Microbiologie
Je moet slagen voor alle 3 de opleidingsonderdelen
2e zit zijn er deelvrijstellingen vanaf 12/20
1 algemene introductie tot microbiologie
Micro organismen zijn veel ouder dan ons. Ze kunnen alle mogelijke omstandigheden overleven. We raken er dus nooit vanaf. Je
kan interventie doen om impact te verminderen maar je krijgt ze nooit weg.
Met alle interventies die je doet zet je druk op de micro organismen. De meest aangepaste in bepaalde omgeving wint. Die soort
plant zich dan weer voort.
Met interventie verander je de omgeving. De fittest is degene die resistent heeft.
Met vaccin ontstaan varianten die min of meer ontsnappen aan vaccin
Virussen en bacterien vermeerderen → maken fouten → creëren variatie
Het is pas sinds een paar honderd jaar dat we weten dat er micro organismen bestaan. Hiervoor dacht men dat ziekte door de
duivel etc werd veroorzaakt.
Langzaam ontstond het bewustzijn van kleine, niet zichtbare levensvormen
Oorzaak van infectieziekten kleine organismen:
- Zichtbaar maken van deze organismen (dit heeft van Leeuwenhoek gedaan)
- Isolatie
- Karakterisatie
Anthonie van leeuwenhoek
Deze man vond de microscoop uit. Hij liet glas smelten en de bolletjes die ontstonden dienden als vergrootglas. Hij deed dit om
te kwaliteit van stof van dichtbij te bekijken in eerste instantie. Vervolgens ontdekte hij ook rode bloedcellen, bacterien etc.
Louis pasteur
Concept van biogenese vervangt spontane generatie
Deze man heeft kunnen aantonen dat al het leven afkomstig is van leven. Een cruciaal experiment was de fles met de
zwanennek. De fles is een soort erlenmeyer. Hier kan men een soort voedingsbodem in doen waarvan je weet dat er bacterien
op beginnen te groeien. De zwanennek is open en heeft contact met buitenwereld inprincipe.
Kiemtheorie van fermentatie
Pasteur toonde aan dat fermentatie wordt veroorzaakt door de groei van micro-organismen en dat de opkomende groei van
bacteriën in voedingsbouillons NIET het gevolg is van spontane generatie, maar van biogenese.
Elk van de flessen wordt opgewarmd en gekookt. Door lange tijd te koken werd inhoud steriel
gemaakt. Alle micro organismen werden kapot gemaakt. De damp die eruit kwam ging door
zwanennek en die werd dus ook steriel gemaakt door de stoom. Uiteindelijk ging stoom
condenseren in zwanennek
1. Paar weken laten staan. Geen bacterien, geen fermentatie
2. Zwanennek afbreken en laten staan, bacteriele groei
3. Kantelen zodat vloeistof in zwanennek komt, bacteriele groei
Als je steriel laat dus geen bacterien
Kiemtheorie van ziekte
Infectieziekten worden veroorzaakt door micro organismen, kleine organismen die te klein zijn om
te zien zonder vergroting, die de gastheer binnendringen
1
,Koch’s postulates
Voor bepaalde ziekte door bepaalde kiem
Als er een ziekte in de diergeneeskunde zich voordoet passen we deze postulaten
nog steeds toe
De 4 postulaten
1. Het micro-organisme moet in overvloed voorkomen in alle organismen die
aan de ziekte lijden, maar mag niet voorkomen in gezonde organismen.
2. Het micro-organisme moet worden geïsoleerd uit een ziek organisme en
worden gekweekt in een zuivere cultuur.
3. Het gekweekte micro-organisme moet ziekte veroorzaken wanneer het in
een gezond organisme wordt ingebracht.
4. Het micro-organisme moet opnieuw worden geïsoleerd uit de geïnoculeerde, zieke experimentele gastheer en worden
geïdentificeerd als identiek aan het oorspronkelijke specifieke causale agens.
