Samenvatting Methoden Biomedisch Onderzoek 1 (KU Leuven)

Samenvatting methode
Inhoudsopgave
Inleiding..................................................................................................................................................5
1.1 Inleiding tot biomedische methoden en hun belang....................................................................5
1.1.1 Belang en impact van biomedische methoden......................................................................5
1.1.2 Doelstellingen en strategische keuze van methoden.............................................................6
1.1.3 Essentiele overwegingen bij elke methode............................................................................6
2 Biomedische vraagstelling...................................................................................................................7
2.1 Fundamenten van biomedische vraagstelling en onderzoek........................................................7
2.1.1 Typen biomedische vraagstellingen en onderzoeksniveaus..................................................7
2.1.2 Onderzoeksstrategieën en -fasen..........................................................................................8
2.1.3 Onderzoeksomgevingen en experimenteel ontwerp.............................................................8
2.2 Karakteristieken en selectie van biomedische methoden............................................................9
2.2.1 Classificatie van biomedische methoden...............................................................................9
2.2.2 Kwaliteitskenmerken van biomedische methoden..............................................................10
2.2.3 Factoren voor methodeselectie...........................................................................................10
3 Studiemateriaal & staalbereiding......................................................................................................11
3.1 Begrijpen van studiemateriaal en ethische principes in humaan onderzoek..............................11
3.1.1 Types humaan studiemateriaal en hun toepassingen..........................................................11
3.1.2 Studieontwerp, databeheer en ethische goedkeuring.........................................................11
3.2 Modellen en systemen voor biomedisch onderzoek begrijpen..................................................12
3.2.1 Celculturen: primaire, geïmmortaliseerde en kankercellijnen.............................................13
3.2.2 Stamcellen, organoïden en weefselculturen........................................................................14
3.2.3 Modelorganismen en xenograften.......................................................................................15
3.3 Begrijpen van staalvoorbereiding en celsorteringstechnieken...................................................17
3.3.1 Staalbereiding: fysiologische vloeistoffen en weefsels........................................................17
3.3.2 Celsorteringstechnieken (FACS, MACS, LCM).......................................................................19
3.4 Beheersen van celcultuurtechnieken en kwaliteitscontrole.......................................................20
3.4.1 Celcultuuromgeving en media.............................................................................................20
3.4.2 Celgroei, proliferatie en kwaliteitscontrole.........................................................................21
3.4.3 Contaminatiebeheer en celbewaring...................................................................................22
4 Bioveiligheid......................................................................................................................................23
4.1 Begrijpen en toepassen van bioveiligheidsprincipes in het laboratorium..................................23
4.1.1 VGM-Principes, risico's en wetgeving..................................................................................23


1

, 4.1.2 Beschermingsmaatregelen en inperkingsniveaus................................................................24
4.1.3 Afvalbeheer en incidentprocedures.....................................................................................26
5 Laboratoriumtechnieken...................................................................................................................27
5.1 Beheersen van fundamentele laboratoriumtechnieken.............................................................27
5.1.1 Pipetteertechnieken en foutbronnen..................................................................................27
5.1.2 Verdunningen en verdunningsreeksen................................................................................28
5.1.3 Weegtechnieken en balanstypen.........................................................................................28
5.2 Begrijpen en toepassen van buffers en pH-meting.....................................................................30
5.2.1 Buffers: principes, eigenschappen en typen........................................................................30
5.2.2 Osmolaliteit meten..............................................................................................................31
5.2.3 pH-bepaling en aandachtspunten........................................................................................32
5.3 Principes en toepassingen van sedimentatie en centrifugatie....................................................32
5.3.1 Grondbeginselen van sedimentatie en centrifugatie...........................................................33
5.3.2 Typen centrifugale scheidingen en gradientvormers...........................................................33
5.3.3 Centrifuge apparatuur en gebruik.......................................................................................35
5.3.4 Toepassingen van centrifugatie...........................................................................................36
6 Meten................................................................................................................................................37
6.1 Inzicht in meetonzekerheid, fouten en data-analyse..................................................................37
6.1.1 Typen variabelen en meetonzekerheid................................................................................37
6.1.2 Precisie versus nauwkeurigheid en kalibratie......................................................................38
6.1.3 Essentiële meetbegrippen en eenheden.............................................................................39
6.1.4 Vergelijken van meetresultaten en beduidende cijfers.......................................................40
7 Lichtmicroscopie................................................................................................................................42
7.1 Fundamenten van lichtmicroscopie............................................................................................42
7.1.1 Basisprincipes van optica en lichtinteractie.........................................................................42
7.1.2 Beeldvorming en optische eigenschappen van lenzen........................................................43
7.1.3 Vergroting, resolutie en contrast in lichtmicroscopie..........................................................43
7.1.4 Microscoopcomponenten en optimalisatie.........................................................................44
7.2 Conventionele en geavanceerde contrasttechnieken.................................................................45
7.2.1 Klaarveld en donkerveld microscopie..................................................................................45
7.2.2 Fasecontrast microscopie....................................................................................................46
7.2.3 Differentieel interferentie contrast (DIC).............................................................................47
8 Bioluminescentie...............................................................................................................................47
8.1 Principes en toepassingen van bioluminescentie.......................................................................47
8.1.1 Bioluminescentie: mechanisme en vereisten......................................................................48
8.1.2 In vitro bioluminescentie toepassingen...............................................................................48

