Opdracht 1
Opzoeken waarschijnlijke subcellulaire localisatie van eiwitten
Zoek van volgende eiwitten de waarschijnlijke subcellulaire localisatie gebruik
makend van computerprogramma’s zoals verduidelijkt tijdens het hoorcollege en in
bijgevoegde tekst. Ga na of de voorgestelde signaalsequentie overeenkomt met de
consensussequentie voor dat organel zoals we die in de cursus gezien hebben (vb.
aanwezigheid van hydrofobe/geladen aminozuren).
Voor elk van deze eiwitten vind je ook een korte tekst waaruit je de functie van dit
eiwit kan afleiden. Ga na of de localisatie van het eiwit die voorspeld werd met de
computerprogramma’s overeenstemt met de functie van het eiwit.
Nummer databank
Medium chain acyl P11310
CoA dehydrogenase
(reeds
gedemonstreerd)
Acyl CoA oxidase Q15067
Thyroid stimulating P16473
hormone receptor
Thyroid hormone P10827
receptor alpha
Alpha galactosidase A AAH02689
1) Zoek de aminozuursequentie van het eiwit : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Vervolgens naar Search ‘protein’. Breng het identificatienummer van het eiwit
in de zoekfunctie. Kopieer de aminozuur sequentie van het eiwit (helemaal
onderaan)
2) Zoek de signaalsequenties van het eiwit: http://psort.hgc.jp/
Vervolgens naar PSORTII prediction. Plak de aminozuursequentie in het
daartoe voorziene venster. Submit. Onderaan vind je de voorspelde
, localisatie, na een analyse van de verschillende mogelijke sorteersequenties.
Een voorbeeld van dergelijke analyse voor een plasmamembraan ABC
transporter met uitleg over de verschillende signalen die opgespoord worden,
vind je onderaan dit document.
Acyl CoA oxidase:
1)PREDICTIE VAN ER SIGNAAL
PSG: a new signal peptide prediction method
N-region: length 10; pos.chg 3; neg.chg 3
H-region: length 6; peak value -2.04
PSG score: -6.44
GvH: von Heijne's method for signal seq. recognition
GvH score (threshold: -2.1): -10.95
possible cleavage site: between 25 and 26
>>> Seems to have no N-terminal signal peptide
2) PREDICTIE VAN TRANSMEMBRAAN DOMEINEN EN TOPOLOGIE
ALOM: Klein et al's method for TM region allocation
Init position for calculation: 1
Tentative number of TMS(s) for the threshold 0.5: 0
number of TMS(s) .. fixed
PERIPHERAL Likelihood = 1.59 (at 551)
ALOM score: 1.59 (number of TMSs: 0)
3) Predictie van Mitochondriale targeting signalen
MITDISC: discrimination of mitochondrial targeting seq
R content: 2 Hyd Moment(75): 10.10
Hyd Moment(95): 8.81 G content: 0
D/E content: 2 S/T content: 0
Score: -4.35
Gavel: prediction of cleavage sites for mitochondrial preseq
cleavage site motif not found
4) Predictie van NUCLEAIRE targeting signalen
NUCDISC: discrimination of nuclear localization signals
pat4: RRRR (5) at 31
pat7: PDLRRER (3) at 3
pat7: PEKTRRR (4) at 27
bipartite: none
content of basic residues: 11.1%
NLS Score: 0.44
5) Predictie van ER retentie motieven
KDEL: ER retention motif in the C-terminus: none
ER Membrane Retention Signals:
KKXX-like motif in the C-terminus: LQSK
Opzoeken waarschijnlijke subcellulaire localisatie van eiwitten
Zoek van volgende eiwitten de waarschijnlijke subcellulaire localisatie gebruik
makend van computerprogramma’s zoals verduidelijkt tijdens het hoorcollege en in
bijgevoegde tekst. Ga na of de voorgestelde signaalsequentie overeenkomt met de
consensussequentie voor dat organel zoals we die in de cursus gezien hebben (vb.
aanwezigheid van hydrofobe/geladen aminozuren).
Voor elk van deze eiwitten vind je ook een korte tekst waaruit je de functie van dit
eiwit kan afleiden. Ga na of de localisatie van het eiwit die voorspeld werd met de
computerprogramma’s overeenstemt met de functie van het eiwit.
Nummer databank
Medium chain acyl P11310
CoA dehydrogenase
(reeds
gedemonstreerd)
Acyl CoA oxidase Q15067
Thyroid stimulating P16473
hormone receptor
Thyroid hormone P10827
receptor alpha
Alpha galactosidase A AAH02689
1) Zoek de aminozuursequentie van het eiwit : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Vervolgens naar Search ‘protein’. Breng het identificatienummer van het eiwit
in de zoekfunctie. Kopieer de aminozuur sequentie van het eiwit (helemaal
onderaan)
2) Zoek de signaalsequenties van het eiwit: http://psort.hgc.jp/
Vervolgens naar PSORTII prediction. Plak de aminozuursequentie in het
daartoe voorziene venster. Submit. Onderaan vind je de voorspelde
, localisatie, na een analyse van de verschillende mogelijke sorteersequenties.
Een voorbeeld van dergelijke analyse voor een plasmamembraan ABC
transporter met uitleg over de verschillende signalen die opgespoord worden,
vind je onderaan dit document.
Acyl CoA oxidase:
1)PREDICTIE VAN ER SIGNAAL
PSG: a new signal peptide prediction method
N-region: length 10; pos.chg 3; neg.chg 3
H-region: length 6; peak value -2.04
PSG score: -6.44
GvH: von Heijne's method for signal seq. recognition
GvH score (threshold: -2.1): -10.95
possible cleavage site: between 25 and 26
>>> Seems to have no N-terminal signal peptide
2) PREDICTIE VAN TRANSMEMBRAAN DOMEINEN EN TOPOLOGIE
ALOM: Klein et al's method for TM region allocation
Init position for calculation: 1
Tentative number of TMS(s) for the threshold 0.5: 0
number of TMS(s) .. fixed
PERIPHERAL Likelihood = 1.59 (at 551)
ALOM score: 1.59 (number of TMSs: 0)
3) Predictie van Mitochondriale targeting signalen
MITDISC: discrimination of mitochondrial targeting seq
R content: 2 Hyd Moment(75): 10.10
Hyd Moment(95): 8.81 G content: 0
D/E content: 2 S/T content: 0
Score: -4.35
Gavel: prediction of cleavage sites for mitochondrial preseq
cleavage site motif not found
4) Predictie van NUCLEAIRE targeting signalen
NUCDISC: discrimination of nuclear localization signals
pat4: RRRR (5) at 31
pat7: PDLRRER (3) at 3
pat7: PEKTRRR (4) at 27
bipartite: none
content of basic residues: 11.1%
NLS Score: 0.44
5) Predictie van ER retentie motieven
KDEL: ER retention motif in the C-terminus: none
ER Membrane Retention Signals:
KKXX-like motif in the C-terminus: LQSK
