Computerpraktikum Genen en Cellen 2018:
Structuur van Eiwitten
Ga naar Canvas/modules/werkcolleges/computerpraktikum en open de
“assignment”
vervolgens:
Open Opdracht_computerpraktikum_vs2018.docx en save het bestand op
de desktop. Open vervolgens het document en ga aan de slag met de
opdracht.
Handig is om ook Hfst3, de ppt van het college daarover, en vooral Fig.
3.13 bij de hand te hebben. Op Canvas vind je twee hulp-files; Fig. 3.13 en
een document met uitleg over domeinen en subunits.
Laat Canvas gewoon open staan in, dan kun je zo nodig van scherm wisselen.
Beantwoord de vragen in de opdracht; overleg eventueel met medestudenten,
samenwerken is toegestaan.
_______________________________________________________
Bij deze opdracht ga je naar driedimensionale structuren kijken van verschillende
aminozuren en eiwitten. Meestal kun je de structuren in je browser bekijken en
manipuleren. Maak gebruik van “rechtsklikken” in de plaatjes voor verschillende
opties. Probeer ook de verschillende linkjes
Doel van het computerpraktikum:
Inzicht krijgen in de structuur en functie van verschillende eiwitten.
Op het practicum gaan jullie de volgende opdrachten uitvoeren:
1. Gebruik van structuurprogramma’s om eiwitten te bestuderen
2. Vergelijken van aminozuren, opbouw van eiwitstructuren
3. Secundaire structuur elementen van eiwitten visualiseren
4. Tertiare en Quaternaire structuren analyseren en vergelijken, waarbij
de nadruk ligt op de vorm-functie relatie
5. Opdracht insuline
________________________________________________________________
1
, 1. Aminozuren | primaire structuur
http://www.biotopics.co.uk/jsmol/aa_categories.html
Open de site onder de link hierboven. Op deze site zie je de 20 aminozuren en
kun je deze met elkaar vergelijken.
Klik op enkele van de aminozuren
Alle aminozuren hebben een carboxyl groep, een aminogroep, en een
restgroep. Klik in het menu die verschillende onderdelen aan via de links
in het menuutje rechts.
1. welke atomen vind je aan de Amino-kant van het molecuul
antw:
glycine: 1 stikstofatoom en 2 waterstofatomen
leucine: 1 stikstofatoom en 2 waterstofatomen
2. welke atomen in de Carboxyl groep
antw:
glycine: 1 koolstofatoom, 2 zuurstofatomen, 1 waterstofatoom
leucine: 1 koolstofatoom, 2 zuurstofatomen, 1 waterstofatoom
3. Waarom wordt het een Zuur (Acid) groep genoemd?
antw: Het geeft H+ af en verlaagt zo de pH van de oplossing
4. Welke atomen vind je in de R groep, is dat voor elk aminozuur gelijk?
antw:
glycine: koolstof- en waterstofatomen
leucine: koolstof- en waterstofatomen
Nee, elk aminozuur heeft een unieke R-groep.
5. Wat bedoelen ze met C-alpha (of C)
antw:
Het eerste koolstofatoom dat met een functionele groep bindt
2
Structuur van Eiwitten
Ga naar Canvas/modules/werkcolleges/computerpraktikum en open de
“assignment”
vervolgens:
Open Opdracht_computerpraktikum_vs2018.docx en save het bestand op
de desktop. Open vervolgens het document en ga aan de slag met de
opdracht.
Handig is om ook Hfst3, de ppt van het college daarover, en vooral Fig.
3.13 bij de hand te hebben. Op Canvas vind je twee hulp-files; Fig. 3.13 en
een document met uitleg over domeinen en subunits.
Laat Canvas gewoon open staan in, dan kun je zo nodig van scherm wisselen.
Beantwoord de vragen in de opdracht; overleg eventueel met medestudenten,
samenwerken is toegestaan.
_______________________________________________________
Bij deze opdracht ga je naar driedimensionale structuren kijken van verschillende
aminozuren en eiwitten. Meestal kun je de structuren in je browser bekijken en
manipuleren. Maak gebruik van “rechtsklikken” in de plaatjes voor verschillende
opties. Probeer ook de verschillende linkjes
Doel van het computerpraktikum:
Inzicht krijgen in de structuur en functie van verschillende eiwitten.
Op het practicum gaan jullie de volgende opdrachten uitvoeren:
1. Gebruik van structuurprogramma’s om eiwitten te bestuderen
2. Vergelijken van aminozuren, opbouw van eiwitstructuren
3. Secundaire structuur elementen van eiwitten visualiseren
4. Tertiare en Quaternaire structuren analyseren en vergelijken, waarbij
de nadruk ligt op de vorm-functie relatie
5. Opdracht insuline
________________________________________________________________
1
, 1. Aminozuren | primaire structuur
http://www.biotopics.co.uk/jsmol/aa_categories.html
Open de site onder de link hierboven. Op deze site zie je de 20 aminozuren en
kun je deze met elkaar vergelijken.
Klik op enkele van de aminozuren
Alle aminozuren hebben een carboxyl groep, een aminogroep, en een
restgroep. Klik in het menu die verschillende onderdelen aan via de links
in het menuutje rechts.
1. welke atomen vind je aan de Amino-kant van het molecuul
antw:
glycine: 1 stikstofatoom en 2 waterstofatomen
leucine: 1 stikstofatoom en 2 waterstofatomen
2. welke atomen in de Carboxyl groep
antw:
glycine: 1 koolstofatoom, 2 zuurstofatomen, 1 waterstofatoom
leucine: 1 koolstofatoom, 2 zuurstofatomen, 1 waterstofatoom
3. Waarom wordt het een Zuur (Acid) groep genoemd?
antw: Het geeft H+ af en verlaagt zo de pH van de oplossing
4. Welke atomen vind je in de R groep, is dat voor elk aminozuur gelijk?
antw:
glycine: koolstof- en waterstofatomen
leucine: koolstof- en waterstofatomen
Nee, elk aminozuur heeft een unieke R-groep.
5. Wat bedoelen ze met C-alpha (of C)
antw:
Het eerste koolstofatoom dat met een functionele groep bindt
2