2

, 8.1.3 In vivo bioluminescentie beeldvorming...............................................................................50
8.2 Principes en technieken van fluorescentie.................................................................................50
8.2.1 Fluorescentie: mechanisme en eigenschappen van fluoroforen.........................................51
8.2.2 Factoren die het fluorescentiesignaal beïnvloeden en optimalisatie...................................52
8.2.3 Fluorescente kleurstoffen en proteïnen..............................................................................53
8.2.4 Breedveld en confocale fluorescentiemicroscopie..............................................................54
8.2.5 Geavanceerde fluorescentie beeldvormingstechnieken (FRET, FLIM, FRAP, FLIP)...............55
8.2.6 In vivo fluorescentie beeldvorming en klinische relevantie.................................................56
9 Spectroscopie....................................................................................................................................58
9.1 Principes van spectroscopie en licht-materie interactie.............................................................58
9.1.1 Fundamentele interacties tussen licht en materie...............................................................58
9.1.2 Energetische overgangen bij absorptie................................................................................58
9.2 UV/Vis en fluorescentie spectroscopie.......................................................................................59
9.2.1 Principes van UV/Vis spectroscopie en moleculaire orbitalen.............................................59
9.2.2 Instrumentatie en kwantitatieve analyse in UV/Vis spectrofotometrie...............................60
9.2.3 Fluorescentie spectroscopie: principes en toepassingen.....................................................61
9.3 Vibratie spectroscopie (IR en Raman).........................................................................................62
9.3.1 Infrarood (IR) spectroscopie: principes en structuuranalyse...............................................62
9.3.2 Raman spectroscopie: principes en complementariteit met IR...........................................63
9.4 Nucleaire Magnetische Resonantie (NMR) spectroscopie..........................................................63
9.4.1 Fundamenten van NMR: kernspins en magnetische resonantie..........................................64
9.4.2 NMR instrumentatie en spectrum interpretatie..................................................................64
9.5 Massa Spectrometrie (MS).........................................................................................................66
9.5.1 Principes en componenten van massa spectrometrie.........................................................66
9.5.2 lonisatietechnieken: van harde tot zachte methoden.........................................................66
9.5.3 Massa-Analyzers en geavanceerde MS technieken.............................................................68
10 chromatografie................................................................................................................................69
10.1 Principes van chromatografie...................................................................................................69
10.1.1 Fundamentele concepten en scheidingsmechanismen in chromatografie........................70
10.1.2 Kolomchromatografie: scheidingsprincipes en resolutieparameters.................................70
10.2 Vloeistofchromatografie (HPLC en UHPLC)...............................................................................72
10.2.1 HPLC: instrumentatie, werkingsprincipes en optimalisatie................................................72
10.2.2 Detectoren in HPLC: UV/Vis en ELSD.................................................................................73
10.3 Gaschromatografie (GC)...........................................................................................................73
10.3.1 GC: principes, fasen en kolomtypen..................................................................................74
10.3.2 Optimalisatie en detectoren in gaschromatografie...........................................................74

