Jaar 2 – B05MBT samenvatting
Inhoud
Leeruitkomsten..................................................................................................................................2
Samenvatting......................................................................................................................................2
WC2 – PCR en primerdesign...................................................................................................................4
Leeruitkomsten..................................................................................................................................4
Samenvatting......................................................................................................................................4
WC 3 – Basisstappen kloneren; knippen, plakken en in frame kloneren................................................6
Leeruitkomsten..................................................................................................................................6
Samenvatting......................................................................................................................................6
WC 4 – Transformatie & de RT-qPCR......................................................................................................9
Leeruitkomsten..................................................................................................................................9
Samenvatting......................................................................................................................................9
WC 6 (5 was toets) – Isoleren van DNA, RNA en eiwitten en rekenen aan moleculair biologisch
onderzoek.............................................................................................................................................11
Leeruitkomsten.................................................................................................................................11
Samenvatting....................................................................................................................................11
WC 8 – RT-qPCR sequencen en bio-informatica...................................................................................13
Leeruitkomsten.................................................................................................................................13
Samenvatting....................................................................................................................................13
WC 9 – Massaspectrometrie, databases en allignments......................................................................16
Leeruitkomsten.................................................................................................................................16
Samenvatting....................................................................................................................................16
WC 11 (10 was toets) – Enzymen en enzymkinetiek.............................................................................18
Leeruitkomsten.................................................................................................................................18
Samenvatting....................................................................................................................................18
WC12 – Eiwitzuivering..........................................................................................................................20
Leeruitkomsten.................................................................................................................................20
Samenvatting....................................................................................................................................20
,WC1 – herhaling oude stof
Leeruitkomsten
Hoe is een cel opgebouwd en wat zijn de verschillende biomoleculen?
Wat zijn DNA, RNA en eiwitten?
Leg de volgende woorden/uitdrukkingen uit:
o Biomoleculen; Nucleïnezuren, aminozuren.
o DNA/RNA; sequencing, gen, intronen en exonen, gensplicing, non-coding RNA, cDNA,
baseparing.
o Enzymen; DNA/RNA polymerase, reverse transcriptase
o Transcriptie/translatie: primer, promotor,
o Bio-informatica
Samenvatting
Een cel bestaat vaak uit biomoleculen zoals nucleïnezuren, eiwitten, koolhydraten en vetten.
Verschillende organismen (pro/eukaryoten, maar ook dieren/planten etc.) hebben cellen die anders
zijn opgebouwd. In het algemeen geldt dat alles DNA heeft, cytoplasma, en een celmembraan.
Prokaryoten hebben bv geen kern en geen organellen. Eukaryoten hebben wel kernen en organellen,
maar planten hebben dan weer vacuoles, celwanden en andere organellen.
DNA is desoxyribonucleïnezuur en bevat het erfelijk materiaal van organismen. RNA is
ribonucleïnezuur en wordt gebruikt tussen de transcriptie en translatie stappen bij het maken van
eiwitten. Eiwitten zijn bouwstoffen, enzymen en allerlei andere dingen voor het lichaam.
Nucleïnezuren zijn baseparen van nucleotiden (A-T en C-G) aan elkaar. De volgorde bepaalt de
genetische informatie. DNA en RNA zijn nucleïnezuren.
Aminozuren zijn moleculen met een amine (-NH2) en carboxy/zuurgroep (-COOH). Met aminozuren
worden peptideketens gemaakt waarvan eiwitten worden geproduceerd.
Het verschil tussen DNA en RNA is dat bij RNA de ‘T’ nucleotide door de ‘U’ nucleotide is vervangen,
omdat dit goedkoper is om te produceren, hierdoor is RNA fragiel en werk je altijd op ijs ermee. DNA
bevat ook de genetische informatie terwijl RNA gebruikt wordt tussen transcriptie en translatie voor
de aminozuurproductie. RNA wordt ook van een DNA streng gemaakt. Bij DNA-sequencing wordt de
volgorde van de baseparen onderzocht en vastgesteld. Bij de eiwitproductie kan DNA in 2 groepen
worden verdeeld; intronen en exonen. Intronen zijn het niet-coderend deel van het DNA en exonen
zijn het coderend deel waarvan eiwitten gemaakt worden. Bij gensplicing worden dan ook de
intronen van een stuk DNA verwijderd waardoor de exonen overblijven en deze dan kunnen worden
afgelezen. Met de intronen (ook wel niet-coderend DNA) kan wel nogsteeds niet-coderend RNA mee
gemaakt worden. Het RNA heet zo omdat het niet codeerd voor eiwitten, maar het kan nogsteeds
voor andere dingen gebruikt worden, zo kan het ribosomaal RNA worden of transfer RNA. cDNA is
DNA dat door reverse-transcriptie (proces waarbij RNA weer DNA wordt) van mRNA is gehaald. Dit
wordt gedaan door het enzym reverse-transcriptase. Normaal wordt van DNA naar RNA, polymerases
gebruikt die het DNA dan verdubbelen.
