Samenvatting samenvattende cursus biomedische informatie en informatieverwerking

Inhoudsopgave
1. Wat is wetenschap?............................................................................................................................3
1.1 Wat is wetenschap?......................................................................................................................3
1.2 Impact van wetenschap................................................................................................................3
1.3 Wetenschap evolueert.................................................................................................................4
1.4 Wat beïnvloedt wetenschap?.......................................................................................................4
1.5 (Biomedische) wetenschappelijke communicatie.........................................................................5
2 Wetenschappelijke benaderingen door de eeuwen heen...................................................................6
2.1 Empirisme.....................................................................................................................................6
2.2 Rationalisme.................................................................................................................................6
2.3 Combinatie van rationalisme en empirisme.................................................................................6
2.4 Kennisverwerving.........................................................................................................................7
2.5 Kennisverwering via empirisch onderzoek...................................................................................7
2.6 Het laboratorium als gecontroleerde omgeving.........................................................................10
3 Biomedische wetenschappelijk onderzoek........................................................................................11
3.1 Onderzoeksbenaderingen: oud en nieuw...................................................................................11
3.2 Reductionisme en systeembiologie in BMW...............................................................................11
3.3 Van onderzoek naar publicatie...................................................................................................12
3.4 Het wetenschappelijke artikel: types..........................................................................................13
3.5 Structuur van een wetenschappelijk artikel................................................................................13
4. Translationeel biomedisch onderzoek..............................................................................................15
4.1 Wat houdt dat in?.......................................................................................................................15
4.1 Translationele onderzoeksprocessen T.......................................................................................15
4.3 Succesvolle translatie.................................................................................................................16
5 Informatietheorie en binair stelsel....................................................................................................18
5.1 Het binair talstelsel en bits.........................................................................................................18
5.2 Shannon’s informatietheorie......................................................................................................18
6. Publieke databanken in de levenswetenschappen...........................................................................19
6.1 Controlled vocabularies..............................................................................................................19
6.2 Types databanken.......................................................................................................................19
6.3 Databanken met experimentele data.........................................................................................20
6.4 Databanken met andere focus....................................................................................................20
6.5 Publiek delen van data................................................................................................................20
7 Relationele databanken.....................................................................................................................22
7.1 Basisconcepten van databanken................................................................................................22

1

, 7.2 Basisconcepten van relationele databanken..............................................................................23
7.3 Structured Query Language (SQL) zie dia’s 35-…........................................................................24
8 Open Science.....................................................................................................................................26
8.1 Barrières van open science.........................................................................................................26
8.2 Geschiedenis wetenschap..........................................................................................................26
8.3 Argumenten van open science...................................................................................................27
8.4 Open acces.................................................................................................................................28
8.5 Research data-management.......................................................................................................29
9. Wetenschappelijke integriteit..........................................................................................................30
9.1 Definities wetenschappelijke integriteit.....................................................................................30
9.2 Research misconduct..................................................................................................................30
9.3 Scientific misconduct (FFP).........................................................................................................31
9.4 Publications................................................................................................................................32
9.5 Geschiedenis van het opstellen van ethische standaarden........................................................33
9.6 Responsible authorship..............................................................................................................34
10. Paswoorden en beveiliging.............................................................................................................35
10.1 Belang van beveiliging..............................................................................................................35
10.2 Beveiliging via toegangscontrole..............................................................................................36
10.3 Wachtwoorden.........................................................................................................................36
10.4 Cyber Security...........................................................................................................................37




