BACTERIOLOGIE, MYCOLOGIE &
PARASITOLOGIE
Emmanuel André
Les 1: Klinische microbiologie en de epidemologie van infec7eziekten ...................................................................................... 5
1. Geschiedenis van infec/eziekten en an/microbiële therapieën ........................................................................................... 5
1.1 Geschiedenis............................................................................................................................................................... 5
1.2 Medische microbiologie ............................................................................................................................................. 5
1.3 An7bio7ca .................................................................................................................................................................. 6
1.4 Microbioom ................................................................................................................................................................ 7
2. De Rol van het Klinisch Microbiologisch Laboratorium in de diagnose van infec/es ........................................................... 9
3. Belangrijkste uitdagingen in de klinische microbiologie..................................................................................................... 10
4. Belangrijkste uitdagingen bij het controleren van ziekteoverdracht .................................................................................. 11
4.1 Omgeving als ziektebron .......................................................................................................................................... 11
4.2 Dieren als ziektebron (zoönosen) ............................................................................................................................. 12
4.3 Vectoren als ziektebron ............................................................................................................................................ 12
4.4 Mens als ziektebron .................................................................................................................................................. 12
4.5 Wanneer doen uitbraken zich voor?......................................................................................................................... 13
5. Wanneer infec/eziekten begonnen af te nemen ................................................................................................................ 14
6. Genomische diversiteit en toegepaste genomische epidemiologie .................................................................................... 15
7. Hedendaagse uitdagingen en de ‘One Health’-benadering ............................................................................................... 17
7.1 One Health-aanpak ................................................................................................................................................... 18
Les 2: Bacteriën en an7bio7ca ................................................................................................................................................. 19
1. De bacteriële cel ................................................................................................................................................................. 19
1.1 Bacteriële celwand ................................................................................................................................................... 20
1.2 Overige bacteriële structuren ................................................................................................................................... 22
1.3 Bacterieel genoom.................................................................................................................................................... 24
2. Het bacterieel metabolisme ............................................................................................................................................... 25
3. An/bio/ca en het ontstaan van an/bio/caresisten/e ....................................................................................................... 28
3.1 Geschiedenis van an7bio7ca .................................................................................................................................... 28
3.2 Opkomst van an7bio7caresisten7e .......................................................................................................................... 29
4. Remmers van de celwandsynthese..................................................................................................................................... 30
4.1 β-lactaman7bio7ca ................................................................................................................................................... 31
5. Remmers van DNA- en RNA-synthese................................................................................................................................. 34
5.1 Fluoroquinolonen ..................................................................................................................................................... 35
5.2 Rifampicine ............................................................................................................................................................... 35
6. Remmers van eiwitsynthese (pep/desynthese).................................................................................................................. 36
6.1 Remmers van de 50S-subeenheid ............................................................................................................................ 36
6.2 Remmers van de 30S-subeenheid ............................................................................................................................ 36
7. Andere werkingsmechanismen .......................................................................................................................................... 37
Les 3: Staalname, analyse en laboratoriummethoden ............................................................................................................. 39
1. De strategische rol van diagnos/sche stewardship............................................................................................................ 39
2. Macroscopisch en Microscopisch Onderzoek van Klinische Monsters................................................................................ 39
2.1 Macrosopisch onderzoek van biologische stalen...................................................................................................... 40
2.2 Microscopisch onderzoek van biologische stalen ..................................................................................................... 40
3. Bacteriële kweken en isola/e van klinische stalen ............................................................................................................. 42
1
, 4. Uitvoeren van verdere testen op de bacteriële kolonies..................................................................................................... 44
4.1 Iden7fica7e van bacteriën met behulp van biochemische testen ............................................................................ 44
4.2 Iden7fica7e via an7gen-gebaseerde sneltesten ....................................................................................................... 45
4.3 Iden7fica7e via massaspectrometrie (MALDI-TOF) .................................................................................................. 45
4.4 Iden7fica7e via 16S RNA-sequencing ....................................................................................................................... 46
5. Klinische Casuïs/ek en Interpreta/e................................................................................................................................... 47
5.1 Diagnos7sering van gastro-intes7nale infec7e ......................................................................................................... 47
5.2 Diagnos7sering van tuberculose............................................................................................................................... 47
5.3 Differen7ële diagnos7ek van meningi7s (liquor-analyse) ........................................................................................ 48
5.4 Cultuur-nega7eve endocardi7s ................................................................................................................................ 48
Les 4: An7bio7ca gevoeligheidstesten en Therapeu7c Drug Monitoring .................................................................................. 49
1. An/bacteriële werking van an/bio/ca............................................................................................................................... 49
2. Drug Suscep/bility Tes/ng (DST) ........................................................................................................................................ 51
2.1 Fenotypische DST-methoden .................................................................................................................................... 52
2.2 Genotypische DST-methoden ................................................................................................................................... 53
3. Farmacokine/ek (PK) ......................................................................................................................................................... 53
4. Farmacodynamiek (PD) en PK-PD....................................................................................................................................... 54
5. Therapeu/c Drug Monitoring (TDM).................................................................................................................................. 55
Les 5: An7bacteriële vaccins en door vaccins te voorkomen ziekten ........................................................................................ 59
1. Evolu/e van vaccina/es ..................................................................................................................................................... 59
2. Vaccina/es in België ........................................................................................................................................................... 61
2.1 DTaP-vaccina7e ......................................................................................................................................................... 61
2.2 Meningi7s ................................................................................................................................................................. 63
2.3 Salmonella spp.......................................................................................................................................................... 65
Les 6: Huid en weke delen infec7es ......................................................................................................................................... 67
1. De gezonde huid en het microbioom .................................................................................................................................. 67
2. Aandoeningen geassocieerd met dysbiose ........................................................................................................................ 68
