Samenvatting bio informatica
(inclusief oefeningen)
geschreven door
2017
De Marktplaats voor het Kopen en Verkopen van je Samenvattingen
Op Stuvia vind je de beste samenvattingen, geschreven door je medestudenten. Voorkom
herkansingen en haal hogere cijfers met samenvattingen specifiek voor jouw studie.
www.stuvia.be
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
, Stuvia - Koop en Verkoop de Beste Samenvattingen
Samenvatting
bioinformatica
Biomedische wetenschappen
2018-2019
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
, Stuvia - Koop en Verkoop de Beste Samenvattingen
HOOFDSTUK 1: INTRODUCTION
1. Getting started
1.1. Sequenties
− Bevatten veel informatie
− Hoe informatie tevoorschijn halen?
1. Sequenties vergelijken
2. Sequentie databases doorzoeken
3. Evolutionaire verbanden vaststellen
4. Sequentiepatronen ontdekken
5. Eiwitfuncties voorspellen
1.2. Human genome
− Elke cel heeft exact dezelfde kopie
− 46 chromosomen
− Gecodeerd door volgorde van nucleotiden (A, T, C, G)
Genome sequencing
1. DNA extraheren uit weefsel
2. DNA kopiëren (PCR)
3. DNA in stukken knippen
4. Kleine stukjes sequencen
5. Resultaat = grote verzameling van korte sequenties
Rol van bioinformatica
− Alle stukjes in elkaar puzzelen zodat het hele genoom leesbaar wordt
= Genome assembly
Metagenomics
− Metagenomics = genetisch materiaal dat uit de omgeving afkomstig is gaan bestuderen
− vb. microbiële ecologie van een vijver bestuderen
1000 genomes project
− 1000 genomes project = internationale samenwerking om wereldwijd 1000 genomen te
sequencen
− Doel = humane genetische variatie vastleggen
1.3. DNA represents only one level of biological complexity
DNA
− Bevat informatie die het individu definieert
− Mutaties kunnen voorkomen (positief of negatief)
− Hoe beter de genen, hoe beter de voortplantingsmogelijkheden
→ Populatie evolueert naar een populatie met hogere fitness
− Wordt afgeschreven tot RNA transcripten
− RNa transcripten worden eiwitten
Sources of extra complexity
− Interacties = moleculen interageren met elkaar en beïnvloeden elkaar
− Variatie = veel verschillende genen, RNA transcripten (→ alterna:eve splicing) en eiwi;en
(→ post transla:onele modifica:es)
− Spatiotemporal dynamics = hoeveelheid van elk molecule varieert doorheen de tijd en
ruimte
2
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
, Stuvia - Koop en Verkoop de Beste Samenvattingen
Emergent properties
− Plots verschijnende eigenschappen dankzij deze extra complexiteit
− "whole" is more than the sum of the components
− Goldstein definitie van emergence
→ Het verschijnen va nieuwe eigenschappen tijdens een zichzelf organiserend proces in
complexe systemen
1.4. Systeembiologie
− Netwerk van netwerken
− Nieuwe inzichten over systeembiologie leidt tot ontwikkeling van nieuwe technieken wat
leidt tot nieuwe soorten data
1.5. What is bioinformatics?
Bioinformatics scope
− Scope = strekking
− Bioinformatica
= Computationele tools en benaderingen gebruiken om biologische/medische/… data
nuttig te gebruiken
= Ook nodig om data op te slaan/organiseren/…
− Interpreteren van moleculaire data
Computationele biologie
− Computationele biologie
→ Ontwikkeling en gebruik van data analytische, theoretische en computationele
methoden om biologische/sociale/… systemen te bestuderen
Bioinformatics vs data mining
− Bioinformatica = toegepaste data mining
− Data mining = grote databases bestuderen om nieuwe info te bekomen
− Bioinformatica = analyse van moleculair biologische data om een vraag te beantwoorden
1.6. Relevante trends
− Al deze trends zorgen voor een groei van bio informatica
① High throughput revolu:on
− High throughput = technieken leveren veel data
− Veel data kan bestudeerd worden
− Maar: informatica kosten zijn duurder dan bv. de sequencing kosten
− Wet van Moore = zegt hoe de rekenkracht goedkoper wordt
→ Computers worden niet snel genoeg sneller voor de overvloed aan informatie
② Central dogma outdated
− Centrale dogmatheorie = nucleïnezuren (DNA en RNA) leveren informatie over naar eiwitten
en dit kan niet omgekeerd
→ DNA → RNA → eiwit
− Maar: men weet dat het veel complexer is dan dit, vb. epigenetica
③ Genome and society
− DNA is iets normaal geworden
− Iedereen kan commerciële DNA tests afnemen
④ The big data wave
− Wereld genereert meer data dan ooit
3
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
(inclusief oefeningen)
geschreven door
2017
De Marktplaats voor het Kopen en Verkopen van je Samenvattingen
Op Stuvia vind je de beste samenvattingen, geschreven door je medestudenten. Voorkom
herkansingen en haal hogere cijfers met samenvattingen specifiek voor jouw studie.
www.stuvia.be
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
, Stuvia - Koop en Verkoop de Beste Samenvattingen
Samenvatting
bioinformatica
Biomedische wetenschappen
2018-2019
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
, Stuvia - Koop en Verkoop de Beste Samenvattingen
HOOFDSTUK 1: INTRODUCTION
1. Getting started
1.1. Sequenties
− Bevatten veel informatie
− Hoe informatie tevoorschijn halen?
