Membraaneiwitten hoorcollege 2:
Eiwitten kunnen op verschillende manieren aan het membraan gebonden zijn. Dit kan zowel trans
membraan zijn als aan het membraan gekoppeld via een lipide. Daarnaast kan een eiwit ook weer
binden aan een transmembraan eiwit.
Eigenschappen van een alfa helix:
- Een alfa helix is rechtsdraaiend.
- Elke turn omvat 3.6 aminozuren.
- De lengte van de helix is 1.5 Angström per aminozuur.
- Een enkele alfa helix vormt geen porie.
- Een transmembraan alfa helix moet hydrofoob zijn en langer dan het membraan zijn.
Hiervoor zijn ongeveer 20 hydrofobe aminozuren nodig.
- Aan de hand van de hydrofobiciteitsschaal van aminozuren van verdelingsevenwichten in
water en organische oplosmiddelen kan bepaald worden of de alfa helix een trans membraan
eiwit is of niet. (een tabel die een waarde geeft welke aangeeft of het aminozuur liever in
waterige fase zit of in organische fase).
- Dit is te bepalen door wanneer je een eiwit hebt voor elk aminozuur de waarde te noteren.
Dit wordt uitgezet in een grafiek. Hierdoor wordt zichtbaar vanaf welk aminozuur het eiwit
hydrofoob is en dus door het membraan kan steken (in onderstaande afb. ongeveer vanaf
70).
- Je kunt ook bepalen of een peptide amfipatisch is door naar de aminozuurvolgorde te kijken.
Je weet 1 rondje = 360 graden, dit gebeurt bij 3.6 aminozuren. Ofwel 1 aminozuur maakt een
hoek van 100 graden ten opzichte van de volgende. Dit zet je uit in een helical wheel.
Vervolgens kijk je naar hydrofoob/hydrofiel en aan welke kant deze zich bevinden.
, Eigenschappen B-sheets en B-barrel:
- Aminozuurzijketens om en om boven en onder het vlak van de sheet (groene bolletjes, rood
is CO)
- H-bruggen om en om naar langs liggende ketens. De NH vormt steeds waterstofbruggen met
de CO . Hierdoor krijg je crosslinks.
- De lengte van de B-sheet is 3.5 Angström per aminozuur.
- In membraan: B-barrel: een kokertje van een amfipatische B-sheet.
- Ze kunnen zo een porie vormen.
- Hiervoor heb je hydrofobe aminozuren aan de buitenkant nodig en hydrofiele aan de
binnenkant.
- De B-barrels komen alleen voor in het E.coli buitenmembraan en de buitenmembraan van
mitochondriën.
Eiwitten kunnen op verschillende manieren aan het membraan gebonden zijn. Dit kan zowel trans
membraan zijn als aan het membraan gekoppeld via een lipide. Daarnaast kan een eiwit ook weer
binden aan een transmembraan eiwit.
Eigenschappen van een alfa helix:
- Een alfa helix is rechtsdraaiend.
- Elke turn omvat 3.6 aminozuren.
- De lengte van de helix is 1.5 Angström per aminozuur.
- Een enkele alfa helix vormt geen porie.
- Een transmembraan alfa helix moet hydrofoob zijn en langer dan het membraan zijn.
Hiervoor zijn ongeveer 20 hydrofobe aminozuren nodig.
- Aan de hand van de hydrofobiciteitsschaal van aminozuren van verdelingsevenwichten in
water en organische oplosmiddelen kan bepaald worden of de alfa helix een trans membraan
eiwit is of niet. (een tabel die een waarde geeft welke aangeeft of het aminozuur liever in
waterige fase zit of in organische fase).
- Dit is te bepalen door wanneer je een eiwit hebt voor elk aminozuur de waarde te noteren.
Dit wordt uitgezet in een grafiek. Hierdoor wordt zichtbaar vanaf welk aminozuur het eiwit
hydrofoob is en dus door het membraan kan steken (in onderstaande afb. ongeveer vanaf
70).
- Je kunt ook bepalen of een peptide amfipatisch is door naar de aminozuurvolgorde te kijken.
Je weet 1 rondje = 360 graden, dit gebeurt bij 3.6 aminozuren. Ofwel 1 aminozuur maakt een
hoek van 100 graden ten opzichte van de volgende. Dit zet je uit in een helical wheel.
Vervolgens kijk je naar hydrofoob/hydrofiel en aan welke kant deze zich bevinden.
, Eigenschappen B-sheets en B-barrel:
- Aminozuurzijketens om en om boven en onder het vlak van de sheet (groene bolletjes, rood
is CO)
- H-bruggen om en om naar langs liggende ketens. De NH vormt steeds waterstofbruggen met
de CO . Hierdoor krijg je crosslinks.
- De lengte van de B-sheet is 3.5 Angström per aminozuur.
- In membraan: B-barrel: een kokertje van een amfipatische B-sheet.
- Ze kunnen zo een porie vormen.
- Hiervoor heb je hydrofobe aminozuren aan de buitenkant nodig en hydrofiele aan de
binnenkant.
- De B-barrels komen alleen voor in het E.coli buitenmembraan en de buitenmembraan van
mitochondriën.
