Micro-biologie
Studie van organismen opgebouwd uit een of meerdere cellen waarbij geen of zeer weinig
celdifferentiatie optreedt, deze differentiatie betreft altijd de voortplanting of overleving en virussen.
Prokaryote micro-organismen:
Domein bacteria en archea
Geen nucleus en andere organellen
Eencellig (bijna altijd)
Eukaryote micro-organismen:
Schimmels
Protisten (alle micro-organismen die geen schimmel, plant of dier zijn)
Kern en organellen
Virussen:
Genetisch materiaal
Eiwitmantel
Afhankelijk van andere cellen voor replicatie
Microscopie: Eerste microscoop gemaakt door Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723), waarmee hij
300x kon vergroten en zo een prokaryoot kon zien in 1676
Gramkleuring:
Gram-positief: dikke laag peptidoglycaan laag
Gram-negatief: dunne laag peptidoglycaan laag en daarop een buitenmembraan met
lipopolyscharide.
Virussen: Martinus Willem Beijerinck deed onderzoek naar tabaksmozaiek ziekte door een filtratie
experiment en hieruit kwam uit dat de ziekteverwekker hierdoorheen ging en dus kleiner was dan
een bacterie. Hij noemde het een virus en heeft zo dus beredeneerd dat er ook virussen zijn.
Elektronenmircoscoop: deze is gebouwd door Ruska en Knoll in 1931. Er zijn twee soorten
(transmissie en scanning) waarbij je de binnenkant kan zien of de buitenkant kan zien.
Kweken van micro-organismen: Robert Koch was hier erg belangrijk voor en liet de verbanden zien
tussen de ziekteverwekker en de ziekte.
DNA-technieken:
Isoleren DNA uit een omgeving
Kijken naar moleculaire markers – PCR met universele primers tegen 16s rRNA gen
Sequencen van al het DNA
16s rRNA gen:
Onderdeel van de 30S subunit van het ribosoom
Geconserveerd hierdoor kunnen we primers ontwikkelen
Variabele stukken
Amplificatie van 16S/18S rRNA gen met PCR
Sequencen van de PCR producten
Vergelijken met sequenties in een database
Indentificatie van verwantschap
PCR (polymerase chain reaction):
, Twee primers
En je voegt nucleotiden, Taq polymerase toe
Dat laat je bij verschillende temperaturen incuberen:
o Denatureren DNA (hoge temperatuur)
o Binden primers
o Verlengen DNA keten
Dit blijf je herhalen waardoor het stuk tussen de primers velen van ontstaan.
Ontwikkeld door Carl Woese (1928-2012). Hij is een amerikaanse microbioloog. Hij maakte de tree of
life en zag dat er een ander domein was namelijk: archea.
Shot gun sequencing: Craig Venter (1946-heden). Hij is een amerikaanse bioloog en was belangrijk
voor het verbeteren van de sequencen.
Micro-organismen spelen een belangrijke rol in de cyclus van de elementen.
Eigenschappen van de micro-organismen
DNA-structuur:
Bacterie: circulair chromosoom en plasmiden (circulair DNA dat onafhankelijk van het
chromosoom kunnen repliceren)
Gist: lineaire chromosomen
Plasmiden:
Hierop zit DNA dat onafhankelijk van het genoom kan repliceren. Hierop kunnen
verschillende dingen zitten:
o Antibiotica resistentie (R-plasmiden): genen die coderen voor antibiotica-resistentie
o Virulentie genen: deze genen zorgen dat een bacterie schadelijk is.
o Symbiose (Sym-Plasmide): dit bevat genen voor de symbiose voor planten.
o Metabolische routes (Tol-plasmide): deze bevat genen om de bacterie de
mogelijkheid te geven tolueen af te breken.
De genoomgrootte van de bacteriën correleert met het vermogen van de bacteriën om in
verschillende niches te leven.
Eukaryoten hebben intronen en exonen en in de prokaryoten is dit niet het geval.
Waarom is het dezelfde soort E.coli?
Biochemische en fenotypische criteria
MacConkey agar – groeien op galzouten en er is lactose vergisting dan zijn het alleen
coliforme bacteriën
Combineren van meerdere eigenschappen voor soortbepaling
Ook het DNA wordt bekeken (16s rRNA als 95% identiek is, is het dezelfde soort.
Vergelijken van genomen:
Mutaties:
o Spontane (natuurlijke) mutaties
o Fouten ontstaan en zullen worden gerepareerd.
o Verder vinden er ook geïnduceerde mutaties plaats door bijvoorbeeld UV-licht.
o Punt-mutaties: silent, missense of nonsense, frameshift mutaties
o Deleties, inserties of rearrangements
Horizontale genoverdracht
Studie van organismen opgebouwd uit een of meerdere cellen waarbij geen of zeer weinig
celdifferentiatie optreedt, deze differentiatie betreft altijd de voortplanting of overleving en virussen.
