Tutorial 1:
- Wildcards
- Replacements met de regular expressions
Tutorial 2:
- Root directiory
- Cd, pwd ls ect
Tutorial 3:
- Maken van een string en van een input string
- Berekenen hoevaak iets voorkomt
- Percentages berekenen
- Hexadecimal getal krijgen van een karakter
- While, for en if loops
- Percentage berekenen en de wortel
- Overslaan van verschillende waarden in een input
Tutorial 4:
- Maken van een lijst en dictionary
- Sorteren / toevoegen / verwijderen van items in een list
- Eerste letters van een dictionary printen
- Berekenen hoe vaak iets voorkomt
- Kijken of een bepaald element in de dictionary voorkomt
- Zelf invoeren van een zin/sequentie (input)
- Printen van het middelste woord in een zin
- Berekenen van moleculair gewicht
- Maken van sets
- Unieke elementen en verschillen uit een set halen
Tutorial 5:
- Maken en gebruiken van een functie
- Reverse complement maken van een sequentie
- Gemiddelde berekenen
- Tellen van codons
- Random dingen opzoeken met de functie random
Tutorial 6:
- Infile en outfile
- Openen en sluiten van files
- Skippen van de header line
- Importeren van regular expressions
Tutorial 7:
- Multidimensional met een dictionary met daarin lijsten
Tutorial 8:
- Grep, cut, tail en head functie
Clip 1:
- Binaire getallen
- Hexadecimal getallen
Clip 2:
- Strings
- Integer
- Float
- Booleans
- Mathematical operators ( wiskunde tekens (rekenen))
,Clip 3:
- While, for en if loops
Clip 4:
- List dictionary en tuples
Clip 5:
- Definieren van een functie
- Een functie oproepen
- Parameters en argumenten
- Positional en keyword arguments
- Default parameter value
Clip 6:
- Built-in functies
- Importeren van modules zoals math en random en os
- Random kiezen van waardes
- Working directory
Clip 7:
- Regular expressions in python
- Zoeken in een string met een pattern en daarin de span bekijken
- Vervangen van elementen in een string of het splitsen van items in een string
Clip 8:
- Open en sluiten van files
- Lezen van files en erin schrijven
- Lezen van de lijnen één voor één
- Overslaan van de eerste lijn
- Weghalen van de \n door rstrip
Codeer tentamen
- Stderr
- Op specifieke plekken knippen of juist ergens niet knippen
- Vervangen van elementen
- Uit een grote file bepaald element tellen
- File line voor line lezen
- Bepaalde kolommen halen uit een hele file
- Dictionary maken met lijsten
- Lijst met integer maken
- Sorteren van een lijst
- Percentage berekenen
- Functie maken
- Sequenties met elkaar vergelijken
https://metis-montessori-lyceum.gitbook.io/module-python-3/string_format
https://www.edureka.co/blog/python-functions
errors: https://www.scaler.com/topics/types-of-errors-in-python/
,Tutorial 1
, Tutorial 2
Begrippen
Filesystem: Plek waar allerlei bestanden staan.
Working directory: de directory dat je huidige perspectief is van het file systeem.
Path: Om een bepaalde locatie te specificeren is dit nodig.
Absolute path: Een complete en unambiguous beschrijving van waar iets is, in relatie tot de
root directory.
Root directory: De basis van het file system.
Relatieve path: Beschrijft waar een map of bestand is, in verhouding tot onze working
directory.
Argumenten: Stukken informatie die gepasseerd worden naar een programma op de
command line.
Commands om te gebruiken
ls Desktop: Om de inhoud van de Desktop map te zien terwijl je in je home directory zit.
-a: Laat alle bestanden zien, ook de verborgen bestanden.
-l: Laat een meer gedetailleerde lijst van directory inhoud zien.
-l -a: Laat een meer gedetailleerde lijst van alle bestanden, ook de verborgen
bestanden zien.
-l *.seq: Laat alle bestanden die eindigen op .seq zien.
pwd: De absolute path van de working directory zien.
cd: veranderen naar een andere directory.
cd ..: teruggaan naar de vorige working directory.
~: refereren naar de home directory.
mkdir: Een nieuwe directory (mapje) maken.
rmdir: De directory (mapje) verwijderen.
Touch: maakt een nieuwe lege bestand.
cp original.txt duplicate.txt: kopieert het eerstgenoemde bestand naar tweede genoemde
bestand.
.: representeert de huidige working directory.
mv reflist.txt Temp: verplaatst het bestand reflist.txt naar Temp
mv duplicate.txt duplicate_renamed.txt: verandert de bestandsnaam van duplicate naar
duplicate_renamed.
Less: de inhoud van het bestand wordt gezet op het scherm, een pagina per keer
q: Verlaat het kijken.
[space]: volgende pagina.
b: Pagina terug
14g: Ga naar lijn 14
G: naar het einde
/abc: zoekt voor de tekst abc
n: vindt de volgende hit van abc
? + [enter]: vindt vorige hit van abc
h: laat hulp zien voor less
Man: kun je gebruiken voor het onderzoeken van opties voor commands
Wildcards: maken de command line meer nuttig dan een GUI
*: representeert alle soorten karakters, behalve een slash
Rm – i: verwijderen met een confirmatie.
Rm – iR: Verwijdert een mapje met de inhoud.
Exit: einde van de sessie.
