Evolutiebiologie samenvatting
College 1
De evolutietheorie is slechts een theorie en geen feit: een theorie in de wetenschap is een
goed onderbouwd geheel van verklaringen, principes en bewijzen die samen een bepaald
verschijnsel in de natuur kunnen verklaren en voorspellen.
Evolutietheorie doet geen voorspellingen: een wetenschappelijke theorie moet niet alleen
verschijnselen kunnen verklaren, maar ook voorspellen wat je zou moeten vinden of waarnemen als
de theorie klopt. Voorbeelden waarbij voorspellingen volgens de evolutietheorie klopte zijn:
Tiktaalik of de witte en zwarte motten.
Religie is geen wetenschap maar intelligent design wel: wetenschappers houden zich aan
bepaalde regens. Eén van die regels is dat de minst gecompliceerde verklaring meestal de meest
waarschijnlijke is. Zowel religie als Intelligent Design houden zich niet aan dit principe, omdat ze
extra aannames doen die niet nodig zijn om verschijnselen te verklaren. Een andere regel is dat
een theorie voorspellingen moet kunnen doen die leiden tot toetsbare hypothesen. Zowel religie als
Intelligent Design voldoen daar niet aan.
Er is geen echt bewijs van de evolutietheorie: een belangrijk bewijs voor evolutie komt van
fossielen. Er zijn veel overgangsvormen gevonden. Deze vormen laten zien dat soorten langzaam
veranderen over miljoenen jaren.
Elke groep organismen heeft een gemeenschappelijke voorouder, die uiteindelijk teruggaat tot één
enkele oorsprong van het leven. Als je het skelet van een mens vergelijkt met dat van een aap of
een andere zoogdierensoort, zie je veel overeenkomsten. Deze homologe botten hebben dezelfde
bouw, maar verschillende functies. Dat wijst op een gemeenschappelijke voorouder, en is veel
waarschijnlijker dan dat zulke structuren toevallig los van elkaar zijn ontstaan.
Het staartbeentje van de mens wijst erop dat onze voorouders een staart hadden. Kippenvel heeft
bij mensen geen functie meer, maar bij harige zoogdieren wel ze houden een luchtlaagje tussen de
haren om zich warm te houden. Vogels stammen af van voorouders met vijf tenen. Tijdens de
embryonale ontwikkeling zie je dat vogels nog steeds vijf tenen aanleggen, maar dat de vijfde teen
afsterft. Ook embryo’s van gewervelde dieren lijken sterk op elkaar in een vroeg stadium. Dat
komt doordat ze allemaal afstammen van een gemeenschappelijke oervorm.
Een modern voorbeeld daarvan is de zwartkop (een vogelsoort). Een deel van de populatie
overwintert in Engeland, een ander deel in Spanje. Deze groepen verschillen langzaam in leefwijze
en uiterlijk: de Engelse zwartkoppen hebben spitsere snavels en rondere vleugels, terwijl de
Spaanse een stompere snavel hebben en vooral fruit eten. Omdat ze op verschillende tijden
terugkeren naar hun broedgebied, paren ze niet meer met elkaar. Zo ontstaan genetische
verschillen en kunnen deze populaties zich op den duur ontwikkelen tot twee aparte soorten.
Natuurlijke selectie
Voor het eerst beschreven door Charles Darwin. Het idee wordt ondersteund door talloze
veldobservaties en ook door experimenten in laboratoria. Voor natuurlijke selectie moeten drie
voorwaarden vervuld zijn:
-Variatie
-Differentiëel reproductief succes
-Erfelijkheid
Een bekend voorbeeld is het onderzoek naar de Darwinvinken. Tijdens een periode van droogte
waren vooral grote, harde zaden beschikbaar. Vinken met een diepere, sterkere snavel konden
deze zaden beter openbreken en hadden daardoor meer kans om te overleven en zich voort te
planten. Dit leidde ertoe dat in de populatie na verloop van tijd de gemiddelde snaveldiepte
toenam.
Organisme zijn zo perfect aangepast aan hun omgeving, daar kan geen toevallig en
ongericht proces aan ten grondslag liggen: toevallig en ongericht proces: daar bedoelen we
mutaties mee en die zijn wel echt random. Maar de natuurlijke selectie die daarna optreed zit
,uiteraard wel een richting in. Natuurlijke selectie is uiteindelijk het proces die wat goed is uitlicht en
ervoor zorgt dat die eigenschap evolueert. Ookal zijn het de mutaties die die random “nieuwe”
eigenschappen in de populatie brengen.
