moleculaire biologie: hoofdstuk 6 na translatie
1) 3D-structuur
verschillende structuren: primaire, secundaire, tertiaire en quaternaire structuur (zie biochemie)
!!! DNA heeft een B-helix, eiwitten hebben α-helix en β-sheet !!!
1.1 vouwing
hydrofobe zijketens kunnen voor foute
vouwing van eiwit zorgen
➔ chaperone hsp70 om te helpen
door hydrofobe delen te binden en een gesloten conformatie aan te nemen
soms ook chaperonines hsp60 om te helpen:
vormen moleculair bekertje met 7 hsp60 waar een dekseltje met eiwit 15 seconden op zit en dan
wordt ATP omgezet naar ADP waardoor die loskomt + hsp60 verkleint
➔ eiwit krijgt 15 seconden de kans om de juiste vouwing te krijgen, sws eruit
2) posttranslationele modificaties
2.1 fosforylering
= fosfaat groep wordt afgezet op zijketens van aminozuren (met OH groep)
➔ kan voor activatie of deactivatie zorgen (hangt af)
➔ enkel bij serine, threonine, tyrosine
2.2 andere modificaties
▪ acetylering (Lys) of methylering (Lys en Arg)
▪ cofactoren zoals GTP
▪ glycosylering van Asn, Ser en Thr
▪ eiwitafbraak: proteolyse om concentratie te reguleren, kan ook
gedeeltelijk zijn om bij te knippen
▪ vorming van complexen
▪ vorming van disulfidebruggen (tussen 2 Cys)
, moleculaire biologie: hoofdstuk 6 na translatie
3) eiwitafbraak
3.1 stabiliteit
sommige eiwitten zijn heel stabiel, anderen heel onstabiel
proteolyse = eiwitten worden afgebroken door proteasen (hydrolyse van polypeptideketen)
vb: pepsine, cyclines, cdc6, chymotrypsine
3.2 serine proteasen
chymotrypsine: protease met specificiteit, is extracellulair actief
2 stappen om peptideketen te knippen mbv nucleofiel Serine:
1. acylering: nucleofiele aanval op
carbonylgroep waardoor covalente
binding ontstaat tussen serine en C
=> carboxyterminaal gedeelte komt los
+ N-terminaal deel tijdelijk covalent
gebonden
2. deacylatie door hydrolyse: enzym gaat
loskomen van chymotrypsine
serine wordt geactiveerd: proton van histidine dicht
bij aspartaan, proton wordt aangetrokken door O-
van aspartaan en daardoor ook H van serine
aangetrokken door histidine
catalytic triad met reactief serine
specificiteit: knipt aan carboxylzijde van grote, hydrofobe AZ
bv: tryptofaan, tyrosine, methionine, …
➔ heeft instulping/pocket waar grote
hydrofobe keten perfect inpast
regels naamgeving: knip tussen P1 en P’1
▪ P-plaatsen voor waar er wordt geknipt in
de peptideketen door protease
▪ S-plaatsen voor waar substraat zal
binden op protease (tov knipplaats)
o S voor aminoterminaal
o S’ voor carboxy-terminaal
1) 3D-structuur
verschillende structuren: primaire, secundaire, tertiaire en quaternaire structuur (zie biochemie)
!!! DNA heeft een B-helix, eiwitten hebben α-helix en β-sheet !!!
1.1 vouwing
hydrofobe zijketens kunnen voor foute
vouwing van eiwit zorgen
➔ chaperone hsp70 om te helpen
door hydrofobe delen te binden en een gesloten conformatie aan te nemen
soms ook chaperonines hsp60 om te helpen:
vormen moleculair bekertje met 7 hsp60 waar een dekseltje met eiwit 15 seconden op zit en dan
wordt ATP omgezet naar ADP waardoor die loskomt + hsp60 verkleint
➔ eiwit krijgt 15 seconden de kans om de juiste vouwing te krijgen, sws eruit
2) posttranslationele modificaties
2.1 fosforylering
= fosfaat groep wordt afgezet op zijketens van aminozuren (met OH groep)
➔ kan voor activatie of deactivatie zorgen (hangt af)
➔ enkel bij serine, threonine, tyrosine
2.2 andere modificaties
▪ acetylering (Lys) of methylering (Lys en Arg)
▪ cofactoren zoals GTP
▪ glycosylering van Asn, Ser en Thr
▪ eiwitafbraak: proteolyse om concentratie te reguleren, kan ook
gedeeltelijk zijn om bij te knippen
▪ vorming van complexen
▪ vorming van disulfidebruggen (tussen 2 Cys)
, moleculaire biologie: hoofdstuk 6 na translatie
3) eiwitafbraak
3.1 stabiliteit
sommige eiwitten zijn heel stabiel, anderen heel onstabiel
proteolyse = eiwitten worden afgebroken door proteasen (hydrolyse van polypeptideketen)
vb: pepsine, cyclines, cdc6, chymotrypsine
3.2 serine proteasen
chymotrypsine: protease met specificiteit, is extracellulair actief
2 stappen om peptideketen te knippen mbv nucleofiel Serine:
1. acylering: nucleofiele aanval op
carbonylgroep waardoor covalente
binding ontstaat tussen serine en C
=> carboxyterminaal gedeelte komt los
+ N-terminaal deel tijdelijk covalent
gebonden
2. deacylatie door hydrolyse: enzym gaat
loskomen van chymotrypsine
serine wordt geactiveerd: proton van histidine dicht
bij aspartaan, proton wordt aangetrokken door O-
van aspartaan en daardoor ook H van serine
aangetrokken door histidine
catalytic triad met reactief serine
specificiteit: knipt aan carboxylzijde van grote, hydrofobe AZ
bv: tryptofaan, tyrosine, methionine, …
➔ heeft instulping/pocket waar grote
hydrofobe keten perfect inpast
regels naamgeving: knip tussen P1 en P’1
▪ P-plaatsen voor waar er wordt geknipt in
de peptideketen door protease
▪ S-plaatsen voor waar substraat zal
binden op protease (tov knipplaats)
o S voor aminoterminaal
o S’ voor carboxy-terminaal