- Wildcards
- Replacements met de regular expressions
Tutorial 2:
- Root directiory
- Cd, pwd ls ect
Tutorial 3:
- Maken van een string en van een input string
- Berekenen hoevaak iets voorkomt
- Percentages berekenen
- Hexadecimal getal krijgen van een karakter
- While, for en if loops
- Percentage berekenen en de wortel
- Overslaan van verschillende waarden in een input
Tutorial 4:
- Maken van een lijst en dictionary
- Sorteren / toevoegen / verwijderen van items in een list
- Eerste letters van een dictionary printen
- Berekenen hoe vaak iets voorkomt
- Kijken of een bepaald element in de dictionary voorkomt
- Zelf invoeren van een zin/sequentie (input)
- Printen van het middelste woord in een zin
- Berekenen van moleculair gewicht
- Maken van sets
- Unieke elementen en verschillen uit een set halen
Tutorial 5:
- Maken en gebruiken van een functie
- Reverse complement maken van een sequentie
- Gemiddelde berekenen
- Tellen van codons
- Random dingen opzoeken met de functie random
Tutorial 6:
- Infile en outfile
- Openen en sluiten van files
- Skippen van de header line
- Importeren van regular expressions
Tutorial 7:
- Multidimensional met een dictionary met daarin lijsten
Tutorial 8:
- Grep, cut, tail en head functie
Clip 1:
- Binaire getallen
- Hexadecimal getallen
Clip 2:
- Strings
- Integer
- Float
- Booleans
- Mathematical operators ( wiskunde tekens (rekenen))
,Clip 3:
- While, for en if loops
Clip 4:
- List dictionary en tuples
Clip 5:
- Definieren van een functie
- Een functie oproepen
- Parameters en argumenten
- Positional en keyword arguments
- Default parameter value
Clip 6:
- Built-in functies
- Importeren van modules zoals math en random en os
- Random kiezen van waardes
- Working directory
Clip 7:
- Regular expressions in python
- Zoeken in een string met een pattern en daarin de span bekijken
- Vervangen van elementen in een string of het splitsen van items in een string
Clip 8:
- Open en sluiten van files
- Lezen van files en erin schrijven
- Lezen van de lijnen één voor één
- Overslaan van de eerste lijn
- Weghalen van de \n door rstrip
Codeer tentamen
- Stderr
- Op specifieke plekken knippen of juist ergens niet knippen
- Vervangen van elementen
- Uit een grote file bepaald element tellen
- File line voor line lezen
- Bepaalde kolommen halen uit een hele file
- Dictionary maken met lijsten
- Lijst met integer maken
- Sorteren van een lijst
- Percentage berekenen
- Functie maken
- Sequenties met elkaar vergelijken
https://metis-montessori-lyceum.gitbook.io/module-python-3/string_format
https://www.edureka.co/blog/python-functions
errors: https://www.scaler.com/topics/types-of-errors-in-python/
,Tutorial 1
, Tutorial 2
Begrippen
Filesystem: Plek waar allerlei bestanden staan.
Working directory: de directory dat je huidige perspectief is van het file systeem.
Path: Om een bepaalde locatie te specificeren is dit nodig.
Absolute path: Een complete en unambiguous beschrijving van waar iets is, in relatie tot de
root directory.
Root directory: De basis van het file system.
Relatieve path: Beschrijft waar een map of bestand is, in verhouding tot onze working
directory.
Argumenten: Stukken informatie die gepasseerd worden naar een programma op de
command line.
Commands om te gebruiken
ls Desktop: Om de inhoud van de Desktop map te zien terwijl je in je home directory zit.
-a: Laat alle bestanden zien, ook de verborgen bestanden.
-l: Laat een meer gedetailleerde lijst van directory inhoud zien.
-l -a: Laat een meer gedetailleerde lijst van alle bestanden, ook de verborgen
bestanden zien.
-l *.seq: Laat alle bestanden die eindigen op .seq zien.
pwd: De absolute path van de working directory zien.
cd: veranderen naar een andere directory.
cd ..: teruggaan naar de vorige working directory.
~: refereren naar de home directory.
mkdir: Een nieuwe directory (mapje) maken.
rmdir: De directory (mapje) verwijderen.
Touch: maakt een nieuwe lege bestand.
cp original.txt duplicate.txt: kopieert het eerstgenoemde bestand naar tweede genoemde
bestand.
.: representeert de huidige working directory.
mv reflist.txt Temp: verplaatst het bestand reflist.txt naar Temp
mv duplicate.txt duplicate_renamed.txt: verandert de bestandsnaam van duplicate naar
duplicate_renamed.
Less: de inhoud van het bestand wordt gezet op het scherm, een pagina per keer
q: Verlaat het kijken.
[space]: volgende pagina.
b: Pagina terug
14g: Ga naar lijn 14
G: naar het einde
/abc: zoekt voor de tekst abc
n: vindt de volgende hit van abc
? + [enter]: vindt vorige hit van abc
h: laat hulp zien voor less
Man: kun je gebruiken voor het onderzoeken van opties voor commands
Wildcards: maken de command line meer nuttig dan een GUI
*: representeert alle soorten karakters, behalve een slash
Rm – i: verwijderen met een confirmatie.
Rm – iR: Verwijdert een mapje met de inhoud.
Exit: einde van de sessie.