En zijn we wel zo goed aangepast? Het systeem met je luchtpijp en je slokdarm en die klepjes die
zijn helemaal niet zo handig en we zitten daar alleen mee opgescheept door de evolutionaire
geschiedenis.
Sommige organen (oog) zijn zo complex, die kunnen niet geëvolueerd zijn: let op alle
tussenstappen van de evolutie zijn ook adaptief waardevol. Dus het bereikte product is adaptief
maar een tussenstap wordt verkozen omdat die tussenstap zelf ook echt adaptief zijn. Het oog is
juist een van de mooie voorbeelden die laten zien dat alle tussenstappen adaptief waardevol zijn.
Als we de “tape of life” opnieuw afspelen, komt er precies hetzelfde uit: hier zijn veel
biologen het over oneens. Maar er zijn ook biologen die het er mee eens zijn. Zoals Conway Morris.
Ik denk dat er eigenlijk altijd bepaalde uitkomsten zijn. Bijvoorbeeld onze omgeving heeft altijd
bepaalde fluctuaties en daarvoor heb je gewoon warmbloedige voor nodig. En het is nou eenmaal
altijd beter om intelligent te zijn. Dus intelligente warmbloedige zullen uiteindelijk als eindstadia
komen hoe vaak je het leven dan ook opnieuw afspeelt. Andere denken mutaties zijn random en
dus komen er oom steeds andere dieren aan de beste aanpassingen.
Mensen evalueren niet meer: er is variatie, er zijn kleinere mensen en langere mensen. De
eigenschap is overerfbaar. Maar krijgen lange mensen ook echt meer kinderen (is er differential
reproductive succes?). In een populatie in polen is er gekeken naar de lichaamslengte van mannen
en het aantal nakomelingen en je ziet dat mannen zonder kinderen kleiner zijn dan mannen met
kinderen. Dit kan komen door natuurlijke selectie, vrouwen seksen liever met lange mannen.
Evolutie kan wel kleine veranderingen in soorten verklaren maar niet grote verklaringen
tussen dier fyla:
moderne biologie laat zien dat macro-evolutie eigenlijk het gevolg is van heel veel micro-
evolutionaire veranderingen over een lange tijd.
Natuurlijke selectie lijdt tot hogere levensvorm: niet perse, er zijn een heel veel voorbeelden
waarbij juist complexe dieren eenvoudiger zijn geworden zoals vissen die in een grot wonen en
daardoor geen ogen meer hebben. Maar als je naar kijkt van nu en miljoenen jaren terug dan is het
leven wel complexer geworden. Maar duidelijk moet zijn dat natuurlijke selectie zowel complexer
als simpelere eigenschappen bevooroordeeld.
Het is een individu dat evolueert en niet de soort: Dit klopt niet. Een individu kan wel een
mutatie krijgen, maar evolutie betekent dat in een populatie de verdeling van erfelijke
eigenschappen verandert. Als individuen met een gunstige eigenschap meer nakomelingen krijgen,
komt die eigenschap in de volgende generaties vaker voor. Zo verschuift de gemiddelde
eigenschap van de populatie.
College 2
Fylogenie: de evolutionaire geschiedenis van organismen of groepen organismen (taxa).
Taxa: groepen van organismen, bijvoorbeeld soorten, geslachten, families, enz.
Fylogenetische boom: manier om fylogenie te visualiseren. Zo’n boom laat zien hoe soorten
verwant zijn en wanneer ze van elkaar zijn afgesplitst.
Systematiek: wetenschappelijke veld dat zich bezighoudt met het beschrijven, classificeren en
begrijpen van evolutionaire verwantschappen tussen taxa.
Dit is de eerste fylogenie gebaseerd op genetisch onderzoek. Ze gebruikte
een gen dat in alle organismen voorkomt en vonden dat we ons leven
kunnen opdelen in drie domeinen. Duidelijk werd ook dat wij eukaryoten
meer verwant zijn aan de archaea dan aan de bacteriën.
Taxonomie: benoemen en indelen van organismen. Het doel is om organismen een
gestandaardiseerde naam te geven en ze hiërarchisch te rangschikken.
,Hiërarchische classificatie: organismen worden ingedeeld in niveaus van algemeen naar
specifiek: domein, rijk, stam, klasse, orde, familie, geslacht en soort. Dit noemen we ook wel
Linnaean classification.
