Diagnostische microbiologie – theorie
PowerPoints
Les 1: Epidemiologie & genotypering
De epidemiologie is de wetenschappelijke studie van het voorkomen en de verspreiding van ziekten
onder de bevolking.
Epi = upon
Demos = peoply
Logos = study of
Om de epidemiologie te besturen is het van belang om te weten hoe virulent het micro organismen
is. De omgeving is er voldoende om het micro organismen in te dammen. De host, dus waarom wordt
een iemand heel ziek en een ander iemand niet (genetic susceptibility) het gaat hierbij ook om het
gedrag van mensen. Mensen die zich niet aan regels houden, hebben meer kans op het krijgen van
bijvoorbeeld het COVID-19 virus.
Pathogene bacteriën en reservoirs
Pathogene bacteriën repliceren en houden zich in stand in ecologische niches of wel reservoirs
(bronnen).
De mogelijke bronnen zijn:
Mensen
Dieren
Planten
Water
Voeding
Omgeving
De verspreiding kan leiden tot een uitbraak van infectieziekten.
, (Geno) typeringen
Fenotypische en genotypische karaktereigenschappen die inzicht geven in mogelijke bronnen en
verspreidingsroutes van bacteriën en ziekten. Identificatie van toenemende pathogene stammen/
ziekten. Inzicht in micro organismen/ ziekten en populatiegenetica. Als een micro organismen een
uitbraak veroorzaakt in het ziekenhuis is het van belang om hier informatie over te weten. Waarom
doet dit micro organismen het, is er een mutatie, hoe verspreid het micro organismen zich. Bij
infectiepreventie wordt gekeken hoe een micro organisme zich verspreid en hierbij wordt informatie
gegeven wat het beste te doen bij dat micro organismen.
Bij genotypering wordt naar het genoom of een deel hiervan gekeken.
Typeringsmethoden - criteria
Stabiliteit
Typeerbaarheid/ toepasbaarheid
Onderscheidend vermogen: dat verschillen kunnen zien.
Reproduceerbaarheid
Test populatie (n>100)
Flexibiliteit (spectrum)
Snelheid
Toegankelijkheid: meerdere mensen het kunnen uitvoeren.
Workload
Kosten
Typeringsmethoden
Morfologie: bijvoorbeeld als ene heel erg gekarteld groeit en de andere totaal niet, dan kan
het dat hierbij te maken is met twee verschillende soorten (types).
Bio-typering (biochemische karakteristieken)
Antimicrobiële gevoeligheid
SDS page (cellulaire en extracellulaire componenten): op eiwit niveau.
Multi locus enzym elektroforese (huishoud enzymen)
Massa spectrometrie (biologische macromoleculen)
-omics (proteomics, glycomics, metabolomics): het zijn grote studies waarbij op groot niveau
gekeken wordt naar verschillen op genoom.
Geno(oom)typeringen
Het typeren van het genoom (of delen hiervan) met behulp van DNA technieken:
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Het wordt gebruikt om de genetische diversiteit van een individu te analyseren met behulp van
willekeurige primers. Het is een soort PCR. Het is een willekeurige amplificatie van het DNA, met
korte primers, waarbij geen kennis nodig is over de DNA sequentie van het target genoom. De
primers zijn random (kort ongeveer 10 basenparen) en worden bij een lage annealingstemperatuur
(25 graden) gebruikt. Het amplificeert steeds stukjes, waarbij een bandenpatroon ontstaat. Per
bacterie is het verschillend waarbij deze hechten.
PowerPoints
Les 1: Epidemiologie & genotypering
De epidemiologie is de wetenschappelijke studie van het voorkomen en de verspreiding van ziekten
onder de bevolking.
Epi = upon
Demos = peoply
Logos = study of
Om de epidemiologie te besturen is het van belang om te weten hoe virulent het micro organismen
is. De omgeving is er voldoende om het micro organismen in te dammen. De host, dus waarom wordt
een iemand heel ziek en een ander iemand niet (genetic susceptibility) het gaat hierbij ook om het
gedrag van mensen. Mensen die zich niet aan regels houden, hebben meer kans op het krijgen van
bijvoorbeeld het COVID-19 virus.
Pathogene bacteriën en reservoirs
Pathogene bacteriën repliceren en houden zich in stand in ecologische niches of wel reservoirs
(bronnen).
De mogelijke bronnen zijn:
Mensen
Dieren
Planten
Water
Voeding
Omgeving
De verspreiding kan leiden tot een uitbraak van infectieziekten.
, (Geno) typeringen
Fenotypische en genotypische karaktereigenschappen die inzicht geven in mogelijke bronnen en
verspreidingsroutes van bacteriën en ziekten. Identificatie van toenemende pathogene stammen/
ziekten. Inzicht in micro organismen/ ziekten en populatiegenetica. Als een micro organismen een
uitbraak veroorzaakt in het ziekenhuis is het van belang om hier informatie over te weten. Waarom
doet dit micro organismen het, is er een mutatie, hoe verspreid het micro organismen zich. Bij
infectiepreventie wordt gekeken hoe een micro organisme zich verspreid en hierbij wordt informatie
gegeven wat het beste te doen bij dat micro organismen.
Bij genotypering wordt naar het genoom of een deel hiervan gekeken.
Typeringsmethoden - criteria
Stabiliteit
Typeerbaarheid/ toepasbaarheid
Onderscheidend vermogen: dat verschillen kunnen zien.
Reproduceerbaarheid
Test populatie (n>100)
Flexibiliteit (spectrum)
Snelheid
Toegankelijkheid: meerdere mensen het kunnen uitvoeren.
Workload
Kosten
Typeringsmethoden
Morfologie: bijvoorbeeld als ene heel erg gekarteld groeit en de andere totaal niet, dan kan
het dat hierbij te maken is met twee verschillende soorten (types).
Bio-typering (biochemische karakteristieken)
Antimicrobiële gevoeligheid
SDS page (cellulaire en extracellulaire componenten): op eiwit niveau.
Multi locus enzym elektroforese (huishoud enzymen)
Massa spectrometrie (biologische macromoleculen)
-omics (proteomics, glycomics, metabolomics): het zijn grote studies waarbij op groot niveau
gekeken wordt naar verschillen op genoom.
Geno(oom)typeringen
Het typeren van het genoom (of delen hiervan) met behulp van DNA technieken:
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Het wordt gebruikt om de genetische diversiteit van een individu te analyseren met behulp van
willekeurige primers. Het is een soort PCR. Het is een willekeurige amplificatie van het DNA, met
korte primers, waarbij geen kennis nodig is over de DNA sequentie van het target genoom. De
primers zijn random (kort ongeveer 10 basenparen) en worden bij een lage annealingstemperatuur
(25 graden) gebruikt. Het amplificeert steeds stukjes, waarbij een bandenpatroon ontstaat. Per
bacterie is het verschillend waarbij deze hechten.
