Samenvatting alle leerdoelen week 8 uitgewerkt

Na het bestuderen van de leerstof van deze week moet je het volgende
kunnen:
 Uitleggen hoe het genetisch materiaal van een prokaryoot en eukaryoot van elkaar
verschillen qua structuur en verhouding coding versus non-coding
o Prokaryoot: heeft circulair DNA.
 Vaak haploid.
 Hebben plasmiden die onafhankelijk kunnen repliceren
 Hebben een operon
o Eukaryoot: lineair DNA.
 Replicatie en translatie zijn gescheiden.
 Hebben intronen en exonen
 Aangeven wat plasmiden zijn en voorbeelden noemen van eigenschappen die door
plasmiden worden gecodeerd
o Is circulair DNA wat onafhankelijk kan repliceren.
o Dragen eigenschappen die niet essentieel zijn voor de overleving van de bacterie
 Antibiotica resistentie
 Virulente genen
 Symbiose
 Metabolische routes pathways
 Uitleggen wat de correlatie is tussen genoom grootte en het leven in verschillende niches
o Als het genoom van een bacterie groter is kan hij in meer niches overleven
 Uitleggen wat we bedoelen met stam en serotype en hoe we bepalen of een bacteriestam
tot een bepaalde soort behoort
o Soort bepalen
 Combineren van eigenschappen
 Als de 16S rRNA genen identiek zijn of meer dan 95% gelijk
 Als de huishoudengenen identiek zijn of meer dan 95% gelijk
o Hierdoor krijg je ook verschillende stammen
 Door vergelijken van genoom
 En combineren van eigenschappen
o Je kan ook verschillende serotypen krijgen
 Gaat over antigenen die op het micro-organismen aanwezig zijn
 Uitleggen hoe we coli-forme bacteriën identificeren met MacConkey medium
o Op het MacConckey agar zitten galzouten waat gram positieve niet op kunnen
groeien
o Vervolgens kijken naar de vergisting van lactose: alleen coliforme bacterien kunnen
dat.
 Aangeven wat frameshift, nonsense, missense, silent mutaties zijn en voorbeelden noemen
van andere DNA-veranderingen
o Frameshift: het hele leesraam veranderd door een deletie of insertie
o Nonsene: zorgt voor een vroegtijdig stopcodon door een puntmutatie
o Missense: een verkeerd aminozuur
o Silent mutaties: codeerd voor zelfde aminozuur heeft geen gevolg.
 Aangeven hoe we horizontale genoverdracht in een genoom sequentie kunt herkennen
o Het gen kan sterk overeenkomen met een soort die ver weg ligt in de fylogenie
o Als het gen een ander G/C gehalte of codon gebruikt dan in de rest van het genoom
o Als ze sterk lijken op restanen van mobiele elementen
o Genomic islands: groot stuk van het chromosoom is waarschijnlijk verkregen door
HGZ

,  Uitleggen wat een pan genoom en een core genoom is
o Pan genoom: alle genen die in een soort voorkomt. Neemt toe naarmate je
sequenst.
o Core genoom: alle genen die in iedere stam aanwezig zijn. Hoe meer je sequenct hoe
kleiner het genoom
 Uitleggen wat we verstaan onder genoomplasticiteit en de mechanismen die daarbij een rol
spelen
o Het genoom kan veranderen van grootte en van inhoud. Het is een optimalisatie van
het genoom aan de hand van mutaties, recombinaties en duplicatie
o Mechanismen
 Genoom reductie: er vindt een deletie plaats (genoom wordt kleiner)
 Horizontale genoverdracht
 Conjugatie (cel-cel contact via pili)
 Transductie (DNA-overdracht via fagen)
 Transformatie (opname van los DNA)
 De verschillende niveaus van regulatie kunnen aangeven en uitleggen de verschillen tussen
prokaryoten en eukaryoten
o Prokaryoot: heeft 1 compartiment dus de transcriptie en translatie kan tegelijk
gebeuren en is 1 proces.
 Ze hebben een promotor, operon en repressor
 Meerdere genen achter 1 promotor
o Eukaryoot: heeft verschillende compartimenten dus transcriptie en translatie is
apart.
 Processing mRNA: capping, splicing.
 Intronen en exonen
 De stappen van de levenscyclus van Myxobacterium xanthus beschrijven
o Gram negatieve bacterie heeft een groot genoom en is een predator.
o Vegatieve groei. Ze jagen samen.
o Nutriententekort
 Aggregaten
 Differentiatie
 Endosporen (cellen komen in een rustfase en kunnen overleven)
 Aangeven welke vormen van beweging er zijn en welke organellen daarbij een rol spelen
o Ze bewegen met type 4 pili en ze hebben een soort slijm waardoor ze makkelijker
glijden.
o Ze bewegen voor- en achteruit.
 Uitleggen hoe we processen bestuderen door middel van (random) mutanten
o Door random genen uit te schakelen kun je vervolgens zien welk gen er invloed op
heeft.
 De drie manieren van horizontale DNA-overdracht noemen, vergelijken en herkennen
o Transformatie: de opname van DNA uit de omgeving
 Als er een cel dood is gegaan kan de inhoud nog in de omgeving zijn.
 Ontvangende cel kan dat fragment opnemen.
 Het kan verloren gaan of het kan gaan repliceren of recombineren (stukje
wordt opgenomen in DNA van de ontvangende cel)
o Conjugatie: cel-cel contact
 Gaat vaak over plasmiden
 De cel met de plasmiden is de F+ cel en de ontvangende cel is de F- cel. F is
de factor.
 Er wordt een brug van pili gemaakt door de donorcel. Tra genen.