SAMENVATTING MOLBIO
Eukaryoten: 1
Prokaryoten: 1
Basis DNA polymerase: 1
>DNA replicatie: 1
➢ Eukaryoten: 2
❖ Initiatie: 2
❖ Elongatie: 4
❖ Terminatie: 6
➢ Prokaryoten: 7
❖ Initiatie: 7
❖ Elongatie: 9
❖ Terminatie: 10
★ Transcriptie EN translatie: 11
- Verschillende soorten RNA en door welke RNA pol gesynthetiseerd: 11
> Transcriptie 13
➢ Eukaryote: 13
❖ Initiatie: 13
➔ Transcriptie regulatie eukaryoten 15
❖ Elongatie: 15
❖ Terminatie: 16
➔ Nuclear export: 17
➢ Prokaryote: 18
❖ Initiatie: 18
❖ Elongatie: 19
❖ Terminatie: 19
➔ Transcriptie regulatie Prokaryoten: 20
> Translatie 22
➢ Eukaryote: 24
❖ Initiatie: 24
❖ Elongatie: 25
❖ Terminatie: 25
➢ Prokaryote: 26
❖ Initiatie: 26
❖ Elongatie: 27
❖ Terminatie: 28
➢ Eukaryoten en Prokaryoten: 28
➔ Translatiefactoren: 28
➔ Wobbling: 28
➔ Eiwitvouwing: 29
1
, ➔ Eiwitstructuur: 30
➔ Functionele eiwitdomeinen 30
➔ Post-translationele modificaties 31
➔ Eiwitafbraak 31
> Transcriptie en translatie 32
➔ RNA afbraak systemen 32
> In eukaryoten 32
> In prokaryoten: 33
> Moleculair kloneren 34
★ Stap 2: PCR op gene of interest 34
★ Stap 3: Digestie van gen en plasmide: 37
★ Stap 4: Ligatie 37
★ Stap 5: Transformatie 37
★ Stap 6: Bacterie Kweek 37
★ Stap 7: Isolatie 38
★ Stap 8: Validatie 38
> Mutaties 38
> DNA repair 40
> Mutaties opsporen: 42
> Probe hybridizatie - principe: 42
> Automated sanger en Next-gen sequencing 43
> Sequence Assembly 43
> Reverse genetics: 45
> Site-directed mutagenesis 45
> Gene editing met CRISPRS/Cas9 45
2
,Samenvatting:
Eukaryoten:
- Celkern
- Lineair genomisch DNA in kern
- Circulair DNA in mitochondria en chloroplasten (alleen planten)
- Organellen
- Groter
- Soms een celwand (planten)
Prokaryoten:
- Geen Celkern
- Circulair genomisch DNA
- Geen organellen
- Kleiner
- Celwand
Basis DNA polymerase:
1. Replicatie is semi-conservatief en template (matrijs) afhankelijk.
→ De meeste DNA (en RNA) polymerasen hebben een template nodig.
2. DNA polymerase heeft primer nodig.
3. DNA (en RNA) synthese uitsluitend van 5’ naar 3’. Lees richting van 3’ → 5’.
4. Exonuclease activiteiten van DNA polymerase.
→ 5’ → 3’ exonuclease activiteit = primer weghalen. = 1. DNA pol l
→ 3’ → 5’ exonuclease activiteit = proofreading. = 1. DNA pol l
2. DNA pol lll
3. DNA pol gamma
4. DNA pol delta
3
, >DNA replicatie:
DNA → DNA
➢ Eukaryoten:
❖ Initiatie:
Eukaryote celcyclus:
- Tijdens S-fase (synthese) worden chromosomen gerepliceerd.
- Tijdens de M-fase (Mitose) worden de chromosomen verdeeld over de dochtercellen.
^-- Eukaryote genomen veel groter dan prokaryote en replicatievorken 10x langzamer →
daarom bevat het chromosoom vele ORI’s (Origin of Replication).
> ORC binding site = Bindingsplaats voor een origin recognition complex (ORC).
> Unwinding region = Sequentie die rijk is aan A = T (gemakkelijk open te breken).
> Abf1 binding site = Bindingsplaats voor eiwitten die helpen om ORC aan te trekken.
→ ORC zit gedurende de gehele celcyclus gebonden aan een ORI
(behalve tijdens de replicatie van origin zelf)
→ ORI één keer ‘aan’ per celdeling.
> Alleen aan ongefosforyleerd ORC kan een pre replicatie complex
binden > helicase onderdeel van dit complex.
^-- Zodra een ORI is geactiveerd (cel krijgt signaal om te gaan delen),
en de replicatievorken van start zijn gegaan wordt ORC gefosforyleerd.
(Plaatsen van een fosfaatgroep op een van de actieve OH-groepen in
het eiwit)
> Defosforylering van ORC pas aan het einde van de mitose (in de
dochtercellen).