3. Belangrijke bacteriën bij huidinfec/es................................................................................................................................ 68
3.1 Streptococcus pyogenes (GAS) ................................................................................................................................. 68
3.2 Staphylococcus aureus ............................................................................................................................................. 69
4. Verschillende soorten huidinfec/es .................................................................................................................................... 70
4.1 Abcessen ................................................................................................................................................................... 70
4.2 Aandoeningen veroorzaakt door toxines.................................................................................................................. 70
4.3 Kathetergerelateerde infec7es ................................................................................................................................. 72
4.4 Oppervlakkige bacteriële huidinfec7es .................................................................................................................... 73
4.5 Infec7es van de follikels ............................................................................................................................................ 74
5. Infec/es van de weke delen................................................................................................................................................ 75
6. Ziekenhuisgerelateerde infec/es ........................................................................................................................................ 76
6.1 Brandwondeninfec7es .............................................................................................................................................. 76
6.2 Postopera7eve infec7es ........................................................................................................................................... 77
7. Andere infec/es met huidmanifesta/es ............................................................................................................................. 77
8. Bacteriële surinfec/es en opportunis/sche infec/es .......................................................................................................... 78
1.1 Bacteriële surinfec7es .............................................................................................................................................. 78
1.2 Opportunis7sche infec7es ........................................................................................................................................ 78
9. Atypische bacteriële huidinfec/es ...................................................................................................................................... 79
Les 7: Urineweginfec7es, seksueel overdraagbare infec7es, Intra-uteriene en neonatale infec7es .......................................... 83
1. Urineweginfec/es (UTI) ...................................................................................................................................................... 83
1.1 Laboratoriumonderzoeken ....................................................................................................................................... 85
1.2 Betrokken bacteriën en behandelingsprincipes ....................................................................................................... 86
2
, 1.3 Specifieke contexten bij UWI .................................................................................................................................... 87
2. Seksueel overdraagbare aandoeningen (SOA’s) en bekkenontstekingziekte (PID) ............................................................. 87
2.1 Seksueel overdraagbare aandoeningen (SOA’s) ....................................................................................................... 87
2.2 Pelvic inflammatory disease (PID) ............................................................................................................................ 90
3. Intra-uteriene en neonatale infec/es ................................................................................................................................. 90
3.1 Chorioamnioni7s ...................................................................................................................................................... 90
3.2 Neonatale meningi7s................................................................................................................................................ 91
Les 8: Gastro-intes7nale infec7es ............................................................................................................................................ 93
1. Sociale determinanten van gastro-intes/nale infec/es...................................................................................................... 93
2. Voedsel-intoxica/es ............................................................................................................................................................ 93
3. Gastrische en duodenale ulcera ......................................................................................................................................... 94
4. Gastro-intes/nale infec/es................................................................................................................................................. 95
4.1 Campylobacter species ............................................................................................................................................. 95
4.2 Escherichia coli en pathotypes ................................................................................................................................. 95
4.3 Shigella...................................................................................................................................................................... 96
4.4 Clostridioides difficile ............................................................................................................................................... 97
4.5 Vibrio cholerae ......................................................................................................................................................... 97
4.6 Salmonella (non-typhoidal) ...................................................................................................................................... 97
5. Foodborne infec/es die systemische infec/es veroorzaken................................................................................................ 98
5.1 Salmonella species.................................................................................................................................................... 98
5.2 Yersinia species ......................................................................................................................................................... 99
6. Listeria monocytogenes...................................................................................................................................................... 99
Les 9: Respiratoire infec7es ................................................................................................................................................... 101
1. Aandoeningen van de mond ............................................................................................................................................ 102
2. Aandoeningen van de bovenste luchtwegen .................................................................................................................... 103
2.1 Rhini7s (verkoudheid)............................................................................................................................................. 103
2.2 Keelontsteking (faryngi7s) ...................................................................................................................................... 103
2.3 Strep throat (angina pultacea) ................................................................................................................................ 104
2.4 Acute en chronische sinusi7s.................................................................................................................................. 104
2.5 O77s media en mastoidi7s ..................................................................................................................................... 105
2.6 O77s externa (zwemmersoor) ................................................................................................................................ 106
2.7 Peritonsillair abces.................................................................................................................................................. 106
2.8 Para- en retrofaryngeaal abces ............................................................................................................................... 106
2.9 Behandeling van infec7es van de bovenste luchtwegen ........................................................................................ 107
2.10 Orale syfilis ............................................................................................................................................................. 107
2.11 Orofaryngeale gonorroe ......................................................................................................................................... 107
3. Aandoeningen van de onderste luchtwegen .................................................................................................................... 108
3.1 Broncho-pulmonale aandoeningen ........................................................................................................................ 108
3.2 (Bacteriële) Pneumonie .......................................................................................................................................... 110
4. Pulmonale aandoeningen veroorzaakt door mycobacteriën............................................................................................ 113
Les 10: Bot en gewricht infec7es ........................................................................................................................................... 115
1. (Chronische) osteomyeli/s ............................................................................................................................................... 116
2. Sep/sche arthri/s ............................................................................................................................................................. 118
3. Spondylodisci/s/ vertebrale osteomyeli/s ....................................................................................................................... 120
3.1 Spinale tuberculose (ziekte van Poj) ..................................................................................................................... 120
4. Diabe/sche voet ............................................................................................................................................................... 121
