College 1
1.4 Bacteria 5*10^6 4300 genes 1 gen per 1200 bp
Fungi 20MB 7000 genes 1 gen per 2900 bp
Human 3200MB 23000 genes 1 gen per 140000 bp
Banana 500MB 50000 genes 1 gen per 10000 bp
College 2
De literatuur zegt dat een genoom alle genetische informatie in een cel is. Schaap zegt dat dit
niet zo is maar dat al het genetisch materiaal met eenzelfde oorsprong een genoom is. Wij
hebben er dus 3; papa, mama,
mitochondriën. Een plant heeft er 4.
Een gen is een ‘unit of inheritance’ and is
a programmable unit that can give rise to
multitude of products: proteins and RNA
through alternative splicing.
,cDNA krijg je door het mRNA met reverse transcriptase
om te zetten.
The average size of a vertebrate gene is about 30,000
base pairs. Bacteria, because their sequences contain only coding material, have smaller
genes of about 1,000 base pairs each. Human genes are in the 20,000-50,000 base pair range,
although sizes greater than 100,000 base pairs have been suggested as well.
Als een eiwit een transmembraaneiwit is of wordt gesecreteerd dan zit er vaak een signaal in
de eerste 60AA van dit eiwit. Het is belangrijk om te realiseren dat na de alternatieve splicing
(en later processing) dat er dan niet perse een m aan het begin van het eiwit zit (en dus
cDNA). De poly-A staart wordt toegevoegd d.m.v. een signaalsequentie in het getransleerde
DNA (primary transcript).
Een genomisch DNA fragment bevat in theorie 6 mogelijke ORF’s. Reading frame: Division
of the sequence of nucleotides into a set of consecutive, non-overlapping triplets. Open
Reading Frame: Part of the reading frame containing no stop-codons. Region between start-
and stopcodon. Coding sequence: The region of a gene composed of exons, coding for
proteins.
Het gemiddelde gewicht van een eiwit is 110 Dalton. Als een intron niet deelbaar is door 3
dan zorgt het voor een Frame Shift een verschuiving van leesraam. Dit kan ook worden
veroorzaakt door een insertie of een deletie. Om intronen te vinden kun je het DNA
vergelijken met het cDNA (mRNA), en zo weet je wat er tussenuit is gesplitst. Omdat
sequencing tegenwoordig niet meer zo duur is, is het aan te raden om dit te doen omdat het
voorspellen van intronen nog best lastig! is.
, College 3
Met Sanger Sequencing
kun je de nucleotide
sequentie bepalen. Sanger
sequencing maakt gebruik
van primers, maar hoe
weet je deze primers nou?
Die weet je door het DNA
in stukjes te knippen en
deze te laten ligeren in
vectoren waarvan de sequentie wel bekend is. Vervolgens kun je hiervan de sequentie te
bepalen door ddNTP’s toe te voegen. Dit zijn nucleotiden die geen OH groep bevatten en
dus kan er na deze base geen nieuwe base worden ingebouwd. Dit kun je vervolgens op een
gel analyseren en waar hij stopt: daar zit ie nucleotide. Tegenwoordig kun je ook
fluorescente labels hieraan meegeven waarvoor dit proces efficiënter en sneller kan.
In de nieuwe generatie sequencing
worden de nucleotiden zichtbaar
gemaakt met licht of wordt de pH
nauwkeurig gemeten. Het werkt
tegenwoordig met chips: Hier ligeer je
heel veel geknipte stukjes DNA op en
amplificeer je dit met PCR. Dan voeg je
een voor een nucleotiden (of
tegelijkertijd als je ze verschillende
fluorescente labels geeft) toe en met
luciferase wordt dit dan zichtbaar
gemaakt. Het voordeel van deze
methode is dat het snel is maar het
nadeel is dat er maar korte stukjes gesequenced kunnen worden (400 bp).
Ditzelfde kan ook worden bewerkstelligd met hele gevoelige pH meters. Dit werkt ook met
chips alleen hier wordt een voor
een een nucleotide toegevoegd en
als er een base wordt aangeplakt
veranderd de pH iets. Zie youtube
voor filmpjes.
In sequence projecten is elke
sequentiefile gelinkt aan een
kwaliteitfile (Bijv Phred).
