Samenvatting genregulatie
Les 1: introductie
Genomics → grootschalig onderzoek naar meerderen karakteriserende eigenschappen van genen en
genproducten.
Transcript → Resultaat van afscheiding van het DNA, bijvoorbeeld mRNA.
Genoom → totale hoeveelheid informatie in het DNA van een organisme, waaronder soms ook de
mitochondrieel en chloroplasten.
Chromosoom → lang DNA-molecuul met eiwitten compact opgevouwen die erfelijk materiaal
bevatten.
Transcriptie (DNA → RNA) →→ RNA-processing (RNA → pre-mRNA → mRNA) → → translatie
(mRNA → proteïne)
Transcriptie Translatie
Poly-a-staart en 5’cap (voor bescherming en Ribosomen (belangrijk voor synthese)
transport)
Nucleas (kern, hier vindt transcriptie plaats) Cytoplasma (hierin vindt translatie plaats)
Template strand (kopie plek) tRNA (koppeling van amino)
RNA-polymerase (Enzym) Aflezen codons)
Transcriptie factoren EPA-exit peptide alimetion arivel → plaats waar
een code binnen komt en een aminozuur
achterlaat.
Aanmaak codons Amino-acid.
Verschillen
- Prokaryoten gebeurt translatie en transcriptie tegelijkertijd in het cytoplasma. Bij
eukaryoten vindt transcriptie plaats in de kern en translatie in het cytoplasma.
- Eukaryoten hebben 5’cap en poly-a- staart.
Les 2 herhalen AS1
DNA is een polymeer opgebouwd uit 4 nucleotiden, het is een
dubbele helix en heeft een minor en major groove
bovenaanzicht DNA streng, afstand boven is
Nucleoside = base + suiker major groove, afstand onder minor groove.
Nucleotide = base + suiker +fosfaat Blauwe lijnen H-bruggen
,DNA en RNA zijn verschillende suikers, RNA heeft 2XOH en DNA
1xOH en 1xH.
Purines (2-rings) A en G..
Pyrimedines (1-ring) C en T.
C-G 3 H-bruggen (dus moeilijker te breken)
A-T 2 H-bruggen.
DNA wordt van 5’→ 3’afgelezen
Chromosomen → Lang DNA molecuul met eiwitten compact opgevouwen, het
bevat erfelijk materiaal van organisme. Op verschillende niveaus.
Inpakken van DNA is dynamisch: chromatine structuur is DNA erg compact maar
wel toegankelijk door de spontane DNA unwrapping en rewrapping.
- Chromatine → bevat DNA< histonen en non-histonen eiwitten.
o Heterochromatine: zeer gcondenseerd DNA, transcriptie
gehinderd. (Vooral rond centromeer en telomeer) zijn zichtbaar
onder lichtmicroscoop vanwege de sterke condensatie.
o Euchromatine: minder gecondenseerd DNA: transcriptie is
mogelijk. Zijn niet zichtbaar met de lichtmicroscoop.
- Nucleosomen → DNA ontwonden rond histonen = nucleosome core
complex +linker DNA
- Histonen → hebben variaties, behalve H4. Spelen een rol bij verschillende chromatine
structuren.
o Histone H1 (linker) → verder opgevouwen DNA rondom nucleosoom
tot 30nm chromatine vezel.
Chromatine remodelling
- Nucleosome sliding → DNA wordt toegankelijk voor andere eiwitten.
- Nucleosome modification → sommige delen van nucleosome histone core
complex worden vervangen door de nucloesome histone core complex en
wordt verwijderd.
Position effect → wanneer de heterochormatine conditie zich uitspreidt, de informatie
wordt dan overgedragen aan de dochtercel (position effect variegation) (in de
afbeelding is het dus dat het oranje
wordt overgenomen door het groene)
Epigenetica → omkeerbare verandering
die aangebracht is op (epi) het DNA en
welke genregulatie kan beïnvloeden. Zo
kunnen aminozuren van histonen
gemodificeerd worden.
Covalente modificatie – enzym
- Acetylatie → histone acetyltransferase (HAT)/ histone deactylase complex (HDAC) aanzetten.
- Methylatie → methyl toevoegen wat zorgt oor competitie.
- Phosporylatie → toevoegen van fosfor groep
- Ubiquitylatie
, Histon code reader → leest histon samenstellen van nucleosomen en activeerd de gewenste
processen.