2

,1. Wat is wetenschap?
1.1 Wat is wetenschap?
= kennis opbouwen en organiseren om nieuwe kennis op te bouwen
Kennis opbouwen in de biomedische wetenschappen met wetenschappelijke methodes
 Testbare hypothese (BMW!)
 Gecontroleerde experimenten
 Wetenschappelijke communicatie
Kennis organiseren…
 bv. Tabel van Mendeljev
 Classificatie van organismen, enzymen
 Databank van chemische stoffen
 Wetenschappelijke literatuur georganiseerd via databanken
 Annotaties van genen in het menselijk genoom
 bv. Darwins evolutietheorie zonder kennis van genen etc.
 Kennis opbouwen
o Verzamelen van gegevens
o Waarnemingen
o Interpreteren van gegevens en waarnemingen
 Kennis organiseren: rapporteren
 Evolutietheorie evolutionair gezien
o De mens is slecht recent dominant aanwezig maar heeft grote impact op zijn
omgeving wat onderzoek beïnvloedt
o Oude systemen nodig voor overleving zijn nog steeds aanwezig (gebruik dus
modellen)
o Evolutief gezien is de periode 300.00 vC tot 1900 nC meer bepalend voor de
mens dan de laatste 100 jaar
Raakvlakken/cross-overs/cross-fertilisatie/kruisbestuiving in wetenschappen
 er is een verband tussen fundamenteel onderzoek en klinische studies
 β = Natuurwetenschappen = streven naar exactheid (enkel wiskunde is exact)
hoe meer natuurlijke variabiliteit, hoe minder exact
 Cultuurwetenschappen
 γ = sociale wetenschappen
 α = menswetenschappen
 Biomedische wetenschappen steunt op β (scheikunde, fysica, biologie en wiskunde) MAAR
heeft grote raakvlakken met γ (psychologie, sociologie, criminologie en economie)


1.2 Impact van wetenschap
Technologie leidt tot levensverbetering in de maatschappij
 Motor van industriële (r)evolutie: bv. stoommachine van Watt
 Motor van de geneeskunde: bv. antibiotica
 Digitale revolutie: bv. andere communicatiemiddelen
 Weinig wetenschappelijke ontwikkelingen zijn onmiddellijk commercialiseerbaar
 Niet alle wetenschappelijke ontdekkingen zijn goed!




3

, Internationale context van biomedische wetenschappen
 Iedereen gebruikt dezelfde methode maar de noden, afhankelijk van omgevingsfactoren, zijn
verschillend
 Methode: empirisme (Westers) en wiskunde (Arabisch)
 Noden: Ebola (Afrika) <-> Covid (wereldwijd)
 Omgevingsvariabelen: aantal sterftegevallen adderbeten België <-> India
Relatie maatschappij en wetenschap
 Wetenschap botst op morele/ethische grenzen
 Ook commerciële en politieke factor: onderzoek enkel met grote financiering/winst
 GGO’s

1.3 Wetenschap evolueert
= Meer translationeel onderzoek met oog voor toepassingen, maar niet elke waarneming hoeft
toepasbaar te zijn
Onderzoekstypes evolueren
 Multidisciplinair  specialist
 Sir Isaac Newton: Engelse natuurkundige, wiskundige, astronoom, natuurfilosoof,
alchemist, officieel muntmeester en theoloog
 Jean-Paul Marat: Franse arts, natuurkundige, sociaal filosoof, journalist en politicus
 Rudolf Ludwig Carl Virchow: Duitse arts, antropoloog etnoloog en politicus
 James Dewey Watson: Amerikaanse moleculair bioloog
 Jean-Jacques Cassiman: Belgisch professor in de menselijke genetica
 Specialisme = opgedrongen keuze van de onderzoeker in early career

Wetenschappelijke taal evolueert
 Nood aan een gemeenschappelijke taal: H2O i.p.v. water, aqua, …
 Nood aan nieuwe termen want nieuwe zaken worden ontdekt
 Grieks  Latijns  Germaanse talen  verdwijnen Duits  Engels (programmeertalen)
 Engels is dominant maar invloed van Grieks en Latijn is merkbaar
 Universele taal voor benoemen van soorten in Latijn
Bv. Symposium: a drinking party  meeting of experts or a published collection of articles on a
subject

1.4 Wat beïnvloedt wetenschap?
Onderzoek draagt bij tot maatschappelijke vooruitgang
 Mensen leven nu langer gezond
 Je kan social media gebruiken
 Je kan op reis gaan naar de andere kant van de wereld
Maatschappij beïnvloedt onderzoek via
 Externe factoren
 Oorlog: raketten eerst toegepast in WOII, dan voor ruimtevaart
 Economie: vraag en aanbod, verhogen productie-efficiëntie
 Gezondheidsproblemen: veel vraag naar oplossingen
 Politiek: financieren van Universiteiten en onderzoekscentra
 Religies: remmend
 Ethiek: wetenschap die niet kan gebruikt worden
 Rampen: pandemie, softenon


4