Samenvatting onderzoeksmethoden THEMA 1
Inhoudsopgave
Chemicaliën tabel.................................................................................................................................................1
Bacteriën...............................................................................................................................................................9
Antibiotica resistentie...........................................................................................................................................9
Enten...................................................................................................................................................................10
Plasmideisolatie..................................................................................................................................................10
MIC-assay...........................................................................................................................................................11
MBC-assay..........................................................................................................................................................11
Bèta-lactamase...................................................................................................................................................11
SDS-PAGE.......................................................................................................................................................12
Kapseldetectie....................................................................................................................................................13
Gramkleuring......................................................................................................................................................13
Protease-activiteit..............................................................................................................................................14
Hemolyse-bepaling.............................................................................................................................................14
Katalase-assay....................................................................................................................................................15
Acid-fast kleuring................................................................................................................................................15
Endospore kleuring.............................................................................................................................................15
Massaspectrometrie...........................................................................................................................................15
MacConkey agar.................................................................................................................................................16
Oxidase test........................................................................................................................................................16
Urease test..........................................................................................................................................................16
Indole test...........................................................................................................................................................16
ELISA...................................................................................................................................................................17
16S rRNA-amplificatie.........................................................................................................................................19
PCR-amplificatie.............................................................................................................................................19
BLAST sequencing..........................................................................................................................................20
Rifampiciline resistentiebepaling........................................................................................................................21
Genoverdracht....................................................................................................................................................21
MEGA-plate experiment................................................................................................................................22
Conjugatie......................................................................................................................................................22
Transformatie................................................................................................................................................23
Transductie....................................................................................................................................................24
Co-culturen.........................................................................................................................................................24
Fluorisentiemicroscopie......................................................................................................................................24
Confocal microscopie.....................................................................................................................................25
Chemicaliën tabel
Experiment Stof Gebruik
KAPSELDETECTIE
, Oost-Indische inkt Kleuren van de omgeving
van een (bacterie)cel
Methanol Wordt gebruikt om
preparaten te fixeren,
doordat het vrije
watermoleculen uit cellen
en weefsel weg vangt en
hierdoor zorgt voor
denaturatie van eiwit.
Fuchsine Kleuren van bacteriecellen
GRAMKLEURING
Kristalviolet Kleurt de
peptioglycaanlaag in de
bacteriële celwand.
Kristalviolet is positief
geladen en zal dus hechten
aan negatief geladen
structuren in de
peptidogycaanlaag zoals de
Teichoic acid en
lipopolysachariden
Ethanol Zorgt voor het wegspoelen
van de lipidenlaag rond
Gram-negatieve bacteriën
waardoor het kristalviolet-
jodiumcomplex wordt
weggewassen.
Fuschine Kleuren van bacteriecellen.
Het is positief geladen en
bindt dus aan negatief
geladen structuren in de
peptidogycaanlaag zoals de
Teichoic acid en
lipopolysachariden
Jodium Vormt een complex met
kristalviolet door middel
van elektrostatische
interactie, hierdoor wordt
het kristalviolet gefixeerd
in de celwand.
KATALASE ASSAY
(3%) Waterstofperoxide Wordt gebruikt om te
(H2O2) kijken of er katalase-
activiteit is. Als hier sprake
van is zal het namelijk
omgezet worden tot water
en zuurstof waarna er
gasbelvorming ontstaat.
16S RNA
PCR
, dNTP’s Bouwstenen om nieuwe
DNA-strengen op te
kunnen bouwen
Forward en reverse primers Binden aan het template-
DNA om vervolgens DNA-
polymerase te kunnen
binden.
MgCl2 Is een Co-factor voor
DNAse, het wordt gebruikt
om DNA-strengen te
kunnen synthetiseren.
Taq-polymerase DNAse die bij hoge
temperaturen kan werken
in een specifieke buffer.
Template-DNA Dit is het DNA dat
gerepliceerd moet worden.
Gelelektroforese
6x Orange G loading dye Is een kleurstof die
gebruikt wordt om te
kijken hoe snel het DNA
door de gel migreert.
Hierdoor kan dus bepaald
worden wanneer de gel
klaar is.
Ethidiumbromide Een molecuul dat bindt aan
nucleïnezuren (DNA,
RNA) en dat fluoresceert
wanneer het beschenen
wordt met UV-licht. Op
deze manier is het mogelijk
om de 16S rRNA-bandjes
in de gel te visualiseren en
dus om te controleren of je
PCR gelukt is.
PLASMIDE-CONJUGATIE
Vloeibaar LB-medium Voedingsrijk medium dat
gebruikt wordt voor
bacteriekweek.
SV-groeimedium Groeimedium dat door het
toevoegen van één
voedingsstof en één
antibioticum als
selectiemedium zal dienen.
Tijdens afgelopen
experiment is er
methionine en tetracycline
gebruikt.