Histon code reader-writer complex → verspreid chromatine verandering over een chromosoom. Er
wordt door de witer een erkenningspunt gemaakt, herkent door de reader en start proces. Maar de
barrier proteins stoppen dit proces weer als deze tegengekomen worden.
KORT DNA replicatie.
Start op de origin of replication, wat uiteindelijk 2 replicatie vorken
worden. Porces loopt van 5’→ 3’ waarbij DNA-polymerase start
bouwd aan 3’-OH.
Strans liggen anitparallel van elkaar.
Leading strand: 1 hele kopie onstaat hier, het gaat in 1 geheel.
Lagging strand: gaat in kleine stukje die okazaki fragmenten genoemd worden.
Enzym Functie
DNA polymerase Polymeriseren nucleotiden, synthese van de dochterstrenger:
verwijderen van primers.
1 → replicatie, proofreading, 5’→ 3’ exonuclease
3 → replicatie
DNA primase RNA primer, als start punt van replicatie.
DNA helicase Ontrollen van de dubbele DNA helix, het verbreken van H-
bruggen.
DNA ligase Verbinding van de Okazakifragmenten
DNA Zorgen ervoor dat extra windingen in helix worden opgeheven en
topoisomerase niet verstrikt raken.
I → betrokken bij ontwinden, van DNA helix, knipt 1 stand.
II → betrokken bij uit elkaar halen van opgesloten dubbele DNA
helix, knipt 2 stands van DNA.
telomerase Uiteinde lagging strand kopiëren: additie RNA template.
Singele- strand Voorkomen dat baseparen binnen de zelfde keten paren.
binding proteins
Proofreading → door DNA polymerase I tijdens de repicatie..
Transcriptie
DNA-transcriptie → tot expressie brengen van genen in een cel, uitgevoerd door RNA-
polymerase. RNA-polymerase wordt dus gebruikt als RNTP’s. En bestaat en 3 stappen:
inihatie, elongatie terminatie.
Gen → Stukje DNA codeert voor 1 eiwit.
DNA RNA
Meestal Meestal
dubbelstrengs enkelstrengs
Desoxyribose Ribose
Thymine Uracil
Les 1: introductie
Genomics → grootschalig onderzoek naar meerderen karakteriserende eigenschappen van genen en
genproducten.
Transcript → Resultaat van afscheiding van het DNA, bijvoorbeeld mRNA.
Genoom → totale hoeveelheid informatie in het DNA van een organisme, waaronder soms ook de
mitochondrieel en chloroplasten.
Chromosoom → lang DNA-molecuul met eiwitten compact opgevouwen die erfelijk materiaal
bevatten.
Transcriptie (DNA → RNA) →→ RNA-processing (RNA → pre-mRNA → mRNA) → → translatie
(mRNA → proteïne)
Transcriptie Translatie
Poly-a-staart en 5’cap (voor bescherming en Ribosomen (belangrijk voor synthese)
transport)
Nucleas (kern, hier vindt transcriptie plaats) Cytoplasma (hierin vindt translatie plaats)
Template strand (kopie plek) tRNA (koppeling van amino)
RNA-polymerase (Enzym) Aflezen codons)
Transcriptie factoren EPA-exit peptide alimetion arivel → plaats waar
een code binnen komt en een aminozuur
achterlaat.
Aanmaak codons Amino-acid.
Verschillen
- Prokaryoten gebeurt translatie en transcriptie tegelijkertijd in het cytoplasma. Bij
eukaryoten vindt transcriptie plaats in de kern en translatie in het cytoplasma.
- Eukaryoten hebben 5’cap en poly-a- staart.
Les 2 herhalen AS1
DNA is een polymeer opgebouwd uit 4 nucleotiden, het is een
dubbele helix en heeft een minor en major groove
bovenaanzicht DNA streng, afstand boven is
Nucleoside = base + suiker major groove, afstand onder minor groove.
Nucleotide = base + suiker +fosfaat Blauwe lijnen H-bruggen
,DNA en RNA zijn verschillende suikers, RNA heeft 2XOH en DNA
1xOH en 1xH.
Purines (2-rings) A en G..
Pyrimedines (1-ring) C en T.
C-G 3 H-bruggen (dus moeilijker te breken)
A-T 2 H-bruggen.
