MGOT deeltentamen 1
HC 2 & 3 & DNA Repair
DNA komt voor in:
- Kern
- Mitochondrium
- Chloroplast
Genetische elementen
- Chromosoom
- Circulair (Prokaryoten)
- Lineair (Eukaryoten)
- Plasmiden
- Circulair DNA
- Heeeeel bijzonder in Eukaryoten
- Virale genomen
- DNA of RNA
- Geïntegreerd of vrij in de cel
- Transposons
- Mobile genetische elementen
- Organellen
- In mitochondrien
- In chloroplasten
Replicatie
- Prokaryoten
- Unieke origin
- Ori en terminatie zone
- Eukaryoten
- Geen sterk gedefinieerde Ori
- Meerdere plekken replicatie
- Kan zelfs replicatie in een replicatie
- Alleen dan duurt replicatie maar 20 min
Seggregatie
- Eukaryoten
- Segregatie duurt langer omdat het uit chromatines moet
worden gepakt
- Replicatie en transcriptie lopen tegen elkaar in
- Elk gen heeft z’n eigen promoter
- 1 gen —> 1 mRNA —> 1 eiwit
- Prokaryoten:
- Hebben geen kern maar een nucleoid waar chromosomen
“samen komen”
- Geen mooie mitose, de nucleoiden gaan naar de
uiteinden, dan kan deling plaatsvinden
- Replicatie en transcriptie lopen niet tegen elkaar in
- Op 1 operon vinden meerdere start en stop sequenties
plaats
- Meerdere genen
- Lac operon: 3 genen —> 1 mRNA —> 3 eiwitten
,Plasmiden
- Extrachromosomaal DNA
- Bevat niet essentiële genen
- Zorgt dat bacterie kan leven in andere milieus (vergroot aanpassingsvermogen)
- Afbraak van vervuiling
- Resistentie tegen bacteriën
- Pathogeniteit
- Symbiose
- Onafhankelijke replicatie
- Gebruikt hiervoor enzymen van de cel
- Maakt zelf eiwitten voor replicatie-initiatie
- COlE1 plasmide
- ROP en RNAI reguleren RNAII
- RNAII zorgt voor start van replicatie
- RNA bindt aan enkelstrengs DNA en functioneert als primer voor DNA pol
- Ori belangrijk voor:
- Compatibiliteit
- Twee plasmiden met dezelfde ori kunnen niet samen in de cel voorkomen
- Zijn niet compatibel
- Hierdoor gaat de cel delen, denkt dat het twee dezelfde plasmiden zijn
- Host range
- Copy number
- Single copy
- Replicatie lijkt op die van chromosoom
- 1 replicatie per celcyclus
- Gecontroleerde segregatie over dochtercellen
- Iedere dochtercel krijgt een plasmide
- Multiple copy
- Meerdere replicaties per celcyclus
- Vaak een karakteristiek aantal (bijv. 10-20/cell)
- Segregatie verloopt random (niet gereguleerd)
- Dochtercellen normaliter iig 1 plasmide
- Partitionering
- Verdeling van plasmiden over cellen
- Single copy: actieve partitionering
- Plasmide codeert voor toxine en antigif —> antigif vervalt —> cel dood
- Alleen plasmide kan de cel redden
- Passieve segregatie
- Bij high copy plasmiden
- ColE1 bestaat uit toxinegen en immuniteitsgen
- Zo is het plasmide selfish DNA, ten koste van de host
- Antidote maken zodat de host niet dood gaat
DNA topoisomerase
- Topoisomerase II kan supercoils maken
- Maakt het compacter, minder toegankelijk
DNA gelelektroforese
- DNA is negatief geladen
- EtBr gaat tussen de basen van DNA zitten —> fluoriseren
,- Topologie van DNA bepaald mobiliteit
- Supercoiled: compact maar heeft nog alle lading
Intronen zitten in het gen, integeen DNA zit tussen genen (junk DNA)
Mechanismen van genetic exchange
- Conjugatie
- F pili trekt bacteriën bij elkaar —> kanaaltje
- Plasmide wordt overgedragen in enkelstrengsvorm
