Microbiologie
Gram(+) houdt kristalviolet vast met dikke peptidoglycaanlaag, Gram(-) heeft dunne
peptidoglycaanlaag dus houdt het niet vast
verschil membraan archaea en bacterie:
1. archaea hebben een monolaag (enkelvoudig celmembraan)
2. bacterien en eukaryoten: glycerol-ester-lipiden ; archaea: glycerol-etherlipiden
3. bacteriën hebben mucopeptide, archaea niet (andere stoffen voor stevigheid)
wortelknolletjes: staafvormige bacterie > bacterioiden
Micro organismen door het college heen
Escherichia coli (E. coli)
E. coli = gram(-), facultatief anaeroob, staafvormige bacterie, chemo heterotroof
bewoner darmstelsel dieren/mensen → de ‘poepbacterie’
- meestal onschadelijk
- soms ernstige voedselvergiftiging
helpt bij voedselvertering & productie vitamine K2
indicatororganisme van fecale (:mbt ontlasting) besmetting van oppervlaktewater
darmbacteriën zijn katalase-positief; productie zuren uit glucose; reductie nitraat tot nitriet
darmbacteriën zijn nauw verwant; identificatie kan moeilijk zijn
kweek is makkelijk en goedkoop (gunstige omstandigheden: verdubbeling binnen 20 min)
kan leven op veel substraten
maakt, bij anaerobe omstandigheden, gebruik van gemengde zurengisting → productie
lactaat, succinaat, ethanol, acetaat en koolstofdioxide
Thiomargarita namibiensis
bijna zichtbaar met het blote oog (door grote centrale vacuole)
1 grote vacuole (insluitsel)
- opslag nitraat & zwavel
,cytoplasma om vacuole heen
micro-aerofiel: groeit optimaal bij lage zuurstofconcentratie
> sediment waar bacterie is gevonden; vaak zuurstofarm
in dat geval schakelt het organisme over op het gebruik van nitraat als elektronenacceptor
oxidatie zwavel: onttrekking elektronen (> elektronendonor = zwavel)
reductie nitraat: ademhaling voor genereren energie (> elektronenacceptor = nitraat (of O2))
beide stoffen worden opgeslagen zodat in periodes met een gebrek aan (een of beide)
stoffen, het organisme kan overleven
= koppeling van zwavel- en stikstofcyclus
Borrelia burgdorferi
is een spirocheet en veroorzaakt de ziekte van Lyme (borreliosis)
langzaamgroeiend (12-24 uur); optimale groeitemperatuur is 32 ℃
micro-aerofiel
de bacterie kan verschillende vormen aannemen
- spirocheetvorm
- cystevorm; stevige wand om de cel heen
- L-vorm; geen celwand aanwezig
verschillende vormen van de bacterie beschermen haar tegen de werking van antibiotica
Haloquadra walsbyi
‘het zoutvierkant van Walsby’
extreem halofiel (hoge zoutconcentratie)
→ toename oppervlakte/volume verhouding → positief effect op opnamesnelheid nutriënten
talloze gasvacuoles → positie = dichtbij & parallel aan vloeistofoppervlak
beweging door 1 of meerdere flagellen
organisme kan door dunne cellen, via fotosynthese, energie vastleggen & gebruiken
kan ook heterotroof groeien (suikers omzetten etc.)