Water-agar
RIFAMPICILINE
Inhoudsopgave
Chemicaliën tabel.................................................................................................................................................1
Bacteriën...............................................................................................................................................................9
Antibiotica resistentie...........................................................................................................................................9
Enten...................................................................................................................................................................10
Plasmideisolatie..................................................................................................................................................10
MIC-assay...........................................................................................................................................................11
MBC-assay..........................................................................................................................................................11
Bèta-lactamase...................................................................................................................................................11
SDS-PAGE.......................................................................................................................................................12
Kapseldetectie....................................................................................................................................................13
Gramkleuring......................................................................................................................................................13
Protease-activiteit..............................................................................................................................................14
Hemolyse-bepaling.............................................................................................................................................14
Katalase-assay....................................................................................................................................................15
Acid-fast kleuring................................................................................................................................................15
Endospore kleuring.............................................................................................................................................15
Massaspectrometrie...........................................................................................................................................15
MacConkey agar.................................................................................................................................................16
Oxidase test........................................................................................................................................................16
Urease test..........................................................................................................................................................16
Indole test...........................................................................................................................................................16
ELISA...................................................................................................................................................................17
16S rRNA-amplificatie.........................................................................................................................................19
PCR-amplificatie.............................................................................................................................................19
BLAST sequencing..........................................................................................................................................20
Rifampiciline resistentiebepaling........................................................................................................................21
Genoverdracht....................................................................................................................................................21
MEGA-plate experiment................................................................................................................................22
Conjugatie......................................................................................................................................................22
Transformatie................................................................................................................................................23
Transductie....................................................................................................................................................24
Co-culturen.........................................................................................................................................................24
Fluorisentiemicroscopie......................................................................................................................................24
Confocal microscopie.....................................................................................................................................25
Chemicaliën tabel
Experiment Stof Gebruik
KAPSELDETECTIE
, Oost-Indische inkt Kleuren van de omgeving
van een (bacterie)cel
Methanol Wordt gebruikt om
preparaten te fixeren,
doordat het vrije
watermoleculen uit cellen
en weefsel weg vangt en
hierdoor zorgt voor
denaturatie van eiwit.
Fuchsine Kleuren van bacteriecellen
GRAMKLEURING
Kristalviolet Kleurt de
peptioglycaanlaag in de
bacteriële celwand.
Kristalviolet is positief
geladen en zal dus hechten
aan negatief geladen
structuren in de
peptidogycaanlaag zoals de
Teichoic acid en
lipopolysachariden
Ethanol Zorgt voor het wegspoelen
van de lipidenlaag rond
Gram-negatieve bacteriën
waardoor het kristalviolet-
jodiumcomplex wordt
weggewassen.
Fuschine Kleuren van bacteriecellen.
Het is positief geladen en
bindt dus aan negatief
geladen structuren in de
peptidogycaanlaag zoals de
Teichoic acid en
lipopolysachariden
Jodium Vormt een complex met
kristalviolet door middel
van elektrostatische
interactie, hierdoor wordt
het kristalviolet gefixeerd
in de celwand.
KATALASE ASSAY
(3%) Waterstofperoxide Wordt gebruikt om te
(H2O2) kijken of er katalase-
activiteit is. Als hier sprake
van is zal het namelijk
omgezet worden tot water
en zuurstof waarna er
gasbelvorming ontstaat.
16S RNA
PCR
, dNTP’s Bouwstenen om nieuwe
DNA-strengen op te
kunnen bouwen
Forward en reverse primers Binden aan het template-
DNA om vervolgens DNA-
polymerase te kunnen
binden.
MgCl2 Is een Co-factor voor
DNAse, het wordt gebruikt
om DNA-strengen te
kunnen synthetiseren.
Taq-polymerase DNAse die bij hoge
temperaturen kan werken
in een specifieke buffer.
Template-DNA Dit is het DNA dat
gerepliceerd moet worden.
Gelelektroforese
6x Orange G loading dye Is een kleurstof die
gebruikt wordt om te
kijken hoe snel het DNA
door de gel migreert.
Hierdoor kan dus bepaald
worden wanneer de gel
klaar is.
Ethidiumbromide Een molecuul dat bindt aan
nucleïnezuren (DNA,
RNA) en dat fluoresceert
wanneer het beschenen
wordt met UV-licht. Op
deze manier is het mogelijk
om de 16S rRNA-bandjes
in de gel te visualiseren en
dus om te controleren of je
PCR gelukt is.
PLASMIDE-CONJUGATIE
Vloeibaar LB-medium Voedingsrijk medium dat
gebruikt wordt voor
bacteriekweek.
SV-groeimedium Groeimedium dat door het
toevoegen van één
voedingsstof en één
antibioticum als
selectiemedium zal dienen.
Tijdens afgelopen
experiment is er
methionine en tetracycline
gebruikt.
Water-agar
RIFAMPICILINE