Linaean maakte gebruik van zichtbare kenmerken om dieren de classificeren en tegenwoordig
wordt dit gecombineerd met fylogenetisch onderzoek.
Dispersie: de soorten zouden nauw verwant moeten zijn, omdat ze afstammen van een recente
gemeenschappelijke voorouder die van het ene eiland naar het andere is verspreid.
Convergentie: de soorten zijn niet nauw verwant, maar lijken op elkaar doordat ze in een
vergelijkbare omgeving vergelijkbare eigenschappen hebben ontwikkeld.
Molecular dating
Wetenschappers willen weten wanneer evolutionaire splitsingen hebben plaatsgevonden. Hiervoor
combineren ze genetische gegevens (DNA-sequenties) met fossiele informatie.
De moleculaire klok: DNA-mutaties kunnen zich in een ongeveer constante snelheid ophopen in
de loop van de tijd. Hoe langer twee soorten van elkaar gescheiden zijn, hoe meer verschillen hun
DNA vertoont.
De moleculaire klok moet worden gekalibreerd, want de snelheid van DNA-verandering kan
variëren tussen soorten en genen. Wetenschappers doen dit met fossielen waarvan de ouderdom
bekend is. Zo weten ze bij bepaalde splitsingen in de evolutionaire boom ongeveer wanneer die
hebben plaatsgevonden, en kunnen ze de snelheid van DNA-mutaties berekenen.
Wetenschappers hebben gekeken naar het DNA van verschillende soorten apen en met behulp van
de moleculaire klok berekend dat de splitsing tussen Nieuwwereldapen en Oudwereldapen
ongeveer 50 miljoen jaar geleden plaatsvond.
Op dat moment lagen Afrika en Zuid-Amerika al gescheiden door de Atlantische Oceaan, maar ze
waren dichter bij elkaar dan nu. Er was geen landbrug waardoor apen konden oversteken. De
meest waarschijnlijke verklaring is overzee-dispersie. De verspreiden apen konden zich in het Zuid-
Amerika vestigen en zich verder ontwikkelen tot de soorten die we nu kennen. Dit voorbeeld laat
zien hoe moleculaire gegevens en kennis van geografie en fossielen samen helpen om
evolutionaire gebeurtenissen te reconstrueren, zoals hoe soorten nieuwe gebieden bereikten.
Een fylogenie geeft een relatieve tijd weer, van heden tot verleden bijvoorbeeld
Extinct taxa zijn soorten die al zijn uitgestorven, als je die allemaal zou
meenemen dan zou je een hele ingewikkelde boom hebben.
Cladogenesis: evolutie waarin 1 soort afsplits in twee soorten
Anagenesis: evolutie langs een tak zonder afsplitsing
Internal branch: verbind internal nodes
Internal nodes: hypothetische common ancesters
Terminal branch: verbind een internal nodes met een terminal node
Terminal nodes: zijn de taxa die nu als laats zijn ontstaan.
Support values: is een percentage van 0-100 of een fractie van 0-1. Dit geeft aan
in hoeverre de evolutie die hier weergegeven is, is bewezen.
Most recent common Ancester (MRCA): het is de meest recente punt in de
evolutie waar hun lijnen samenkomen — de soort waaruit beide afstammen.
Root: waar het oudste punt van je fylogenie is.
Network: unrooted fylogenie.
Een netwerk laat alleen verwantschap zien, een gewortelde fylogenie legt ook de
volgorde van afstamming vast, waardoor dezelfde relaties veel meer mogelijke fylogenieën
opleveren.
, Een clade: evolutionaire lijn, voorouder + nakomelingen (genest). Dus een groep organismen die
allemaal afstammen van één gemeenschappelijke voorouder, én al haar nakomelingen omvat.
Zustertaxa: zijn twee groepen (soorten of clades) die elkaars nauwste verwanten zijn in een
fylogenetische boom.
Monofyletische groep: een voorouder met alle afstammelingen van die voorouder. Alleen een
monofyletische groep is een clade.
Parafyletische groep: een voorouder met sommige afstammelingen van die voorouder.
Polyfyletische groep: afstammelingen van verschillende voorouders. Totale nonsense
Cladogram → focus op relaties (wie is nauw verwant aan wie)
Fylogenie → focus op evolutionaire geschiedenis (hoe, wanneer en hoeveel veranderingen)
De topologie van een boom verwijst naar de vorm of structuur van de vertakkingen — de
branching order.