Problemen met postulaten:
- Koch liet de universalistische eis van het eerste postulaat los. Het is nu bekend dat asymptomatische infectie of
subklinische dragerschap een algemeen kenmerk is van veel infectieziekten, vooral virussen
- Het tweede postulaat kan ook worden opgeschort voor bepaalde micro-organismen of entiteiten die (op dit moment)
niet in zuivere kweek kunnen worden gekweekt, zoals prionen die verantwoordelijk zijn voor de ziekte van Creutzfeldt-
Jakob en een reeks bacteriën. Je kan niet alle pathogenen isoleren buiten de gastheer.
- Het derde postulaat specificeert "zouden moeten", niet "moeten", want zoals Koch zelf bewees met betrekking tot
zowel tuberculose als cholera, zullen niet alle organismen die aan een infectueus agens worden blootgesteld de infectie
oplopen.
Waar ziekte aanwezig is wil je gaan kijken in dat weefsel naar aanwezigheid van genoom
Hoeveel is er aanwezig? Als er ziekte is moet je stijging zien in organen waar lesies zijn. Bij gezonde zie je niks van nucleine zuren
van genoom of in ieder geval veel minder
1. In de meeste gevallen van een infectieziekte zou een nucleïnezuursequentie die behoort tot een vermoedelijke
ziekteverwekker aanwezig moeten zijn. Microbiële nucleïnezuren moeten bij voorkeur worden gevonden in organen of
anatomische locaties waarvan bekend is dat ze ziek zijn, en niet in organen zonder pathologie.
2. Er moeten minder of geen kopieën van pathogeen-geassocieerde nucleïnezuursequenties voorkomen in gastheren of
weefsels zonder ziekte (relatieve aantallen).
3. Als de ziekte verdwijnt, moet het aantal kopieën van pathogeen-geassocieerde nucleïnezuursequenties afnemen of
ondetecteerbaar worden. Bij een klinische terugval zou het tegenovergestelde moeten gebeuren.
4. Wanneer de detectie van sequenties voorafgaat aan ziekte, of het aantal kopieën van sequenties correleert met de
ernst van de ziekte of pathologie, is het waarschijnlijker dat de sequentie-ziekte associatie een causaal verband is.
5. De aard van het micro-organisme afgeleid uit de beschikbare sequentie moet consistent zijn met de bekende
biologische kenmerken van die groep organismen.
6. Weefselsequentiecorrelaten moeten op cellulair niveau worden gezocht: er moeten inspanningen worden gedaan om
specifieke in situ hybridisatie van microbiële sequentie aan te tonen op weefselpathologische gebieden en op zichtbare
micro-organismen of op gebieden waar micro-organismen vermoedelijk aanwezig zijn.
7. Deze op sequentie gebaseerde vormen van bewijs voor microbiële causatie moeten reproduceerbaar zijn.
2
,Microscopie
Bright-field:
- De beperking van helderveldmiscroscopie is
onvoldoende contrast
- Kleurstof gebruiken voor contrast
Dark field:
- Als er geen object onder ligt zie je niks
- Met object eronder krijg je lichtverstrooiing en die
zaken kan je dan ook zien
Grootte en morfologie van MO
Bacterie: +/- 1 µm
Virus: nm
Cluster bacterie en schimmel: mm
Bacterie
Fungi
3
, Virus ≠ cells
Virus: Virusdeeltje bestaat uit DNA of
RNA, ingesloten in eiwitmantel en soms
omgeven door een envelop (membraan)
Gemiddeld virus is 100 nm
Virus wordt niet gezien met LM: object
mag niet kleiner zijn dan golflengte van
licht. Dus objecten kleiner dan 250nm
worden niet gezien
Classificatie en nomenclatuur
Taxonomie
Drie onderling gerelateerde onderdelen van taxonomie
- Identificatie
- Nomenclatuur
- Classificatie
Taxonomie is belangrijk
- Nauwkeurige identificatie van organismen
- Precieze namen die efficiënte communicatie mogelijk maken
- Het groepeert soortgelijke organismen op een manier die het mogelijk maakt om voorspellingen te
doen
voorspellingen kunnen worden gedaan en hypothesen met redelijke zekerheid kunnen worden
geformuleerd met betrekking tot leden van dezelfde groep
Micro-organismen werden vroeger ingedeeld op basis van fenotypische expressie (anatomie, morfologie) en
onderscheidende kenmerken die unieke metabolische eigenschappen weerspiegelen.