5. Post-trauma/sche bot- en gewrichtsinfec/es .................................................................................................................. 122
6. Prothese-geassocieerde gewrichtsinfec/es (PJI) .............................................................................................................. 122
5. Atypische vormen van arthri/s......................................................................................................................................... 122
3
, 5.1 Lyme arthri7s .......................................................................................................................................................... 122
5.2 Reac7eve (post-infec7euze) arthri7s ...................................................................................................................... 123
Les 11: Intravascular infec7ons & infec7eve endocardi7s (IE) ................................................................................................ 125
1. Infec/eve endocardi/s (IE) ............................................................................................................................................... 125
2. Sep/sche tromboflebi/s ................................................................................................................................................... 128
Les 12: Door vectoren overgedragen en zoöno7sche bacteriële infec7es ............................................................................... 129
1. Grondslagen, ecologie en opkomende dynamiek ............................................................................................................. 129
2. Vector-borne bacteriële infec/es ...................................................................................................................................... 131
2.1 Rickejsia................................................................................................................................................................. 131
2.2 Bartonella ............................................................................................................................................................... 131
3. Zoono/sche bacteriële infec/es ....................................................................................................................................... 132
PARASITOLOGIE – Sien Ombelet ............................................................................................................................................ 135
1. Inleiding tot parasitologie ................................................................................................................................................ 135
1.1 Soorten parasieten ................................................................................................................................................. 136
2. Malaria ............................................................................................................................................................................. 137
2.1 Plasmodium species ............................................................................................................................................... 137
2.2 Levenscyclus Plasmodiu.......................................................................................................................................... 137
2.3 Klinische aspecten malaria ..................................................................................................................................... 139
2.4 Diagnose malaria .................................................................................................................................................... 139
2.5 Behandeling ............................................................................................................................................................ 140
3. Toxoplasmose ................................................................................................................................................................... 141
3.1 Levenscyclus ........................................................................................................................................................... 141
3.2 Klinische aspecten .................................................................................................................................................. 141
3.3 Diagnose ................................................................................................................................................................. 142
3.4 Behandeling ............................................................................................................................................................ 143
4. Cryptosporidium ............................................................................................................................................................... 143
4.1 Levenscyclus en klinische aspecten ........................................................................................................................ 143
4.2 Diagnose ................................................................................................................................................................. 143
4.3 Behandeling ............................................................................................................................................................ 143
5. Amoeben .......................................................................................................................................................................... 144
5.1 Inleiding .................................................................................................................................................................. 144
5.2 Entamoeba histoly7ca ............................................................................................................................................ 144
6. Flagellaten........................................................................................................................................................................ 145
7. Wormen (metazoa) .......................................................................................................................................................... 145
7.1 Nematoden (rondwormen) .................................................................................................................................... 146
7.2 Trematoden (zuigwormen) ..................................................................................................................................... 146
7.3 Cestoden (lintwormen) ........................................................................................................................................... 147
MYCOLOGIE .......................................................................................................................................................................... 149
1. Inleiding tot fungi ............................................................................................................................................................. 149
2. Malassezia-soorten .......................................................................................................................................................... 150
2.1 Pityriasis versicolor ................................................................................................................................................. 151
2.2 Seborrohoeische derma77s derma77s .................................................................................................................. 151
2.3 Malassezia folliculi7s .............................................................................................................................................. 152
3. Dermatofytosen ............................................................................................................................................................... 152
4. Candida ............................................................................................................................................................................ 154
5. Diepe mycosen ................................................................................................................................................................. 155
5.1 Aspergillus species .................................................................................................................................................. 156
5.2 Systemische candidiasis .......................................................................................................................................... 157
6. An/fungale geneesmiddelen ............................................................................................................................................ 158
4
,LES 1: KLINISCHE MICROBIOLOGIE EN DE EPIDEMOLOGIE
VAN INFECTIEZIEKTEN
1. GESCHIEDENIS VAN INFECTIEZIEKTEN EN ANTIMICROBIËLE
THERAPIEËN
1.1 GESCHIEDENIS
Vóór de 20e eeuw: “Dark Ages” in de geneeskunde
• Geen kennis van kiemtheorie (Germ Theory)
• Verklaring voor ziekte:
o Miasma (“slechte lucht”)
o Moreel falen
• Gevolgen:
o Werkelijke oorzaak (micro-organismen) bleef onzichtbaar
o Behandelingen vaak schadelijk:
§ Syfilis behandeld met toxische kwikdampen
§ InfecQebron bleef onbehandeld
Doorbraak naar moderne microbiologie
• Twee cruciale mijlpalen:
o 1676 – Antoine van Leeuwenhoek
§ Eerste observaQe van micro-organismen
§ Ontdekking van een tot dan toe onzichtbare biologische wereld
o 1880s – Robert Koch
§ Formuleert postulaten van Koch
§ Bewijs dat:
§ Een specifiek pathogeen
§ → een specifieke ziekte veroorzaakt (eQologie)
§ Start van de klinische microbiologie
Belang van deze verschuiving
• Fundament van moderne diagnosQek:
o IdenQficaQe van causaal pathogeen
• Nog steeds basis van microbiologische diagnose vandaag
• ImplicaQe voor therapie:
o Gerichte behandeling mogelijk
o Vereist inzicht in:
§ Biologische structuur (architectuur) van het pathogeen
§ Pathofysiologie van infecVe
1.2 MEDISCHE MICROBIOLOGIE
= Studie van micro-organismen (organismen die te klein zijn om met het blote oog te zien).
• Niet alle micro-organismen zijn schadelijk:
o Veel zijn onschadelijk of nuZg (bv. darmflora)
o Een kleiner deel is pathogeen (veroorzaakt ziekte)
• Eigenschappen:
o Bacteriën: eencellig; ziekte via toxines of invasie
o Virussen: a^ankelijk van gastheercellen voor replicaQe
o Parasieten: leven in/op gastheer en veroorzaken schade
o Schimmels: vooral gevaarlijk bij immuun-gecompromi`eerde
5
,Pathogene bacteriën en immuunreacVes
• Indeling:
o Obligate pathogenen: alQjd ziekte (bv. Mycobacterium tuberculosis)
o OpportunisVsche pathogenen: ziekte bij verzwakte immuniteit (bv. Pseudomonas
aeruginosa)
o Niet-pathogeen: meestal onschadelijk
Prokaryote vs eukaryote cellen
• Eukaryoten (mens):
o Celkern aanwezig
o Organellen (bv. mitochondriën)
• Prokaryoten (bacteriën):
o Geen celkern
o Kleiner en flexibeler
• Klinisch belang:
o AnQbioQca kunnen selecQef bacteriën doden
§ = selecVeve toxiciteit = elimineren van pathogeen zonder schade aan de gastheer
(mogelijk doordat prokaryoten en eukaryoten verschillen!!)
