Soort = een groep organismen, waarvan de leden bij onderling voortplanten vruchtbare
nakomelingen kunnen voortbrengen. Alle individuen van dezelfde soort die in een ecosysteem een
voortplantingsgemeenschap vormen, behoren tot een populatie. Een soort bestaat meestal uit
meerdere populaties, die door het ecosysteem begrensd zijn. Populaties zijn echter niet gesloten
(denk aan migratie). Populaties die ver van elkaar af leven, kunnen langzaam aan steeds meer van
elkaar gaan verschillen. Het gevolg kan zijn dat leden van deze populaties elkaar niet meer als
soortgenoten herkennen.
Een soortnaam bestaat minimaal uit twee Latijnse namen (binaire nomenclatuur). De eerste naam
begint met een hoofdletter en geeft aan tot welk geslacht het organisme behoort. De tweede naam
geeft de soort aan met een kleine letter. Vaak staat achter de soortnaam een grote letter van de
persoon die de soort het eerst beschreven heeft. (Bijvoorbeeld Parus major L) Wanneer soortnamen
uit drie woorden bestaan is er sprake van ondersoorten. Door DNA van verschillende soorten
organismen met elkaar te vergelijken, is het mogelijk de mate van verwantschap te bepalen.
Termen als soort, geslacht, familie, orde en klasse worden taxa genoemd. Een taxon is een
taxonomische groep met organismen die samen een onderscheidende eenheid vormen.
Biologen letten bij het ordenen niet alleen op de bouwkenmerken, maar ook op de evolutionaire
verwantschap (fylogenetische systematiek, cladistiek). Deze reconstrueert verwantschappen en
afstamming van soorten. Een tak van een stamboon (cladogram) wordt een clade genoemd.
Soorten die van een gezamenlijke voorouder afstammen, hebben een gemeenschappelijk bouwplan,
waarvan een deel in de loop van de evolutie een andere functie en vorm kan hebben gekregen.
Homologe organen zijn organen met een gemeenschappelijk bouwplan, maar uiteenlopende vormen
en functies. Rudimentaire organen zijn resten van organen die bij verre voorouders nog een functie
hadden en die hun functie in evolutionaire ontwikkeling hebben verloren. Rudimenten zijn vaak nog
aanwezig. Divergentie is het verschijnsel dat overeenkomstige organen in aanleg hetzelfde zijn en in
de loop van de evolutie bij nieuwe soorten van vorm en functie zijn veranderd. Hierdoor kunnen
homologe organen ontstaan. Analoge organen zijn niet ontstaan uit gelijke oervormen, maar ze zijn
op elkaar gaan lijken door eenzelfde aanpassing. Bij convergentie kunnen niet-verwante soorten
door gelijke milieuomstandigheden analoge structuren en organen ontstaan.
Tot de jaren ’70 was het gangbaar om de levende wezens in 4 Rijken in te delen, maar het werden er
vijf omdat er bij de eencelligen geen duidelijk onderscheid in planten en dieren te maken was:
bacteriën, protisten, schimmels, planten en dieren. De bacteriën werden prokaryoten genoemd
(=eencelligen zonder celkern) en de overige Rijken heetten nu eukaryoten (één- en meercelligen met
celkern). In het Rijk van de protisten zitten
alle eukaryoten die niet bij de andere rijken in Eukaryoten (cellen met celkern)
Rijk III: Archezoa (eencellige parasieten)
te delen zijn. In de meeste moderne indeling
Rijk IV: Fungi (schimmels en korstmossen)
is dit Rijk echter opgeheven:
Rijk V: Protozoa (eencelligen, in water levend)
Rijk VI: Chromista (gekleurde algen: o.a.
diatomeeën, bruinwieren, goudalgen)
Rijk VII: Plantae (alle organismen met
Prokaryoten (cellen zonder chlorofyl)
celkern) Rijk VIII: Animalia (dieren)
Rijk I: Archaebacteriae
Rijk II: Eubacteriae