- Nick wordt gemaakt in DNA —> DNA polymerase gaat de streng polymeriseren —> de
andere streng komt vrij en wordt naar de acceptor gebracht
- F plasmide groot plasmide: veel genen nodig voor conjugatie
- Operon met transfer genen: kanaal maken, DNA vrijmaken
- Transfer vindt plaats op de oriT: transfer origin
- TraA codeert voor eiwitten die pili maken
- TraJ: regulatie eiwitten
- TraY maakt nick in het DNA en multimer ontwindt het DNA
- Acceptor moet nog geen F plasmide hebben: anders geen conjugatie
- Tet resistentie: herkennen
- F plasmide kan ook integreren in het genoom: episoom
- Conjugatie kan nog steeds plaatsvinden
- Enorm belangrijk in bacteriële evolutie
- Sommigen plasmide zijn niet zelf overdraagbaar:
- Hebben oriT maar hebben ander plasmide nodig voor tra functie —> gebruiken tra genen
van andere bacterie stam
- Accepter, helper & donor
- Transductie
- Faag lambda
- Lineair maar wordt circulair in de bacterie
- Lysogeen
- Integeren in het genoom —> is dan een profaag
- Basis voor gateway cloning
- Repliceert mee met het chrosomosoom
- Proces kan ook omgedraaid worden waardoor hij in de andere fase komt —> “Integratie
& Excisie”
- Lytisch
, - Virusdeeltjes worden gemaakt
- Circulair DNA wordt verpakt in faagdeeltjes
- Foutief kan er ipv faag DNA, E. coli DNA
worden verpakt in de faag
- Omdat het DNA dan homoloog is kan het
DNA worden uitgewisseld
- Defect a- gen uitgewisseld worden voor een intact a+ gen:
- Transformatie
- Naakt DNA inbrengen met DNA bindende eiwitten op het membraan van de bacterie
- Kan zijn dat bacterie dat dan houd als gunstig is
- Enkelstrengs —> dubbelstrengs —> recombinatie —> in het genoom
HC 2 & 3 & DNA Repair
DNA komt voor in:
- Kern
- Mitochondrium
- Chloroplast
Genetische elementen
- Chromosoom
- Circulair (Prokaryoten)
- Lineair (Eukaryoten)
- Plasmiden
- Circulair DNA
- Heeeeel bijzonder in Eukaryoten
- Virale genomen
- DNA of RNA
- Geïntegreerd of vrij in de cel
- Transposons
- Mobile genetische elementen
- Organellen
- In mitochondrien
- In chloroplasten
Replicatie
- Prokaryoten
- Unieke origin
- Ori en terminatie zone
- Eukaryoten
- Geen sterk gedefinieerde Ori
- Meerdere plekken replicatie
- Kan zelfs replicatie in een replicatie
- Alleen dan duurt replicatie maar 20 min
Seggregatie
- Eukaryoten
- Segregatie duurt langer omdat het uit chromatines moet
worden gepakt
- Replicatie en transcriptie lopen tegen elkaar in
- Elk gen heeft z’n eigen promoter
- 1 gen —> 1 mRNA —> 1 eiwit
- Prokaryoten:
- Hebben geen kern maar een nucleoid waar chromosomen
“samen komen”
- Geen mooie mitose, de nucleoiden gaan naar de
uiteinden, dan kan deling plaatsvinden
- Replicatie en transcriptie lopen niet tegen elkaar in
- Op 1 operon vinden meerdere start en stop sequenties
plaats
- Meerdere genen
- Lac operon: 3 genen —> 1 mRNA —> 3 eiwitten
,Plasmiden
- Extrachromosomaal DNA
- Bevat niet essentiële genen
- Zorgt dat bacterie kan leven in andere milieus (vergroot aanpassingsvermogen)
- Afbraak van vervuiling
- Resistentie tegen bacteriën
- Pathogeniteit
- Symbiose
- Onafhankelijke replicatie
- Gebruikt hiervoor enzymen van de cel
- Maakt zelf eiwitten voor replicatie-initiatie
- COlE1 plasmide
- ROP en RNAI reguleren RNAII
- RNAII zorgt voor start van replicatie
