor straling;
deze emulsie levert na kort tot lang contact met de radioactieve
bron kleine zilveren korrels op waarvan de verdeling overeenkomt
met deze van het radioactieve materiaal
Autoradiografie Procedure die radioactieve bestanddelen lokaliseert in een schijfje
("slice") weefsel; straling belicht fotografische emulsie of een stuk
film dat het weefsel bedekt (cytoautoradiografie, autoradiografie
van de cel)
3
, DIG-methode DIG-gemerkte hybridisatieprobes gebruikt (cDNA/RNA) +
(dioxygeninemethode) geconjugeerde anti-DIG AL
DIG uit giftige vingerhoedskruid (Digitalis) en komt niet voor in
dierenrijk
Pulse-chase experimenten Gebruikt voor het opsporen van veranderingen in de intracellulaire
lokalisatie van eiwitten over de tijd heen; cellen worden
blootgesteld aan een radioactief gemerkte precursor (bv. 35S-
gemerkt Met in geval van eiwitten) voor korte periode (= de puls);
dan gewassen met buffer om niet-geïncorporeerde radioactieve
precursor zoveel mogelijk te verwijderen; tenslotte geïncubeerd met
overmaat aan niet-gemerkte vorm dus de niet-radioactieve
precursor (= de chase); periodiek genomen stalen geanalyseerd om
de locatie van het radiolabel te bepalen
Karyogram Visueel overzicht van de chromosomale samenstelling van een cel;
preparaten van gecondenseerde chromosomen in de metafase;
d.m.v. verschillende banderingstechnieken kan o.b.v. dit
bandenpatroon zowel het chromosoom als abnormaliteiten dus
chromosomale afwijkingen (zoals bij kanker) herkend worden; de
chromosomen worden dus geïdentificeerd (gekaryotypeerd) o.b.v.
verschillende herkenningspunten
Trisomie Erfelijke afwijking waarbij er van een chromosoom drie stuks
aanwezig zijn i.p.v. de normale twee (bv. chr. 21)
Heteroploïd Een incompleet stel chromosomen bevattend
FISH Hierdoor kunnen chromosomen beter weergegeven en
(fluorescente in situ hybridisatie) onderzocht worden; toepassingen: chromosome painting en
multi-color FISH
Met polynucleotideprobes, gemerkt met bv. fluorochromen,
biotine, DIG
Voor genlokalisatie en detectie van grotere chromosomale
afwijkingen (numeriek/structureel); zowel op interfasekernen
(fysische afstand tussen naburige genen is groter want daar
gDNA gedecondenseerd) als op gecondenseerde
metafasechromosomen (in combinatie met chromosomale
bandering)
II. INLEIDENDE EMBRYOLOGIE en HISTOLOGIE van DIEREN
II.A. Inleiding
Cel Vormt een anatomische eenheid van een levend wezen en kan sterk
verschillen van functie en vorm
Weefsel Geheel van gelijk gespecialiseerde type cellen, zijn dus gelijksoortig
en hebben dezelfde taak; bv. spierweefsel (spiercellen); cellen in
geordend verband en met verschillende mate aan intercellulaire stof
Organen Geheel van verschillende weefels die samen een welbepaalde taak
uitvoeren
4
I. SELECTIE van CELBIOLOGISCHE TECHNIEKEN
I.A. Celculturen
Medium Nodig voor de groei van vertebratencellen; bevatten aminozuren,
vitaminen, vetzuren en groeifactoren, door toevoeging van (foetaal)
serum
Substraat Als cellen aan negatief geladen substraat gehecht zijn: groei;