o Micro-organismen kunnen resistenQe ontwikkelen tegen anQmicrobiële middelen
Farmacologische aangrijpingspunten van anQmicrobiële middelen
• Ribosomen:
o Structureel verschillend tussen bacteriën en humane cellen
o → AnQbioQca kunnen bacteriële eiwitsynthese inhiberen
o → Humane eiwitsynthese blijh intact
• Bacteriële celwand:
o Aanwezig bij bacteriën, afwezig bij humane cellen
o → Ideaal en specifiek doelwit voor anQbioQca
1.3 ANTIBIOTICA
Impact van anVbioVca
• Grote omslag: Dodelijke infecQes → behandelbare aandoeningen
• Penicilline (1928) – Alexander Fleming:
o Schimmel Penicillium remt groei van stafylokokken
o Mechanisme: lysis van bacteriën
• Klinische impact:
o Vóór anQbioQca:
§ Pulmonale tuberculose (TB) → >80% mortaliteit binnen 10 jaar
§ Data: VK, Zweden, Denemarken (vroege 20e eeuw)
o Na introducQe (jaren 40): Sterke daling mortaliteit
6
,AnVmicrobiële resistenVe (AMR)
• Basisprincipe: Natuurlijke selecVe (“survival of the fiaest”)
o Resistente mutanten overleven en verspreiden
• Versneld door:
o OvermaQg anQbioQcagebruik
o Onvolledige doseringen
o Milieuresidu’s
Gevolg: “Superbugs”
• MulQresistente pathogenen:
o MDR-TB (mulQresistente tuberculose)
o MRSA (me4cilline-resistente Staphylococcus aureus)
o CRE (carbapenem-resistente Enterobacteriaceae)
• Klinisch belang:
o Moeilijk behandelbare infecQes
o Toenemende bedreiging voor volksgezondheid
1.4 MICROBIOOM
Biofilms
• = Georganiseerde bacteriële gemeenschappen
• Kenmerken:
o Extracellulaire matrix → bescherming tegen immuuncellen en anQbioQca
o Tragere groei → ↓ anQbioQcagevoeligheid
o GeneQsche uitwisseling → ↑ resistenQe
• Klinisch belang:
o Op implantaten (hartkleppen, prothesen)
o Chronische infecQes
Afweermechanismen: fagocytose en immuniteit
• Fagocytose door macrofagen en neutrofielen:
1. Herkenning (oppervlakte-eiwi`en)
2. Opname → fagosoom
3. Fusie met lysosomen → asraak
• Bacteriële ontwijkingsstrategieën:
o Intracellulair leven (bv. Listeria monocytogenes)
o AnQgenische variaQe
o ImmunomodulaQe (onderdrukking immuunsysteem)
Het menselijke microbioom
• Microbioom = micro-organismen in/op lichaam
• Belang voor gezondheid; verstoring = dysbiose → ziekte
• Per locaQe:
o Mond: voorkomt overgroei → dysbiose → cariës, parodonQQs
o Huid: bescherming → verstoring → acne, eczeem
o Darmen: spijsvertering + immuunregulaQe → dysbiose → IBD, PDS, obesitas
o Urogenitaal: lactobacillen beschermen → verstoring → ↑ risico SOA’s
7
,Concept: holobiont
• Mens = ecosysteem van gastheer + microbiota
• Afstap van klassiek individueel mensbeeld à de mens is eigenlijk een ecosysteem
GeneQsche verhouding
• Humaan genoom: ± 20.000 genen
• Microbiota: ± 33 miljoen genen → Microbiota levert een veel groter funcVoneel potenVeel dan het
humane genoom
“Theatre of AcVvity”
• Dynamisch samenspel tussen:
o Microbiële structurele componenten:
§ Lipiden
§ Eiwi`en
§ Polysacchariden
o Microbiële metabolieten:
§ Signaalmoleculen
§ Toxines
• Effect op humane fysiologie:
o Directe interacQe met gastheer
o Voorbeeld: Gut–brain axis:
§ Invloed op gemoedstoestand
§ Betrokken bij neurodegeneraQe
De ‘omics’-ladder
• Metagenomics:
o Vraag: Wie is poten4eel aanwezig?
o Inhoud: geneQsch potenQeel van microbiota
• Metatranscriptomics:
o Vraag: Wie is ac4ef?
o Inhoud: genexpressie (RNA)
• Metaproteomics:
o Vraag: Wat zijn de katalysatoren?
o Inhoud: eiwi`en en enzymaQsche machinerie
• Metabolomics:
o Vraag: Wat is de output?
o Inhoud:
§ Signaalmoleculen
§ Nutriënten
§ Toxines
Klinisch belang
• Inzicht in: FuncQonele acQviteit van microbiota (niet enkel aanwezigheid)
• RelevanQe voor:
o Ziekteontwikkeling
o InteracQe tussen microbiota en gastheer
o Gepersonaliseerde geneeskunde
8
, 2. DE ROL VAN HET KLINISCH MICROBIOLOGISCH LABORATORIUM IN
DE DIAGNOSE VAN INFECTIES
DiagnosQsche Qjdlijn
• Dag 0 – Directe acVe
o Monstername bij opname
o Gramkleuring
o Start empirische therapie:
§ Beredeneerde gok
§ Gebaseerd op:
§ StaQsQsch risico
§ Lokale epidemiologie
o Uitstel kan levensgevaarlijk zijn
• Dag 1 – IdenVficaVe
o Methoden:
§ Kweek
§ PCR
§ MALDI-TOF
o Doel:
§ IdenQficaQe van pathogeen → “wie is de vijand?”
• Dag 2 – Gevoeligheidsbepaling
o AnVbiogram beschikbaar
o Cruciaal moment voor clinicus
o TherapeuQsche aanpassing:
§ Van breed-spectrum → naar narrow-spectrum therapie
o Belang van deze “pivot”:
§ ↓ toxiciteit voor paQënt
§ ↓ resistenQedruk op afdeling
Stewardship (= verantwoord beheer/ zorgdragen voor iets)
• DiagnosVc stewardship
o Juiste test
o Op het juiste moment
• AnVbioVc stewardship
o Verantwoord anQbioQcagebruik:
§ Kortst mogelijke duur
§ Meest effecQeve therapie
§ Minst toxisch
9
, Serologie = de studie van anQgenen en anQstoffen (anQlichamen) in bloedserum
• Niet standaard bij bacteriële infecVes
• Wel essenQeel bij virale infecVes
• KineQek van anQstoffen:
o IgM: Vroege piek → acute infecQe
o IgG: Latere sQjging → immuniteit of doorgemaakte
infecQe
Rol van referenVelaboratoria
→ ReferenQelabo’s zijn experVsecentra die complexe of zeldzame analyses uitvoeren en een sleutelrol
spelen in volksgezondheid, uitbraakcontrole en onderzoek
Uitdagingen
• Moeilijke diagnose → Zeldzame of atypische infecQes die standaardlabs niet goed kunnen
idenQficeren
• Overdraagbare pathogenen → Belangrijk voor snelle en correcte idenQficaQe om verspreiding te
beperken
• DetecQe van uitbraken → VroegQjdig herkennen van clusters van infecQes
• Opkomst van resistenQe → Detecteren van anQbioQcaresistente stammen
Gespecialiseerde technieken
• Whole Genome Sequencing (WGS) → Volledige DNA-analyse van pathogenen
→ Gebruik: typering, transmissieanalyse, resistenQegenen opsporen
• Moleculaire epidemiologie → Verbanden leggen tussen infecQes (wie besmet wie?)