overleeft hoge concentraties (>2 M) 𝑀𝑔𝐶𝑙2 (speelt rol bij stabiliteit DNA)
Chapter 1 The microbial world
virussen vallen niet onder de microbiële cellen
,Louis Pasteur: sterilisatie technieken; alcohol maak proces mbv bacteriën en fermentatie;
spontane generatie; eerste hondsdolheidvaccin
cyanobacteriën kunnen zuurstof vrijlaten
Sergei Winogradsky: nieuwe vorm; (oxideren anorganische stoffen) heteroautotrofie
oxidatieve fosforylering in mitochondriën
bij archaea lijkt het chromosoom op die van bacteriën; manier van oprollen & replicatie zoals
eukaryoten
prokaryoten peptidoglycaan
eukaryoten geen peptidoglycaan
anammoxosoom; ammonium-oxiderende bacterie, omgeven door lipidenmembraan
voorbeeld van snelle evolutie bij MO’s is antibiotica resistentie
fototrofen
- anoxygene
- oxygene
micro organismen
- archaea
- bacteriën
- eukaryoten
, stamboom wordt gemaakt op basis van de hoeveelheid overeenkomend DNA; sequentie
van archaea lijkt meer op de sequentie van eukaryoten dan op die van bacteriën
onderzoek thijs ettema: lokiarchaeote; werden sequenties gevonden van eukaryote eiwitten
in archaea → conclusie = eerst had je prokaryoten en archaea en uiteindelijk zijn eukaryoten
ontstaan uit de archaea
reden gebruik rRNA voor onderzoek/maken fylogenetische boom:
- alle organismen hebben rRNA
- dezelfde functie in de verschillende organismen
- sterk geconserveerd; weinig variatie (door bv mutatie)
- sequentie is lang genoeg om voldoende verschillen te hebben tussen organismen
het sequencen gaat als volgt;
rRNA + eiwitten = subunit
ecosysteem: alle organismen samen met hun habitat (en haar fysische/chemische
componenten daarvan)
- bijv. huid, dikke darm etc.
veel UV straling kan het DNA van microben beschadigen
water is meest belangrijke voorwaarde voor microbiële activiteit
micro organismen zijn circa 17% van de organische koolstof op aarde
- planten hebben meeste aandeel
microben zijn bepalend voor de instandhouding van ons milieu; draaiende houden
biogeochemische cycli (zwavel, stikstof, koolstof)
pathogenen; vervelende micro organismen (maken je ziek (of erger))
- Clostridium botulinum (in zuurstofarm water) maakt een toxine aan die de
acetylcholine receptor remt → verlamming spieren = botulisme
botox komt van botuline toxine (spieren (die rimpels veroorzaken) stilleggen)
- Borrelia burgdorferi veroorzaakt de ziekte van Lyme (overgedragen door teken)
- kan overgaan in cyste-vorm of L-vorm (geen celwand) → minder gevoelig voor
antibiotica, dus zware antibiotica-kuur voor patiënten
- Yersinia pestis = de (builen)pest
- overgedragen van ratten naar mensen via vlooien
Gram(+) houdt kristalviolet vast met dikke peptidoglycaanlaag, Gram(-) heeft dunne
peptidoglycaanlaag dus houdt het niet vast
verschil membraan archaea en bacterie:
1. archaea hebben een monolaag (enkelvoudig celmembraan)
2. bacterien en eukaryoten: glycerol-ester-lipiden ; archaea: glycerol-etherlipiden
3. bacteriën hebben mucopeptide, archaea niet (andere stoffen voor stevigheid)
wortelknolletjes: staafvormige bacterie > bacterioiden
Micro organismen door het college heen
Escherichia coli (E. coli)
E. coli = gram(-), facultatief anaeroob, staafvormige bacterie, chemo heterotroof
bewoner darmstelsel dieren/mensen → de ‘poepbacterie’
- meestal onschadelijk
- soms ernstige voedselvergiftiging
helpt bij voedselvertering & productie vitamine K2
indicatororganisme van fecale (:mbt ontlasting) besmetting van oppervlaktewater
darmbacteriën zijn katalase-positief; productie zuren uit glucose; reductie nitraat tot nitriet
darmbacteriën zijn nauw verwant; identificatie kan moeilijk zijn
kweek is makkelijk en goedkoop (gunstige omstandigheden: verdubbeling binnen 20 min)
kan leven op veel substraten
maakt, bij anaerobe omstandigheden, gebruik van gemengde zurengisting → productie
lactaat, succinaat, ethanol, acetaat en koolstofdioxide
Thiomargarita namibiensis
bijna zichtbaar met het blote oog (door grote centrale vacuole)
1 grote vacuole (insluitsel)
- opslag nitraat & zwavel
,cytoplasma om vacuole heen
micro-aerofiel: groeit optimaal bij lage zuurstofconcentratie
> sediment waar bacterie is gevonden; vaak zuurstofarm
in dat geval schakelt het organisme over op het gebruik van nitraat als elektronenacceptor
oxidatie zwavel: onttrekking elektronen (> elektronendonor = zwavel)
reductie nitraat: ademhaling voor genereren energie (> elektronenacceptor = nitraat (of O2))
beide stoffen worden opgeslagen zodat in periodes met een gebrek aan (een of beide)
stoffen, het organisme kan overleven
= koppeling van zwavel- en stikstofcyclus
Borrelia burgdorferi
is een spirocheet en veroorzaakt de ziekte van Lyme (borreliosis)
langzaamgroeiend (12-24 uur); optimale groeitemperatuur is 32 ℃
micro-aerofiel
de bacterie kan verschillende vormen aannemen
- spirocheetvorm
- cystevorm; stevige wand om de cel heen
- L-vorm; geen celwand aanwezig
verschillende vormen van de bacterie beschermen haar tegen de werking van antibiotica
Haloquadra walsbyi
‘het zoutvierkant van Walsby’
extreem halofiel (hoge zoutconcentratie)
→ toename oppervlakte/volume verhouding → positief effect op opnamesnelheid nutriënten
talloze gasvacuoles → positie = dichtbij & parallel aan vloeistofoppervlak
beweging door 1 of meerdere flagellen
organisme kan door dunne cellen, via fotosynthese, energie vastleggen & gebruiken
kan ook heterotroof groeien (suikers omzetten etc.)