Als we het over de topologie hebben, bedoelen we puur de connecties: welke tak splitst waar, en
wie is verwant aan wie.
Dichotomous: alles is uitgetakt in twee takjes
Polytomie: sommige takken zijn afgesplitst in meer dan twee takken.
-Harde polytomie: uit 1 voorouder zijn er tegelijkertijd 3 afsplitsingen zijn geweest.
-Soft polytomie: je weet de verwantschappen tussen die drie takken niet.
Trichotomy: een splitsing in drie verschillende takken.
Kenmerk (character) is een bepaalde eigenschap van taxa. (nucleotide op positie 123)
Kenmerktoestanden (character state) is hoe komt dat kenmerk in een specifiek taxon naar
voren. (A,C,T,G)
Binaire state:
Er zijn twee mogelijke toestanden: staart aanwezig of staart afwezig. Dit is een discreet kenmerk,
omdat er geen overlap of tussenvorm is.
Multistate:
De toestanden zijn de werkelijke aantallen (bijvoorbeeld 3, 4, 5 enzovoort). Dit is ook discreet, want
het zijn aparte, niet-overlappende waarden, maar multistate omdat er meer dan twee
mogelijkheden zijn.
Of de toestanden zijn de werkelijke lengtes, die een continue schaal vormen. Er zijn tussenliggende
waarden mogelijk, waardoor er geen duidelijke scheiding is tussen de toestanden.
Overall similarity: hoeveel lijken de soorten op elkaar. Maar hier zit een probleem.
Analoge kenmerken: eigenschappen die hetzelfde functioneren, maar niet door een
gemeenschappelijke voorouder zijn ontstaan. Ze zijn het resultaat van onafhankelijke evolutie.
Bijvoorbeeld vleugels bij vogels en vleermuizen: beide om te vliegen, maar ze zijn apart
geëvolueerd.
Homologe kenmerken: eigenschappen die afkomstig zijn van een gemeenschappelijke
voorouder. Homologe kenmerken kunnen verschillende functies kunnen krijgen bij verschillende
soorten. Bijvoorbeeld een arm bij een mens en een vleugel bij een vleermuis.
College 1
De evolutietheorie is slechts een theorie en geen feit: een theorie in de wetenschap is een
goed onderbouwd geheel van verklaringen, principes en bewijzen die samen een bepaald
verschijnsel in de natuur kunnen verklaren en voorspellen.
Evolutietheorie doet geen voorspellingen: een wetenschappelijke theorie moet niet alleen
verschijnselen kunnen verklaren, maar ook voorspellen wat je zou moeten vinden of waarnemen als
de theorie klopt. Voorbeelden waarbij voorspellingen volgens de evolutietheorie klopte zijn:
Tiktaalik of de witte en zwarte motten.
Religie is geen wetenschap maar intelligent design wel: wetenschappers houden zich aan
bepaalde regens. Eén van die regels is dat de minst gecompliceerde verklaring meestal de meest
waarschijnlijke is. Zowel religie als Intelligent Design houden zich niet aan dit principe, omdat ze
extra aannames doen die niet nodig zijn om verschijnselen te verklaren. Een andere regel is dat
een theorie voorspellingen moet kunnen doen die leiden tot toetsbare hypothesen. Zowel religie als
Intelligent Design voldoen daar niet aan.
Er is geen echt bewijs van de evolutietheorie: een belangrijk bewijs voor evolutie komt van
fossielen. Er zijn veel overgangsvormen gevonden. Deze vormen laten zien dat soorten langzaam
veranderen over miljoenen jaren.
Elke groep organismen heeft een gemeenschappelijke voorouder, die uiteindelijk teruggaat tot één
enkele oorsprong van het leven. Als je het skelet van een mens vergelijkt met dat van een aap of
een andere zoogdierensoort, zie je veel overeenkomsten. Deze homologe botten hebben dezelfde
bouw, maar verschillende functies. Dat wijst op een gemeenschappelijke voorouder, en is veel
waarschijnlijker dan dat zulke structuren toevallig los van elkaar zijn ontstaan.