• SeroprevalenVestudies → Met serologie nagaan hoeveel mensen anQstoffen hebben → inscha|ng
verspreiding in populaQe
• Andere gespecialiseerde testen
→ bv. geavanceerde PCR, kweektechnieken, resistenQebepalingen
3. BELANGRIJKSTE UITDAGINGEN IN DE KLINISCHE MICROBIOLOGIE
1. Timing van infecVe vs detecVe
• InfecQe verloopt in fasen: latent → incubaVe → infecVeus → klinisch
• Subklinische fase: paQënt is al infecQeus zonder symptomen
• Moeilijk: juiste moment bepalen voor diagnose en behandeling
2. Keuze van de juiste test
• A^ankelijk van Qjd sinds infecQe:
o Vroeg: detecQe van virus (PCR, anQgen)
o Later: IgM (recente infecQe)
o Nog later: IgG (doorgemaakt/ immuniteit)
• → Verkeerde Qming = vals negaQef resultaat
10
PARASITOLOGIE
Emmanuel André
Les 1: Klinische microbiologie en de epidemologie van infec7eziekten ...................................................................................... 5
1. Geschiedenis van infec/eziekten en an/microbiële therapieën ........................................................................................... 5
1.1 Geschiedenis............................................................................................................................................................... 5
1.2 Medische microbiologie ............................................................................................................................................. 5
1.3 An7bio7ca .................................................................................................................................................................. 6
1.4 Microbioom ................................................................................................................................................................ 7
2. De Rol van het Klinisch Microbiologisch Laboratorium in de diagnose van infec/es ........................................................... 9
3. Belangrijkste uitdagingen in de klinische microbiologie..................................................................................................... 10
4. Belangrijkste uitdagingen bij het controleren van ziekteoverdracht .................................................................................. 11
4.1 Omgeving als ziektebron .......................................................................................................................................... 11
4.2 Dieren als ziektebron (zoönosen) ............................................................................................................................. 12
4.3 Vectoren als ziektebron ............................................................................................................................................ 12
4.4 Mens als ziektebron .................................................................................................................................................. 12
4.5 Wanneer doen uitbraken zich voor?......................................................................................................................... 13
5. Wanneer infec/eziekten begonnen af te nemen ................................................................................................................ 14
6. Genomische diversiteit en toegepaste genomische epidemiologie .................................................................................... 15
7. Hedendaagse uitdagingen en de ‘One Health’-benadering ............................................................................................... 17
7.1 One Health-aanpak ................................................................................................................................................... 18
Les 2: Bacteriën en an7bio7ca ................................................................................................................................................. 19
1. De bacteriële cel ................................................................................................................................................................. 19
1.1 Bacteriële celwand ................................................................................................................................................... 20
1.2 Overige bacteriële structuren ................................................................................................................................... 22
1.3 Bacterieel genoom.................................................................................................................................................... 24
2. Het bacterieel metabolisme ............................................................................................................................................... 25
3. An/bio/ca en het ontstaan van an/bio/caresisten/e ....................................................................................................... 28
3.1 Geschiedenis van an7bio7ca .................................................................................................................................... 28
3.2 Opkomst van an7bio7caresisten7e .......................................................................................................................... 29
4. Remmers van de celwandsynthese..................................................................................................................................... 30
4.1 β-lactaman7bio7ca ................................................................................................................................................... 31
5. Remmers van DNA- en RNA-synthese................................................................................................................................. 34
5.1 Fluoroquinolonen ..................................................................................................................................................... 35
5.2 Rifampicine ............................................................................................................................................................... 35
6. Remmers van eiwitsynthese (pep/desynthese).................................................................................................................. 36
6.1 Remmers van de 50S-subeenheid ............................................................................................................................ 36
6.2 Remmers van de 30S-subeenheid ............................................................................................................................ 36
7. Andere werkingsmechanismen .......................................................................................................................................... 37
Les 3: Staalname, analyse en laboratoriummethoden ............................................................................................................. 39
1. De strategische rol van diagnos/sche stewardship............................................................................................................ 39
2. Macroscopisch en Microscopisch Onderzoek van Klinische Monsters................................................................................ 39
2.1 Macrosopisch onderzoek van biologische stalen...................................................................................................... 40
2.2 Microscopisch onderzoek van biologische stalen ..................................................................................................... 40
3. Bacteriële kweken en isola/e van klinische stalen ............................................................................................................. 42
1
, 4. Uitvoeren van verdere testen op de bacteriële kolonies..................................................................................................... 44
4.1 Iden7fica7e van bacteriën met behulp van biochemische testen ............................................................................ 44
4.2 Iden7fica7e via an7gen-gebaseerde sneltesten ....................................................................................................... 45
4.3 Iden7fica7e via massaspectrometrie (MALDI-TOF) .................................................................................................. 45
4.4 Iden7fica7e via 16S RNA-sequencing ....................................................................................................................... 46
5. Klinische Casuïs/ek en Interpreta/e................................................................................................................................... 47
5.1 Diagnos7sering van gastro-intes7nale infec7e ......................................................................................................... 47
5.2 Diagnos7sering van tuberculose............................................................................................................................... 47
5.3 Differen7ële diagnos7ek van meningi7s (liquor-analyse) ........................................................................................ 48
5.4 Cultuur-nega7eve endocardi7s ................................................................................................................................ 48
Les 4: An7bio7ca gevoeligheidstesten en Therapeu7c Drug Monitoring .................................................................................. 49
1. An/bacteriële werking van an/bio/ca............................................................................................................................... 49
2. Drug Suscep/bility Tes/ng (DST) ........................................................................................................................................ 51
2.1 Fenotypische DST-methoden .................................................................................................................................... 52
2.2 Genotypische DST-methoden ................................................................................................................................... 53
3. Farmacokine/ek (PK) ......................................................................................................................................................... 53
4. Farmacodynamiek (PD) en PK-PD....................................................................................................................................... 54
5. Therapeu/c Drug Monitoring (TDM).................................................................................................................................. 55
Les 5: An7bacteriële vaccins en door vaccins te voorkomen ziekten ........................................................................................ 59
1. Evolu/e van vaccina/es ..................................................................................................................................................... 59
2. Vaccina/es in België ........................................................................................................................................................... 61
2.1 DTaP-vaccina7e ......................................................................................................................................................... 61
2.2 Meningi7s ................................................................................................................................................................. 63
2.3 Salmonella spp.......................................................................................................................................................... 65