Prokaryote micro-organismen:
Domein bacteria en archea
Geen nucleus en andere organellen
Eencellig (bijna altijd)
Eukaryote micro-organismen:
Schimmels
Protisten (alle micro-organismen die geen schimmel, plant of dier zijn)
Kern en organellen
Virussen:
Genetisch materiaal
Eiwitmantel
Afhankelijk van andere cellen voor replicatie
Microscopie: Eerste microscoop gemaakt door Antoni van Leeuwenhoek (1632-1723), waarmee hij
300x kon vergroten en zo een prokaryoot kon zien in 1676
Gramkleuring:
Gram-positief: dikke laag peptidoglycaan laag
Gram-negatief: dunne laag peptidoglycaan laag en daarop een buitenmembraan met
lipopolyscharide.
Virussen: Martinus Willem Beijerinck deed onderzoek naar tabaksmozaiek ziekte door een filtratie
experiment en hieruit kwam uit dat de ziekteverwekker hierdoorheen ging en dus kleiner was dan
een bacterie. Hij noemde het een virus en heeft zo dus beredeneerd dat er ook virussen zijn.
Elektronenmircoscoop: deze is gebouwd door Ruska en Knoll in 1931. Er zijn twee soorten
(transmissie en scanning) waarbij je de binnenkant kan zien of de buitenkant kan zien.
Kweken van micro-organismen: Robert Koch was hier erg belangrijk voor en liet de verbanden zien
tussen de ziekteverwekker en de ziekte.
DNA-technieken:
Isoleren DNA uit een omgeving
Kijken naar moleculaire markers – PCR met universele primers tegen 16s rRNA gen
Sequencen van al het DNA
16s rRNA gen:
Onderdeel van de 30S subunit van het ribosoom
Geconserveerd hierdoor kunnen we primers ontwikkelen
Variabele stukken
Amplificatie van 16S/18S rRNA gen met PCR
Sequencen van de PCR producten
Vergelijken met sequenties in een database
Indentificatie van verwantschap
PCR (polymerase chain reaction):
, Twee primers
En je voegt nucleotiden, Taq polymerase toe
Dat laat je bij verschillende temperaturen incuberen:
o Denatureren DNA (hoge temperatuur)
o Binden primers
o Verlengen DNA keten
Dit blijf je herhalen waardoor het stuk tussen de primers velen van ontstaan.
Ontwikkeld door Carl Woese (1928-2012). Hij is een amerikaanse microbioloog. Hij maakte de tree of
life en zag dat er een ander domein was namelijk: archea.
Shot gun sequencing: Craig Venter (1946-heden). Hij is een amerikaanse bioloog en was belangrijk
voor het verbeteren van de sequencen.
Micro-organismen spelen een belangrijke rol in de cyclus van de elementen.
Eigenschappen van de micro-organismen
DNA-structuur:
Bacterie: circulair chromosoom en plasmiden (circulair DNA dat onafhankelijk van het
chromosoom kunnen repliceren)
Gist: lineaire chromosomen
Plasmiden:
Hierop zit DNA dat onafhankelijk van het genoom kan repliceren. Hierop kunnen
verschillende dingen zitten:
o Antibiotica resistentie (R-plasmiden): genen die coderen voor antibiotica-resistentie
o Virulentie genen: deze genen zorgen dat een bacterie schadelijk is.
o Symbiose (Sym-Plasmide): dit bevat genen voor de symbiose voor planten.
o Metabolische routes (Tol-plasmide): deze bevat genen om de bacterie de
mogelijkheid te geven tolueen af te breken.
De genoomgrootte van de bacteriën correleert met het vermogen van de bacteriën om in
verschillende niches te leven.
Eukaryoten hebben intronen en exonen en in de prokaryoten is dit niet het geval.
Waarom is het dezelfde soort E.coli?
Biochemische en fenotypische criteria
MacConkey agar – groeien op galzouten en er is lactose vergisting dan zijn het alleen
coliforme bacteriën
Combineren van meerdere eigenschappen voor soortbepaling
Ook het DNA wordt bekeken (16s rRNA als 95% identiek is, is het dezelfde soort.
Vergelijken van genomen:
Mutaties:
o Spontane (natuurlijke) mutaties
o Fouten ontstaan en zullen worden gerepareerd.
o Verder vinden er ook geïnduceerde mutaties plaats door bijvoorbeeld UV-licht.
o Punt-mutaties: silent, missense of nonsense, frameshift mutaties
o Deleties, inserties of rearrangements
Horizontale genoverdracht