3

,11 Elektroforese en western blot.........................................................................................................75
11.1 Elektroforetische scheidingstechnieken voor biomoleculen....................................................75
11.1.1 Principes en typen elektroforesegels.................................................................................76
11.1.2 Agarose gel elektroforese voor nucleïnezuren..................................................................76
11.1.3 Polyacrylamide gel elektroforese (PAGE) voor eiwitten....................................................77
11.1.4 Geavanceerde elektroforesevarianten en toepassingen...................................................78
11.2 Detectie en kwantificatie van specifieke biomoleculen............................................................79
11.2.1 Western blotting: principe en gecombineerde technieken................................................79
11.2.2 Elektroblotting en immunodetectie...................................................................................80
11.2.3 Detectiemethoden en toepassingen van western blot......................................................81
11.2.4 Geautomatiseerde capillaire western blots (Simple Western)..........................................82
12 Celbiologische methoden................................................................................................................83
12.1 Celbiologische methoden voor functionele analyse.................................................................83
12.1.1 Flowcytometrie voor celanalyse........................................................................................83
12.1.2 Metingen van celproliferatie, levensvatbaarheid en dood................................................84
12.1.3 Analyse van celcyclus en senescentie................................................................................85
12.1.4 Methoden voor celmigratie en invasie..............................................................................85
12.1.5 Real-time monitoring van cellulair gedrag.........................................................................86
12.2 Weefselkweek en organ-on-a-chip technologieën...................................................................87
12.2.1 Principes en proces van tissue engineering.......................................................................87
12.2.2 3D-Bioprinting van weefsels en organen...........................................................................88
12.2.3 Organ-on-a-Chip en Human-on-a-Chip systemen..............................................................88
13 Analyse van DNA..............................................................................................................................89
13.1 De fundamentele rol en structuur van DNA begrijpen.............................................................89
13.1.1 Fundamentele rol en diversiteit van DNA in organismen..................................................89
13.1.2 Basisbouwstenen en structuur van DNA............................................................................90
13.2 DNA extractie, zuivering en opslag...........................................................................................90
13.2.1 Algemene principes en methoden voor cellysis.................................................................90
13.2.2 Methoden voor DNA-isolatie en opzuivering.....................................................................91
13.2.3 DNA concentratie en opslag..............................................................................................93
13.3 DNA kwantificatie en kwaliteitscontrole...................................................................................94
13.3.1 Belang van kwantificatie en omrekening naar kopieën.....................................................94
13.3.2 Spectrofotometrie voor DNA-kwantificatie en zuiverheid.................................................95
13.3.3 Fluorescentiegebaseerde kwantificatie.............................................................................95
13.3.4 Elektroforese voor DNA-kwaliteit en semi-kwantificatie...................................................96
13.4 DNA synthese en amplificatie...................................................................................................96

4

, 13.4.1 Chemische synthese van oligonucleotiden........................................................................97
13.4.2 Polymerase Chain Reaction (PCR): principes en componenten.........................................98
13.4.3 PCR stappen, optimalisatie en efficiëntie...........................................................................98
13.4.4 Primerontwerp, PCR-foutfrequentie en speciale PCR-ontwerpen.....................................99
13.4.5 PCR kwaliteitszorg en toepassingen.................................................................................100
13.5 DNA sequentiebepaling en genotypering...............................................................................101
13.5.1 Evolutie en generaties van DNA-sequencing...................................................................101
13.5.2 Sanger-Sequencing: principe en analyse..........................................................................102
13.5.3 DNA-Genotypering: concepten en methoden.................................................................103
13.6 DNA manipulatie en klonering................................................................................................104
13.6.1 DNA fragmentatie methoden..........................................................................................104
13.6.2 DNA modificatie en merking van uiteinden.....................................................................105
13.6.3 DNA ligatie en vectoren...................................................................................................106
13.6.4 Klonering en screening van recombinante plasmiden.....................................................107
13.6.5 Mutagenese technieken..................................................................................................108


INLEIDING


1.1 INLEIDING TOT BIOMEDISCHE METHODEN EN HUN
BELANG
Biomedisch onderzoek is fundamenteel afhankelijk van de ontwikkeling en toepassing van adequate
methoden. Deze methoden stellen ons in staat om antwoorden te vinden op complexe fysiologische
en pathologische vraagstukken die reeds aanwezig zijn in ons lichaam of studiemateriaal. De enorme
evolutie in biomedische methoden, zoals high-throughput en omics-technologieën, heeft geleid tot
een exponentiële toename van kennis en een revolutie in de geneeskunde. Het begrijpen van deze
methoden, hun mogelijkheden en beperkingen, is cruciaal voor het opbouwen van
wetenschappelijke kennis en het maken van strategische keuzes in onderzoek.