Transcriptie is een van de eerste processen van genexpressie waarbij van DNA mRNA wordt gemaakt.
Je hebt 3 stappen: initiatie, elongatie en terminatie. Bij initiatie begint het proces en moet het RNA-
polymerase een primer hebben waar het aan verbindt om zo dan de mRNA keten te kunnen maken.
Ook heeft het RNA-polymerase een promotorsequentie nodig. Dit is bv. de TATA-box. Daarna wordt
bij de elongatie de mRNA gemaakt en bij de terminatie gestopt met een enzym of een
terminatiesequentie.
Bij translatie wordt dan verder van het mRNA een peptideketen gemaakt wat dan een eiwit wordt.
, Hierbij gaat bij een mRNA een ribosoom (eerst kleine dan grote) erop plakken waarbij de codons
(paren van 3 nucleotiden) afgelezen worden en een anti-codon door tRNA wordt meegevoerd aan de
mRNA geplakt wordt. Het tRNA heeft een aminozuur dus als de anti-codon past laat het tRNA het
aminozuur los en wordt er een peptideketen gemaakt. Het tRNA gaat langs 3 stappen/plekken: de A-
site (acceptor) waar het tRNA geaccepteerd wordt als de anti-codon en codon matchen. Hierna komt
de P-site (peptide) waarbij het tRNA opschuift en dan zijn aminozuur afgeeft. Tot slot is er de E-site
(exit) waarbij het tRNA weer opschuift en dan het ribosoom verlaat.
Bio-informatica is de studie waarbij biologische processen en gebeurtenissen m.b.v. informatica
(technologie) bestudeerd worden. Hierbij kan je denken aan het gebruik van online tools zoals: ncbi,
blast, omega, addgene, expasy etc.
Inhoud
Leeruitkomsten..................................................................................................................................2
Samenvatting......................................................................................................................................2
WC2 – PCR en primerdesign...................................................................................................................4
Leeruitkomsten..................................................................................................................................4
Samenvatting......................................................................................................................................4
WC 3 – Basisstappen kloneren; knippen, plakken en in frame kloneren................................................6
Leeruitkomsten..................................................................................................................................6
Samenvatting......................................................................................................................................6
WC 4 – Transformatie & de RT-qPCR......................................................................................................9
Leeruitkomsten..................................................................................................................................9
Samenvatting......................................................................................................................................9
WC 6 (5 was toets) – Isoleren van DNA, RNA en eiwitten en rekenen aan moleculair biologisch
onderzoek.............................................................................................................................................11
Leeruitkomsten.................................................................................................................................11
Samenvatting....................................................................................................................................11
WC 8 – RT-qPCR sequencen en bio-informatica...................................................................................13
Leeruitkomsten.................................................................................................................................13
Samenvatting....................................................................................................................................13
WC 9 – Massaspectrometrie, databases en allignments......................................................................16
Leeruitkomsten.................................................................................................................................16
Samenvatting....................................................................................................................................16
WC 11 (10 was toets) – Enzymen en enzymkinetiek.............................................................................18
Leeruitkomsten.................................................................................................................................18
Samenvatting....................................................................................................................................18
WC12 – Eiwitzuivering..........................................................................................................................20
Leeruitkomsten.................................................................................................................................20
Samenvatting....................................................................................................................................20
,WC1 – herhaling oude stof
Leeruitkomsten
Hoe is een cel opgebouwd en wat zijn de verschillende biomoleculen?
Wat zijn DNA, RNA en eiwitten?
Leg de volgende woorden/uitdrukkingen uit:
o Biomoleculen; Nucleïnezuren, aminozuren.
o DNA/RNA; sequencing, gen, intronen en exonen, gensplicing, non-coding RNA, cDNA,
baseparing.
o Enzymen; DNA/RNA polymerase, reverse transcriptase
o Transcriptie/translatie: primer, promotor,
o Bio-informatica
Samenvatting
Een cel bestaat vaak uit biomoleculen zoals nucleïnezuren, eiwitten, koolhydraten en vetten.