Les 6: Huid en weke delen infec7es ......................................................................................................................................... 67
1. De gezonde huid en het microbioom .................................................................................................................................. 67
2. Aandoeningen geassocieerd met dysbiose ........................................................................................................................ 68
3. Belangrijke bacteriën bij huidinfec/es................................................................................................................................ 68
3.1 Streptococcus pyogenes (GAS) ................................................................................................................................. 68
3.2 Staphylococcus aureus ............................................................................................................................................. 69
4. Verschillende soorten huidinfec/es .................................................................................................................................... 70
4.1 Abcessen ................................................................................................................................................................... 70
4.2 Aandoeningen veroorzaakt door toxines.................................................................................................................. 70
4.3 Kathetergerelateerde infec7es ................................................................................................................................. 72
4.4 Oppervlakkige bacteriële huidinfec7es .................................................................................................................... 73
4.5 Infec7es van de follikels ............................................................................................................................................ 74
5. Infec/es van de weke delen................................................................................................................................................ 75
6. Ziekenhuisgerelateerde infec/es ........................................................................................................................................ 76
6.1 Brandwondeninfec7es .............................................................................................................................................. 76
6.2 Postopera7eve infec7es ........................................................................................................................................... 77
7. Andere infec/es met huidmanifesta/es ............................................................................................................................. 77
8. Bacteriële surinfec/es en opportunis/sche infec/es .......................................................................................................... 78
1.1 Bacteriële surinfec7es .............................................................................................................................................. 78
1.2 Opportunis7sche infec7es ........................................................................................................................................ 78
9. Atypische bacteriële huidinfec/es ...................................................................................................................................... 79
Les 7: Urineweginfec7es, seksueel overdraagbare infec7es, Intra-uteriene en neonatale infec7es .......................................... 83
1. Urineweginfec/es (UTI) ...................................................................................................................................................... 83
1.1 Laboratoriumonderzoeken ....................................................................................................................................... 85
1.2 Betrokken bacteriën en behandelingsprincipes ....................................................................................................... 86
2
, 1.3 Specifieke contexten bij UWI .................................................................................................................................... 87
2. Seksueel overdraagbare aandoeningen (SOA’s) en bekkenontstekingziekte (PID) ............................................................. 87
2.1 Seksueel overdraagbare aandoeningen (SOA’s) ....................................................................................................... 87
2.2 Pelvic inflammatory disease (PID) ............................................................................................................................ 90
3. Intra-uteriene en neonatale infec/es ................................................................................................................................. 90
3.1 Chorioamnioni7s ...................................................................................................................................................... 90
3.2 Neonatale meningi7s................................................................................................................................................ 91
Les 8: Gastro-intes7nale infec7es ............................................................................................................................................ 93
1. Sociale determinanten van gastro-intes/nale infec/es...................................................................................................... 93
2. Voedsel-intoxica/es ............................................................................................................................................................ 93
3. Gastrische en duodenale ulcera ......................................................................................................................................... 94
4. Gastro-intes/nale infec/es................................................................................................................................................. 95
4.1 Campylobacter species ............................................................................................................................................. 95
4.2 Escherichia coli en pathotypes ................................................................................................................................. 95
4.3 Shigella...................................................................................................................................................................... 96
4.4 Clostridioides difficile ............................................................................................................................................... 97
4.5 Vibrio cholerae ......................................................................................................................................................... 97
4.6 Salmonella (non-typhoidal) ...................................................................................................................................... 97
5. Foodborne infec/es die systemische infec/es veroorzaken................................................................................................ 98
5.1 Salmonella species.................................................................................................................................................... 98
5.2 Yersinia species ......................................................................................................................................................... 99
6. Listeria monocytogenes...................................................................................................................................................... 99
Les 9: Respiratoire infec7es ................................................................................................................................................... 101
1. Aandoeningen van de mond ............................................................................................................................................ 102
2. Aandoeningen van de bovenste luchtwegen .................................................................................................................... 103
2.1 Rhini7s (verkoudheid)............................................................................................................................................. 103
2.2 Keelontsteking (faryngi7s) ...................................................................................................................................... 103
2.3 Strep throat (angina pultacea) ................................................................................................................................ 104
2.4 Acute en chronische sinusi7s.................................................................................................................................. 104
2.5 O77s media en mastoidi7s ..................................................................................................................................... 105
2.6 O77s externa (zwemmersoor) ................................................................................................................................ 106
2.7 Peritonsillair abces.................................................................................................................................................. 106
2.8 Para- en retrofaryngeaal abces ............................................................................................................................... 106
2.9 Behandeling van infec7es van de bovenste luchtwegen ........................................................................................ 107
2.10 Orale syfilis ............................................................................................................................................................. 107
2.11 Orofaryngeale gonorroe ......................................................................................................................................... 107
3. Aandoeningen van de onderste luchtwegen .................................................................................................................... 108
3.1 Broncho-pulmonale aandoeningen ........................................................................................................................ 108
3.2 (Bacteriële) Pneumonie .......................................................................................................................................... 110
4. Pulmonale aandoeningen veroorzaakt door mycobacteriën............................................................................................ 113
Les 10: Bot en gewricht infec7es ........................................................................................................................................... 115
1. (Chronische) osteomyeli/s ............................................................................................................................................... 116
2. Sep/sche arthri/s ............................................................................................................................................................. 118
3. Spondylodisci/s/ vertebrale osteomyeli/s ....................................................................................................................... 120