1.1.1 Belang en impact van biomedische methoden
De beschikbaarheid van adequate methoden is essentieel voor het beantwoorden van fysiologische
en pathologische vraagstellingen. De aard van de antwoorden die we kunnen vinden, wordt direct
bepaald door de gebruikte methode. Dit belang wordt onderstreept door:

 Kennisextractie: De meeste antwoorden zijn al aanwezig in ons lichaam of studiemateriaal;
methoden zijn nodig om deze te 'ontsluiten'.

 Kennisopbouw: De mogelijkheden en beperkingen van methoden bepalen grotendeels de
opbouw van onze kennis en de toepassing ervan.

 Wetenschappelijke erkenning: Veel Nobelprijzen zijn toegekend voor de ontwikkeling van
nieuwe biomedische methoden, wat hun revolutionaire potentieel aantoont.

5

,  Exponentiële groei: Een enorme evolutie in methoden (bijv. high-throughput, array-
technologie, omics, single-cell analyse) leidt tot een exponentiële toename in biomedische
kennis.

 Maatschappelijke impact: Deze kennisrevolutie heeft een diepgaande maatschappelijke
impact en transformeert de geneeskunde.

1.1.2 Doelstellingen en strategische keuze van methoden
De doelstellingen van het bestuderen van biomedische methoden omvatten een breed scala aan
competenties:

 Overzicht en Begrip: Een overzicht krijgen van belangrijke methoden,
van basistechnieken tot 'omics'-methoden, en hun impact op onze kennis.

 Principes Begrijpen: De chemische, biologische en fysische principes achter biomedische
methoden doorgronden, inclusief hoe ze werken en waarop ze gebaseerd zijn.

 Strategische Keuze: Leren een strategische keuze te maken voor specifieke methoden door
hun mogelijkheden en beperkingen te evalueren en voor- en nadelen af te wegen.

 Een praktisch voorbeeld hiervan is het gebruik van FDG-PET voor borstkankerstaging
versus FES-PET (fluor-estradiol) voor ER-beoordeling van alle laesies. FES-PET maakt
een betere inschatting van de therapierespons mogelijk bij therapieën die de
oestrogeenreceptor benutten, vooral bij inoperabele of uitgestraalde metastasen,
waar een biopsie onmogelijk is.

 Nieuwe Ontwikkelingen: Inzicht krijgen in nieuwe ontwikkelingen en perspectieven binnen
het veld.

 Ethische en Veiligheidsaspecten: Bewustzijn van de ethische, wettelijke en
veiligheidsaspecten die gepaard gaan met het gebruik van biomedische methoden.



1.1.3 Essentiele overwegingen bij elke methode
Bij het opstellen van een onderzoeksstrategie en het selecteren van methoden voor een concrete
biomedische vraag, is het cruciaal om de volgende aspecten voor elke methode te overwegen:

 Doelstelling: Wat is het specifieke doel van deze methode?

 Achtergrond: De fysische, chemische of biologische principes waarop de methode is
gebaseerd.

 Praktische Tips: Belangrijke adviezen voor de uitvoering.

 Mogelijkheden en Beperkingen: Wat kan de methode wel en niet?

 Voor- en Nadelen: Een afweging van de positieve en negatieve aspecten.

 Toepassing: In welke contexten kan de methode worden gebruikt?

 Voorbeelden van Resultaten: Hoe zien typische resultaten eruit?

 Ethische Aspecten: Zijn er ethische overwegingen of richtlijnen?

 Veiligheidsaspecten: Welke veiligheidsrisico's zijn er en hoe worden deze beheerd?

6

,  Kosten: Wat zijn de financiële implicaties van het gebruik van de methode?

 Perspectieven: Wat zijn de toekomstige ontwikkelingen of verbeteringen voor deze
methode?


2 BIOMEDISCHE VRAAGSTELLING

2.1 FUNDAMENTEN VAN BIOMEDISCHE VRAAGSTELLING EN
ONDERZOEK
Biomedisch onderzoek begint met een vraagstelling die zeer breed kan zijn, maar zich primair richt
op de mens. Deze vragen kunnen variëren van het begrijpen van normale lichaamsfuncties tot het
ontrafelen van ziekteprocessen. Onderzoek kan op verschillende niveaus plaatsvinden, van het
organisme tot subcellulair, en maakt gebruik van diverse modellen en benaderingen. Het
onderscheid tussen fundamenteel, translationeel en klinisch onderzoek is essentieel, met name de
gestructureerde fasen van geneesmiddelenontwikkeling. De keuze van de onderzoeksomgeving (in
vivo, ex vivo, in vitro, in silico) en een robuust experimenteel ontwerp zijn cruciaal voor geldige en
reproduceerbare resultaten.