eventueel bedekt met componenten van ECM
Primaire cellen Zijn direct afgeleid van dierlijk weefsel; beperkt groeipotentieel in
cultuur
Cell strain Primaire cellen die langer in vitro blijven groeien; groeit als 2D
cultuur (monolaag)
Getransformeerde cellen Afgeleid van humane/dierlijke tumoren of zijn spontaan ontstaan
door primaire cellen over langere periodes te cultiveren; kunnen 3D
groeien en voor ‘oneindige’ periode, hebben dan een
geïmmortaliseerde cellijn gevormd
Monolaagcultuur “Simuleren” van 3D organen/weefsels; echte 3D culturen komen
enkel onder uitz. condities voor
Stabiele cellijnen In theorie onbeperkte levensduur (geïmmortaliseerd): ofwel
tumorale oorsprong ofwel na ‘crisis’ (selectie) van culturen, die na
tijdje verouderen en grotendeels afsterven (‘senescence’)
MEM Bevat isotonische zouten (o.a. Na-bicarbonaatbuffer, zoals in bloed),
energiebron (bv. glucose), essentiële az en vitamines, serum (duur)
Anoïkis Vorm van geprogrammeerde celdood of apoptose
Basaal membraan Als begrenzing van de meeste weefsels; uit andere ECM-
componenten (collageen IV en laminine) dan interstitieel
bindweefsel (collageen I en III, fibronectine)
Trypsine-EDTA behandeling Trypsine: maagprotease, degradeert oppervlakte-eiwitten
EDTA (etyleendiaminetetra-acetaat): cheleert Ca en Mg, interfereert
met intercellulaire adhesie en cel-substraatsbinding
Autocrien Zelf gesynthetiseerd
Paracrien Aangemaakt door naburige cellen
Teratoom Tumor van geslachtscellen
Ectopisch Op een niet-originele locatie
Orthotopisch Op de originele plaats
Mycoplasma’s Parasitaire micro-organismen, deels intracellulair, verstoren cellulair
metabolisme (vaak door sterke verzuring milieu), moeilijk
detecteerbaar (DNA-kleuring, PCR, ELISA) en moeilijker
elimineerbaar
Karyotypering Techniek waarbij aantal en vorm van de chromosomen in individuele
cellen worden bepaald
Subklonering Kolonievorming vanuit individuele cellen, eventueel op onderlaag
van feeder cellen
1
,I.B. Overzicht van microscopische en cytologische technieken
Resolutie Vermogen om twee punten als individueel te zien, kortste afstand
tussen twee punten die van elkaar onderscheiden kunnen worden
(individuele entiteiten)
Diffractie Het afbuigen van een golf langs een ondoordringbaar obstakel; het
kenmerkend effect van golfvoortplanting; waarneembaar als de
afmetingen van de obstakels niet groot zijn t.o.v. de golflengte
Beeld Verzameling van diffractiepatronen
Numerieke apertuur (NA) Maat voor de mogelijkheid om licht te capteren en detail te
verbeteren
Lichtmicroscopie Om de celstructuur en grotere celorganellen te visualiseren; ook
voor de lokalisatie van macromoleculen (vaak eiwitten) in cellen
Fasecontrastmicroscopie en Om details van levende, niet-gekleurde cellen te observeren, evenals
differentieel-interferentie- celbewegingen (time lapse microscopie)
contrastmicroscopie (DIC) FC: licht dat door staal gaat gescheiden van gebroken licht (door
verschillen in refractieve index) en verschijnen als verschillende
amplitudes (intensiteit)
