Woordenlijst methoden in het biomedisch onderzoek
3
A
Alleel: variante vorm op bepaalde positie in genoom
Aptamer: DNA sequentie waarvan de base is vervrangen door een andere structuur die lijkt
op een AZ
ATAC: Assay for transposase-Accessible Chromatin
AID: Auxin-Inducible Degron
ACGH: Array Comparative Genomic Hybridisation
B
Bait eiwit: Het “aas” eiwit, het eiwit waartegen we een bindingspartner willen vinden
Barbara McClinton: Heeft de nobelprijs gewonnen in 1983 voor het onderzoeken van
transposons in Mais
BD: DNA-bindend domein
bDNA: Bridge DNA, een amplificatie stap die wordt gebruikt bij Seq-FISH
Boyden chamber: Voor het testen van migratie en invasiviteit van kanker cellen. Bevat een
membraan met poriën, indien er gekeken wordt naar invasiviteit wordt er een extra collageen
matrix op gelegd
Bicistronisch RNA: RNA molecule met 2 genen die tot expressie komen, elk afzonderlijk dus
geen fusie
Bulk omics: Alles samen zoals een smoothie
Bst polymerase: Heeft stranddisplacement, gebruikt voor MALBAC
C
Cas: CRISPR Associated Proteïne
CGH: Comparative Genomic Hybridisation. Volledig genoom nemen (metafase chromosomen)
en labelen met een kleursof (vb. Cy3, groen). Het referentie genoom gaat een andere kleur
krijgen (rood). Hybridisatie op een probe vind plaats en dan kijken naar de kleur. Geel wilt
zeggen dat er evenveel staal als referentie was. Groen wilt zeggen dat er wist is voor het test
staal, dus een duplicatie of een amplificatie. Rood is dan weer een verlies van het teststaal zoals
een deletie
CITE-Seq: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing
CNV: Copy Number Variation
ccfDNA: Circulating cell free DNA
Conditionele expressie: Activatie of repressie van expressie naar wens door extern
controleerbare condicties of agentia
, CRISPR: Clusterd Regulatory Interspaced Short Plaindromic Repeats
crRNA: CRISPR RNA, de palindromische repeats op de CRISPR locus
Concatemeren: = clusters = nanobals, lange DNA moleculen met meerdere kopiën van
template achter elkaar bij rolling circle amplificatie
D
ddNTP: ook 3’ OH groep ontbreekt, dat is de OH groep die fosfodiesterverbindingen gaat
vormen in een DNA keten
DGE: Differential Gene Expression, Violin plot waar je genexpressie vergeijk tussen
verschillende celclusters
dNTPs: De 2’OH groep ontbreekt
DNA sequentiebepaling: Volgorde van basen in DNA aflezen
φ29 DNA-polymerase: Isothermische polymerase voor Multiple Displacement
Amplification voor single cell sequentie bepaling. Polymerase met strand displacement en hoge
proofreading
E
Ectopische expressie: Expressie van een gen in een cetype, weefseltype of
ontwikkelingsstadium waarin het normaal niet tot expressie komt vb. GFP van kwallen tot
expressie brengen in zebravissen
ELISpot: Enzyme linked Immuno spot assay. Sandwich ELISA op microschaap voor single
cel proteomics
Emulsie PCR: Methode voor klonale in vitro amplificatie.