2.1.1 Typen biomedische vraagstellingen en onderzoeksniveaus


Biomedische vraagstellingen richten zich voornamelijk op de mens en kunnen worden onderverdeeld
in:

 Fysiologische vraagstellingen: Gericht op het begrijpen van normale lichaamsfuncties en
processen.

 Voorbeelden: Hoe werkt ons geheugen? Wat regelt het kloppen van ons hart? Wat
stimuleert spierontwikkeling? Hoe ontstaat een hongersignaal?

 Pathologische vraagstellingen: Gericht op het begrijpen van wat er misgaat bij ziekten en
hoe deze ontstaan. Deze hebben vaak een groot maatschappelijk belang.

 Voorbeelden: Hoe ontstaat de ziekte van Alzheimer? Waarom slibt cholesterol onze
aders dicht? Hoe ontstaat kanker? Wat is multiple sclerose? Wat gebeurt er bij
Covid-19?

Onderzoek kan op verschillende niveaus worden uitgevoerd, vaak in combinatie:

 Organisme

 Weefsel

 Cel

 Subcellulair

Hierbij wordt gebruik gemaakt van diverse modellen:

 De mens zelf

 Modelorganismen (bijv. muis)


7

,  Modelsystemen (bijv. celcultuur, vaak in combinatie)



2.1.2 Onderzoeksstrategieën en -fasen
Biomedisch onderzoek kan verschillende strategieën volgen:

 Open exploratief onderzoek: Hierbij wordt breed gezocht naar een antwoord zonder een
specifieke richting te kiezen.

 Voorbeeld: Hoe komt het dat sommige mensen zo sterk reageren op een SARS-CoV-2
infectie en anderen niet?

 Hypothese-gedreven onderzoek: Hierbij wordt een specifiek antwoord vooropgesteld
(hypothese) en deze vervolgens getoetst.

 Voorbeeld: Speelt de vrijzetting van interferonen een bepalende rol bij de reactie op
een SARS-CoV-2 infectie?

Onderzoek wordt ook geclassificeerd op basis van zijn doel:

 Fundamenteel onderzoek: Gericht op een gedetailleerde analyse van moleculaire
bestanddelen en processen in de cel en het organisme.

 Translationeel onderzoek: Vormt de overgang tussen fundamenteel en klinisch onderzoek,
gericht op het vertalen van basiskennis naar klinische toepassingen.

 Klinisch onderzoek: Patiënt-gericht onderzoek met als doelen:

 Optimaliseren van diagnose

 Verbetering van behandeling

 Ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen

De ontwikkeling van nieuwe geneesmiddelen doorloopt gestructureerde fasen 1-4:

1. Fase 1: Eerste toepassing van een nieuw geneesmiddel op mensen; focus op veiligheid.

2. Fase 2: Toediening aan een kleine groep mensen; focus op veiligheid en eerste indicaties van
werking.

3. Fase 3: Toediening aan een grotere groep; focus op werking en vergelijking met bestaande
behandelingen.

4. Fase 4: Na marktintroductie; monitoring van zeldzame nevenwerkingen of latere problemen.



2.1.3 Onderzoeksomgevingen en experimenteel ontwerp
Analyses in biomedisch onderzoek kunnen in diverse omgevingen worden uitgevoerd:

 In vivo: Bepalingen op levende organismen.

 Voorbeelden: Meting van lichaamstemperatuur, bloeddruk, medische beeldvorming.

 Ex vivo: Metingen op stalen van een organisme.


8

,  Voorbeeld: Immunohistochemie van een biopt.

 In vitro: Metingen en manipulaties in een proefbuis of op cellen.

 Voorbeelden: Celcultuur, kloneren van DNA.

 In silico: Analyses met een computer.

 Voorbeelden: Voorspelling van eiwitstructuur, heranalyse van publieke data.