Verschillende organismen (pro/eukaryoten, maar ook dieren/planten etc.) hebben cellen die anders
zijn opgebouwd. In het algemeen geldt dat alles DNA heeft, cytoplasma, en een celmembraan.
Prokaryoten hebben bv geen kern en geen organellen. Eukaryoten hebben wel kernen en organellen,
maar planten hebben dan weer vacuoles, celwanden en andere organellen.
DNA is desoxyribonucleïnezuur en bevat het erfelijk materiaal van organismen. RNA is
ribonucleïnezuur en wordt gebruikt tussen de transcriptie en translatie stappen bij het maken van
eiwitten. Eiwitten zijn bouwstoffen, enzymen en allerlei andere dingen voor het lichaam.
Nucleïnezuren zijn baseparen van nucleotiden (A-T en C-G) aan elkaar. De volgorde bepaalt de
genetische informatie. DNA en RNA zijn nucleïnezuren.
Aminozuren zijn moleculen met een amine (-NH2) en carboxy/zuurgroep (-COOH). Met aminozuren
worden peptideketens gemaakt waarvan eiwitten worden geproduceerd.
Het verschil tussen DNA en RNA is dat bij RNA de ‘T’ nucleotide door de ‘U’ nucleotide is vervangen,
omdat dit goedkoper is om te produceren, hierdoor is RNA fragiel en werk je altijd op ijs ermee. DNA
bevat ook de genetische informatie terwijl RNA gebruikt wordt tussen transcriptie en translatie voor
de aminozuurproductie. RNA wordt ook van een DNA streng gemaakt. Bij DNA-sequencing wordt de
volgorde van de baseparen onderzocht en vastgesteld. Bij de eiwitproductie kan DNA in 2 groepen
worden verdeeld; intronen en exonen. Intronen zijn het niet-coderend deel van het DNA en exonen
zijn het coderend deel waarvan eiwitten gemaakt worden. Bij gensplicing worden dan ook de
intronen van een stuk DNA verwijderd waardoor de exonen overblijven en deze dan kunnen worden
afgelezen. Met de intronen (ook wel niet-coderend DNA) kan wel nogsteeds niet-coderend RNA mee
gemaakt worden. Het RNA heet zo omdat het niet codeerd voor eiwitten, maar het kan nogsteeds
voor andere dingen gebruikt worden, zo kan het ribosomaal RNA worden of transfer RNA. cDNA is
DNA dat door reverse-transcriptie (proces waarbij RNA weer DNA wordt) van mRNA is gehaald. Dit
wordt gedaan door het enzym reverse-transcriptase. Normaal wordt van DNA naar RNA, polymerases
gebruikt die het DNA dan verdubbelen.
Transcriptie is een van de eerste processen van genexpressie waarbij van DNA mRNA wordt gemaakt.
Je hebt 3 stappen: initiatie, elongatie en terminatie. Bij initiatie begint het proces en moet het RNA-
polymerase een primer hebben waar het aan verbindt om zo dan de mRNA keten te kunnen maken.
Ook heeft het RNA-polymerase een promotorsequentie nodig. Dit is bv. de TATA-box. Daarna wordt
bij de elongatie de mRNA gemaakt en bij de terminatie gestopt met een enzym of een
terminatiesequentie.
Bij translatie wordt dan verder van het mRNA een peptideketen gemaakt wat dan een eiwit wordt.
, Hierbij gaat bij een mRNA een ribosoom (eerst kleine dan grote) erop plakken waarbij de codons
(paren van 3 nucleotiden) afgelezen worden en een anti-codon door tRNA wordt meegevoerd aan de
mRNA geplakt wordt. Het tRNA heeft een aminozuur dus als de anti-codon past laat het tRNA het
aminozuur los en wordt er een peptideketen gemaakt. Het tRNA gaat langs 3 stappen/plekken: de A-
site (acceptor) waar het tRNA geaccepteerd wordt als de anti-codon en codon matchen. Hierna komt
de P-site (peptide) waarbij het tRNA opschuift en dan zijn aminozuur afgeeft. Tot slot is er de E-site
(exit) waarbij het tRNA weer opschuift en dan het ribosoom verlaat.
Bio-informatica is de studie waarbij biologische processen en gebeurtenissen m.b.v. informatica
(technologie) bestudeerd worden. Hierbij kan je denken aan het gebruik van online tools zoals: ncbi,
blast, omega, addgene, expasy etc.