DIC: gradiënten in de lengte van het optisch pad (= verschillen in
refractieve index x geometrische afstand (dus dikte) tussen twee
punten van optisch pad) geconverteerd naar verschillen in
amplitude => contrast verhoogd
Fluorescentiemicroscopie Eiwitten taggen met green fluorescent protein (GFP) of synthetische
variant ervan (ook in levende cellen)
Fluorochroom Fluorescente molecule; hebben uniek spectrum
Fluorofoor Fusie van fluorochroom aan andere molecule
Immuno-fluorescentiemicroscopie Bepaalde eiwitten of organellen in gefixeerde cellen kleuren met
antilichamen die gemerkt zijn met fluorochromen; direct (gemerkt
primair AL) of indirect (gemerkt secundair AL)
Confocale laser scanning Om optische secties te maken van een geobserveerd specimen
microscopie (CLSM) en waarbij dan een reductie beoogd wordt van de achtergrondwaas te
deconvolutiemicroscopie wijten aan out-of-focus fluorescentie; leiden tot scherpere beelden,
vnl. in geval van dikkere specimens
Confocale microscopie: basisprincipe = gebruik van hoge energie
lichtbron (laser) om fluorochroom te exciteren => opeenvolgend
collecteren van emissielicht van een specifiek optisch vlak door een
pinhole die al het uit-focus licht elimineert voor het de detector
(fotomultiplier tube) kan bereiken
Spinning disk confocaal systeem Om snelle 3D-bewegingen te registreren
Elektronenmicroscopie Om de ultrastructuur van cellen en organellen te visualiseren; ook
voor de visualisatie van macromoleculen ofwel in (sterk gefixeerde)
cellen ofwel in vitro
Cryo-elektronenmicroscopie Voor de analyse van gehydrateerde, niet chemisch gefixeerde en
zelfs niet gekleurde biologische specimens via TEM te analyseren; de
stalen worden hiervoor diepgevroren in vloeibare stikstof en zo
gehouden gedurende daaropvolgende stadia
Scanning elektronenmicroscopie Laat toe om met zeer hoge resolutie schijnbaar 3D beelden te
(SEM) verkrijgen van niet-versneden cellen, weefsels of kleine organismen,
die eerst wel behandeld moeten worden met zware metalen
Polyklonale ALn Bindt meerdere epitopen op hetzelfde antigen (eiwit)
2
,Monoklonale ALn Bindt slechts 1 welbepaald epitoop op een antigen (eiwit)
Immunokleuringen Op cellen gegroeid op glazen dekglaasje (coverslip) of secties
(coupes) van tumoren of organen; gebruik van ALn om een bepaald
eiwit/antigen te visualiseren
Haematoxiline/eosinekleuring Voor creëren van achtergrondkleuring
PAP methode (peroxidase- Antigenspecifiek primair AL van species X (bv. monoklonaal AL of
antiperoxidase complex) mAb van muis) & anti-peroxidase AL van hetzelfde species X om
peroxidasen te koppelen in een complex; antiperoxidase AL mag
de enzymatische activiteit van het peroxidase niet blokkeren; de
2 ALn worden onderling gekoppeld via 3de AL van species Y (bv.
konijn), dat gericht is tegen het constante deel van AL van
species X
Gevoelig: vorming van grote multimoleculaire complexen met
veel detectiemoleculen (de peroxidase-enzymen) die
geconcentreerd worden o.b.v. de bivalentie van antiperoxidase-
AL
Ook speciesbeperkt: bij gebruik van brug-AL dat bv.