- RNA bindt aan enkelstrengs DNA en functioneert als primer voor DNA pol
- Ori belangrijk voor:
- Compatibiliteit
- Twee plasmiden met dezelfde ori kunnen niet samen in de cel voorkomen
- Zijn niet compatibel
- Hierdoor gaat de cel delen, denkt dat het twee dezelfde plasmiden zijn
- Host range
- Copy number
- Single copy
- Replicatie lijkt op die van chromosoom
- 1 replicatie per celcyclus
- Gecontroleerde segregatie over dochtercellen
- Iedere dochtercel krijgt een plasmide
- Multiple copy
- Meerdere replicaties per celcyclus
- Vaak een karakteristiek aantal (bijv. 10-20/cell)
- Segregatie verloopt random (niet gereguleerd)
- Dochtercellen normaliter iig 1 plasmide
- Partitionering
- Verdeling van plasmiden over cellen
- Single copy: actieve partitionering
- Plasmide codeert voor toxine en antigif —> antigif vervalt —> cel dood
- Alleen plasmide kan de cel redden
- Passieve segregatie
- Bij high copy plasmiden
- ColE1 bestaat uit toxinegen en immuniteitsgen
- Zo is het plasmide selfish DNA, ten koste van de host
- Antidote maken zodat de host niet dood gaat
DNA topoisomerase
- Topoisomerase II kan supercoils maken
- Maakt het compacter, minder toegankelijk
DNA gelelektroforese
- DNA is negatief geladen
- EtBr gaat tussen de basen van DNA zitten —> fluoriseren
,- Topologie van DNA bepaald mobiliteit
- Supercoiled: compact maar heeft nog alle lading
Intronen zitten in het gen, integeen DNA zit tussen genen (junk DNA)
Mechanismen van genetic exchange
- Conjugatie
- F pili trekt bacteriën bij elkaar —> kanaaltje
- Plasmide wordt overgedragen in enkelstrengsvorm
- Nick wordt gemaakt in DNA —> DNA polymerase gaat de streng polymeriseren —> de
andere streng komt vrij en wordt naar de acceptor gebracht
- F plasmide groot plasmide: veel genen nodig voor conjugatie
- Operon met transfer genen: kanaal maken, DNA vrijmaken
- Transfer vindt plaats op de oriT: transfer origin
- TraA codeert voor eiwitten die pili maken
- TraJ: regulatie eiwitten
- TraY maakt nick in het DNA en multimer ontwindt het DNA
- Acceptor moet nog geen F plasmide hebben: anders geen conjugatie
- Tet resistentie: herkennen
- F plasmide kan ook integreren in het genoom: episoom
- Conjugatie kan nog steeds plaatsvinden
- Enorm belangrijk in bacteriële evolutie
- Sommigen plasmide zijn niet zelf overdraagbaar:
- Hebben oriT maar hebben ander plasmide nodig voor tra functie —> gebruiken tra genen
van andere bacterie stam
- Accepter, helper & donor
- Transductie
- Faag lambda
- Lineair maar wordt circulair in de bacterie
- Lysogeen
- Integeren in het genoom —> is dan een profaag
- Basis voor gateway cloning
- Repliceert mee met het chrosomosoom
- Proces kan ook omgedraaid worden waardoor hij in de andere fase komt —> “Integratie
& Excisie”
- Lytisch
, - Virusdeeltjes worden gemaakt
- Circulair DNA wordt verpakt in faagdeeltjes
- Foutief kan er ipv faag DNA, E. coli DNA
worden verpakt in de faag
- Omdat het DNA dan homoloog is kan het
DNA worden uitgewisseld
- Defect a- gen uitgewisseld worden voor een intact a+ gen:
- Transformatie
- Naakt DNA inbrengen met DNA bindende eiwitten op het membraan van de bacterie
- Kan zijn dat bacterie dat dan houd als gunstig is
- Enkelstrengs —> dubbelstrengs —> recombinatie —> in het genoom