overleeft hoge concentraties (>2 M) 𝑀𝑔𝐶𝑙2 (speelt rol bij stabiliteit DNA)
Chapter 1 The microbial world
virussen vallen niet onder de microbiële cellen
,Louis Pasteur: sterilisatie technieken; alcohol maak proces mbv bacteriën en fermentatie;
spontane generatie; eerste hondsdolheidvaccin
cyanobacteriën kunnen zuurstof vrijlaten
Sergei Winogradsky: nieuwe vorm; (oxideren anorganische stoffen) heteroautotrofie
oxidatieve fosforylering in mitochondriën
bij archaea lijkt het chromosoom op die van bacteriën; manier van oprollen & replicatie zoals
eukaryoten
prokaryoten peptidoglycaan
eukaryoten geen peptidoglycaan
anammoxosoom; ammonium-oxiderende bacterie, omgeven door lipidenmembraan
voorbeeld van snelle evolutie bij MO’s is antibiotica resistentie
fototrofen
- anoxygene
- oxygene
micro organismen
- archaea
- bacteriën
- eukaryoten
, stamboom wordt gemaakt op basis van de hoeveelheid overeenkomend DNA; sequentie
van archaea lijkt meer op de sequentie van eukaryoten dan op die van bacteriën
onderzoek thijs ettema: lokiarchaeote; werden sequenties gevonden van eukaryote eiwitten
in archaea → conclusie = eerst had je prokaryoten en archaea en uiteindelijk zijn eukaryoten
ontstaan uit de archaea
reden gebruik rRNA voor onderzoek/maken fylogenetische boom:
- alle organismen hebben rRNA
- dezelfde functie in de verschillende organismen
- sterk geconserveerd; weinig variatie (door bv mutatie)
- sequentie is lang genoeg om voldoende verschillen te hebben tussen organismen
het sequencen gaat als volgt;
rRNA + eiwitten = subunit
ecosysteem: alle organismen samen met hun habitat (en haar fysische/chemische
componenten daarvan)
- bijv. huid, dikke darm etc.
veel UV straling kan het DNA van microben beschadigen
water is meest belangrijke voorwaarde voor microbiële activiteit
micro organismen zijn circa 17% van de organische koolstof op aarde
- planten hebben meeste aandeel
microben zijn bepalend voor de instandhouding van ons milieu; draaiende houden
biogeochemische cycli (zwavel, stikstof, koolstof)
pathogenen; vervelende micro organismen (maken je ziek (of erger))
- Clostridium botulinum (in zuurstofarm water) maakt een toxine aan die de
acetylcholine receptor remt → verlamming spieren = botulisme
botox komt van botuline toxine (spieren (die rimpels veroorzaken) stilleggen)
- Borrelia burgdorferi veroorzaakt de ziekte van Lyme (overgedragen door teken)
- kan overgaan in cyste-vorm of L-vorm (geen celwand) → minder gevoelig voor
antibiotica, dus zware antibiotica-kuur voor patiënten
- Yersinia pestis = de (builen)pest
- overgedragen van ratten naar mensen via vlooien
