Les 5
Samenvatting STR typering
Bij onze raw data wordt er in de
machine zelf al een beetje
gescheiden op de verschillende
kleuren. De interpretatie van onze
raw data zal vooral door de
software gebeuren. We maken
daarbij steeds gebruik van internal
size standards. Ook gebruiken we
filters om (1) vals positieve pieken
te vermijden; en (2) om PCR-
artefacten (bijvoorbeeld stutter
fragmenten) systematisch weg te filteren. We verkrijgen dan een piekenpatroon, ofwel het genotype.
Met dit genotype gaan we verder werken.
Data interpretatie
Wanneer er aanwezigheid is van DNA-degradatie, dan moet de mogelijkheid nagegaan worden of dat
we opnieuw een analyse kunnen gaan uitvoeren, bijvoorbeeld nu met mini STRs, hierdoor kunnen we
meer resultaten halen uit het DNA dat we wensen te analyseren. Bij extreme degradatie zullen we
SNP typering uitvoeren of we gaan kijken naar het mtDNA.
Mengprofielen – Samenvatting
Altijd moet er eerst gekeken worden naar hoeveel donoren er zijn. Zijn dit er meer dan 2, dan moet
er geen ratio bepaald worden. Dan gaan we kijken of het een onderscheidend mengprofiel is, kunnen
we een dominant genotype bepalen? Indien niet, dan moeten we alle mogelijke genotype
combinaties gaan bepalen. Wanneer we een niet-onderscheidend mengprofiel hebben bij meerdere
STRs, dan is het niet mogelijk om de genotype combinaties te bepalen. Als laatste moeten we de
ratio bepalen tussen het mineur genotype en het dominante genotype.
Wat zijn nu de meest gemaakte fouten bij het genotyperen van mengprofielen?
Twee hoogste pieken automatisch benoemen als het dominant genotype
Ratio mineur ten opzichte van dominant genotype: De deler (dominante genotype) kan niet
kleiner zijn dan de noemer (mineur genotype)
Piekhoogte van een gemeenschappelijk allel niet door twee delen. Bijvoorbeeld: (11,12) en
(12,13). Het is fout om de piekhoogte van 12 nu te delen door 2
Wanneer er meer dan één genotype combinatie is, kunnen we niet spreken van een
onderscheidend DNA profiel. Wanneer we twee verschillende combinaties hebben, moeten
we natuurlijk eerst gaan kijken naar de ratio en of deze ook past bij het gemiddelde. Als dat
zo is voor beide combinaties, dan hebben we het over een niet-onderscheidend DNA-profiel!
DNA interpretatie – Beschikbaar DNA
PCR is een gevoelige methode, waarbij typering van één cel mogelijk is. ook is er STR typering van
huidcontactsporen mogelijk (sinds 1997). We moeten het probleem kunnen vaststellen:
Weinig DNA beschikbaar (vaak bij microsporen het geval)
DNA-kwaliteit is laag (bij DNA-degradatie)
In beide gevallen hebben we ‘low-level’ DNA. Maar, hiervoor zijn er verschillende definities gekend:
Low copy number (LCN), waarbij de focus wordt gelegd op de techniek
Low template DNA (LT-DNA), waarbij de focus wordt gelegd op het input DNA of het DNA-
staal
Alternatief: DNA of low quality and quantity (DNALQQ), dus niet alleen de kwaliteit is
belangrijk, maar ook de kwantiteit!
Pagina 1 van 8
Samenvatting STR typering
Bij onze raw data wordt er in de
machine zelf al een beetje
gescheiden op de verschillende
kleuren. De interpretatie van onze
raw data zal vooral door de
software gebeuren. We maken
daarbij steeds gebruik van internal
size standards. Ook gebruiken we
filters om (1) vals positieve pieken
te vermijden; en (2) om PCR-
artefacten (bijvoorbeeld stutter
fragmenten) systematisch weg te filteren. We verkrijgen dan een piekenpatroon, ofwel het genotype.
Met dit genotype gaan we verder werken.
Data interpretatie
Wanneer er aanwezigheid is van DNA-degradatie, dan moet de mogelijkheid nagegaan worden of dat
we opnieuw een analyse kunnen gaan uitvoeren, bijvoorbeeld nu met mini STRs, hierdoor kunnen we
meer resultaten halen uit het DNA dat we wensen te analyseren. Bij extreme degradatie zullen we
SNP typering uitvoeren of we gaan kijken naar het mtDNA.
Mengprofielen – Samenvatting
Altijd moet er eerst gekeken worden naar hoeveel donoren er zijn. Zijn dit er meer dan 2, dan moet
er geen ratio bepaald worden. Dan gaan we kijken of het een onderscheidend mengprofiel is, kunnen
we een dominant genotype bepalen? Indien niet, dan moeten we alle mogelijke genotype
combinaties gaan bepalen. Wanneer we een niet-onderscheidend mengprofiel hebben bij meerdere
STRs, dan is het niet mogelijk om de genotype combinaties te bepalen. Als laatste moeten we de
ratio bepalen tussen het mineur genotype en het dominante genotype.
Wat zijn nu de meest gemaakte fouten bij het genotyperen van mengprofielen?
Twee hoogste pieken automatisch benoemen als het dominant genotype
Ratio mineur ten opzichte van dominant genotype: De deler (dominante genotype) kan niet
kleiner zijn dan de noemer (mineur genotype)
Piekhoogte van een gemeenschappelijk allel niet door twee delen. Bijvoorbeeld: (11,12) en
(12,13). Het is fout om de piekhoogte van 12 nu te delen door 2
Wanneer er meer dan één genotype combinatie is, kunnen we niet spreken van een
onderscheidend DNA profiel. Wanneer we twee verschillende combinaties hebben, moeten
we natuurlijk eerst gaan kijken naar de ratio en of deze ook past bij het gemiddelde. Als dat
zo is voor beide combinaties, dan hebben we het over een niet-onderscheidend DNA-profiel!
DNA interpretatie – Beschikbaar DNA
PCR is een gevoelige methode, waarbij typering van één cel mogelijk is. ook is er STR typering van
huidcontactsporen mogelijk (sinds 1997). We moeten het probleem kunnen vaststellen:
Weinig DNA beschikbaar (vaak bij microsporen het geval)
DNA-kwaliteit is laag (bij DNA-degradatie)
In beide gevallen hebben we ‘low-level’ DNA. Maar, hiervoor zijn er verschillende definities gekend:
Low copy number (LCN), waarbij de focus wordt gelegd op de techniek
Low template DNA (LT-DNA), waarbij de focus wordt gelegd op het input DNA of het DNA-
staal
Alternatief: DNA of low quality and quantity (DNALQQ), dus niet alleen de kwaliteit is
belangrijk, maar ook de kwantiteit!
Pagina 1 van 8