1.4 Bacteria 5*10^6 4300 genes 1 gen per 1200 bp
Fungi 20MB 7000 genes 1 gen per 2900 bp
Human 3200MB 23000 genes 1 gen per 140000 bp
Banana 500MB 50000 genes 1 gen per 10000 bp
College 2
De literatuur zegt dat een genoom alle genetische informatie in een cel is. Schaap zegt dat dit
niet zo is maar dat al het genetisch materiaal met eenzelfde oorsprong een genoom is. Wij
hebben er dus 3; papa, mama,
mitochondriën. Een plant heeft er 4.
Een gen is een ‘unit of inheritance’ and is
a programmable unit that can give rise to
multitude of products: proteins and RNA
through alternative splicing.
,cDNA krijg je door het mRNA met reverse transcriptase
om te zetten.
The average size of a vertebrate gene is about 30,000
base pairs. Bacteria, because their sequences contain only coding material, have smaller
genes of about 1,000 base pairs each. Human genes are in the 20,000-50,000 base pair range,
although sizes greater than 100,000 base pairs have been suggested as well.
Als een eiwit een transmembraaneiwit is of wordt gesecreteerd dan zit er vaak een signaal in
de eerste 60AA van dit eiwit. Het is belangrijk om te realiseren dat na de alternatieve splicing
(en later processing) dat er dan niet perse een m aan het begin van het eiwit zit (en dus
cDNA). De poly-A staart wordt toegevoegd d.m.v. een signaalsequentie in het getransleerde
DNA (primary transcript).
Een genomisch DNA fragment bevat in theorie 6 mogelijke ORF’s. Reading frame: Division
of the sequence of nucleotides into a set of consecutive, non-overlapping triplets. Open
Reading Frame: Part of the reading frame containing no stop-codons. Region between start-
and stopcodon. Coding sequence: The region of a gene composed of exons, coding for
proteins.
Het gemiddelde gewicht van een eiwit is 110 Dalton. Als een intron niet deelbaar is door 3
dan zorgt het voor een Frame Shift een verschuiving van leesraam. Dit kan ook worden
veroorzaakt door een insertie of een deletie. Om intronen te vinden kun je het DNA
vergelijken met het cDNA (mRNA), en zo weet je wat er tussenuit is gesplitst. Omdat
sequencing tegenwoordig niet meer zo duur is, is het aan te raden om dit te doen omdat het
voorspellen van intronen nog best lastig! is.
, College 3
Met Sanger Sequencing
kun je de nucleotide
sequentie bepalen. Sanger
sequencing maakt gebruik
van primers, maar hoe
weet je deze primers nou?
Die weet je door het DNA
in stukjes te knippen en
deze te laten ligeren in
vectoren waarvan de sequentie wel bekend is. Vervolgens kun je hiervan de sequentie te
bepalen door ddNTP’s toe te voegen. Dit zijn nucleotiden die geen OH groep bevatten en
dus kan er na deze base geen nieuwe base worden ingebouwd. Dit kun je vervolgens op een
gel analyseren en waar hij stopt: daar zit ie nucleotide. Tegenwoordig kun je ook
fluorescente labels hieraan meegeven waarvoor dit proces efficiënter en sneller kan.
In de nieuwe generatie sequencing
worden de nucleotiden zichtbaar
gemaakt met licht of wordt de pH
nauwkeurig gemeten. Het werkt
tegenwoordig met chips: Hier ligeer je
heel veel geknipte stukjes DNA op en
amplificeer je dit met PCR. Dan voeg je
een voor een nucleotiden (of
tegelijkertijd als je ze verschillende
fluorescente labels geeft) toe en met
luciferase wordt dit dan zichtbaar
gemaakt. Het voordeel van deze
methode is dat het snel is maar het
nadeel is dat er maar korte stukjes gesequenced kunnen worden (400 bp).
Ditzelfde kan ook worden bewerkstelligd met hele gevoelige pH meters. Dit werkt ook met
chips alleen hier wordt een voor
een een nucleotide toegevoegd en
als er een base wordt aangeplakt
veranderd de pH iets. Zie youtube
voor filmpjes.
In sequence projecten is elke
sequentiefile gelinkt aan een
kwaliteitfile (Bijv Phred).