DNA wordt van 5’→ 3’afgelezen
Chromosomen → Lang DNA molecuul met eiwitten compact opgevouwen, het
bevat erfelijk materiaal van organisme. Op verschillende niveaus.
Inpakken van DNA is dynamisch: chromatine structuur is DNA erg compact maar
wel toegankelijk door de spontane DNA unwrapping en rewrapping.
- Chromatine → bevat DNA< histonen en non-histonen eiwitten.
o Heterochromatine: zeer gcondenseerd DNA, transcriptie
gehinderd. (Vooral rond centromeer en telomeer) zijn zichtbaar
onder lichtmicroscoop vanwege de sterke condensatie.
o Euchromatine: minder gecondenseerd DNA: transcriptie is
mogelijk. Zijn niet zichtbaar met de lichtmicroscoop.
- Nucleosomen → DNA ontwonden rond histonen = nucleosome core
complex +linker DNA
- Histonen → hebben variaties, behalve H4. Spelen een rol bij verschillende chromatine
structuren.
o Histone H1 (linker) → verder opgevouwen DNA rondom nucleosoom
tot 30nm chromatine vezel.
Chromatine remodelling
- Nucleosome sliding → DNA wordt toegankelijk voor andere eiwitten.
- Nucleosome modification → sommige delen van nucleosome histone core
complex worden vervangen door de nucloesome histone core complex en
wordt verwijderd.
Position effect → wanneer de heterochormatine conditie zich uitspreidt, de informatie
wordt dan overgedragen aan de dochtercel (position effect variegation) (in de
afbeelding is het dus dat het oranje
wordt overgenomen door het groene)
Epigenetica → omkeerbare verandering
die aangebracht is op (epi) het DNA en
welke genregulatie kan beïnvloeden. Zo
kunnen aminozuren van histonen
gemodificeerd worden.
Covalente modificatie – enzym
- Acetylatie → histone acetyltransferase (HAT)/ histone deactylase complex (HDAC) aanzetten.
- Methylatie → methyl toevoegen wat zorgt oor competitie.
- Phosporylatie → toevoegen van fosfor groep
- Ubiquitylatie
, Histon code reader → leest histon samenstellen van nucleosomen en activeerd de gewenste
processen.
Histon code reader-writer complex → verspreid chromatine verandering over een chromosoom. Er
wordt door de witer een erkenningspunt gemaakt, herkent door de reader en start proces. Maar de
barrier proteins stoppen dit proces weer als deze tegengekomen worden.
KORT DNA replicatie.
Start op de origin of replication, wat uiteindelijk 2 replicatie vorken
worden. Porces loopt van 5’→ 3’ waarbij DNA-polymerase start
bouwd aan 3’-OH.
Strans liggen anitparallel van elkaar.
Leading strand: 1 hele kopie onstaat hier, het gaat in 1 geheel.
Lagging strand: gaat in kleine stukje die okazaki fragmenten genoemd worden.
Enzym Functie
DNA polymerase Polymeriseren nucleotiden, synthese van de dochterstrenger:
verwijderen van primers.
1 → replicatie, proofreading, 5’→ 3’ exonuclease
3 → replicatie
DNA primase RNA primer, als start punt van replicatie.
DNA helicase Ontrollen van de dubbele DNA helix, het verbreken van H-
bruggen.
DNA ligase Verbinding van de Okazakifragmenten
DNA Zorgen ervoor dat extra windingen in helix worden opgeheven en
topoisomerase niet verstrikt raken.
I → betrokken bij ontwinden, van DNA helix, knipt 1 stand.
II → betrokken bij uit elkaar halen van opgesloten dubbele DNA
helix, knipt 2 stands van DNA.
telomerase Uiteinde lagging strand kopiëren: additie RNA template.
Singele- strand Voorkomen dat baseparen binnen de zelfde keten paren.
binding proteins
Proofreading → door DNA polymerase I tijdens de repicatie..
Transcriptie
DNA-transcriptie → tot expressie brengen van genen in een cel, uitgevoerd door RNA-
polymerase. RNA-polymerase wordt dus gebruikt als RNTP’s. En bestaat en 3 stappen:
inihatie, elongatie terminatie.
Gen → Stukje DNA codeert voor 1 eiwit.
DNA RNA
Meestal Meestal
dubbelstrengs enkelstrengs
Desoxyribose Ribose
Thymine Uracil
