Cellen en weefsels samenvatting H.4 en H.7
Genen zijn sequenties die coderen voor één of meerdere eiwitten. In de evolutie van het
genoom is te zien dat niks wordt weggegooid. De ‘nuttige’ sequenties zitten tussen de rotzooi
als het ware. Door het RNA te sequensen kan worden gekeken naar verschillen in
genexpressie tussen cellen. Soms zijn deze verschillen heel groot, maar soms is de expressie
ook bijna identiek.
Chromatine: het complex van DNA en eiwitten in de celkern van
eukaryotische cellen. Het DNA zit gebonden om histonen en dit
complex samen worden nucleosomen genoemd.
Het DNA van een nucleosoom is gebonden om 8 dimeren van
(geconserveerde) histonen: H2A, H2B, H3 en H4. Om die 8 histonen
zitten ongeveer 147 basenparen en tussen nucleosomen zitten ongeveer
200 basenparen.
Het DNA moet gebogen worden om de histon core heen. De
energie hiervoor komt door de verbindingen tussen de histonen en
het DNA. Hierdoor is het toch energie gunstig. (AT sequenties
makkelijker te buigen) DNA is dus sterk gebonden aan DNA met
verschillende verbindingen:
H-bruggen tussen aminozuur backbone en DNA suiker-fosfaat
backbone
Zoutbruggen (histonen hebben veel Arg en Lys).
Nucleosomen moeten natuurlijk kunnen verplaatsen.
Dit kan met chromatine remodeling complexen. Dit
zijn grote complexen die ook interactie aan moeten
kunnen gaan met factoren. Met de complexen kan op
een ATP-afhankelijke manier over de nucleosomen
geslide worden. Er vindt ook uitwisseling van H2A-
H2B histonen plaats of er is een complete
verwijdering van de histoon octameren. ISW1 en
RSC zijn beide chromatine remodeling complexen.
, Histonen hebben aan hun N-terminus ook een staart. Deze staarten zijn
positief geladen en kunnen daardoor interactie aan gaan met andere
histonen of DNA. Deze ongestructureerde staarten helpen bij het
opvouwen van de chromatine. H1 histonen dragen ook bij aan het
opvouwen van de chromatine. Ze binden aan linker DNA waardoor de
chromatine worden gestabiliseerd.
Je hebt twee soorten chromatine:
Euchromatine: minder gecondenseerd chromatine (activeert transcriptie)
Heterochromatine: sterk gecondenseerd chromatine (verdringt transcriptie).
Heterochromatine kan zichzelf verspreiden en voortplanten: epi genetische overerving.
Als een gen dus dicht bij een heterochromatine licht, dan kan deze worden gesilenced.
Je hebt verschillende histonen:
Replicatie-afhankelijke histonen: grootste deel histonen, gemaakt in S-fase
Histonvarianten: gemaakt op lage niveaus gedurende de celcyclus. Hierdoor is er
diversiteit in de nucleosomen.
Histoon staarten ondergaan vaak covalente modificaties. Door deze modificaties verandert de
chromatine structuur en kunnen bepaalde eiwitten binden. Ze vormen dus een extra code op
de staarten. Verschillende modificaties:
Acetylatie positieve lading verdwijnt waardoor histonen minder goed binden aan
DNA en waardoor de genexpressie geactiveerd kan worden.
Methylatie positieve lading blijft, helpt bij heterochromatine.
Fosforylatie activeert transcriptie
De Acetylatie en methylatie van lysine zijn competerende reacties.
Genen zijn sequenties die coderen voor één of meerdere eiwitten. In de evolutie van het
genoom is te zien dat niks wordt weggegooid. De ‘nuttige’ sequenties zitten tussen de rotzooi
als het ware. Door het RNA te sequensen kan worden gekeken naar verschillen in
genexpressie tussen cellen. Soms zijn deze verschillen heel groot, maar soms is de expressie
ook bijna identiek.
Chromatine: het complex van DNA en eiwitten in de celkern van
eukaryotische cellen. Het DNA zit gebonden om histonen en dit
complex samen worden nucleosomen genoemd.
Het DNA van een nucleosoom is gebonden om 8 dimeren van
(geconserveerde) histonen: H2A, H2B, H3 en H4. Om die 8 histonen
zitten ongeveer 147 basenparen en tussen nucleosomen zitten ongeveer
200 basenparen.
Het DNA moet gebogen worden om de histon core heen. De
energie hiervoor komt door de verbindingen tussen de histonen en
het DNA. Hierdoor is het toch energie gunstig. (AT sequenties
makkelijker te buigen) DNA is dus sterk gebonden aan DNA met
verschillende verbindingen:
H-bruggen tussen aminozuur backbone en DNA suiker-fosfaat
backbone
Zoutbruggen (histonen hebben veel Arg en Lys).
Nucleosomen moeten natuurlijk kunnen verplaatsen.
Dit kan met chromatine remodeling complexen. Dit
zijn grote complexen die ook interactie aan moeten
kunnen gaan met factoren. Met de complexen kan op
een ATP-afhankelijke manier over de nucleosomen
geslide worden. Er vindt ook uitwisseling van H2A-
H2B histonen plaats of er is een complete
verwijdering van de histoon octameren. ISW1 en
RSC zijn beide chromatine remodeling complexen.
, Histonen hebben aan hun N-terminus ook een staart. Deze staarten zijn
positief geladen en kunnen daardoor interactie aan gaan met andere
histonen of DNA. Deze ongestructureerde staarten helpen bij het
opvouwen van de chromatine. H1 histonen dragen ook bij aan het
opvouwen van de chromatine. Ze binden aan linker DNA waardoor de
chromatine worden gestabiliseerd.
Je hebt twee soorten chromatine:
Euchromatine: minder gecondenseerd chromatine (activeert transcriptie)
Heterochromatine: sterk gecondenseerd chromatine (verdringt transcriptie).
Heterochromatine kan zichzelf verspreiden en voortplanten: epi genetische overerving.
Als een gen dus dicht bij een heterochromatine licht, dan kan deze worden gesilenced.
Je hebt verschillende histonen:
Replicatie-afhankelijke histonen: grootste deel histonen, gemaakt in S-fase
Histonvarianten: gemaakt op lage niveaus gedurende de celcyclus. Hierdoor is er
diversiteit in de nucleosomen.
Histoon staarten ondergaan vaak covalente modificaties. Door deze modificaties verandert de
chromatine structuur en kunnen bepaalde eiwitten binden. Ze vormen dus een extra code op
de staarten. Verschillende modificaties:
Acetylatie positieve lading verdwijnt waardoor histonen minder goed binden aan
DNA en waardoor de genexpressie geactiveerd kan worden.
Methylatie positieve lading blijft, helpt bij heterochromatine.
Fosforylatie activeert transcriptie
De Acetylatie en methylatie van lysine zijn competerende reacties.