Het staartbeentje van de mens wijst erop dat onze voorouders een staart hadden. Kippenvel heeft
bij mensen geen functie meer, maar bij harige zoogdieren wel ze houden een luchtlaagje tussen de
haren om zich warm te houden. Vogels stammen af van voorouders met vijf tenen. Tijdens de
embryonale ontwikkeling zie je dat vogels nog steeds vijf tenen aanleggen, maar dat de vijfde teen
afsterft. Ook embryo’s van gewervelde dieren lijken sterk op elkaar in een vroeg stadium. Dat
komt doordat ze allemaal afstammen van een gemeenschappelijke oervorm.
Een modern voorbeeld daarvan is de zwartkop (een vogelsoort). Een deel van de populatie
overwintert in Engeland, een ander deel in Spanje. Deze groepen verschillen langzaam in leefwijze
en uiterlijk: de Engelse zwartkoppen hebben spitsere snavels en rondere vleugels, terwijl de
Spaanse een stompere snavel hebben en vooral fruit eten. Omdat ze op verschillende tijden
terugkeren naar hun broedgebied, paren ze niet meer met elkaar. Zo ontstaan genetische
verschillen en kunnen deze populaties zich op den duur ontwikkelen tot twee aparte soorten.
Natuurlijke selectie
Voor het eerst beschreven door Charles Darwin. Het idee wordt ondersteund door talloze
veldobservaties en ook door experimenten in laboratoria. Voor natuurlijke selectie moeten drie
voorwaarden vervuld zijn:
-Variatie
-Differentiëel reproductief succes
-Erfelijkheid
Een bekend voorbeeld is het onderzoek naar de Darwinvinken. Tijdens een periode van droogte
waren vooral grote, harde zaden beschikbaar. Vinken met een diepere, sterkere snavel konden
deze zaden beter openbreken en hadden daardoor meer kans om te overleven en zich voort te
planten. Dit leidde ertoe dat in de populatie na verloop van tijd de gemiddelde snaveldiepte
toenam.
Organisme zijn zo perfect aangepast aan hun omgeving, daar kan geen toevallig en
ongericht proces aan ten grondslag liggen: toevallig en ongericht proces: daar bedoelen we
mutaties mee en die zijn wel echt random. Maar de natuurlijke selectie die daarna optreed zit
,uiteraard wel een richting in. Natuurlijke selectie is uiteindelijk het proces die wat goed is uitlicht en
ervoor zorgt dat die eigenschap evolueert. Ookal zijn het de mutaties die die random “nieuwe”
eigenschappen in de populatie brengen.
En zijn we wel zo goed aangepast? Het systeem met je luchtpijp en je slokdarm en die klepjes die
zijn helemaal niet zo handig en we zitten daar alleen mee opgescheept door de evolutionaire
geschiedenis.
Sommige organen (oog) zijn zo complex, die kunnen niet geëvolueerd zijn: let op alle
tussenstappen van de evolutie zijn ook adaptief waardevol. Dus het bereikte product is adaptief
maar een tussenstap wordt verkozen omdat die tussenstap zelf ook echt adaptief zijn. Het oog is
juist een van de mooie voorbeelden die laten zien dat alle tussenstappen adaptief waardevol zijn.
Als we de “tape of life” opnieuw afspelen, komt er precies hetzelfde uit: hier zijn veel
biologen het over oneens. Maar er zijn ook biologen die het er mee eens zijn. Zoals Conway Morris.
Ik denk dat er eigenlijk altijd bepaalde uitkomsten zijn. Bijvoorbeeld onze omgeving heeft altijd
bepaalde fluctuaties en daarvoor heb je gewoon warmbloedige voor nodig. En het is nou eenmaal
altijd beter om intelligent te zijn. Dus intelligente warmbloedige zullen uiteindelijk als eindstadia
komen hoe vaak je het leven dan ook opnieuw afspeelt. Andere denken mutaties zijn random en
dus komen er oom steeds andere dieren aan de beste aanpassingen.
Mensen evalueren niet meer: er is variatie, er zijn kleinere mensen en langere mensen. De
eigenschap is overerfbaar. Maar krijgen lange mensen ook echt meer kinderen (is er differential
reproductive succes?). In een populatie in polen is er gekeken naar de lichaamslengte van mannen
en het aantal nakomelingen en je ziet dat mannen zonder kinderen kleiner zijn dan mannen met
kinderen. Dit kan komen door natuurlijke selectie, vrouwen seksen liever met lange mannen.
Evolutie kan wel kleine veranderingen in soorten verklaren maar niet grote verklaringen
tussen dier fyla:
moderne biologie laat zien dat macro-evolutie eigenlijk het gevolg is van heel veel micro-
evolutionaire veranderingen over een lange tijd.