1. Sequenties vergelijken
2. Sequentie databases doorzoeken
3. Evolutionaire verbanden vaststellen
4. Sequentiepatronen ontdekken
5. Eiwitfuncties voorspellen
1.2. Human genome
− Elke cel heeft exact dezelfde kopie
− 46 chromosomen
− Gecodeerd door volgorde van nucleotiden (A, T, C, G)
Genome sequencing
1. DNA extraheren uit weefsel
2. DNA kopiëren (PCR)
3. DNA in stukken knippen
4. Kleine stukjes sequencen
5. Resultaat = grote verzameling van korte sequenties
Rol van bioinformatica
− Alle stukjes in elkaar puzzelen zodat het hele genoom leesbaar wordt
= Genome assembly
Metagenomics
− Metagenomics = genetisch materiaal dat uit de omgeving afkomstig is gaan bestuderen
− vb. microbiële ecologie van een vijver bestuderen
1000 genomes project
− 1000 genomes project = internationale samenwerking om wereldwijd 1000 genomen te
sequencen
− Doel = humane genetische variatie vastleggen
1.3. DNA represents only one level of biological complexity
DNA
− Bevat informatie die het individu definieert
− Mutaties kunnen voorkomen (positief of negatief)
− Hoe beter de genen, hoe beter de voortplantingsmogelijkheden
→ Populatie evolueert naar een populatie met hogere fitness
− Wordt afgeschreven tot RNA transcripten
− RNa transcripten worden eiwitten
Sources of extra complexity
− Interacties = moleculen interageren met elkaar en beïnvloeden elkaar
− Variatie = veel verschillende genen, RNA transcripten (→ alterna:eve splicing) en eiwi;en
(→ post transla:onele modifica:es)
− Spatiotemporal dynamics = hoeveelheid van elk molecule varieert doorheen de tijd en
ruimte
2
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
, Stuvia - Koop en Verkoop de Beste Samenvattingen
Emergent properties
− Plots verschijnende eigenschappen dankzij deze extra complexiteit
− "whole" is more than the sum of the components
− Goldstein definitie van emergence
→ Het verschijnen va nieuwe eigenschappen tijdens een zichzelf organiserend proces in
complexe systemen
1.4. Systeembiologie
− Netwerk van netwerken
− Nieuwe inzichten over systeembiologie leidt tot ontwikkeling van nieuwe technieken wat
leidt tot nieuwe soorten data
1.5. What is bioinformatics?
Bioinformatics scope
− Scope = strekking
− Bioinformatica
= Computationele tools en benaderingen gebruiken om biologische/medische/… data
nuttig te gebruiken
= Ook nodig om data op te slaan/organiseren/…
− Interpreteren van moleculaire data
Computationele biologie
− Computationele biologie
→ Ontwikkeling en gebruik van data analytische, theoretische en computationele
methoden om biologische/sociale/… systemen te bestuderen
Bioinformatics vs data mining
− Bioinformatica = toegepaste data mining
− Data mining = grote databases bestuderen om nieuwe info te bekomen
− Bioinformatica = analyse van moleculair biologische data om een vraag te beantwoorden
1.6. Relevante trends
− Al deze trends zorgen voor een groei van bio informatica
① High throughput revolu:on
− High throughput = technieken leveren veel data
− Veel data kan bestudeerd worden
− Maar: informatica kosten zijn duurder dan bv. de sequencing kosten
− Wet van Moore = zegt hoe de rekenkracht goedkoper wordt
→ Computers worden niet snel genoeg sneller voor de overvloed aan informatie
② Central dogma outdated
− Centrale dogmatheorie = nucleïnezuren (DNA en RNA) leveren informatie over naar eiwitten
en dit kan niet omgekeerd
→ DNA → RNA → eiwit
− Maar: men weet dat het veel complexer is dan dit, vb. epigenetica
③ Genome and society
− DNA is iets normaal geworden
− Iedereen kan commerciële DNA tests afnemen
④ The big data wave
− Wereld genereert meer data dan ooit
3
Gedownload door: nikidelva |
Dit document is auteursrechtelijk beschermd, het verspreiden van dit document is strafbaar.