3.1 Spinale tuberculose (ziekte van Poj) ..................................................................................................................... 120
4. Diabe/sche voet ............................................................................................................................................................... 121
5. Post-trauma/sche bot- en gewrichtsinfec/es .................................................................................................................. 122
6. Prothese-geassocieerde gewrichtsinfec/es (PJI) .............................................................................................................. 122
5. Atypische vormen van arthri/s......................................................................................................................................... 122
3
, 5.1 Lyme arthri7s .......................................................................................................................................................... 122
5.2 Reac7eve (post-infec7euze) arthri7s ...................................................................................................................... 123
Les 11: Intravascular infec7ons & infec7eve endocardi7s (IE) ................................................................................................ 125
1. Infec/eve endocardi/s (IE) ............................................................................................................................................... 125
2. Sep/sche tromboflebi/s ................................................................................................................................................... 128
Les 12: Door vectoren overgedragen en zoöno7sche bacteriële infec7es ............................................................................... 129
1. Grondslagen, ecologie en opkomende dynamiek ............................................................................................................. 129
2. Vector-borne bacteriële infec/es ...................................................................................................................................... 131
2.1 Rickejsia................................................................................................................................................................. 131
2.2 Bartonella ............................................................................................................................................................... 131
3. Zoono/sche bacteriële infec/es ....................................................................................................................................... 132
PARASITOLOGIE – Sien Ombelet ............................................................................................................................................ 135
1. Inleiding tot parasitologie ................................................................................................................................................ 135
1.1 Soorten parasieten ................................................................................................................................................. 136
2. Malaria ............................................................................................................................................................................. 137
2.1 Plasmodium species ............................................................................................................................................... 137
2.2 Levenscyclus Plasmodiu.......................................................................................................................................... 137
2.3 Klinische aspecten malaria ..................................................................................................................................... 139
2.4 Diagnose malaria .................................................................................................................................................... 139
2.5 Behandeling ............................................................................................................................................................ 140
3. Toxoplasmose ................................................................................................................................................................... 141
3.1 Levenscyclus ........................................................................................................................................................... 141
3.2 Klinische aspecten .................................................................................................................................................. 141
3.3 Diagnose ................................................................................................................................................................. 142
3.4 Behandeling ............................................................................................................................................................ 143
4. Cryptosporidium ............................................................................................................................................................... 143
4.1 Levenscyclus en klinische aspecten ........................................................................................................................ 143
4.2 Diagnose ................................................................................................................................................................. 143
4.3 Behandeling ............................................................................................................................................................ 143
5. Amoeben .......................................................................................................................................................................... 144
5.1 Inleiding .................................................................................................................................................................. 144
5.2 Entamoeba histoly7ca ............................................................................................................................................ 144
6. Flagellaten........................................................................................................................................................................ 145
7. Wormen (metazoa) .......................................................................................................................................................... 145
7.1 Nematoden (rondwormen) .................................................................................................................................... 146
7.2 Trematoden (zuigwormen) ..................................................................................................................................... 146
7.3 Cestoden (lintwormen) ........................................................................................................................................... 147
MYCOLOGIE .......................................................................................................................................................................... 149
1. Inleiding tot fungi ............................................................................................................................................................. 149
2. Malassezia-soorten .......................................................................................................................................................... 150
2.1 Pityriasis versicolor ................................................................................................................................................. 151
2.2 Seborrohoeische derma77s derma77s .................................................................................................................. 151
2.3 Malassezia folliculi7s .............................................................................................................................................. 152
3. Dermatofytosen ............................................................................................................................................................... 152
4. Candida ............................................................................................................................................................................ 154
5. Diepe mycosen ................................................................................................................................................................. 155
5.1 Aspergillus species .................................................................................................................................................. 156
5.2 Systemische candidiasis .......................................................................................................................................... 157
6. An/fungale geneesmiddelen ............................................................................................................................................ 158
4
,LES 1: KLINISCHE MICROBIOLOGIE EN DE EPIDEMOLOGIE
VAN INFECTIEZIEKTEN
1. GESCHIEDENIS VAN INFECTIEZIEKTEN EN ANTIMICROBIËLE
THERAPIEËN
1.1 GESCHIEDENIS
Vóór de 20e eeuw: “Dark Ages” in de geneeskunde
• Geen kennis van kiemtheorie (Germ Theory)
• Verklaring voor ziekte:
o Miasma (“slechte lucht”)
o Moreel falen
• Gevolgen:
o Werkelijke oorzaak (micro-organismen) bleef onzichtbaar
o Behandelingen vaak schadelijk:
§ Syfilis behandeld met toxische kwikdampen
§ InfecQebron bleef onbehandeld
Doorbraak naar moderne microbiologie
• Twee cruciale mijlpalen:
o 1676 – Antoine van Leeuwenhoek
§ Eerste observaQe van micro-organismen
§ Ontdekking van een tot dan toe onzichtbare biologische wereld
o 1880s – Robert Koch
§ Formuleert postulaten van Koch
§ Bewijs dat:
§ Een specifiek pathogeen
§ → een specifieke ziekte veroorzaakt (eQologie)
§ Start van de klinische microbiologie
Belang van deze verschuiving
• Fundament van moderne diagnosQek:
o IdenQficaQe van causaal pathogeen
• Nog steeds basis van microbiologische diagnose vandaag
• ImplicaQe voor therapie:
o Gerichte behandeling mogelijk
o Vereist inzicht in:
§ Biologische structuur (architectuur) van het pathogeen
§ Pathofysiologie van infecVe
1.2 MEDISCHE MICROBIOLOGIE
= Studie van micro-organismen (organismen die te klein zijn om met het blote oog te zien).
• Niet alle micro-organismen zijn schadelijk:
o Veel zijn onschadelijk of nuZg (bv. darmflora)
o Een kleiner deel is pathogeen (veroorzaakt ziekte)
• Eigenschappen:
o Bacteriën: eencellig; ziekte via toxines of invasie
o Virussen: a^ankelijk van gastheercellen voor replicaQe
o Parasieten: leven in/op gastheer en veroorzaken schade
o Schimmels: vooral gevaarlijk bij immuun-gecompromi`eerde
5
,Pathogene bacteriën en immuunreacVes
• Indeling:
o Obligate pathogenen: alQjd ziekte (bv. Mycobacterium tuberculosis)
o OpportunisVsche pathogenen: ziekte bij verzwakte immuniteit (bv. Pseudomonas
aeruginosa)
o Niet-pathogeen: meestal onschadelijk
Prokaryote vs eukaryote cellen
• Eukaryoten (mens):
o Celkern aanwezig
o Organellen (bv. mitochondriën)
• Prokaryoten (bacteriën):
o Geen celkern
o Kleiner en flexibeler
• Klinisch belang:
o AnQbioQca kunnen selecQef bacteriën doden
§ = selecVeve toxiciteit = elimineren van pathogeen zonder schade aan de gastheer
(mogelijk doordat prokaryoten en eukaryoten verschillen!!)
