Samenvatting Microbiologie Belangrijkste elementen samengevat voor het examen | Bio Ingenieurswetenschappen | UA |

Bacteriën
1. Kweken:
Nadelen: Lage sensitiviteit, lange incubatie nodig (trage groeier) Specifieke media & expertise nodig. Slechts 0,1 - 10% cultiveerbaar. Ze zijn
specifiek aangepast aan hun natuurlijke habitat. Afhankelijk van hun voedingsbehoeften en gevoeligheid voor bepaalde componenten worden
andere mediums gebruikt. Het is goedkoop en snel maar niet zo specifiek. Media gebaseerde methoden die gebruikt worden om pathogenen
te identificern minimum 3 dagen nodig. De kweekmethode kan ook gecombineerd worden met biochemische testjes voor de biochemische
identificatie voor meer specificiteit.
 Als medium moeilijk te bepalen is kan er een genoom sequencing gebeuren zodat de gemiste biosyntethische pathways duidelijker
worden en helpt ook met voorspellen welke nutrienten noidg zijn zodat die specie groeit in het synthetische medium.

 Differentiele media geeft biochemsche verschil tussen 2 species. Nagaan oorzaak darminfectie: Salmonella en ecoli op een MacConkey
medium, Ecoli kan lactose fermenteren (zuur produceren) en Salmonella of Shigella niet, dus Salmonella zal niet kleuren en ecoli wel.
PH indicator gebruiken om te zien of zuur geproduceerd is of niet.

 Gram – kunnen groeien op cristalviolet medium en gram + niet echt. Dus het is een selectieve medium. Salmonella: Gram negatieve
bacterie en selectieve medium gebruiken dat gram + selectief kunne stoppen met groeien. Kristalviolet is een kleurstof om de celwand
te kleuren en kan selectief de groei van gram + bacterien te stoppen, gram - heeft maar 1 laag en kan dus verder groeien als er violet is.

Chocolade agar (gelyseerde rode bloedcellen) is heel nutrientenrijk, alle 4 groeien erop. Mengitiduiis en influenza kunnen niet groeien op
bloed agar. Hektoenagar is selectief omdat bile zouten en kleuringen de gram + groei inhiberen en differentieel omdat lactose en sucrose
gefermeteerd worden en HS geproduceerd word




Ecoli fermenteert lactose: zuur=> oranje kleur. Salmonella groeit op pepton aminozuren

, 2. Andere methoden:

DNA/RNA detectie methoden zijn heel handig voor virussen omdat ze anders EM of serologie nodig hebben en ook omdat ziekteverwerkende
virussen heel moeilijk te isoleren en kweken zijn.

1) Als de primer aanwezig is kan de genoom amplifocatie (NAAT) dan de biochemische algoritmes gebruiken die dagen kunne duren. Het
kan zowel voor virale als bacteriele pathogenen gebruikt worden. Multiplex PCR gebruikt verschillende sets van primers, 1 paar voor
elke gen. Er moet opgepast worden dat primers niet met elkaar interfereren. Multiplex PCR kan helpen met identificatie van sets van
specifieke genen aanwezig in een staal of kan screenen voor de aanwezigheid van meerdere pathogenen in een sample. Primerstes zijn
gemaakt om genen te amplificeren die uniek zijn voor elk pathogeen.

 vooral nuttig voor virussen en moeilijk te kweken bacteriën
 vooral via PCR: DNA primers binden aan uniek stukje DNA/RNA pathogeen en amplificeren het  visualiseren via gelelectroforese of
een fluorescencie signaal

Voordeel: sneller dan kweekmethode
Nadeel: nood aan thermocycler (vaak duurder) en nood aan primer, dus (deel van) sequentie moet gekend zijn. enkel voor reeds
gekende pathogenen (want je moet primers al op voorhand kiezen  anders enkel universele primers, maar dan moet je combineren
met sequencing)


2) Immunologische methode: ELISA test, een methode dat antilichamen en antigene kan detecteren in picogram hoeveelheden. Een anti-
pathogeen antlichaam van de virus is gehecht aan het plaaten u staal met antigen zal hieraan toegevoegd worden. Antlichaam tegen
pathogeen kan makkelijker getectererd worden aangezien antilichamen meer aanwezig zijn dan de virus zelf. Enzym geconjugeerde anti-
virus-antilichaam is dan toegevoegd. Dan chromogene substraat toevoegen om kleuring te zien

Voordeel: simpele procedure
Nadeel: Er zijn geavanceerde technieken en dure kweekmedia nodig. Grote kans op vals-positief/negatief

, 3. Soorten bacteriën
Darmmicroben zijn vaak anaeroob.
1. Gram +:

-Groeien wat trager
-Elektronen van gefermenteerde substraat gaan naar NAD+ om NADH te vormen en dan terug naar pyruvaat.

Bacterie Symptomen Morfologie Metabolisme Extra
Streptococcus  koorts, Cocci in ketens  Heeft optimum pH
pneumonia  kortademigheid, (bolletjes) =7,8
 pijn bij het  Facultatief anaërobe
Kan longontsteking ademhalen, bacterie
veroorzaken.  hoesten  Fermentatie als
 hoofdpijn,
belangrijkste vorm
nekstijfheid,
van metabolisme
verwardheid en
verlies van  Het kan
bewustzijn verschillende suikers
Als in bloedbaan komt kan fermenteren, zoals
het hersenvliesontsteking glucose, en
veroorzaken. produceert daarbij
melkzuur.
 Aerotolerant



Streptococcus  wondinfectie Groeifactoren:
pyrogenes  veroorzaakt keelpijn Glutamate en alanine

,  Facultatief anaërobe
bacterie
 Fermentatie als
belangrijkste vorm
van metabolisme
 Het kan
verschillende suikers
fermenteren, zoals
glucose
 Aerotolerant
(verdragen O)

Bacillus Anthracis  Jeukend plekje Rods  aeroob organisme. Sporenkleuring met malachietgroen.
Sporenvormend  griepachtige symp.  Het kan Sporen vormen om zich te beschermen
 Misselijkheid verschillende suikers tegen ongunstige omstandigheden
 Hoge koorts en aminozuren (overlevingsmechanisme)
 Bloed hoest gebruiken als
 Snel buite adem koolstof- en
energiebron.

Clostridium tetani  kramp  anaeroob
 stijfheid  Produceren
 Veroorzaakt  spierspasme alcoholen bij
tetanus fermentatie
 sporenvormend
Clostridium butulinum Kan naar zenuwstelsel Bacilli  Anaeroob en
gaan en verlamming (staafvormige) sporenvormende
 veroorzaakt veroorzaken. Door bacterie.
botulisme voedselvergiftiging.