Forensische genetica
Samenvatting STR-typering
CCD zal de fluorescentie gaan capteren,
daarna start het proces van identificatie.
Fragmenten die een bepaalde mobiliteit
hebben: lengte bepalen (internal size
standaard nodig)
Eenmaal de lengte gekend zijn,
kunnen we bepalen welke allelen
we hebben.
Parameters van de lengte t.o.v. het
allelnummer zit in de panels (0,5
baseparen vallen in de bin).
Filters: achtergrondsignalen wegfilteren (geen allelen die we willen detecteren)
Fouten tijdens de PCR: stutters die gegenereerd worden → stutterfilter
1. Low-level DNA testing: problemen, bezorgdheden en oplossingen
1.1 DNA-interpretatie: beschikbaar DNA
PCR is een gevoelige methode: typering van één cel mogelijk → in het forensisch kader niet handig, want we
willen meer cellen typeren.
STR typering van huidcontactsporen mogelijk
Vaststellen van problemen
Weinig DNA beschikbaar: microsporen
DNA-kwaliteit is laag: degradatie “low-level” DNA
Historische definitie van “low-level” DNA
- Low copy number (LCN): focus op techniek
- Lox template DNA (LT-DNA) : focus op input DNA of DNA-staal (hoeveelheid DNA in het toestel)
- Alternatief: DNA of low quality and quantity (DNALQQ) (weinig of gedegradeerd DNA zijn; of een
combinatie)
1.1.1 LT-DNA: verschillende definities
Hoeveelheid DNA dat gebruikt wordt in de PCR-reactie
500pg – 1ng = standaard STR typering
Minder dan 100pg (200pg) = LT-DNA typering
, Het aantal cycli in de PCR-reactie verhogen
28-30 cycli = standaard STR typering
34-36 cycli = LT-DNA typering
DNA-profiel dat stochastische variatie vertoont
Imbalans van de heterozygoot ratio (<60% of >160%)
Hoge stutter frequentie (>15%)
Niet detectie van allelen of loci: “drop-out”) (≠ null allel). Worden niet of niet genoeg geamplificeerd
Aanwezigheid van “valse” pieken: “drop-in”. Pieken behoren niet tot een van de donors van het spoor.
1.1.2 Overzicht stochastische effecten
Consequenties voor interpretatie van profielen: 1 persoon of meerdere personen?
Piekhoogte <60% = piek
imbalans
Samenvallen met een stutter:
reden om te zeggen dat er een
hoge stutter frequentie is.
Consequenties:
2 linker profielen: 1-persoons
profiel
Rechter: 2-persoonsprofiel in
plaats van 1-persoons profiel
1.1.3 Piekhoogte imbalans & Allel drop-out
1. Piekhoogte imbalans
Variatie in piekhoogte imbalans:
ongelijke staalname
Conclusie: als we één analyse
uitvoeren, en we zien de middelste
figuur, dan hebben we een piekhoogte
imbalans.
Samenvatting STR-typering
CCD zal de fluorescentie gaan capteren,
daarna start het proces van identificatie.
Fragmenten die een bepaalde mobiliteit
hebben: lengte bepalen (internal size
standaard nodig)
Eenmaal de lengte gekend zijn,
kunnen we bepalen welke allelen
we hebben.
Parameters van de lengte t.o.v. het
allelnummer zit in de panels (0,5
baseparen vallen in de bin).
Filters: achtergrondsignalen wegfilteren (geen allelen die we willen detecteren)
Fouten tijdens de PCR: stutters die gegenereerd worden → stutterfilter
1. Low-level DNA testing: problemen, bezorgdheden en oplossingen
1.1 DNA-interpretatie: beschikbaar DNA
PCR is een gevoelige methode: typering van één cel mogelijk → in het forensisch kader niet handig, want we
willen meer cellen typeren.
STR typering van huidcontactsporen mogelijk
Vaststellen van problemen
Weinig DNA beschikbaar: microsporen
DNA-kwaliteit is laag: degradatie “low-level” DNA
Historische definitie van “low-level” DNA
- Low copy number (LCN): focus op techniek
- Lox template DNA (LT-DNA) : focus op input DNA of DNA-staal (hoeveelheid DNA in het toestel)
- Alternatief: DNA of low quality and quantity (DNALQQ) (weinig of gedegradeerd DNA zijn; of een
combinatie)
1.1.1 LT-DNA: verschillende definities
Hoeveelheid DNA dat gebruikt wordt in de PCR-reactie
500pg – 1ng = standaard STR typering
Minder dan 100pg (200pg) = LT-DNA typering
, Het aantal cycli in de PCR-reactie verhogen
28-30 cycli = standaard STR typering
34-36 cycli = LT-DNA typering
DNA-profiel dat stochastische variatie vertoont
Imbalans van de heterozygoot ratio (<60% of >160%)
Hoge stutter frequentie (>15%)
Niet detectie van allelen of loci: “drop-out”) (≠ null allel). Worden niet of niet genoeg geamplificeerd
Aanwezigheid van “valse” pieken: “drop-in”. Pieken behoren niet tot een van de donors van het spoor.
1.1.2 Overzicht stochastische effecten
Consequenties voor interpretatie van profielen: 1 persoon of meerdere personen?
Piekhoogte <60% = piek
imbalans
Samenvallen met een stutter:
reden om te zeggen dat er een
hoge stutter frequentie is.
Consequenties:
2 linker profielen: 1-persoons
profiel
Rechter: 2-persoonsprofiel in
plaats van 1-persoons profiel
1.1.3 Piekhoogte imbalans & Allel drop-out
1. Piekhoogte imbalans
Variatie in piekhoogte imbalans:
ongelijke staalname
Conclusie: als we één analyse
uitvoeren, en we zien de middelste
figuur, dan hebben we een piekhoogte
imbalans.