antigenspecifiek mAb van muis herkent, dient ook een
antiperoxidase-AL van muis te worden gebruikt
ABC methode ((strept)avidine- Avidine: teravalent biotinebindend glycoproteïne uit
biotine complex) kippeneiwit, sterk negatief geladen, zorgt voor aspecifieke
binding in de celkern
Streptavidine: tetravalent eiwit, uit Streptomyces, lagere
aspecifieke binding, toch even hoge specifieke binding voor
wateroplosbaar vitamine biotine; biotinylatie kan snel en als een
spacerarm wordt toegepast: weinig sterische hinder bij
streptavidine-[biotinemacromolecule] interactie
Techniek gebaseerd op progressief groeiend complex
(amplificatie) van het tetravalente (strept)avidine, dat met zowel
gebiotinyleerde primaire/secundaire ALn als gebiotinyleerde
detectormoleculen (bv. peroxidase) bindt
Zeer gevoelig
Immunofluorescentie Gebruik van met fluorochroom geconjugeerde primaire of
secundaire ALn
In situ hybridisatie Het identificeren van specifieke sequenties in DNA of RNA door
gebruik te maken van de eigenschap van ss nucleïnezuren om te
“verkleven” (hybridisatie) aan complementaire sequenties waarbij
hybriden worden gevormd; door één van de twee strengen in de
hybride van een fluorescerende merker (label) te voorzien, kunnen
de hybriden gedetecteerd worden met een fluorescentiemicroscoop
Cytoautoradiografie Een cel(deel) wordt gelabeld met een radioactieve precursor en dan
overdekt met een fotografische emulsie die gevoelig is voor straling;
deze emulsie levert na kort tot lang contact met de radioactieve
bron kleine zilveren korrels op waarvan de verdeling overeenkomt
met deze van het radioactieve materiaal
Autoradiografie Procedure die radioactieve bestanddelen lokaliseert in een schijfje
("slice") weefsel; straling belicht fotografische emulsie of een stuk
film dat het weefsel bedekt (cytoautoradiografie, autoradiografie
van de cel)
3
, DIG-methode DIG-gemerkte hybridisatieprobes gebruikt (cDNA/RNA) +
(dioxygeninemethode) geconjugeerde anti-DIG AL
DIG uit giftige vingerhoedskruid (Digitalis) en komt niet voor in
dierenrijk
Pulse-chase experimenten Gebruikt voor het opsporen van veranderingen in de intracellulaire
lokalisatie van eiwitten over de tijd heen; cellen worden
blootgesteld aan een radioactief gemerkte precursor (bv. 35S-
gemerkt Met in geval van eiwitten) voor korte periode (= de puls);
dan gewassen met buffer om niet-geïncorporeerde radioactieve
precursor zoveel mogelijk te verwijderen; tenslotte geïncubeerd met
overmaat aan niet-gemerkte vorm dus de niet-radioactieve
precursor (= de chase); periodiek genomen stalen geanalyseerd om
de locatie van het radiolabel te bepalen
Karyogram Visueel overzicht van de chromosomale samenstelling van een cel;
preparaten van gecondenseerde chromosomen in de metafase;
d.m.v. verschillende banderingstechnieken kan o.b.v. dit
bandenpatroon zowel het chromosoom als abnormaliteiten dus
chromosomale afwijkingen (zoals bij kanker) herkend worden; de
chromosomen worden dus geïdentificeerd (gekaryotypeerd) o.b.v.
verschillende herkenningspunten
Trisomie Erfelijke afwijking waarbij er van een chromosoom drie stuks
aanwezig zijn i.p.v. de normale twee (bv. chr. 21)
Heteroploïd Een incompleet stel chromosomen bevattend
FISH Hierdoor kunnen chromosomen beter weergegeven en
(fluorescente in situ hybridisatie) onderzocht worden; toepassingen: chromosome painting en
multi-color FISH
Met polynucleotideprobes, gemerkt met bv. fluorochromen,
biotine, DIG
Voor genlokalisatie en detectie van grotere chromosomale
afwijkingen (numeriek/structureel); zowel op interfasekernen
(fysische afstand tussen naburige genen is groter want daar
gDNA gedecondenseerd) als op gecondenseerde
metafasechromosomen (in combinatie met chromosomale
bandering)
II. INLEIDENDE EMBRYOLOGIE en HISTOLOGIE van DIEREN
II.A. Inleiding
Cel Vormt een anatomische eenheid van een levend wezen en kan sterk
verschillen van functie en vorm
Weefsel Geheel van gelijk gespecialiseerde type cellen, zijn dus gelijksoortig
en hebben dezelfde taak; bv. spierweefsel (spiercellen); cellen in
geordend verband en met verschillende mate aan intercellulaire stof
Organen Geheel van verschillende weefels die samen een welbepaalde taak
uitvoeren
4
