Hoofdstuk 4: Opbouw van de cel
Celtheorie Deze theorie vormt de basis van het celbiologisch denken:
• alle organismen bestaan uit cellen
• de cel is de fundamentele eenheid van leven
• cellen zijn afkomstig van andere cellen
Centrale dogmatheorie De cel slaat info op onder de vorm van DNA, deze wordt selectief
(informatiestroom): afgeschreven als RNA, deze wordt op haar beurt vertaald in
proteïnen
Extremofielen typische soorten die in extreme gebieden voorkomen (behoren tot
de archaea)
Amphipatische Moleculen met zowel een hydrofobe als hydrofiele regio.
moleculen
interfase buiten de periode van celdeling
Cotranslationele Ribosomen komen voor op het RER waar ze peptideketens tijdens
translocatie de aanmaak onmiddellijk naar het lumen van het ER verplaatsen.
hydrolases afbraakenzymen
Autofagie Iets celeigen wordt gegradeerd
respiratie de uiteindelijke afbraak van C3 moleculen tot water en CO2 met
verbruik van zuurstof
Endosymbiont Mitochondriën vinden hun oorsprong in een type proteobacteriën
hypothese dat in nauw verband met de oercel leefde. De proto-eukaryote cel
(examenvraag!!!) zou door fagocytose (= cellulair eten) deze mitochondriale
voorloper opgenomen hebben –> leidde tot permanente residentie.
HOOFDSTUK 7: MEMBRANEN
LIPID RAFTS lipide-proteïne complexen die zich organiseren in
microdomeinen
FLIP-FLOP Diffusie van de fosfolipiden tussen de twee dubbellagen.
, Om het proces te faciliteren zijn er flippases nodig.
TRANSITIETEMPERATUUR Temperatuur waarbij de vloeibare toestand van het
membraan overgaat naar een gelachtige toestand. (fase
transitie)
HOMEOVISKEUZE Bacteriën, gist, poikilotherme dieren(wiens
ADAPTIE lichaamstemperatuur fluctueert met de
omgevingstemperatuur) gaan de samenstelling van hun
membraan aanpassen en kunnen op deze manier de
vloeibaarheid van het membraan reguleren.
HYDROPATHIE INDEX De vrije energie nodig om opeenvolgende polypeptide
segmenten( 10- 20 az) van non-polair naar water over te
brengen.
GLYCOCALYX Suikerlaag die zich aan de buitenzijde van de cel bevindt.
Bestaat uit glycoproteïnen en glycolipiden. Gaat belangrijk
zijn voor cel-cel herkenning, cel-matrixherkenning,
bescherming,...
IJSBERGMODEL Het membraan bestaat uit een viskeuze zee van lipiden,
georganiseerd in een dubbellaag, waarin een mozaïek van
eiwitten ronddobbert. (Verklaart de fluïditeit van het
membraan en zegt dat alle componenten voortdurend in
beweging zijn)
CORTEX Raamwerk van transmembraanproteïnen en filamenten
(spectrines)
HOOFDSTUK 21: CELLULAIRE INFORMATIE
PROMOTORREGIO DNA regio met bindings- en startsignalen
CENTRALE DOGMA F. Crick
THEORIE
DNA —transcriptie"RNA —translatie"proteïnen
CONSENSUS SEQUENCE sequentie die het meest voorkomt in
GEREGULEERDE enkel in aan-/afwezigheid van bepaalde
,PROMOTOR proteïnen/signalen
DNA HELICASE DNA wordt lokaal ontwonden (in de initiatie stap)
KERNENZYM > transcriptie zonder σ-factor:
in staat om RNA synthese uit te voeren
HOLOENZYM met σ--factor:
zal synthese ook nog op juiste plaats initiëren
herkent de startplaats, laat dan het polymerase los (de
initiatiestap eindigt als de sigma factor loslaat, hier begint
de elongatie en gaat het verder met een kernenzym)
RHO-AFHANKELIJK er is een rho--eiwit noodzakelijk om te stoppen
TERMINATIE SIGNAAL
RHO-ONAFHANKELIJK palindroom (CG-rijde DNA seq) met vorming van hairpin
TERMINATIE SIGNAAL die de RNA-polymerase vertraagt
MONOCISTRONISCH • transcriptie-eenheid omvat één enkel gen
• bij eukaryoten
• (wel leader en trailer)
POLYCISTRONISCH • transcriptie-eenheid omvat meerdere genen
• bij prokaryoten
• spacers tussen de genen