Genotypische analyse heeft geleid tot veranderingen in de classificatie en nomenclatuur van micro-
organismen.
Fenotypische kenmerken: morfologie, metabolisme, fysiologie, celchemie (met name vetzuursamenstelling in het geval van
bacteriën), motiliteit
Genetische methoden
1. "Oudere technieken: DNA-profilering, DNA-DNA hybridisatie, multilocus sequentietypering (MLST) en het percentage
guanine plus cytosine in het DNA van een organisme (GC-ratio) zijn voorbeelden van de gebruikte genetische
methoden.
2. De exponentiële groei in de beschikbaarheid van genetische sequentiegegevens heeft het mogelijk gemaakt dat de
taxonomie steeds meer de fylogenetische relaties tussen micro-organismen weerspiegelt.
Genotypische analyse
Binnen bepaalde virus families vindt clustering plaats
Van ieder virus dat je isoleert bepaal je genoom sequentie en ga je vergelijken hoe ze verschillen of gelijken. Je ziet ze clusteren
en geeft ze andere subnaam en subclusters
Infectieuze ziekte
Infectieuze ziekte
Klinisch aantoonbare ziekte (d.w.z. kenmerkende medische tekenen en/of ziektesymptomen) als gevolg van infectie,
aanwezigheid en groei van pathogene biologische agentia in een individueel gastheerorganisme.
4
Je moet slagen voor alle 3 de opleidingsonderdelen
2e zit zijn er deelvrijstellingen vanaf 12/20
1 algemene introductie tot microbiologie
Micro organismen zijn veel ouder dan ons. Ze kunnen alle mogelijke omstandigheden overleven. We raken er dus nooit vanaf. Je
kan interventie doen om impact te verminderen maar je krijgt ze nooit weg.
Met alle interventies die je doet zet je druk op de micro organismen. De meest aangepaste in bepaalde omgeving wint. Die soort
plant zich dan weer voort.
Met interventie verander je de omgeving. De fittest is degene die resistent heeft.
Met vaccin ontstaan varianten die min of meer ontsnappen aan vaccin
Virussen en bacterien vermeerderen → maken fouten → creëren variatie
Het is pas sinds een paar honderd jaar dat we weten dat er micro organismen bestaan. Hiervoor dacht men dat ziekte door de
duivel etc werd veroorzaakt.
Langzaam ontstond het bewustzijn van kleine, niet zichtbare levensvormen
Oorzaak van infectieziekten kleine organismen:
- Zichtbaar maken van deze organismen (dit heeft van Leeuwenhoek gedaan)
- Isolatie
- Karakterisatie
Anthonie van leeuwenhoek
Deze man vond de microscoop uit. Hij liet glas smelten en de bolletjes die ontstonden dienden als vergrootglas. Hij deed dit om
te kwaliteit van stof van dichtbij te bekijken in eerste instantie. Vervolgens ontdekte hij ook rode bloedcellen, bacterien etc.
Louis pasteur
Concept van biogenese vervangt spontane generatie
Deze man heeft kunnen aantonen dat al het leven afkomstig is van leven. Een cruciaal experiment was de fles met de
zwanennek. De fles is een soort erlenmeyer. Hier kan men een soort voedingsbodem in doen waarvan je weet dat er bacterien
op beginnen te groeien. De zwanennek is open en heeft contact met buitenwereld inprincipe.