Het ontwerp van biomedische experimenten volgt een gestructureerd proces om valide en
betrouwbare resultaten te garanderen:

1. Medisch probleem: Identificeer het probleem.

2. Literatuuronderzoek: Raadpleeg peer-reviewed literatuur.

3. Testbare onderzoeksvraag/hypothese: Formuleer een concrete vraag of hypothese.

4. Biologisch systeem/modelsysteem + modulatie: Kies het juiste systeem (gezond/ziek) en
overweeg hoe het te manipuleren.

5. Bepaling van de variabele(n): Definieer wat er gemeten moet worden.

6. Keuze van methode(n): Selecteer de geschikte methoden voor de metingen.

7. Bepaling aantal stalen (power analyse): Bereken het benodigde aantal stalen, rekening
houdend met technische en biologische variatie.

8. Controles: Inclusief vehicle, mock en andere relevante controles, zijn essentieel.




2.2 KARAKTERISTIEKEN EN SELECTIE VAN BIOMEDISCHE METHODEN
Biomedische methoden kunnen worden onderverdeeld in twee hoofdklassen: die gericht op analyse
en die gericht op modulatie. De kwaliteit en betrouwbaarheid van een methode worden bepaald
door een reeks analytische kenmerken zoals precisie, accuraatheid en detectielimiet. Het strategisch
kiezen van de juiste methode is een complex proces dat afhangt van de te meten variabele, de
vereiste gevoeligheid, beschikbare middelen en veiligheidsaspecten. Een grondig begrip van deze
kenmerken en selectiecriteria is onmisbaar voor succesvol biomedisch onderzoek.

2.2.1 Classificatie van biomedische methoden
Biomedische methoden kunnen worden ingedeeld in twee grote klassen op basis van hun functie:

 Methoden voor analyse: Hierbij wordt iets gemeten.

 Voorbeelden: Klinische analyses (hormonen, metabolieten), isolatie, meting en
sequentiebepaling van DNA, analyse van processen (gentranscriptie).

 Methoden voor modulatie: Hierbij wordt iets veranderd aan het organisme of proefmodel.

 Voorbeelden: Behandeling met een inhibitor, transfectie met plasmidenvectoren,
transgenese, RNA interferentie.




9

, 2.2.2 Kwaliteitskenmerken van biomedische methoden
De kwaliteit en betrouwbaarheid van biomedische methoden worden beoordeeld aan de hand van
verschillende analytische kenmerken:

 Precisie: Maat voor reproduceerbaarheid of variabiliteit.

 Gekwantificeerd door: standaarddeviatie, coëfficiënt van variatie.

 Accuraatheid: Het verschil tussen de gemeten waarde en de 'echte' waarde.

 Beoordeeld via: populatiestatistiek (confidentieniveau, confidentie-interval).

 Detectielimiet (gevoeligheid): De kleinste waarde die met een bepaalde methode met
zekerheid kan worden gemeten.

 Analytische range / dynamic range: Het gebied waarbinnen de methode reproduceerbare
gegevens oplevert.

 Analytische specificiteit (selectiviteit): De mate waarin andere componenten in het systeem
interfereren met de meting.

 Analytische sensitiviteit: Een maat voor de verandering in output ten opzichte van de
verandering in input.

 Robuustheid: De mate waarin de methode een consistent resultaat geeft, ondanks kleine
verschillen in experimentele parameters (bijv. pH, temperatuur).



2.2.3 Factoren voor methodeselectie
De keuze van de meest geschikte methode is een cruciale stap in het experimenteel ontwerp en
wordt beïnvloed door diverse factoren:

 Te meten variabele: Wat moet er precies gemeten worden? (bijv. DNA-concentratie, DNA-
sequentie, eiwitfosforylatie).

 Vereiste precisie en detectielimiet: Hoe nauwkeurig of gevoelig moet de meting zijn? (bijv.
hoge versus lage DNA-concentraties).

 Aantal stalen/waarden: Hoeveel metingen moeten er worden verricht? (bijv. DNA-sequentie
van één gen of van het hele genoom).

 Beschikbaarheid apparatuur: Welke apparatuur is aanwezig? (bijv. een fluorimeter voor
DNA-bepaling of een colorimeter).

 Kosten: Wat is het budget per analyse?

 Veiligheidsrisico's: Zijn er risico's verbonden aan het werken met de methode (bijv.
radioactiviteit, virussen) en zijn er vergunningen nodig?

 Vroegere/gepubliceerde ervaringen: Bestaande kennis en protocollen.

 Persoonlijke voorkeur: Soms speelt ook de ervaring of voorkeur van de onderzoeker een rol.




10