RNA- het geheel van modificaties nodig om finale RNA- product te
PROCESSING maken
(verwijdering van primair transcript, additie of modificatie van
nucleotiden en de associatie met specifieke proteïnen)
snoRNA’s >pre-rRNA
small nucleolar RNA’s
splitsing van spacers + methylatie van 2’-hydroxyl
tRNA • door interne baseparing:
klaverblad met hairpins
• aanvoeren AZ voor eiwitsynthese
SPLICEOSOMEN verwijderen introns bij het proces RNA-splicing
> sn-RNA proteïne complex
•
> snRNP’s
, • = small nuclear ribonucleoproteins
INTRONS sequenties in het primair transcript die niet in het functionele
RNA horen
EXONS • tot expressie komende regio’s
• wanneer de introns worden verwijderd, worden de exons
verbonden door exon-junctie complex
SELF-SPLICING • riboenzymen knippen lineaire of lasso fragmenten
INTRONS • bij chloroplast + mitochondriale genen van planten en
bacteriën
RIBOENZYM RNA met eigenschappen van een enzym
ALTERNATIEVE pre---mRNA op verschillende manieren te splitsen
SPLICING => toch biologische complexiteit uit een beperkt genoom
EXON SHUFFLING recombinatie tussen exons van verschillende genen
RNA-EDITING nucleotiden ingevoegd, verwijderd of chemisch
gemodificeerd
RNA-METABOLISME • hoge turnover
=> snelle genregulatie
• mRNA intermediairen
=> genetische boodschap
versterken
FRAMESHIFT MUTATIE • in T4 bacteriofaag
• Crick en Benner
• bewijs codewoord een triplet van nuctleotide is
ORF eiwit wordt geproduceerd vanaf
start- tot stopcodon in hetzelfde ORF
OPEN READING FRAME
OPEN LEESRAAM
WOBBLE flexibiliteit op 1 van drie nucleotide posities
verschillende tRNA’s herkennen eenzelfde codon via
=> REDUNDANTE tRNA eenzelfde anticodon "hebben dus een volledig
•
identieke functie
•
tRNA’s met
verschillende anti--codons kunnen eenzelfde
=> ISO-ACCEPTING tRNA aminozuur dragen
Celtheorie Deze theorie vormt de basis van het celbiologisch denken:
• alle organismen bestaan uit cellen
• de cel is de fundamentele eenheid van leven
• cellen zijn afkomstig van andere cellen
Centrale dogmatheorie De cel slaat info op onder de vorm van DNA, deze wordt selectief
(informatiestroom): afgeschreven als RNA, deze wordt op haar beurt vertaald in
proteïnen
Extremofielen typische soorten die in extreme gebieden voorkomen (behoren tot
de archaea)
Amphipatische Moleculen met zowel een hydrofobe als hydrofiele regio.
moleculen
interfase buiten de periode van celdeling
Cotranslationele Ribosomen komen voor op het RER waar ze peptideketens tijdens
translocatie de aanmaak onmiddellijk naar het lumen van het ER verplaatsen.
hydrolases afbraakenzymen
Autofagie Iets celeigen wordt gegradeerd
respiratie de uiteindelijke afbraak van C3 moleculen tot water en CO2 met
verbruik van zuurstof
Endosymbiont Mitochondriën vinden hun oorsprong in een type proteobacteriën
hypothese dat in nauw verband met de oercel leefde. De proto-eukaryote cel
(examenvraag!!!) zou door fagocytose (= cellulair eten) deze mitochondriale
voorloper opgenomen hebben –> leidde tot permanente residentie.
HOOFDSTUK 7: MEMBRANEN
LIPID RAFTS lipide-proteïne complexen die zich organiseren in
microdomeinen
FLIP-FLOP Diffusie van de fosfolipiden tussen de twee dubbellagen.
, Om het proces te faciliteren zijn er flippases nodig.
TRANSITIETEMPERATUUR Temperatuur waarbij de vloeibare toestand van het
membraan overgaat naar een gelachtige toestand. (fase
transitie)
HOMEOVISKEUZE Bacteriën, gist, poikilotherme dieren(wiens
ADAPTIE lichaamstemperatuur fluctueert met de
omgevingstemperatuur) gaan de samenstelling van hun
membraan aanpassen en kunnen op deze manier de
vloeibaarheid van het membraan reguleren.