Kiemtheorie van fermentatie
Pasteur toonde aan dat fermentatie wordt veroorzaakt door de groei van micro-organismen en dat de opkomende groei van
bacteriën in voedingsbouillons NIET het gevolg is van spontane generatie, maar van biogenese.
Elk van de flessen wordt opgewarmd en gekookt. Door lange tijd te koken werd inhoud steriel
gemaakt. Alle micro organismen werden kapot gemaakt. De damp die eruit kwam ging door
zwanennek en die werd dus ook steriel gemaakt door de stoom. Uiteindelijk ging stoom
condenseren in zwanennek
1. Paar weken laten staan. Geen bacterien, geen fermentatie
2. Zwanennek afbreken en laten staan, bacteriele groei
3. Kantelen zodat vloeistof in zwanennek komt, bacteriele groei
Als je steriel laat dus geen bacterien
Kiemtheorie van ziekte
Infectieziekten worden veroorzaakt door micro organismen, kleine organismen die te klein zijn om
te zien zonder vergroting, die de gastheer binnendringen
1
,Koch’s postulates
Voor bepaalde ziekte door bepaalde kiem
Als er een ziekte in de diergeneeskunde zich voordoet passen we deze postulaten
nog steeds toe
De 4 postulaten
1. Het micro-organisme moet in overvloed voorkomen in alle organismen die
aan de ziekte lijden, maar mag niet voorkomen in gezonde organismen.
2. Het micro-organisme moet worden geïsoleerd uit een ziek organisme en
worden gekweekt in een zuivere cultuur.
3. Het gekweekte micro-organisme moet ziekte veroorzaken wanneer het in
een gezond organisme wordt ingebracht.
4. Het micro-organisme moet opnieuw worden geïsoleerd uit de geïnoculeerde, zieke experimentele gastheer en worden
geïdentificeerd als identiek aan het oorspronkelijke specifieke causale agens.
Problemen met postulaten:
- Koch liet de universalistische eis van het eerste postulaat los. Het is nu bekend dat asymptomatische infectie of
subklinische dragerschap een algemeen kenmerk is van veel infectieziekten, vooral virussen
- Het tweede postulaat kan ook worden opgeschort voor bepaalde micro-organismen of entiteiten die (op dit moment)
niet in zuivere kweek kunnen worden gekweekt, zoals prionen die verantwoordelijk zijn voor de ziekte van Creutzfeldt-
Jakob en een reeks bacteriën. Je kan niet alle pathogenen isoleren buiten de gastheer.
- Het derde postulaat specificeert "zouden moeten", niet "moeten", want zoals Koch zelf bewees met betrekking tot
zowel tuberculose als cholera, zullen niet alle organismen die aan een infectueus agens worden blootgesteld de infectie
oplopen.
Waar ziekte aanwezig is wil je gaan kijken in dat weefsel naar aanwezigheid van genoom
Hoeveel is er aanwezig? Als er ziekte is moet je stijging zien in organen waar lesies zijn. Bij gezonde zie je niks van nucleine zuren
van genoom of in ieder geval veel minder
1. In de meeste gevallen van een infectieziekte zou een nucleïnezuursequentie die behoort tot een vermoedelijke
ziekteverwekker aanwezig moeten zijn. Microbiële nucleïnezuren moeten bij voorkeur worden gevonden in organen of
anatomische locaties waarvan bekend is dat ze ziek zijn, en niet in organen zonder pathologie.
2. Er moeten minder of geen kopieën van pathogeen-geassocieerde nucleïnezuursequenties voorkomen in gastheren of
weefsels zonder ziekte (relatieve aantallen).
3. Als de ziekte verdwijnt, moet het aantal kopieën van pathogeen-geassocieerde nucleïnezuursequenties afnemen of
ondetecteerbaar worden. Bij een klinische terugval zou het tegenovergestelde moeten gebeuren.