End Repair: Blunt ends maken na het fragmenteren van DNA. Vaak door T4 DNA polymerase
en Klenow fragment. Het 5’uiteinde wordt gefosforyleert (T4 polynucleotide kinase) en
eventueeel wordt er een 3’ non-template A aangehecht (Taq polymerase)
Epigenetica: Erfelijke/reversibele modificatie van DNA (niet in nucleotiden sequentie)
EMSA: Electrophoretic Mobility Shift Assay
ENU: N-ethyl-N-nitrourea
F
Farmacogenomics: Verklaart waarom en voorspelt of bepaalde individuen goed/slecht
reageren op GM
Fenotype: een waarneembare eigenschap, vb. haarkleur
FISH: Fluorescentie in situ hybridisation. Probe labelen met fluo stof, DNA moet gedenatureed
worden. probe kan binden aan gedenatudeerd DNA indien complementair
Flow cell: Plaats waar cluster generatie gebeurd bij Illumina, een dikke glass slide met
‘channels or lanes’, elke ‘lane’ is random gecoad met oligo’s die complementair zijn aan de
adaptors
3
A
Alleel: variante vorm op bepaalde positie in genoom
Aptamer: DNA sequentie waarvan de base is vervrangen door een andere structuur die lijkt
op een AZ
ATAC: Assay for transposase-Accessible Chromatin
AID: Auxin-Inducible Degron
ACGH: Array Comparative Genomic Hybridisation
B
Bait eiwit: Het “aas” eiwit, het eiwit waartegen we een bindingspartner willen vinden
Barbara McClinton: Heeft de nobelprijs gewonnen in 1983 voor het onderzoeken van
transposons in Mais
BD: DNA-bindend domein
bDNA: Bridge DNA, een amplificatie stap die wordt gebruikt bij Seq-FISH
Boyden chamber: Voor het testen van migratie en invasiviteit van kanker cellen. Bevat een
membraan met poriën, indien er gekeken wordt naar invasiviteit wordt er een extra collageen
matrix op gelegd
Bicistronisch RNA: RNA molecule met 2 genen die tot expressie komen, elk afzonderlijk dus
geen fusie
Bulk omics: Alles samen zoals een smoothie
Bst polymerase: Heeft stranddisplacement, gebruikt voor MALBAC
C
Cas: CRISPR Associated Proteïne
CGH: Comparative Genomic Hybridisation. Volledig genoom nemen (metafase chromosomen)
en labelen met een kleursof (vb. Cy3, groen). Het referentie genoom gaat een andere kleur
krijgen (rood). Hybridisatie op een probe vind plaats en dan kijken naar de kleur. Geel wilt
zeggen dat er evenveel staal als referentie was. Groen wilt zeggen dat er wist is voor het test
staal, dus een duplicatie of een amplificatie. Rood is dan weer een verlies van het teststaal zoals
een deletie
CITE-Seq: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing
CNV: Copy Number Variation
ccfDNA: Circulating cell free DNA
Conditionele expressie: Activatie of repressie van expressie naar wens door extern
controleerbare condicties of agentia
, CRISPR: Clusterd Regulatory Interspaced Short Plaindromic Repeats
crRNA: CRISPR RNA, de palindromische repeats op de CRISPR locus
Concatemeren: = clusters = nanobals, lange DNA moleculen met meerdere kopiën van
template achter elkaar bij rolling circle amplificatie
D
ddNTP: ook 3’ OH groep ontbreekt, dat is de OH groep die fosfodiesterverbindingen gaat
vormen in een DNA keten
DGE: Differential Gene Expression, Violin plot waar je genexpressie vergeijk tussen
verschillende celclusters
dNTPs: De 2’OH groep ontbreekt
DNA sequentiebepaling: Volgorde van basen in DNA aflezen
φ29 DNA-polymerase: Isothermische polymerase voor Multiple Displacement
Amplification voor single cell sequentie bepaling. Polymerase met strand displacement en hoge
proofreading
E
Ectopische expressie: Expressie van een gen in een cetype, weefseltype of
ontwikkelingsstadium waarin het normaal niet tot expressie komt vb. GFP van kwallen tot
expressie brengen in zebravissen
ELISpot: Enzyme linked Immuno spot assay. Sandwich ELISA op microschaap voor single
cel proteomics
Emulsie PCR: Methode voor klonale in vitro amplificatie.
End Repair: Blunt ends maken na het fragmenteren van DNA. Vaak door T4 DNA polymerase
en Klenow fragment. Het 5’uiteinde wordt gefosforyleert (T4 polynucleotide kinase) en
eventueeel wordt er een 3’ non-template A aangehecht (Taq polymerase)
Epigenetica: Erfelijke/reversibele modificatie van DNA (niet in nucleotiden sequentie)
EMSA: Electrophoretic Mobility Shift Assay
ENU: N-ethyl-N-nitrourea
F
Farmacogenomics: Verklaart waarom en voorspelt of bepaalde individuen goed/slecht
reageren op GM
Fenotype: een waarneembare eigenschap, vb. haarkleur
FISH: Fluorescentie in situ hybridisation. Probe labelen met fluo stof, DNA moet gedenatureed
worden. probe kan binden aan gedenatudeerd DNA indien complementair
Flow cell: Plaats waar cluster generatie gebeurd bij Illumina, een dikke glass slide met
‘channels or lanes’, elke ‘lane’ is random gecoad met oligo’s die complementair zijn aan de
adaptors