HYDROPATHIE INDEX De vrije energie nodig om opeenvolgende polypeptide
segmenten( 10- 20 az) van non-polair naar water over te
brengen.
GLYCOCALYX Suikerlaag die zich aan de buitenzijde van de cel bevindt.
Bestaat uit glycoproteïnen en glycolipiden. Gaat belangrijk
zijn voor cel-cel herkenning, cel-matrixherkenning,
bescherming,...
IJSBERGMODEL Het membraan bestaat uit een viskeuze zee van lipiden,
georganiseerd in een dubbellaag, waarin een mozaïek van
eiwitten ronddobbert. (Verklaart de fluïditeit van het
membraan en zegt dat alle componenten voortdurend in
beweging zijn)
CORTEX Raamwerk van transmembraanproteïnen en filamenten
(spectrines)
HOOFDSTUK 21: CELLULAIRE INFORMATIE
PROMOTORREGIO DNA regio met bindings- en startsignalen
CENTRALE DOGMA F. Crick
THEORIE
DNA —transcriptie"RNA —translatie"proteïnen
CONSENSUS SEQUENCE sequentie die het meest voorkomt in
GEREGULEERDE enkel in aan-/afwezigheid van bepaalde
,PROMOTOR proteïnen/signalen
DNA HELICASE DNA wordt lokaal ontwonden (in de initiatie stap)
KERNENZYM > transcriptie zonder σ-factor:
in staat om RNA synthese uit te voeren
HOLOENZYM met σ--factor:
zal synthese ook nog op juiste plaats initiëren
herkent de startplaats, laat dan het polymerase los (de
initiatiestap eindigt als de sigma factor loslaat, hier begint
de elongatie en gaat het verder met een kernenzym)
RHO-AFHANKELIJK er is een rho--eiwit noodzakelijk om te stoppen
TERMINATIE SIGNAAL
RHO-ONAFHANKELIJK palindroom (CG-rijde DNA seq) met vorming van hairpin
TERMINATIE SIGNAAL die de RNA-polymerase vertraagt
MONOCISTRONISCH • transcriptie-eenheid omvat één enkel gen
• bij eukaryoten
• (wel leader en trailer)
POLYCISTRONISCH • transcriptie-eenheid omvat meerdere genen
• bij prokaryoten
• spacers tussen de genen
RNA- het geheel van modificaties nodig om finale RNA- product te
PROCESSING maken
(verwijdering van primair transcript, additie of modificatie van
nucleotiden en de associatie met specifieke proteïnen)
snoRNA’s >pre-rRNA
small nucleolar RNA’s
splitsing van spacers + methylatie van 2’-hydroxyl
tRNA • door interne baseparing:
klaverblad met hairpins
• aanvoeren AZ voor eiwitsynthese
SPLICEOSOMEN verwijderen introns bij het proces RNA-splicing
> sn-RNA proteïne complex
•
> snRNP’s
, • = small nuclear ribonucleoproteins
INTRONS sequenties in het primair transcript die niet in het functionele
RNA horen
EXONS • tot expressie komende regio’s
• wanneer de introns worden verwijderd, worden de exons
verbonden door exon-junctie complex
SELF-SPLICING • riboenzymen knippen lineaire of lasso fragmenten
INTRONS • bij chloroplast + mitochondriale genen van planten en
bacteriën
RIBOENZYM RNA met eigenschappen van een enzym
ALTERNATIEVE pre---mRNA op verschillende manieren te splitsen
SPLICING => toch biologische complexiteit uit een beperkt genoom
EXON SHUFFLING recombinatie tussen exons van verschillende genen
RNA-EDITING nucleotiden ingevoegd, verwijderd of chemisch
gemodificeerd
RNA-METABOLISME • hoge turnover
=> snelle genregulatie
• mRNA intermediairen
=> genetische boodschap
versterken
FRAMESHIFT MUTATIE • in T4 bacteriofaag
• Crick en Benner
• bewijs codewoord een triplet van nuctleotide is
ORF eiwit wordt geproduceerd vanaf
start- tot stopcodon in hetzelfde ORF
OPEN READING FRAME
OPEN LEESRAAM
WOBBLE flexibiliteit op 1 van drie nucleotide posities
verschillende tRNA’s herkennen eenzelfde codon via
=> REDUNDANTE tRNA eenzelfde anticodon "hebben dus een volledig
•
identieke functie
•
tRNA’s met
verschillende anti--codons kunnen eenzelfde
=> ISO-ACCEPTING tRNA aminozuur dragen