4. Wanneer de detectie van sequenties voorafgaat aan ziekte, of het aantal kopieën van sequenties correleert met de
ernst van de ziekte of pathologie, is het waarschijnlijker dat de sequentie-ziekte associatie een causaal verband is.
5. De aard van het micro-organisme afgeleid uit de beschikbare sequentie moet consistent zijn met de bekende
biologische kenmerken van die groep organismen.
6. Weefselsequentiecorrelaten moeten op cellulair niveau worden gezocht: er moeten inspanningen worden gedaan om
specifieke in situ hybridisatie van microbiële sequentie aan te tonen op weefselpathologische gebieden en op zichtbare
micro-organismen of op gebieden waar micro-organismen vermoedelijk aanwezig zijn.
7. Deze op sequentie gebaseerde vormen van bewijs voor microbiële causatie moeten reproduceerbaar zijn.
2
,Microscopie
Bright-field:
- De beperking van helderveldmiscroscopie is
onvoldoende contrast
- Kleurstof gebruiken voor contrast
Dark field:
- Als er geen object onder ligt zie je niks
- Met object eronder krijg je lichtverstrooiing en die
zaken kan je dan ook zien
Grootte en morfologie van MO
Bacterie: +/- 1 µm
Virus: nm
Cluster bacterie en schimmel: mm
Bacterie
Fungi
3
, Virus ≠ cells
Virus: Virusdeeltje bestaat uit DNA of
RNA, ingesloten in eiwitmantel en soms
omgeven door een envelop (membraan)
Gemiddeld virus is 100 nm
Virus wordt niet gezien met LM: object
mag niet kleiner zijn dan golflengte van
licht. Dus objecten kleiner dan 250nm
worden niet gezien
Classificatie en nomenclatuur
Taxonomie
Drie onderling gerelateerde onderdelen van taxonomie
- Identificatie
- Nomenclatuur
- Classificatie
Taxonomie is belangrijk
- Nauwkeurige identificatie van organismen
- Precieze namen die efficiënte communicatie mogelijk maken
- Het groepeert soortgelijke organismen op een manier die het mogelijk maakt om voorspellingen te
doen
voorspellingen kunnen worden gedaan en hypothesen met redelijke zekerheid kunnen worden
geformuleerd met betrekking tot leden van dezelfde groep
Micro-organismen werden vroeger ingedeeld op basis van fenotypische expressie (anatomie, morfologie) en
onderscheidende kenmerken die unieke metabolische eigenschappen weerspiegelen.
Genotypische analyse heeft geleid tot veranderingen in de classificatie en nomenclatuur van micro-
organismen.
Fenotypische kenmerken: morfologie, metabolisme, fysiologie, celchemie (met name vetzuursamenstelling in het geval van
bacteriën), motiliteit
Genetische methoden
1. "Oudere technieken: DNA-profilering, DNA-DNA hybridisatie, multilocus sequentietypering (MLST) en het percentage
guanine plus cytosine in het DNA van een organisme (GC-ratio) zijn voorbeelden van de gebruikte genetische
methoden.
2. De exponentiële groei in de beschikbaarheid van genetische sequentiegegevens heeft het mogelijk gemaakt dat de
taxonomie steeds meer de fylogenetische relaties tussen micro-organismen weerspiegelt.
Genotypische analyse
Binnen bepaalde virus families vindt clustering plaats
Van ieder virus dat je isoleert bepaal je genoom sequentie en ga je vergelijken hoe ze verschillen of gelijken. Je ziet ze clusteren
en geeft ze andere subnaam en subclusters
Infectieuze ziekte
Infectieuze ziekte
Klinisch aantoonbare ziekte (d.w.z. kenmerkende medische tekenen en/of ziektesymptomen) als gevolg van infectie,
aanwezigheid en groei van pathogene biologische agentia in een individueel gastheerorganisme.
4