o Micro-organismen kunnen resistenQe ontwikkelen tegen anQmicrobiële middelen
Farmacologische aangrijpingspunten van anQmicrobiële middelen
• Ribosomen:
o Structureel verschillend tussen bacteriën en humane cellen
o → AnQbioQca kunnen bacteriële eiwitsynthese inhiberen
o → Humane eiwitsynthese blijh intact
• Bacteriële celwand:
o Aanwezig bij bacteriën, afwezig bij humane cellen
o → Ideaal en specifiek doelwit voor anQbioQca
1.3 ANTIBIOTICA
Impact van anVbioVca
• Grote omslag: Dodelijke infecQes → behandelbare aandoeningen
• Penicilline (1928) – Alexander Fleming:
o Schimmel Penicillium remt groei van stafylokokken
o Mechanisme: lysis van bacteriën
• Klinische impact:
o Vóór anQbioQca:
§ Pulmonale tuberculose (TB) → >80% mortaliteit binnen 10 jaar
§ Data: VK, Zweden, Denemarken (vroege 20e eeuw)
o Na introducQe (jaren 40): Sterke daling mortaliteit
6
,AnVmicrobiële resistenVe (AMR)
• Basisprincipe: Natuurlijke selecVe (“survival of the fiaest”)
o Resistente mutanten overleven en verspreiden
• Versneld door:
o OvermaQg anQbioQcagebruik
o Onvolledige doseringen
o Milieuresidu’s
Gevolg: “Superbugs”
• MulQresistente pathogenen:
o MDR-TB (mulQresistente tuberculose)
o MRSA (me4cilline-resistente Staphylococcus aureus)
o CRE (carbapenem-resistente Enterobacteriaceae)
• Klinisch belang:
o Moeilijk behandelbare infecQes
o Toenemende bedreiging voor volksgezondheid
1.4 MICROBIOOM
Biofilms
• = Georganiseerde bacteriële gemeenschappen
• Kenmerken:
o Extracellulaire matrix → bescherming tegen immuuncellen en anQbioQca
o Tragere groei → ↓ anQbioQcagevoeligheid
o GeneQsche uitwisseling → ↑ resistenQe
• Klinisch belang:
o Op implantaten (hartkleppen, prothesen)
o Chronische infecQes
Afweermechanismen: fagocytose en immuniteit
• Fagocytose door macrofagen en neutrofielen:
1. Herkenning (oppervlakte-eiwi`en)
2. Opname → fagosoom
3. Fusie met lysosomen → asraak
• Bacteriële ontwijkingsstrategieën:
o Intracellulair leven (bv. Listeria monocytogenes)
o AnQgenische variaQe
o ImmunomodulaQe (onderdrukking immuunsysteem)
Het menselijke microbioom
• Microbioom = micro-organismen in/op lichaam
• Belang voor gezondheid; verstoring = dysbiose → ziekte
• Per locaQe:
o Mond: voorkomt overgroei → dysbiose → cariës, parodonQQs
o Huid: bescherming → verstoring → acne, eczeem
o Darmen: spijsvertering + immuunregulaQe → dysbiose → IBD, PDS, obesitas
o Urogenitaal: lactobacillen beschermen → verstoring → ↑ risico SOA’s
7
,Concept: holobiont
• Mens = ecosysteem van gastheer + microbiota
• Afstap van klassiek individueel mensbeeld à de mens is eigenlijk een ecosysteem
GeneQsche verhouding
• Humaan genoom: ± 20.000 genen
• Microbiota: ± 33 miljoen genen → Microbiota levert een veel groter funcVoneel potenVeel dan het
humane genoom
“Theatre of AcVvity”
• Dynamisch samenspel tussen:
o Microbiële structurele componenten:
§ Lipiden
§ Eiwi`en
§ Polysacchariden
o Microbiële metabolieten:
§ Signaalmoleculen
§ Toxines
• Effect op humane fysiologie:
o Directe interacQe met gastheer
o Voorbeeld: Gut–brain axis:
§ Invloed op gemoedstoestand
§ Betrokken bij neurodegeneraQe
De ‘omics’-ladder
• Metagenomics:
o Vraag: Wie is poten4eel aanwezig?
o Inhoud: geneQsch potenQeel van microbiota
• Metatranscriptomics:
o Vraag: Wie is ac4ef?
o Inhoud: genexpressie (RNA)
• Metaproteomics:
o Vraag: Wat zijn de katalysatoren?
o Inhoud: eiwi`en en enzymaQsche machinerie
• Metabolomics:
o Vraag: Wat is de output?
o Inhoud:
§ Signaalmoleculen
§ Nutriënten
§ Toxines
Klinisch belang
• Inzicht in: FuncQonele acQviteit van microbiota (niet enkel aanwezigheid)
• RelevanQe voor:
o Ziekteontwikkeling
o InteracQe tussen microbiota en gastheer
o Gepersonaliseerde geneeskunde
8
, 2. DE ROL VAN HET KLINISCH MICROBIOLOGISCH LABORATORIUM IN
DE DIAGNOSE VAN INFECTIES
DiagnosQsche Qjdlijn
• Dag 0 – Directe acVe
o Monstername bij opname
o Gramkleuring
o Start empirische therapie:
§ Beredeneerde gok
§ Gebaseerd op:
§ StaQsQsch risico
§ Lokale epidemiologie
o Uitstel kan levensgevaarlijk zijn
• Dag 1 – IdenVficaVe
o Methoden:
§ Kweek
§ PCR
§ MALDI-TOF
o Doel:
§ IdenQficaQe van pathogeen → “wie is de vijand?”
• Dag 2 – Gevoeligheidsbepaling
o AnVbiogram beschikbaar
o Cruciaal moment voor clinicus
o TherapeuQsche aanpassing:
§ Van breed-spectrum → naar narrow-spectrum therapie
o Belang van deze “pivot”:
§ ↓ toxiciteit voor paQënt
§ ↓ resistenQedruk op afdeling
Stewardship (= verantwoord beheer/ zorgdragen voor iets)
• DiagnosVc stewardship
o Juiste test
o Op het juiste moment
• AnVbioVc stewardship
o Verantwoord anQbioQcagebruik:
§ Kortst mogelijke duur
§ Meest effecQeve therapie
§ Minst toxisch
9
, Serologie = de studie van anQgenen en anQstoffen (anQlichamen) in bloedserum
• Niet standaard bij bacteriële infecVes
• Wel essenQeel bij virale infecVes
• KineQek van anQstoffen:
o IgM: Vroege piek → acute infecQe
o IgG: Latere sQjging → immuniteit of doorgemaakte
infecQe
Rol van referenVelaboratoria
→ ReferenQelabo’s zijn experVsecentra die complexe of zeldzame analyses uitvoeren en een sleutelrol
spelen in volksgezondheid, uitbraakcontrole en onderzoek
Uitdagingen
• Moeilijke diagnose → Zeldzame of atypische infecQes die standaardlabs niet goed kunnen
idenQficeren
• Overdraagbare pathogenen → Belangrijk voor snelle en correcte idenQficaQe om verspreiding te
beperken
• DetecQe van uitbraken → VroegQjdig herkennen van clusters van infecQes
• Opkomst van resistenQe → Detecteren van anQbioQcaresistente stammen
Gespecialiseerde technieken
• Whole Genome Sequencing (WGS) → Volledige DNA-analyse van pathogenen
→ Gebruik: typering, transmissieanalyse, resistenQegenen opsporen
• Moleculaire epidemiologie → Verbanden leggen tussen infecQes (wie besmet wie?)
• SeroprevalenVestudies → Met serologie nagaan hoeveel mensen anQstoffen hebben → inscha|ng
verspreiding in populaQe
• Andere gespecialiseerde testen
→ bv. geavanceerde PCR, kweektechnieken, resistenQebepalingen
3. BELANGRIJKSTE UITDAGINGEN IN DE KLINISCHE MICROBIOLOGIE
1. Timing van infecVe vs detecVe
• InfecQe verloopt in fasen: latent → incubaVe → infecVeus → klinisch
• Subklinische fase: paQënt is al infecQeus zonder symptomen
• Moeilijk: juiste moment bepalen voor diagnose en behandeling
2. Keuze van de juiste test
• A^ankelijk van Qjd sinds infecQe:
o Vroeg: detecQe van virus (PCR, anQgen)
o Later: IgM (recente infecQe)
o Nog later: IgG (doorgemaakt/ immuniteit)
• → Verkeerde Qming = vals negaQef resultaat
10