4
Eukaryoten: 1
Prokaryoten: 1
Basis DNA polymerase: 1
>DNA replicatie: 1
➢ Eukaryoten: 2
❖ Initiatie: 2
❖ Elongatie: 4
❖ Terminatie: 6
➢ Prokaryoten: 7
❖ Initiatie: 7
❖ Elongatie: 9
❖ Terminatie: 10
★ Transcriptie EN translatie: 11
- Verschillende soorten RNA en door welke RNA pol gesynthetiseerd: 11
> Transcriptie 13
➢ Eukaryote: 13
❖ Initiatie: 13
➔ Transcriptie regulatie eukaryoten 15
❖ Elongatie: 15
❖ Terminatie: 16
➔ Nuclear export: 17
➢ Prokaryote: 18
❖ Initiatie: 18
❖ Elongatie: 19
❖ Terminatie: 19
➔ Transcriptie regulatie Prokaryoten: 20
> Translatie 22
➢ Eukaryote: 24
❖ Initiatie: 24
❖ Elongatie: 25
❖ Terminatie: 25
➢ Prokaryote: 26
❖ Initiatie: 26
❖ Elongatie: 27
❖ Terminatie: 28
➢ Eukaryoten en Prokaryoten: 28
➔ Translatiefactoren: 28
➔ Wobbling: 28
➔ Eiwitvouwing: 29
1
, ➔ Eiwitstructuur: 30
➔ Functionele eiwitdomeinen 30
➔ Post-translationele modificaties 31
➔ Eiwitafbraak 31
> Transcriptie en translatie 32
➔ RNA afbraak systemen 32
> In eukaryoten 32
> In prokaryoten: 33
> Moleculair kloneren 34
★ Stap 2: PCR op gene of interest 34
★ Stap 3: Digestie van gen en plasmide: 37
★ Stap 4: Ligatie 37
★ Stap 5: Transformatie 37
★ Stap 6: Bacterie Kweek 37
★ Stap 7: Isolatie 38
★ Stap 8: Validatie 38
> Mutaties 38
> DNA repair 40
> Mutaties opsporen: 42
> Probe hybridizatie - principe: 42
> Automated sanger en Next-gen sequencing 43
> Sequence Assembly 43
> Reverse genetics: 45
> Site-directed mutagenesis 45
> Gene editing met CRISPRS/Cas9 45
2
,Samenvatting:
Eukaryoten:
- Celkern
- Lineair genomisch DNA in kern
- Circulair DNA in mitochondria en chloroplasten (alleen planten)
- Organellen
- Groter
- Soms een celwand (planten)
Prokaryoten:
- Geen Celkern
- Circulair genomisch DNA
- Geen organellen
- Kleiner
- Celwand
Basis DNA polymerase:
1. Replicatie is semi-conservatief en template (matrijs) afhankelijk.
→ De meeste DNA (en RNA) polymerasen hebben een template nodig.
2. DNA polymerase heeft primer nodig.
3. DNA (en RNA) synthese uitsluitend van 5’ naar 3’. Lees richting van 3’ → 5’.
4. Exonuclease activiteiten van DNA polymerase.
→ 5’ → 3’ exonuclease activiteit = primer weghalen. = 1. DNA pol l
→ 3’ → 5’ exonuclease activiteit = proofreading. = 1. DNA pol l
2. DNA pol lll
3. DNA pol gamma
4. DNA pol delta
3
, >DNA replicatie:
DNA → DNA
➢ Eukaryoten:
❖ Initiatie:
Eukaryote celcyclus:
- Tijdens S-fase (synthese) worden chromosomen gerepliceerd.
- Tijdens de M-fase (Mitose) worden de chromosomen verdeeld over de dochtercellen.
^-- Eukaryote genomen veel groter dan prokaryote en replicatievorken 10x langzamer →
daarom bevat het chromosoom vele ORI’s (Origin of Replication).
> ORC binding site = Bindingsplaats voor een origin recognition complex (ORC).
> Unwinding region = Sequentie die rijk is aan A = T (gemakkelijk open te breken).
> Abf1 binding site = Bindingsplaats voor eiwitten die helpen om ORC aan te trekken.
→ ORC zit gedurende de gehele celcyclus gebonden aan een ORI
(behalve tijdens de replicatie van origin zelf)
→ ORI één keer ‘aan’ per celdeling.
> Alleen aan ongefosforyleerd ORC kan een pre replicatie complex
binden > helicase onderdeel van dit complex.
^-- Zodra een ORI is geactiveerd (cel krijgt signaal om te gaan delen),
en de replicatievorken van start zijn gegaan wordt ORC gefosforyleerd.
(Plaatsen van een fosfaatgroep op een van de actieve OH-groepen in
het eiwit)
> Defosforylering van ORC pas aan het einde van de mitose (in de
dochtercellen).
4
