Zusammenfassung Eukaryotic Transcriptomics

Eukaryotic Transcriptomics/ experimental methodes to
assess microbiome activity – VL11
- Methoden zur Transkriptionsdetektion wie Mikroarrays und RNA-Sequenzierung
ermöglichen die Erfassung von RNA-Transkripten in einem biologischen Sample. Mikroarrays
verwenden Sonden, um spezifische RNA-Sequenzen zu hybridisieren und zu erkennen,
während RNA-Sequenzierung eine umfassendere Ansicht der Transkriptomlandschaft bietet.
- De-novo-Methoden verwenden keine Referenzsequenz, sondern identifizieren und
rekonstruieren Transkripte aus den sequenzierten Reads. Im Gegensatz dazu werden bei der
Ausrichtung gegen das Genom/Transkriptom Reads anhand einer bekannten
Referenzsequenz abgeglichen, was die Identifizierung und Quantifizierung der Transkripte
erleichtert.
- Splicing-aware-Tools für die eukaryotische Transkriptomik berücksichtigen die Prozesse der
RNA-Spleißung und ermöglichen eine genauere Rekonstruktion von Transkriptvarianten.
- Normalisierung und differentielle Expressionsanalyse sind wichtige Schritte in der
Transkriptomik. Die Normalisierung gleicht Unterschiede in der Sequenzierungstiefe und
anderen technischen Variationen aus, während die differentielle Expressionsanalyse
Unterschiede in der Genexpression zwischen Bedingungen identifiziert.
- Experimentelle Methoden wie Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) ermöglichen die
Identifizierung spezifischer Mikroorganismen in einem biologischen Sample und bieten
Einblicke in deren räumliche Organisation.
- Stable Isotope Probing (SIP)-Methoden ermöglichen die Identifizierung und
Charakterisierung metabolisch aktiver Mikroorganismen in einem komplexen Umfeld, indem
sie isotopenmarkierte Substrate verabreichen und verfolgen, welche Organismen diese
Substrate aufnehmen.