Natuurlijke selectie lijdt tot hogere levensvorm: niet perse, er zijn een heel veel voorbeelden
waarbij juist complexe dieren eenvoudiger zijn geworden zoals vissen die in een grot wonen en
daardoor geen ogen meer hebben. Maar als je naar kijkt van nu en miljoenen jaren terug dan is het
leven wel complexer geworden. Maar duidelijk moet zijn dat natuurlijke selectie zowel complexer
als simpelere eigenschappen bevooroordeeld.
Het is een individu dat evolueert en niet de soort: Dit klopt niet. Een individu kan wel een
mutatie krijgen, maar evolutie betekent dat in een populatie de verdeling van erfelijke
eigenschappen verandert. Als individuen met een gunstige eigenschap meer nakomelingen krijgen,
komt die eigenschap in de volgende generaties vaker voor. Zo verschuift de gemiddelde
eigenschap van de populatie.
College 2
Fylogenie: de evolutionaire geschiedenis van organismen of groepen organismen (taxa).
Taxa: groepen van organismen, bijvoorbeeld soorten, geslachten, families, enz.
Fylogenetische boom: manier om fylogenie te visualiseren. Zo’n boom laat zien hoe soorten
verwant zijn en wanneer ze van elkaar zijn afgesplitst.
Systematiek: wetenschappelijke veld dat zich bezighoudt met het beschrijven, classificeren en
begrijpen van evolutionaire verwantschappen tussen taxa.
Dit is de eerste fylogenie gebaseerd op genetisch onderzoek. Ze gebruikte
een gen dat in alle organismen voorkomt en vonden dat we ons leven
kunnen opdelen in drie domeinen. Duidelijk werd ook dat wij eukaryoten
meer verwant zijn aan de archaea dan aan de bacteriën.
Taxonomie: benoemen en indelen van organismen. Het doel is om organismen een
gestandaardiseerde naam te geven en ze hiërarchisch te rangschikken.
,Hiërarchische classificatie: organismen worden ingedeeld in niveaus van algemeen naar
specifiek: domein, rijk, stam, klasse, orde, familie, geslacht en soort. Dit noemen we ook wel
Linnaean classification.
Linaean maakte gebruik van zichtbare kenmerken om dieren de classificeren en tegenwoordig
wordt dit gecombineerd met fylogenetisch onderzoek.
Dispersie: de soorten zouden nauw verwant moeten zijn, omdat ze afstammen van een recente
gemeenschappelijke voorouder die van het ene eiland naar het andere is verspreid.
Convergentie: de soorten zijn niet nauw verwant, maar lijken op elkaar doordat ze in een
vergelijkbare omgeving vergelijkbare eigenschappen hebben ontwikkeld.
Molecular dating
Wetenschappers willen weten wanneer evolutionaire splitsingen hebben plaatsgevonden. Hiervoor
combineren ze genetische gegevens (DNA-sequenties) met fossiele informatie.
De moleculaire klok: DNA-mutaties kunnen zich in een ongeveer constante snelheid ophopen in
de loop van de tijd. Hoe langer twee soorten van elkaar gescheiden zijn, hoe meer verschillen hun
DNA vertoont.
De moleculaire klok moet worden gekalibreerd, want de snelheid van DNA-verandering kan
variëren tussen soorten en genen. Wetenschappers doen dit met fossielen waarvan de ouderdom
bekend is. Zo weten ze bij bepaalde splitsingen in de evolutionaire boom ongeveer wanneer die
hebben plaatsgevonden, en kunnen ze de snelheid van DNA-mutaties berekenen.
Wetenschappers hebben gekeken naar het DNA van verschillende soorten apen en met behulp van
de moleculaire klok berekend dat de splitsing tussen Nieuwwereldapen en Oudwereldapen
ongeveer 50 miljoen jaar geleden plaatsvond.
Op dat moment lagen Afrika en Zuid-Amerika al gescheiden door de Atlantische Oceaan, maar ze
waren dichter bij elkaar dan nu. Er was geen landbrug waardoor apen konden oversteken. De
meest waarschijnlijke verklaring is overzee-dispersie. De verspreiden apen konden zich in het Zuid-
Amerika vestigen en zich verder ontwikkelen tot de soorten die we nu kennen. Dit voorbeeld laat
zien hoe moleculaire gegevens en kennis van geografie en fossielen samen helpen om
evolutionaire gebeurtenissen te reconstrueren, zoals hoe soorten nieuwe gebieden bereikten.
