Hoofdstuk 1: Genomen en replicatie
Beschrijf de algemene structuur van de DNA-helix
→ Basenparen, nucleotiden, antiparallel
Wat wordt bedoeld met de basenpaarregels?
→ A basenpaart met T
→ C basenpaart met G
Welke molecule zijn de bouwstenen van een polynucleotide keten, welke zijn de
precursoren?
→ Bouwstenen = monofosfaat nucleotiden
→ Precursoren = trifosfaten
Wat wordt bedoeld met %GC van een organisme?
→ Hoeveelheid GC basenparen in het genoom
Belangrijk bij organismen om na te gaan of er gentransfer ofzo gebeurd is
Wat wordt bedoeld met de sequentie van een DNA molecule?
→ Volgorde van de basenparen
De sequentie bepaalt de informatie-inhoud van een DNA molecule, leg uit
→ Sequenties coderen voor RNA, eiwitten (2%), regulatorische sequenties,...
volgorde van de nucleotiden zal de functie van het DNA bepalen
Wat is een direct en inverted repeat
→ Direct = staat op dezelfde streng
→ Inverted = staat in spiegelbeeld op dezelfde streng, staat hetzelfde op complementaire
streng
Ter hoogte van inverted repeats kunnen hairpin structuren vormen
Verschillen tussen RNA en DNA
→ DNA: deoxyribose
→ RNA: ribose, U
,Gelijkenissen tussen RNA en DNA
→ Opgebouwd uit nucleotiden
→ Allebei nucleïnezuren
Zijn RNA ketens in vivo enkelstrengig?
→ Ja, maar ze zullen basenparen met zichzelf → Hairpinstructuren → stabieler
Bespreek het replisoom (Enzymes betrokken in replicatie)
→ DNA helicasen: katalyseren de
ontwindingvan de DNA strengen.
→ DNA enkelstrengig bindende proteïnen:
binden en stabiliseren de ontwonden
strengen van het DNA.
→ Topo-isomerasen: relaxeren het DNA dat
bij ontwinding positieve supercoils vormde
door de introductie van negatieve supercoils
.
→ DNA polymerasen.
→ Primasen: primer synthese.
→ Ligasen: verbinden naast elkaar gelegen
Okazaki fragmenten.
Hoofdstuk 2: Prokaryote genomen
Start van replicatie
→ bidirectionele replicatie: 2 groeivorken
E.coli heeft 1 replicon
= alle DNA wordt uit 1 ori gerepliceerd
Cis-element?
→ Regio die genexpressie reguleert
→ Hierop kunnen meerdere trans-regulatiefactoren
binden
→ Ter region → polaire sequentie
, Terminatie van replicatie
Trans-acting factor?
→ Tus eiwit: terminus utilization sequence
Betrokken eiwitten:
DnaA, DnaB (helicase), DnaC
Faag lambda
= Getemperde faag → niet automatisch celdood na infectie
→ Lytische of lysogene cyclus kunnen gebeuren:
Lysogene cyclus
= Fagen worden door bacteriën gesecreteerd / faaggenomen worden gerepresseerd en in
gastheercel opgenomen
Lytische cyclus
→ Bij virulente fagen
→ Heldere plaques
Beschrijf de algemene structuur van de DNA-helix
→ Basenparen, nucleotiden, antiparallel
Wat wordt bedoeld met de basenpaarregels?
→ A basenpaart met T
→ C basenpaart met G
Welke molecule zijn de bouwstenen van een polynucleotide keten, welke zijn de
precursoren?
→ Bouwstenen = monofosfaat nucleotiden
→ Precursoren = trifosfaten
Wat wordt bedoeld met %GC van een organisme?
→ Hoeveelheid GC basenparen in het genoom
Belangrijk bij organismen om na te gaan of er gentransfer ofzo gebeurd is
Wat wordt bedoeld met de sequentie van een DNA molecule?
→ Volgorde van de basenparen
De sequentie bepaalt de informatie-inhoud van een DNA molecule, leg uit
→ Sequenties coderen voor RNA, eiwitten (2%), regulatorische sequenties,...
volgorde van de nucleotiden zal de functie van het DNA bepalen
Wat is een direct en inverted repeat
→ Direct = staat op dezelfde streng
→ Inverted = staat in spiegelbeeld op dezelfde streng, staat hetzelfde op complementaire
streng
Ter hoogte van inverted repeats kunnen hairpin structuren vormen
Verschillen tussen RNA en DNA
→ DNA: deoxyribose
→ RNA: ribose, U
,Gelijkenissen tussen RNA en DNA
→ Opgebouwd uit nucleotiden
→ Allebei nucleïnezuren
Zijn RNA ketens in vivo enkelstrengig?
→ Ja, maar ze zullen basenparen met zichzelf → Hairpinstructuren → stabieler
Bespreek het replisoom (Enzymes betrokken in replicatie)
→ DNA helicasen: katalyseren de
ontwindingvan de DNA strengen.
→ DNA enkelstrengig bindende proteïnen:
binden en stabiliseren de ontwonden
strengen van het DNA.
→ Topo-isomerasen: relaxeren het DNA dat
bij ontwinding positieve supercoils vormde
door de introductie van negatieve supercoils
.
→ DNA polymerasen.
→ Primasen: primer synthese.
→ Ligasen: verbinden naast elkaar gelegen
Okazaki fragmenten.
Hoofdstuk 2: Prokaryote genomen
Start van replicatie
→ bidirectionele replicatie: 2 groeivorken
E.coli heeft 1 replicon
= alle DNA wordt uit 1 ori gerepliceerd
Cis-element?
→ Regio die genexpressie reguleert
→ Hierop kunnen meerdere trans-regulatiefactoren
binden
→ Ter region → polaire sequentie
, Terminatie van replicatie
Trans-acting factor?
→ Tus eiwit: terminus utilization sequence
Betrokken eiwitten:
DnaA, DnaB (helicase), DnaC
Faag lambda
= Getemperde faag → niet automatisch celdood na infectie
→ Lytische of lysogene cyclus kunnen gebeuren:
Lysogene cyclus
= Fagen worden door bacteriën gesecreteerd / faaggenomen worden gerepresseerd en in
gastheercel opgenomen
Lytische cyclus
→ Bij virulente fagen
→ Heldere plaques