Een fylogenie geeft een relatieve tijd weer, van heden tot verleden bijvoorbeeld
Extinct taxa zijn soorten die al zijn uitgestorven, als je die allemaal zou
meenemen dan zou je een hele ingewikkelde boom hebben.
Cladogenesis: evolutie waarin 1 soort afsplits in twee soorten
Anagenesis: evolutie langs een tak zonder afsplitsing
Internal branch: verbind internal nodes
Internal nodes: hypothetische common ancesters
Terminal branch: verbind een internal nodes met een terminal node
Terminal nodes: zijn de taxa die nu als laats zijn ontstaan.
Support values: is een percentage van 0-100 of een fractie van 0-1. Dit geeft aan
in hoeverre de evolutie die hier weergegeven is, is bewezen.
Most recent common Ancester (MRCA): het is de meest recente punt in de
evolutie waar hun lijnen samenkomen — de soort waaruit beide afstammen.
Root: waar het oudste punt van je fylogenie is.
Network: unrooted fylogenie.
Een netwerk laat alleen verwantschap zien, een gewortelde fylogenie legt ook de
volgorde van afstamming vast, waardoor dezelfde relaties veel meer mogelijke fylogenieën
opleveren.
, Een clade: evolutionaire lijn, voorouder + nakomelingen (genest). Dus een groep organismen die
allemaal afstammen van één gemeenschappelijke voorouder, én al haar nakomelingen omvat.
Zustertaxa: zijn twee groepen (soorten of clades) die elkaars nauwste verwanten zijn in een
fylogenetische boom.
Monofyletische groep: een voorouder met alle afstammelingen van die voorouder. Alleen een
monofyletische groep is een clade.
Parafyletische groep: een voorouder met sommige afstammelingen van die voorouder.
Polyfyletische groep: afstammelingen van verschillende voorouders. Totale nonsense
Cladogram → focus op relaties (wie is nauw verwant aan wie)
Fylogenie → focus op evolutionaire geschiedenis (hoe, wanneer en hoeveel veranderingen)
De topologie van een boom verwijst naar de vorm of structuur van de vertakkingen — de
branching order.
Als we het over de topologie hebben, bedoelen we puur de connecties: welke tak splitst waar, en
wie is verwant aan wie.
Dichotomous: alles is uitgetakt in twee takjes
Polytomie: sommige takken zijn afgesplitst in meer dan twee takken.
-Harde polytomie: uit 1 voorouder zijn er tegelijkertijd 3 afsplitsingen zijn geweest.
-Soft polytomie: je weet de verwantschappen tussen die drie takken niet.
Trichotomy: een splitsing in drie verschillende takken.
Kenmerk (character) is een bepaalde eigenschap van taxa. (nucleotide op positie 123)
Kenmerktoestanden (character state) is hoe komt dat kenmerk in een specifiek taxon naar
voren. (A,C,T,G)
Binaire state:
Er zijn twee mogelijke toestanden: staart aanwezig of staart afwezig. Dit is een discreet kenmerk,
omdat er geen overlap of tussenvorm is.
Multistate:
De toestanden zijn de werkelijke aantallen (bijvoorbeeld 3, 4, 5 enzovoort). Dit is ook discreet, want
het zijn aparte, niet-overlappende waarden, maar multistate omdat er meer dan twee
mogelijkheden zijn.
Of de toestanden zijn de werkelijke lengtes, die een continue schaal vormen. Er zijn tussenliggende
waarden mogelijk, waardoor er geen duidelijke scheiding is tussen de toestanden.
Overall similarity: hoeveel lijken de soorten op elkaar. Maar hier zit een probleem.
Analoge kenmerken: eigenschappen die hetzelfde functioneren, maar niet door een
gemeenschappelijke voorouder zijn ontstaan. Ze zijn het resultaat van onafhankelijke evolutie.
Bijvoorbeeld vleugels bij vogels en vleermuizen: beide om te vliegen, maar ze zijn apart
geëvolueerd.
Homologe kenmerken: eigenschappen die afkomstig zijn van een gemeenschappelijke
voorouder. Homologe kenmerken kunnen verschillende functies kunnen krijgen bij verschillende
soorten. Bijvoorbeeld een arm bij een mens en een vleugel bij een vleermuis.
